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环境行政是指国家通过行政权的运作，对各种影响环境的活动进行规划、引导、调整和监督，以协调生态环境保护与经济、社会发展的关系，防治生态环境的破坏和污染，维护生态环境平衡的活动。
首先，根据行政行为所采用手段的不同，可将环境权的行政保护分为环境行政规划(如制定《全国生态功能区划》、《全国主体功能区规划》等环境规划)、环境行政许可(如审批环境影响评价文件)、环境行政征收(如收取环境税费)、环境行政监察(如“三同时”环保设施施工和运行检查)、环境行政命令(如责令违法排污者限期治理)、环境行政强制(如查封、扣押)、环境行政处罚(如责令企业停产停业)、环境信息公开、环境行政参与(如参加环境行政决策的听证会、论证会、讨论会)、环境行政复议、环境行政调处(如处理环境纠纷)等多种方式。
其次，根据行政权力启动方式的不同，可将环境权的行政保护分为依职权保护和依申请保护。前者如制定环境规划、环境影响评价文件审批、环保设施验收、发布环境信息等。后者如环境行政复议和环境行政调处等。当然，对于依职权保护的方式，也可基于环境权人或其他公众的申请而进行保护，譬如，环保部门依公众的控告或申请而对排污企业进行环境行政查处。
再次，根据所采用方式的不同，可将环境权的行政保护划分为命令控制型和刺激诱导型两大类型。前者如环境规划、环境影响评价审批、排污许可、行政罚款、责令停止排污行为(行政命令)、责令限期治理、责令停产停业(行政处罚)等，后者如环境税费、绿色信贷、上市环保核查、排污交易服务、价格杠杆(如阶梯性价格)、绿色采购、环境补贴、生态补偿等。将环境权的行政保护分为命令控制和刺激诱导的意义是，必须综合和有机运用“政府强制”和“市场调节”两种机制，以实现成本的最低化和效益的最大化。
复次，根据是否以保护环境质量作为环境行政的直接目的，可将环境行政保护分为直接保护和间接保护两大方式。前者如环境影响评价文件的审批、“三同时”环保设施的验收和运行监督、基于总量控制的排污许可、环境纠纷的行政调处等，后者如产业结构调整、清洁生产审核、循环经济促进、绿色信贷、环境税费等。将环境权的行政保护分为直接保护和间接保护的意义是，对于违法或不当的直接保护行为，公民可径直运用环境权提起环境行政诉讼寻求救济;对于违法或不当的间接保护行为，由于公民难以证明存在直接的环境利害关系而难以提起环境行政诉讼，即环境权对行政间接保护行为的可诉性不强。
当然，享有环境权的公众也可以通过行使环境知情权、环境参与权、环境监督权(请求履行环保监管职责)等权利，请求启动、优化或矫正环境行政行为等形式，来维护其环境权益。譬如，请求环保机关依法履行环境执法查处的法定职责，请求参与环境影响评价审批的听证程序等。
同环境权的司法保护相比，行政保护具有诸多显著的优势：一是行政保护侧重于宏观统筹，能实现整体性和一体化的保护，成效更好。从实证分析的角度看，同司法对环境权的个别、微观和分散保护不同，行政手段主要采取普遍、宏观和总体性的保护措施，能够实现系统和有序的保护。譬如，制定环境标准和建设规划，实施排污总量控制，开展环境影响评价，优化经济空间布局，调整产业和能源结构等。二是行政保护注重主动和事前干预，具有明显的预防性和能动性特征，更能更主动的地保护环境权。譬如，审批开发规划和建设项目的环境影响评价文件、推行循环经济和清洁生产等。三是行政保护擅长于应对污染源众多、远距离、宽范围、长时期、复合性污染的广泛性侵害的场合。因为，在很多场合，很难找出侵害环境权的具体致害者(因果关系难以确定)，甚至污染者早已不存在(污染企业已经倒闭)。譬如由机动车尾气、工厂废气等多因子、多污染源共同造成的大气污染(如PM2.5)致害问题，用行政保护的方式显然更好。四是中国的行政保护比司法保护具有更强的强制性和权威性，执行力更高。
环境权的行政保护并非万能，尤其是在环保部门尚处于弱势地位的当下，即使其依法行政、勤勉执法，杜绝一切懈怠、渎职、滥权、贪污等违法行政行为，环境权的行政保护在许多方面也是鞭长莫及和力不从心。一是环境行政主管范围有限。譬如对于城市的眩光污染、采光遮蔽和室内污染等问题，依现行法律，环保部门无权干预。二是环境行政手段不足。例如缺乏查封、扣押等行政强制约束权，也无“按日计罚”的处罚权，更无环境行政强制执行权。再如，责令限期治理只能使后续的排污活动符合浓度控制或总量控制的要求，并不要求对排污口外已经遭受污染或破坏的环境进行治理和恢复。即使责令恢复原状，也可能遭遇由于经济技术上已无法治理恢复受损的环境而无法适用等情况。三是环境行政启动的限制条件严格苛刻。譬如，对于造成环境污染侵权的达标排放行为(行政上合法)，环保部门便无权对其采取管制措施。四是环境行政强制的“尺度”有限。譬如环境行政处罚往往受到“上限”的封顶，以致于出现“守法成本高，违法(侵权)成本低”的怪状，不能有力震慑环境违法者;五是环境行政能力有限。譬如，对于造成重大环境损害的突发性环境事故(事件)的发生，环境行政在很多时候无能为力。正因如此，对于环境权的保护，才需要环境司法作为环境行政的有力保障和有益补充。
