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环境行政决策是指行政机关就拟议中的环境利用行为可能造成的环境妨害、环境损害以及可能的环境风险与各环境利用行为的成本等一并作出分析判断，并最终作出决定的行为。
理论基础:专家治国论。专家治国论是现代社会政府治理社会的基本指导理念之一。二战之后政府社会公共事务日益复杂，社会决策日益专业化。政府也引入越来越多的专业人士进入相关专业管理机构，以保障其决策的科学性和效率。专家治国理论认为，在当代，技术成为社会的主宰，其它要素都成为技术的附属物。因此，技术的逻辑决定了经济、政治的逻辑，也决定了专家在经济、政治领域的权力。进而认为，知识分子在社会事务中担负着日益重要的社会作用，对于政府政策的科学化、合理化具有重要的推动作用，知识分子对于社会发展，尤其是对于政府管理社会方面具有重大的指导和影响作用，甚至有时专家们的意见和建议对于政府政策的形成具有决定性的作用。z专家治国论强调政治统治应该按照专业技术管理的模式来进行，科学的管理比民主更有效率，甚至认为，现代社会的失控和危机的根本原因在于技术装备的不足和社会管理制度的不完善。因而该理论强调要通过纯粹工艺的途径，依靠各种技术革命，通过科学的管理来克服和消除危机。
环境政策不仅反映自然生态规律和社会经济规律，还反映人与自然相互作用的规律。环境保护是一项具有较强专业性的技术与管理工作，旨在解决环境问题、为环境工作服务的环境政策必须建立在科学理论和科学技术的基础上。，环境行政决策需要处理复杂的专业技术问题，并在此基础上做出专业判断，进而做出专业的决策。因此，环境行政决策的科学性有赖于决策者较强的技术背景支持。这一决策过程表现为首先将面临的环境问题转化为技术问题，交由相关专业技术人员依据其专业知识提出该技术问题的方案和意见，再交决策者做出最终决策，这就表现为环境管理的技术决策机制。
理论基础:一是环境公共财产理论。1969年，美国学者萨克斯提出“环境公共财产论”，指出空气、水、阳光等是人类生活所必需的环境要素，当这些环境要素受到严重污染和破坏，以致威胁到人类正常生活时，就不应再视其为“自有财产”，就其自然属性和对人类的极端重要性来说，应该是全体国民的“共享资源”，是全体国民的“公共财产”。“二是公民环境权理论。1970年日本律帅仁藤一、池尾隆良首侣将各种有关环境的权利称为“环境权”，并指出:“为了保护环境不受破坏，我们有支配环境和享受良好环境的权利;基于此项权利，对于那些污染环境、妨害或将要妨害我们的舒适生活的作为，我们享有请求排除妨害以及请求预防此种妨害的权利。"51972年的《联合国人类环境会议宣言》明确提出:“人类有权在能够过尊严和福利生活的环境中，享有自由、平等和良好生活条件的基本权利”。环境权的确立，为公众参与环境管理及其相关事务提供权利基础。三是民主政治理论。民主政治是在承认人的自利性和人类利益多元、人格地位平等的前提下，遵循少数服从多数并保护少数的原则，根据一系列程序化的制度缓和利益冲突，并由此提供一种较为文明的机制。民主政治的实质，就是公民力争在公共决策中实现更多的平等参与。它通过公众对环境政策法律制定的具体参与，体现环境立法中的民主和民主指导下的集中，从而制定出符合公众意愿和实际情况的政治和法律。由于环境利益本身的特性，它既是个人的私益，也是社会公众的公益，它更需要公众的积极参与，以制定出科学的环境政策和法律，更好地保护整个生态环境，保护好何个公民的自身权益。四是自主治理理论。美国学者埃莉诺·奥斯特罗妈教授在研究公共池塘资源的治理方式时，提出了“自主组织和自主治理”的方案:一群相互依赖的当事人，通过自主地制定规则、实施规则并成功地进行了监督，完成了自我组织与自我治理，使公共池塘资源得到了可持续的利用。刀该理论侣导利用公民社会的“自组织网络”，通过社群性的认同，建立相应的规则制定和修正机制、规则执行机制、规则监督和制裁机制以及冲突调解和解决机制，并由相应的机构加以实行。
环境保护是一项涉及千家万户，直接影响广大人民群众切身利益的管理工作，需要面对与此相关的各利益方，并在此基础上做出判断，进而做出符合广大人民群众利益的决策，表现为环境管理的民主决策机制。因此，环境行政决策的合理性有赖于决策过程中各利益方广泛深入的讨论和协调。这一决策过程表现为首先将面临的环境问题凝练，通过召开座谈会、听证会以及媒体舆论等方式提交各利益方讨论，将讨论成果交有决策权的地方或国家行政机关或其环境行政机关形成决策。对于影响巨大的甚至交地方或国家权力机关，即各级人大代表大会进行表决，进而形成最终决策。
