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环境行政执法即环境行政机关的执法。一般认为，环境行政执法是指有关行政管理机关执行环境法律规范的活动，它又分为环境保护行政主管部门的执法和环境保护行政相关部门的执法。
(1)环境行政执法具有单方性。即环境行政执法主体可自行决定或直接实施执法行为，而无需与环境行政相对人协商或征得相对人的同意。
(2)环境行政执法主体具有多部门性。有权从事环境行政执法的部门，除了各级人民政府、环境行政主管部门外，还有许多相关部门。如农业、林业、渔业、公安等部门。正因为环境行政执法多部门性的特点，所以环境行政执法特别强调各部门之间的协调性和配合性。
(3)环境行政执法手段具有多样性。其手段包括环境行政确认、环境行政许可、环境行政裁决、环境行政合同、环境行政处罚、环境行政强制措施与环境行政强制执行、环境行政征收、环境行政补偿与环境行政赔偿、环境行政指导等。一些国家环境行政执法与刑事责任相结合产生了环境行政刑法制度。另外，由于环境法的科学技术性特点，环境行政执法手段具有很高的技术性要求，因此执法人员应具有一定的环境科学技术知识。
(4)环境行政执法具有超前性。即环境行政执法在许多情况下不是在环境被污染或破坏的危害结果发生之后，而是在其发生之前进行的。这种执法的超前性经常表现为通过行政制裁及时制止危害环境后果的发生。
(1)合法性原则。即环境行政执法主体必须是依法组成的或依授权执法的环境行政机关或特定组织，其执法必须在法定权限内进行，执法内容与执法程序都必须合法。
(2)合理性原则。即环境行政执法主体的执法行为必须公允适当、具有合理性，只能根据违法行为的情节轻重、后果大小选择处罚的标准，合理使用自由裁量权。
(3)效率性原则。即环境行政执法主体的执法行为应讲求效率，在行使执法权时要以尽量短的时间、尽可能少的人员。办理尽可能多的事务。
(4)公正性原则。即环境行政执法主体必须对任何单位和个人所依法享有的环境权利给予同等的保护，同时对其环境违法行为也要平等地加以追究和制裁。
环境行政执法主体是环境行政机关和法律、法规授权的组织。环境行政机关是环境行政执法的主体，但不是所有的环境行政机关都能行使环境行政执法权，也并不是除环境行政机关以外的其他部门就不能行使环境行政执法权。环境行政主管部门是环境行政执法的主要主体，但不是惟一主体。按照我国现行法律、法规的规定，环境行政执法主体有以下几种类型：
(1)各级人民政府。各级政府主要行使对经济发展和社会生活有重大影响的环境行政执法权。例如，责令限期治理、责令企事业单位停产停业和采取强制性应急措施等。
(2)环境行政主管部门。大量的、重要的环境行政执法职责都是由环境行政主管部门履行的，这是由其工作性质决定的，因此它也是最重要的环境行政执法主体。
(3)环境保护法律、法规授权对某些方面的污染防治实施监督管理的有关部门，如国家海洋行政主管部门、港务监督、渔政渔港监督、军队环境保护部门和各级公安、交通、铁路、民航管理部门等。这一类机构不是专门性的环境行政执法主体，而只是依照法律、法规的特别授权，在与自身业务相关的范围内对环境污染防治行使监督管理权。
(4)环境保护法律、法规授权对某些方面的资源保护实施监督管理的部门，如县级以上人民政府的土地、矿产、林业、农业、水利行政主管部门等。这类机关也不是专门的环境行政执法主体，而是在与自身业务相关的范围内对资源保护行使监督管理权。
(5)除上述四类机构外，其他一些政府行政职能部门，如卫生、市政管理、市容环境卫生、园林、文物保护、核安全等部门，也负有某些环境行政执法的职责。
(6)其他国家机关、社会团体、企事业单位，如环境保护协会、环境监测站、企业内部的环保机构等，经法律、法规的特别授权或受行政机关的委托，也可以从事环境行政执法活动，而且地方人民政府根据地方性法规的规定或地方国家权力机关的决议，可以设立一些在环境保护方面享有行政执法权的机构或临时性机构，如环境监察大队等。