1.是国家行政管理职能的一个重要组成部分以源头控制、防重于治为核心，采用综合、系统的治理方法。
2.是环境权利体系中的一种必要的权利形式包括公民环境权、法人及其他组织环境权、人类环境权、国家环境权等多项权利。
4.反映了现代行政职能的扩张，体现了现代行政己经从消极的传统行政走向积极的服务行政。
5.虽在一定范围内仍保留着传统强制行政手段，但更多的是采用诸如行政活动、行政指导、行政奖励等更灵活、有效和易于接受的非强制的行政方法。
6.利用利益激励等行政手段，将生态环境资源化。
环境行政，因其调控方法、运作制度、功能效果的特色，内含行政强制机制和行政指导机制，本质上乃是基于福利国家、给付行政之理想，按照有关法律法规对所辖区域的环境保护实施统一的行政监督管理，并运用经济、法律、技术、教育等手段，限制人类污染与破坏环境行为，从而以行政力量有力地保护环境，维护社会稳定。环境行政除了包括环境影响报告书(表)的审批、“三同时”的验收、排污费的征收、排污许可证的发放，环境监测、限期治理、环境行政合同、环境行政奖励、环境行政检查和强制措施、环境行政处罚和环境行政复议，还包括环境保护目标责任制度、排污申报登记与排污许可证、城市环境综合整治定量考核、污染物排放总量控制等制度的建立与实施。在现实中，环境行政的重点主要集中在环境污染的控制与防治和自然生态的保护与改善。
环境行政对确定环境标准、处理环境突发事件、协调群体利益方面是不可或缺的。首先，环境无害化的新型经济发展模式需要根据环境标准判断其是否符合生态化的要求，并科学地确定有关环境标准，借助环境行政保证其强制性得到全面而确实的贯彻。其次，由于环境问题在社会转型过程中累积、爆发并加速恶化，因此，需要借助环境行政，通过命令和制裁的方式作出应急处理，控制事态进一步恶化并为环境问题的根治创造好的基础。最后，环境资源的功能多样性、自然生态功能区域与行政区域权力划分设置的非重合性，必然导致地区与部门在环境资源的开发利用上的不协调，所以需要借助强有力的环境行政手段，消除地区与部门本位主义的影响。
在环境行政的实务中，环境纠纷行政处理占有很大比重。这一行政方式包括环境行政裁决、环境行政复议等法律行为，也包括环境行政调解等事实行为。行政裁决是一种具体行政行为，不是抽象行政行为，更不是立法和司法行为，但它属于行政机关的职权处理，具有准司法性质[川;行政调解属于行政机关在行使管理职能时附带的纠纷解决，具有替代性解决纠纷的功能。中国的环境纠纷投诉量逐年递增，在2000年投诉超过30万件。在环保部门受理的环境纠纷案件中，有80%以上可以通过行政处理解决。为了有效解决环境纠纷，有必要采用多种行政处理方式。但目前，环境纠纷行政处理制度尚未健全。《环境保护法》第四十一条第二款规定，环境赔偿责任和赔偿金额的纠纷，由环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门处理。这一规定中“处理”的性质是什么?实务界和学界有不同理解。1992年1月全国人民代表大会法律工作委员会就原国家环境保护局关于如何正确理解和执行《环境保护法》第四十一条第二款的请示答复:“因环境污染引起的赔偿金额的纠纷属于民事纠纷，当事人不服的，可以向人民法院提起民事诉讼，不能以做出处理决定的环境保护行政主管部门为被告提起行政诉讼。”由于在实践中对“处理”和“裁决”的不同理解，导致处理方式多样和处理纠纷的效率低下。我国目前环境行政主管部门中没有专门的环境纠纷处理机构、人员编制和独立的经费来源。这些导致了环境纠纷行政处理的效果并不理想。
环境行政机关特别是地方各级环境行政管理部门，日常工作中大量的活动是环境行政执法，环境行政执法的好坏直接影响着我国环境保护的全局。近几年，各级环境行政管理部门有针对性地开展关停“15小”、实施“一控双达标”、专项查处污染反弹等重大环境执法行动，削减了全国主要污染物的排放总量，显示了环境行政执法的巨大作用。国家环保总局十多年来发布了《环境保护行政处罚办法》(1999年)、《关于加强环境行政执法工作的若干意见》(1998年)、《环境监理人员行为规范》(1995年)、《环境监理工作程序》(1996年)、《环境保护行政许可听证暂行办法》(2004年)等一系列文件，公布了《常用执法文书格式》，对环境行政执法的基本程序和常用执法文书作了统一规范。但是，仍存在着环境执法力度不够强，环境保护前置的环境影响评价制度和后期监督“三同时”制度执行不到位，排污申报登记制度未完全实行等问题。环境行政不作为致使环境问题突出，造成污染事故和省际污染纠纷时有存在。环境行政执法中仍普遍出现重执法轻制约监督、重处罚结果轻执法程序的现象。