一般来说，法律对政府权力的调控主要有三个层面：理念、制度、规则。“理念是法律的灵魂，规则是法律的细胞，制度是法律的躯干。法律没有躯干，灵魂无以安身，规则难以存在。因此，制度是法律的支柱。在所有的法律制度中，政府决策制度是关键。政府决策权力的良善运作是政府权力良善运行的首要保证。”法理念作为对法的精神或价值的一种理性概况和追求，是具体法律制度和法制实践的灵魂。“环境法是建基于对自然属性的判断之上。自然属性不仅局限于经济性，而应是经济性、生态性、精神性的综合。环境法的理念之根在于自然的三种属性，环境法的理念之具体表现在于九个范畴：节制、持续、公平、生命、和谐、朴质、精神、仁爱、情性。正是有了对自然属性的新观念，才使得环境法呈现出不同于民法等其他法的气质，并且，环境法中出现了‘伦理回归’的洪流。”汪劲认为“环境法基本理念包括：环境伦理理念、环境经济理念和环境权利理念三大类。正是伦理理念的嬗变对现代法律实践产生了巨大的影响。环境经济理论则使得环境质量的成本—效益分析方法，已经广泛地运用于诸如环境影响评价以及有关环境行政决策之中。而环境权益理念则贯彻环境民主原则，使得环境行政决策中应注重公众参与。”环境行政决策实体上的规制，首先就是顺应生态时代人与自然和谐共处的诉求进行理念上的规制。政府规制是一种公共产品，也是一种正式的制度。制度既可以是指具体的制度安排，即某一特定类型活动和关系的行为准则，也可以是指一个社会中各种制度安排的总和，即制度结构。“制度是构建人类相互行为的人为设计之约束。他们由正式约束（如规则、法律和宪法）、非正式约束（如行为规范、习俗和自我强加的行为准则）以及这些约束实施的特性所组成。”我国重要的环境法律制度应包括：环境影响评价制度、排污许可证制度、排污收费制度、生态效益补偿制度、限期治理制度、环境信息公开制度、公众参与制度、环境标准体系配套建设制度、环境标准制度、环境监察与环境监测制度、突发环境事件应急预案制度以及环境恢复与补救制度等。环境行政决策必须要遵守这些环境法律制度，才能保证决策的正当性与合法性。“法律规则是规定法律上的权利、义务、责任的准则、标准，或是赋予某种事实状态以法律意义的指示、规定。”规则相对于原则，具有微观的指导性、可操作性强以及确定性程度高的特点。当决策对可能的风险存在科学不确定因素条件下，环境行政决策可能会陷入僵局呈现出模棱两可的状态，此时需要明确的决策规则进行决策。理念、制度、规则是为环境行政决策的实体法律规制。
事实上，美国学者H.西蒙对环境行政决策提出了“合理的决策论”，西蒙的观点实质是主张将决策的合理性和重要性建立在综合决策之上，以克服单个主体决策所存在的合理性危机，确保最终的决定得以有效实施。“实现综合决策不仅需要人们改变决策理念，更需要改变决策方法，必须形成统一的决策原则、制度以及采取相应的保障措施，建立适合综合决策需要的良性机制。”本文认为，综合决策的依据就是以理念、制度、规则为核心的实体法律规定以及以合法性论证、战略性评价和正当化程序为核心的程序性法律规定。
所谓环境行政决策合法性论证是指在进行重大环境行政决策过程中，为了防止违法决策而对决策权限于法有据，决策程序是否依法进行，决策结果和决策实施的效果是否符合法律规定等进行论证的一种行政咨询行为和内部程序制度。值得注意的是，20世纪60年代以来，以布坎南为代表的公共选择学派，将经济学的分析方法和工具应用于研究集体的或非市场的政治决策过程。其核心要素有三：“经济人”假设、交易政治学和方法论的个人主义。公共选择的“经济人”假设和政治交易理论将人类行为的两个方面—经济决策和政治决策，纳入了统一的“经济人”分析框架。其核心观点是否定了传统政府的“利他”界定，承认政府的自身利益追求。政府的决策除了依据由个人偏好转换成集体偏好，很大程度还要受利益集团活动的影响。“公共选择理论的经济人假说为我国的行政决策提供了重要的启示，它在一定程度上颠覆了我国传统的对政府官员的人性定位。其为我国的制度设计，依法规定政府权限提供了理论的依据。”事实上环境行政决策从某种意义上说，决策的结果是决策者与决策对象之间的利益互动过程的一种合力，也就是双方反复进行利益交换的过程。环境行政决策合法性论证的根本就在于确保环境行政决策机构依法进行，接受法律的统治。防止决策机关在决策上注重眼前利益、部门利益、地方利益而变通法律，形成“权力部门化，部门利益化，利益合法化”的权利怪圈。因此，“要保证决策科学化、民主化得以实现，使政府的行政决策更加合理或避免重大失误，就必须有一套较为完整的法律制度。制度化、法律化是决策科学化、民主化的根本保证。”同时必须制定有效的法律框架，“为了有效地将环境与发展纳入每个国家的政策与实践中，必须发展和执行综合的、可实施的有效的法律法规，这些法律法规是以周全的社会、生态、经济和科学原则为基础的。”