环境行政执法相对方是指在具体环境管理关系中处于被管理者地位的与环境行政执法主体相对应的一方当事人。环境行政执法相对方并不是单纯指某一个人，我国境内的一切组织和个人都可能成为环境行政执法的相对方，包括国家机关、企业事业单位、社会团体及其他社会组织、中国公民、外国组织或者个人。
由于人们认识的缺乏或者漠视，在环境行政执法中单纯地以法律的公正作为最高的价值追求而给予强调，却把效益置于相对次要的地位而不是优先考虑经济制约。学者朱德明认为，企业的逐利本性和环境行政执法的成本的高昂是环境行政执法的经济障碍。表现在：
(1)执法的预期收益低于执法的交易费用。执法部门保护生态环境要付出成本(立法成本、执法成本和守法成本)，当然也会带来法律收益。最佳的法律制度应该是预期收益减去交易费用的期望值最大和以最少的人力、物力和财力的消耗获得最大的法律收益。执行一项新的法律活动，不仅需要增加额外的交易成本而使得环境管理的成本增大，而限制于人力、财力和物力的矛盾，通过环境执法活动查处的相当多的环境违法行为得不到整改或者完全的执行，从而形成环境执法无效益或者低效益的局面，致使环保部门在权衡之后放弃执法活动。
(2)重视行政手段而忽视经济手段的应用。我国现行的环境法制总体上是通过行政管理手段来遏制环境污染的，甚至一些新的环境立法也以扩大和强化行政权力和行政管理为出发点。如《中华人民共和国环境保护法》的8项核心的环境管理制度中，除了排污收费之外都属于行政手段。一些完全可以由经济手段调控制的却被强加上了行政的干预，单一的行政管理手段，简单的行政管理方式，使得行政执法在日趋繁杂的环境保护事务面前变得越发疲软。
在充分认清效益和环境执法的之间的函数关系，认清消除环境执法障碍带来的功能效益的前提下，才会自觉地提高环境行政执法的质量和执法水平，取得环境效益、经济效益和社会效益的最佳。
(1)努力降低环境执法成本。如果预期的执法成本高于预期的法律效益，行政执法部门就有可能放弃执法而留下相对人行政违法的空间。执法成本越高，补偿费越低，违法行为存在的可能性就越大，环境执法失范的可能性就越大。所以在配置执法的权利和义务，应考虑选择最小的法律成本，提高执法效益，实现法律的经济职能。环境行政执法之中，采用的法律手段应同发生的案情限度相称，克服法律浪费。
(2)利用经济手段规范环境执法行为。利用市场机制和经济手段对环境资源优化配置。顺应企业等经济主体追求经济利益最大化的动机，少用禁止、规范多用鼓励和诱导的方式，在立法和执法上促使其朝有利于环境保护的方向发展，实现环境立法的目的。
由于特殊的历史原因，“行政至上”的观念依然根深蒂固，“行政干预”的行为习以为常，加之环保法律一直被许多人视为“软法”等因素，无形中为有些领导以言代法、以权代法开了方便之门。地方领导重经济轻环保，片面强调经济发展，甚至以牺牲环境来换取眼前的经济效益；对环保不重视，不重视环保部门的机构建设和环保财政的投入。不少地方领导仍认为GDP是硬指标，环境是软指标、没指标。有的经济落后县面对层层下达的招商引资指标，只能引进“十五小”污染企业。在这种情况下，基层地方政府的地方保护主义手段名目繁多：政府降低门槛招商引资不让查；借助专门机构不让查；出台土政策不让查；为企业挂牌保护不让查。基层环保局由此产生不敢查的顾虑：对开发区不敢查；对重点保护企业不敢查；领导不点头的不敢查。一些县环保局不是加强执法，而是对付上级检查，通风报信。地方保护主义已经成为环境行政执法难的最大障碍。
历来的统治者关注的是权威的稳固，将自然环境和人文环境都看作是行使统治权的权宜之计，而不是将自我放在自然环境与人文环境的合一当中。这种文化传统在当代很容易形成环境本位主义。这种本位主义的环境观就群体而言，就是部门利益，反映在环境执法中就出现了地方政府和执法机关为了保护局部的利益牺牲法制的统一性和平等性，违背法治原则和精神，滥用权力，不能严格执法。
