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工程项目审计是指对单项工程项目从投标中标、组织施工到竣工交付使用全过程的经济活动和管理进行的审计，并对其最终绩效进行评价。它包括了内控制度、财务收支、经济效益、经济责任等内容，是一项综合性的高层次审计。
由于施工企业工程项目存在着工期长、工点多、管理跨度大等特点，所以将工程项目审计一般分为前期审计、中期审计和终结审计三个阶段。各施工阶段的特点不同，其审计的内容也有所侧重。
一、工程项目的前期审计
工程项目前期审计，主要是对工程前期准备工作及施工管理的各项内控制度进行审计。及早发现矛盾和管理上的薄弱环节，防患于未然，为后续工程施工打下坚实基础。
1、首先审查《工程承包合同》：是否签订了项目承包合同，合同双方是否具有法人资格和相应的履约能力，内容是否合规完整；权、责、利划分是否明确。如有分包工程，还应审查《工程分包合同》。
2、审查工程施工准备工作情况：施工组织设计是否先进，现场施工队伍和机械设备的配置能否满足需要，指挥部的设置、定员、人员素质能否符合管理要求，达到精干高效、结构合理。
3、工程预算编制审查：是否编制了工程项目成本预算、费用预算、资金预算，编制依据是否充分，内容是否完整，预算定额是否合理。
4、对内控制度建立的审查：是否建立工程预算管理、合同管理、工资管理、成本管理、设备材料管理、安全质量管理、财务管理、分包工程管理等一系列管理制度，各项制度是否完善、严密。
二、工程施工过程审计
工程施工过程审计或称中期审计，主要围绕成本效益情况进行的审计。通过对工程项目的事中监督，发现并纠正施工管理中存在的问题，及时堵塞漏洞，降低成本，提高效益。
1、工程成本管理审查：通过对人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费等构成成本五大要素的逐一审查，找出薄弱环节，提出对策和建议。
(1)人工费的审查：审查工时统计资料是否真实、准确，是否按劳动定额核算人工费，工资、奖金是否与效益和劳动生产率挂钩，有无不按规定多发工资，巧立名目发奖金，有无违反规定将其他费用列人人工费，使人工费超支加大。
(2)材料费审查：材料费是工程成本的主要组成部分，控制了材料支出，就有效控制了成本。审查材料物资消耗是否按定额控制，实行限额发料，材料实际消耗与预算定额的差额是否合理，材料的采购、管理、消耗手续是否齐备，有无损失浪费现象，余料是否盘点，料差和周转材料是否按规定分摊。
(3)机械使用费的审查：机械台班统计资料是否完整、真实，机械使用是否充分，有无因操作失误而造成机使费超耗浪费，费用分摊是否准确、合理。
(4)直接费和间接费的审查：审查直接费、间接费的开支是否有严格控制，有无违反规定随意扩大开支范围，提高开支标准，乱挤乱列成本的现象，费用摊销是否合理。
2、安全、质量、工期的审查：审查施工进度是否按计划进行，是否存在只抓进度而放松工程安全和质量管理，有无违规操作而导致安全质量事故的发生，造成经济损失。
3、内控制度的审查：审查各项内控制度是否贯彻实施，有无流于形式而造成管理失控，对分包工程是否进行有效管理，是否存在只包不管或以包代管现象，有无因管理不善而造成返工窝工等现象，影响工期和效益。
4、对工程结算、会计核算的审计：工程价款收入支出是否真实，工程结算是否符合规定，验工计价是否及时，手续资料是否完备，有无拖欠工程款现象，成本核算是否符合会计制度。
三、工程项目终结审计
终结审计主要侧重于经济责任审计。通过对工程项目的工期、质量、安全、效益及国有资产的安全完整等方面进行审计，从而对项目负责人的管理绩效作出评价。
1、对完工后的各项资产进行清查、核实，防止资产流失。
2、审查是否完成工程承包合同规定的各项指标，有无违反国家财经纪律的行为。