所谓战略环境评价（Strategic Enviromental Assessment，SEA）是环境影响评价在政策、计划和规划层次的应用。1969年美国《国家环境政策法》的颁布，标志着战略环境影响评价已经在美国以制度的形式确定下来。其规定：凡是联邦政府对人类环境质量有重大影响的每一项建议或者立法报告、规划、决定和其他重大的联邦行动都应当进行环境影响评价。其中，“联邦行动”包括官方政策、正式计划、规划和具体项目四类。我国2002年通过的《环境影响评价法》以立法的形式将政府的规划纳入环境影响评价的范畴，“使环境影响评价从决策的源头发挥作用，从全局上防止环境污染和生态破坏，标志着我国环境影响评价进入了一个新的阶段。”当前，我国的环境影响评价制度适用的对象主要有两类：1.法定应当进行环境影响评价的规划，主要包括两种：第一种属于综合指导规划，第二种属于专项规划；2.建设项目。是指按固定资产投资方式进行的一切开发建设活动，包括国有经济、城乡集体经济、联营、股份制、外资等不同经济类型的开发活动。可以说我国已经部分确立了战略环境影响评价，但我国《环境影响评价法》未能将政府的其他重大环境决策、行政规章等列入战略环境影响评价的范围。笔者以为，实行环境影响评价制度的主要意义在于环境影响评价具有科学性、前瞻预测性和内容综合性等优点，是环境行政决策的主要科学依据，单单进行规划与建设项目的环评是不够的。要实现环境与发展的综合决策，协调与平衡当代人与当代人、当代人与后代人的利益关系，实现多元利益主体的诉求，应将环境影响评价由建设项目层级延伸到政策与规章层面，从建设阶段提前到战略决策阶段，从环境行政决策的源头控制环境污染和损害。
台湾学者叶俊荣认为：“环境行政的核心乃是资源的运用问题，如何能对有限的资源作最有效，也是最可持续的利用是环境行政的终极目标。为此，环境行政比其他管制行政更需要建立行政权的正当性基础。若由当代不具民意基础的行政官员兼负环境行政决策上的重要权限，环境行政则比其他管制行政更容易存在正当化的危机。”汪劲认为：“通过建立正当的法律程序规范决策行为及其过程，要求决策综合平衡科学判断的结论，并将决策结果纳入司法审查的对象，是环境行政决策实现合理化合正当化得最佳体现。”笔者以为，科学合理的行政决策在很大程度上要靠规范的行政决策程序来保证。行政决策的程序化，也就是按照行政决策过程的内在规律，将行政决策过程划分为若干阶段，并且使这些循序渐进的阶段形成制度。环境行政决策的正当化程序应当包含如下几方面的内容：1.决策信息公开。原国家环保总局《关于在环境保护系统贯彻实施〈全面推进依法行政实施纲要〉的五年规划》（以下简称《规划》）中明确要求：环境保护部门公布环境信息要做到全面、准确、及时、权威，保障社会公众依法参与环境保护决策。各级环境保护部门要制定和完善环境决策的规则和程序，严格按照法定的权限和程序进行环境决策。除依法应当保密的外，决策的事项、依据和结果都要向社会公开。决策事项涉及社会公众利益的，必须以公示、座谈会等形式听取群众意见；涉及经济社会发展重大问题以及专业性较强的，应当组织专家进行必要性和可行性论证。2.听证。从法律程序的角度看，为利益各方提供表达意见的机会或者组织听证，是使一个程序或过程体现公正的基本要求，也是决策行为符合民主、科学的客观表现。听证的一个重要功能就是为权力与权利之间的沟通和协调提供一个平台，这也符合法治政府所要求的合作与协商精神。因此，环境行政机关制定环境行政决策必要时应当举行听证程序，包括提交决策书、公开阅览、表达意见和提出异议、讨论等步骤。3.说明决策的理由。环境行政机关作出的决策设计相关人权益，特别是对相关人有不利影响时，必须说明其事实根据以及环境行政机关的政策考量。由于决策需要说明理由，因此会迫使决策者更仔细地考虑证据，更周密地审查决定的正当性、合理性和合法性。
除了完善环境行政决策程序外，我们还要建立健全决策跟踪反馈和责任追究制度。对重大环境决策的执行情况进行跟踪与反馈，并适时调整和完善有关决策。要完善环境行政决策的监督制度和机制，明确监督主体、监督内容、监督对象、监督程序和监督方式。要按照“谁决策、谁负责”的原则，建立健全决策责任追究制度，实现决策权和决策责任相统一。