首先，经济发展的不平衡性和地方政府的发展观和政绩观是影响环境执法的根本因素。由于经济发展的不平衡，发达与落后地方都会为保全和巩固自己的利益采取对自己有利的措施。由于经济利益的原因，地方为了发展经济，往往置国家法律和法规于不顾，对破坏市场秩序、损害生态环境和自然资源的违法行为采取放任自流、包庇纵容甚至袒护的态度，结果造成了中央的法律法规在地方执行不畅、政令不通。而不当的”政绩”评价标准和干部考核方式进一步加剧了这种地方保护主义。现行的干部考核机制强调”政绩”，而以经济指标衡量政绩似乎已经成为惯例。干部的升迁与奖惩实质上与所谓的政绩挂钩，促使很多领导单纯追逐经济利益，以牺牲资源和环境为代价寻求跨越式发展，最终造成了畸形的竞争和地方保护，也损害了法制的统一。
其次，企业等市场主体追求短期经济利益的最大化是污染反弹的直接动因。市场经济体制具有一定的负面作用，市场经济在很大程度上存在盲目的利益导向，即人们在经济活动中的趋利性，使得人们往往从自身利益出发，追求眼前的最大最优的经济效益，而忽视长远的环境效益。另外，一些群众的环保法制观念淡薄、不积极参与环境保护也是事实。
首先，理顺执法体制是提高执法效能，克服地方保护主义的关键环节。
现在很多地方之所以出现有法不依，执法不严的问题，大多都与执法机构和执法人员缺乏独立性有关。一方面，来自地方政府及其他机关团体的不当干预影响了执法效率；另一方面，有些执法机关和执法人员为了获取非法经济利益不能公正地履行其执法责任。执法权越下放，受到地方保护主义的影响越大。这是一个共性问题。目前，我国环境保护主管部门隶属当地政府，这样的地方环保部门自然无法对“应对环境质量负责”的地方人民政府进行应有的监督。在美国、法国、北欧一些国家，环保部门实行垂直管理体制，把整个国家分成若干区域，区域环境部门有独立的执法队伍，不受当地政府管辖，可对各州市直接处罚，这样就避免了地方保护。我们可以借鉴这种自上而下垂直管理的体制。前段时间不少地方提出了地市以下环保部门实行垂直管理的建议。因为环境执法最为困难的是在县一级环保部门，只有管理体制问题解决了、理顺了，很多困难与问题才能解决。环保部门实行垂直管理，环境执法才能到位，有时环境执法中存在的有法不依、执法不严等问题，不都是执法人员素质不高造成的，有些是管理体制问题，是严重的地方保护和行政干预造成的。环保部门实行垂直管理，上下级环保部门、环保部门内部设置机构都能得到理顺和加强。从目前情况来看，市以下环保部门实行垂直管理，还是基本可行的。
加强环保政绩考核，也是克服地方保护主义影响，促使各级政府切实加强环境执法工作的重要手段。首先，建立完善的领导干部环境保护实绩考核制度，实行环境责任追究制。目前，领导干部任免考核体制不合理，地方政府与地方环保部门在机构上存在着隶属关系，也存在着经济利益与环境利益的冲突等。应进一步提高领导法治意识和环境意识；注重加强环境和经济协调发展的科学发展观的教育；改变只重政绩、不注重环境效益的干部考核任免机制。再次，对出现重特大污染事故或污染集中反弹等现象的，实行“一票否决”。
首先环境保护立法中的部门本位主义思想十分严重，滋生严重的“立法寻租”现象。我国环境保护立法由各部门分别起草，不可避免导致这些部门在起草法律草案时总是着眼于本部门的利益，总是试图扩大本部门的利益，并试图以立法形式固定下来。部门立法在一定程度上造成了有关的环境法律法规缺乏衔接性和协调性，同时使得有关部门的执法权限交叉，甚至发生冲突和矛盾，人为形成执法的“密集地带”和“真空地带”。在目前的环境行政执法过程中，有关部门对有利可图的事项互相争夺权利，对无利可图和难办的事项则互相推诿等现象的产生，也是部门立法的弊端之一。其次，我国“宜粗不宜细”的立法的指导思想造成立法的相对滞后性和缺乏可操作性。表现在
(1)从当前的立法看，在中央一级没有一部专门的“环境管理机构组织法”，在地方也没有专门的环境管理机构设置法律法规。有关环境管理体制机构的设置及其职责分工的规定散见于各有关法律法规之中，甚至主要以党委或政府的红头文件下达。由于没有法律的专门明确的规定，所以环境管理机构经常处于变动之中，而且各地方也很不统一。有的地方设有专门的环境保护局，有的则没有。有的让其他部门代管，有的则一个机构两块牌子。而且每一次机构改革，许多地方，特别是市(县)一级的环保机构，都面临裁减的威胁，从而大大影响环境管理机构的稳定性。