3、工程是否按期交工，并办理了竣工结算，财务决策是否符合规定。
4，工程期间有无发生安全质量事故，并分析原因责任。
5、是否按国家规定及时全部交纳了各种税金，有无拖、漏、少缴行为。
四、工程项目审计中应注意的几个问题：
1、关于分包工程和分包合同的审计：近几年，由于铁路建设速度加快，分包工程越来越多。审计中我们发现对分包工程和分包合同的管理比较混乱，存在的问题和漏洞较多，因管理不善而造成经济损失屡有发生；超付工程款，漏扣材料款，甚至出现分包方自行计价到建设单位直接领取工程款，我方后补签计价手续，致使我方在工程分包结算中处于失控状况。一些分包单位违反操作规程，偷工减料，致使工程安全质量事故时有发生，既造成经济损失，又损害了本单位的声誉。针对以上问题，我们在工程项目审计中应注意对分包工程和分包合同管理包单位违反操作规程，偷工减料，致使工程安全质量事故时有发生，既造成经济损失，又损害了本单位的声誉。针对以上问题，我们在工程项目审计中应注意对分包工程和分包合同管理的审计，首先应着重审查分包合同的订立：审查分包合同是否是有效合同，内容是否完整，立项是否清楚，对分包工程的单价、数量、总造价、质量、工期、结算方式、违约责任等有元明确规定。其次，加强对分包工程的管理、监督：是否对分包单位的资质进行严格审查，对分包单位计价结算、安全质量是否严格按合同规定办理。通过审计，强化对分包合同和分包工程的管理，减少因管理不善而造成的经济损失。
2、对在建工程的审计：在工程项目审计中，我们发现有些单位对在建工程的核算违反有关财务制度的规定，核算不规范，未完施工手续不完备，甚至凭主观推断而随意列帐。有些单位为了自身利益，用在建工程调节成本，随意增加或减少在建工程成本，致使工程成本不实，形成虚盈实亏。针对以上问题，审计中要严格审查在建工程所列项目是否真实，审核未完工程盘点单，计价列帐是否按工程完成进度和规定，有无人为调节成本现象。一旦发现要及时调帐，以保证工程成本收益的真实性。
3、从审计的自身条件来看，审计人员的业务素质有待于提高。由于工程项目审计是一个高层次较复杂的专项审计，涉及预算定额、工程技术和财务等许多方面的专业知识，对审计人员的业务素质、政治素质要求较高，所以审计部门应加强对现有审计人员的业务培训，提高工作水平。这样才能保证工程项目审计的质量，最终达到强化和完善工程项目管理，提高经济效益的目的。
工程项目审计实施过程就是实现项目审计目的的过程。这一过程具有一般审计项目共有的实施程序：即下达审计通知书，制定审计方案，组织实施审计，编写审计报告，交换审计意见等。严格按审计工作规范程序实施审计是控制审计质量和降低审计风险的必要保证，因此，工程项目审计实施时要充分考虑审计目的对方案的要求，在实施过程中有效地运用规范的审计程序去完成审计任务。
进行工程项目审计，要实现预期的审计目的，起到促进项目部加强管理、提高效益的作用，取得较好的审计成效，经过近几年的项目审计实践，笔者认为：
1、从亏损项目审计入手，是开展工程项目审计的有效途径。
一般地讲，由于工程项目的亏损、成本控制不严、费用开支过大、管理不善等问题较容易被暴露出来，也容易引起领导和职工的关注，从亏损项目着手进行审计能够使审计贴近企业经济生活的“热点”。开展工程项目审计应以真实性为基础，以检查内部控制为切入点，通过对被审计单位最容易出错的环节进行审计，能较好地抓住亏损的主要原因，对己发生的事实能够进行符合实际的客观评价；同时对症下药提出的审计意见，有较强针对性及较强的现实意义，能够产生较好的审计效应，增强企业各管理层对审计工作的认识和“加强管理、争创效益”的意识。
2、工程项目审计要以成本费用为重要审计内容。
在工程结算收入较为确定的情况下，项目经理部若控制住了工程成本，就是抓住了项目管理的核心。对于工程项目审计也是如此，工程项目的审查重点在于对工程项目施工组织，人、材、物的供应，机具的配置等等进行分析，抓住影响效益的关键因素。
在成本费用审计时，一是要重点加强对分包工程的审计监督，就目前施工企业的现状来看，分包工程大量存在，而且有的项目分包工程所占比重较大，若监督不力，效益很容易从此流失。二是要加强对项目合同的审计，着重审查合同的签订、修改、变更制度是否健全，是否按授权范围及工作程序进行。三是要加强对人工、材料、机械等结算价格的审查，评价其价格信息制度是否完善，能否及时掌握市场价格变动情况。
3、工程项目审计要深入到影响项目业绩的环节。
目前的审计工作的重点放在内部控制制度上，主要采用符合性测试及实质性测试等方法检测企业及项目部的内部控制制度的完整性、合理性及有效性，但这种测试仅停留在企业内部控制的表面，没有深入到企业生产经营的业绩环节，忽略企业及项目部的经营风险。有一个好的项目，又有了一定的投入，并不一定就能产生好的效益。由于管理不善或资金使用不当，或施工组织不科学、机械设备及施工临时设施布局不合理，都可能影响这个项目效益的发挥。因此，工程项目审计就要查明被审项目的所耗和所得，并加以分析对比、评价其是否节约，是否有效利用人力、物力和财力，是否达到预定的目标和预期的效果，从中发现问题，提出提高经济效益的措施，促进项目部改善经营管理。
4、组织相关职能部门人员的联合审计组进行审计是工程项目审计的有效方式。
目前内部审计人员结构、素质难以适应对工程项目的全面的审计，传统的财务收支审计只是项目审计的一部分，而对影响工程成本的施工组织方案、材料物资供应、施工机械的配置与调度、分包工程成本等重要因素的审计，没有相应的专业人员的参与很难达到一定的深度，使审计工作存在较大风险。有鉴于此，组织工程技术、经营计划、机务物资及审计部门本身等多部门具有适当的学历和工作经验的专业人员的联合审计组，是进行项目审计的内在需要，同时也是实施项目审计的有效方式。
5、进行项目审计要选择恰当的时机。
项目审计的主要目的：是促进项目部加强各项管理，促进提高工程项目的盈利水平。管理制度的实施及其改进的效果只有在实际执行后才能体现，工程利润的形成只有通过组织施工，办理工程结算后才能实现，因此，施工过程的完结，结算就分包工程而言 工作的办理，标志着项目管理的完成和工程利润的定型。项目审计时机的选择就是要充分考虑时间因素对审计效率的影响，以使审计建议、管理建议等有采纳的时间，所以选择工程项目期中和竣工前进行审计则是较为恰当的时机。
6、工程项目审计风险的防范。
工程项目的审计风险存在于工程项目收入的不确定性中。一般说来，施工的工程项目几乎不可能不修改设计方案，施工方案也随之修改，施工工程量也时有增加或减少，增加工程量的确认，业主经常要在工程竣工结算前办理概算调整，有时还要考虑多种因素才能最终确定，但施工单位实际费用已结算支付，工程价款收入的这种滞后性为工程项目审计留下了风险。
另外，近年来施工企业由于施工规模的扩展，工程量的增大，跨年度施工和分包工程也随之日益增多，由于资金等多种因素的影响，总承包方难以及时办理分包结算，这也为项目的实际支出的不确定性留下伏笔，审计人如不注意防范，工程项目审计的事中审计风险就较大。如某工程总公司某公司某一工程项目，前两年度会计报表一直反映是盈余，后经审计才发现大额的分包工程未结算完毕，分包工程量未作确认，而分包工程量已由监理签字验收，经审计调整后，最终出现了大额的亏损。如果忽视分包单位的工结算审计，就会出现审计结论与客观事实相违背的结果，必然会导致审计失败，其后果较为严重。
(一)管理体制不明确
建设工程实施一般由决策、设计、招标投标、施工、工程竣工结算和决算及评估等阶段组成，是一个系统工程，应进行系统地监督和管理。我国现行建设工程项目管理体制名为"三位一体",实际上存在着各自为政，互不配合，权责不清等问题，形成施工、监理、造价、管理、审计等环节相互脱节，内在有机联系紊乱，严重违背工程建设的内在规律，致使一些项目出现随意增加建设内容，提高建设标准，扩大建设规模等问题。另外，一些地方政府官员为追求政绩，以行政权力决定工程项目建设，形成了"首长工程"和"条子工程".这些建设工程项目未经充分的可行性分析研究，有的甚至未落实资金，具有极大的随意性和盲目性，造成项目投资的严重损失浪费。所有这些现象都反映了我国现行建设工程项目决策和管理体制缺乏"刚性",存在着严重的制度性缺失。
(二)招标形式形同虚设
建设工程招投标本是我国建设领域的一项重大改革，目的在于通过建立与市场经济相适应的工程项目投资建设机制，达到革除建设工程领域暗箱操作，节约建设资金，实现较好投资经济效果的目的。但是，由于传统审计普遍将审计重点放在工程竣工结算审计上，是一种事后的审计监督，没有对建设工程实施全过程审计，因而在整个工程实施中存在着严重的有法不依、执法不严等问题。有些工程发包单位不按正常规定进行招标，而是私下搞"暗箱"操作，向投标单位索要回扣、好处费；还有的工程在招标前"设局",招标中"演戏",进行串标、陪标、买标、漏标等；有的建设单位甚至采取指令发包、人情标、招标变议标、规避招投标等假招标形式，实现由指定投标人中标的违法目的。
(三)建设程序的违反导致"三边工程"
建设程序是投资项目建设客观经济规律的反映，也是建设项目自然规律的要求，必须严格遵守。长期以来，不少部门跑项目、争资金比较积极，但对前期工作却不够重视。有的往往为了"搭车"上项目，只好东拼西凑一些没有工作基础的项目开工建设，然后再补做前期工作；有的在尚未得到建设主管部门确定意见的情况下，仅凭上级部门"可以考虑"就自行开工建设；有的则干脆先斩后奏，开工建设后再逼迫有关部门"就范".在这些项目中，许多连初步设计甚至可行性研究报告还没有审批，成为边设计、边报批、边施工的"三边工程",严重违反基本建设程序。
(一)各利益主体对审计要求的多样性
建设单位要求提升工程项目的整体管理水平，尽量降低工程造价，突出工程项目的经济性和效益性；施工单位要求利益的最大化；行业监管部门则要求工程项目的社会效益和政治效益等。由于各部门对建设工程审计的出发点和着眼点不尽相同，导致审计的结论、审计的风险也不同。因此，各利益主体最终往往都将焦点问题都集中到审计部门和审计人员身上，这就产生了最突出而无法控制的风险。
(二)内部审计职能的扩展
过去人们对内部审计职能的理解是监督与评价，而内部审计经过发展，对建设工程审计不仅是从建设资金投人、使用、效果几个方面静态地评价、出具审计意见，而且对建设工程实施项目管理也开展全过程跟踪审计。在监督中，不仅是从造价和资金使用上，同时对建设工程的一切活动和建设过程中主要领导者的经济责任、项目的绩效情况等实施跟踪审计。审计内容随着审计职能的扩大也随之增大，因此审计人员对建设工程审计的风险也相应增大。
(三)审计环境的影响
工程项目不同阶段的审计包括工程技术审计、财务收支审计、建设管理审计等多项内容，涉及企业的众多部门。从外部环境看，现代企业面临激烈的市场竞争，参与建设工程的相关部门，受利润最大化驱动，不可避免存在着信息失实、错误甚至舞弊行为，增大了审计风险。同时，建设单位内的相关部门对建设工程审计制度遵守的程度、管理人员素质等因素都会对建设工程审计风险产生影响。
(四)审计人员的因素
工程审计工作体现了较强的技术经济综合性特征，因而从事工程审计的人员除了要具备一定的财务知识之外，还应具有深厚的工程技术知识，否则无法保证对工程建设的质量等技术性工作的审计。但目前有相当数量的审计人员不了解工程结构和施工要求，无法完成与施工技术内容有关的审计工作，致使工程审计难以达到应有的质量要求，增强了潜在的审计风险。此外，审计人员的敬业精神和工作责任感、职业道德，对工程审计结论客观、公正、真实反映建设工程状况相当重要，也会直接影响到建设工程的审计质量。
(一)设立若干互相牵制的岗位，实行基建项目全过程监督
一是工程监理的监督。工程监理是一个专业性的行业，其职责是对整个工程从立项到完工，利用其专业技术进行全过程的监督、检查。由于监理的独立性、公正性和专业性，为建设部门更好地完成建设工程项目提供了保障。在工程项目投资较大，技术性较复杂的情况下，进行工程监理，从工程立项开始，包括图纸的汇审、材料的选定、合同的修改和实施、施工过程的监督、结算的审核等。
二是建设单位现场代表的监督。为协调好建设单位和施工单位的关系，建设单位需委派一名熟悉施工专业知识和预(结)算技术的人员(甲方代表)进行现场监督和管理。甲方代表监督施工合同的执行，及时协助监理处理日常事务、向建设单位领导汇报工作，对监理的签证进行现场监督，并且现场搜集资料，为日后的结算打下基础。
三是内部审计部门的监督。在工程项目立项前，审计人员应会同有关部门对工程项目进行可行性测试，对拟邀请投标的监理单位和施工单位的资质、诚信度进行测试、评估。施工过程中，按照施工合同的要求，经常到施工现场进行突击检查，检查施工单位是否按质按量进行施工，材料购进是否符合合同要求，监理和甲方代表的签证是否属实，发现问题及时汇报有关领导，并及时进行纠正。
四是基本建设工程的预(结)算在送审之前，各个部门必须事先进行审核，并有审核记录。一些单位在刚开展基建审计时，由于经验不足，主管基本建设的部门没有进行审核，审计部门在审计时，每个分项工程都必须进行审核、测量，每种材料都要调查核实，工作量非常大，审计效果也不好。往往一个工程经审计部门审计后，结算造价在施工单位报价的基础上减少60%~20%.经过改革，要求监理和基建主管部门利用其对工程较熟悉的有利条件先进行审核，审计科在其基础上再进行审计把关，审计人员的工作量大大减轻，审计风险也大大降低。
(二)安排零星工程进行工程招标
通过公正的招标(外部招标和内部招标)，施工单位为了中标，必然会根据自己的实力和经济承受能力，比价格、比技术、比质量。工程造价会降到一个比较真实、合理的位置。招标的工程，审计人员只需在施工前把好合同关，施工中抽查合同的履行情况，完工后对增减和更改的工程进行审计，工作量减少了，审计风险降低了。对于用量较大、单价较高、没有当地信息价作为参考的主要材料、设备，以及进行高级装修而没有定额指导价的分项工程，施工前必须进行市场调查，确定双方都能认可的价格，这样，才能避免日后由于价格问题而争执不下，无法结算。
(三)重视审计调查与取证
进行基建审计的依据是工程图纸、甲乙双方认可的签证、现行预(结)算定额、现行费用定额及有关政策。一般情况下，可通过以上资料收集审计证据。但施工单位往往利用小型土建、水电安装、维修及装饰工程没有准确的施工图纸的特点，高估冒算、虚报工程量，审计人员必须进行现场测量，全面地、充分地收集审计证据。审计人员进行实地测量取证时，必须采取严谨、合法、公正的手段。测量时审计人员、建设单位委派的现场管理代表、施工单位委派的代表必须同时在场。测量的结果必须经三方代表签字认可。施工单位常常对施工用主要材料虚报价格，或者以次充好、以假乱真。审计人员必须实地查验，进行市场调查，以便取得该种材料的真实价格。
(四)实行社会审计作为有效补充
基本建设工程项目预(结)算审计的专业性、技术性要求审计人员必须掌握一整套的工程预(结)算技术，必须了解每种工程的施工特点、施工方法、核算方法，对于内部审计部门来说较为困难，要完成以上各种各样的审计任务，必然要冒较大的审计风险。而社会审计却拥有各种各样的人才。为了降低内部审计的风险，工程投资较大，资料较齐全，核算技术较复杂的工程项目，可以请社会审计进行审计。但此前基本建设单位应先进行审核，对比较容易发现的错误先行剔除，这样单位也可节约审计费用的支出。