(2)缺乏有关环境行政程序的专门性系统性立法。我国现行的环境保护法以实体法为主，程序法较少而且分散于各法律法规之中。环境行政执法具有专业性，如果能够进行专业程序立法，就能够在很大程度上保证执法任务科学、合理、高效地完成，更好地维护相对人的合法权益。
(3)环境立法尤其单行立法的规定过于原则和粗略。以前有关的各单行立法在规定环境管理体制时都过于抽象简单，特别是涉及有关部门时更是如此，使得相关的环境执法部门觉得自己只是一个摆设。有些单行法所谓的“根据自己的职责”和“在各自的职责范围内”，不仅这些部门不知道到底自己怎样实施监督管理，可能连立法起草者也不知道这些相关部门有什么管理职责，而只是一种立法的套话。
首先对涉及多部门的立法，要避免分工模糊。尽量从优化环境监督管理的角度。减少职责权限的交叉程度，以防止发生环境行政执法争议和借法扩权的现象，减少或消除环境行政执法的“密集地带”和“真空地带”。此外应当尽量避免在立法中出现模糊性规定，立法对环保违法行为的构成要件要尽量予以明确的规定。根据国家环境保护总局74号文件，在提出环境立法项目，要实行环境立法项目的经济技术可行性论证；提出重大环境管理制度和政策方案，要深入分析成本和效益。要建立公众参与环境立法的机制，扩大环境行政立法的公众参与程度，进一步增强环境立法项目、立法过程的公开性和透明度。今后，环保部门提出涉及人民群众利益的环境立法草案，应通过媒体向全社会公布，广泛征求各方面的意见，并建立有关公众意见处理情况的说明制度，使环境立法充分体现最大多数人民群众的根本利益。环境立法及其确立的重大制度实施之后，要实行实施效果的定期评估和法规定期清理制度，并根据实施情况及时提出修改建议。
其次，“依法行政，其核心与实质是指依行政程序法行政。在我国，依法行政原则之所以长久等同于一句标语口号，不对行政行为产生实质性的效用，乃是因为在行政法律体系中，缺少一个由外在力量制定的、专为行政机关设定具体行为守则的组成部分，即行政程序法。”权力的滥用往往是因为没有规则，表现出很大的随意性。一方面，程序是规则，又是一个逻辑过程。权力运行由各个不同而又相互联系的环节组成，是—个连续不断的过程。这就要求对权力运行制定相应的程序，以保证权力在相应规则之内运行，并受到制约；另一方面，在使权力按运行规则运动的同时，加强对程序的监督，这本身就防止了权力运行的随意性，减少了权力滥用的机会和空间。加强各类运行程序的建设，并对所经程序进行必要的严格监督，是加强对权力运行制约和监督的重要途径和内容。
严格的程序和规范的行为是全面推进依法行政的基本要求。为加强和规范环境保护行政执法工作，国家环保总局先后发布了《关于加强环境行政执法工作的若干意见》、《环境保护行政处罚办法》、《环境监理人员行为规范》、《环境监理工作程序》、《环境行政处罚和行政复议工作的勤政廉政规范及工作程序》、《全国环保系统六项禁令》等一系列文件，对环境行政执法的基本程序和要求作了统一规范。国家环保总局还将制定环境行政许可听证办法、环境行政监察办法等执法程序。
各级环保部门要按照法定权限和法定程序实施环境行政行为。环保部门履行法定职责，不仅要遵守环境保护的实体法规定，还要严格遵守行政执法的程序法规定，特别是环境保护的现场检查程序、环境许可和审批程序、环境收费程序、环境处罚程序、环境复议程序以及行政应诉程序、行政赔偿程序、强制执行等程序，并使用国家规范的环境行政执法文书。
环保部门执法人员要进一步增强文明执法意识，切实保障环境管理相对人和利害关系人依法享有的知情权、陈述权、申辩权和救济请求权，规范环境执法行为，减少环境行政执法的程序性错误。
再次，将各单行立法中关于环境管理体制的规定具体化。目前关于法律中环境管理体制的规定，往往规定得特别模糊和抽象。一般是先规定一个统一的监督管理部门，然后再根据有关部门的结合自己的职责对环境保护进行监督管理。主管部门的职责一般比较具体，但是涉及分管部门的职责，往往一笔带过，使得分管部门不知道自己到底有什么职责。要使得分管部门真正负起有关环境保护监督管理的责任，在立法时就必须明确指明负责的部门及其相应的职能，不能让各个部门去揣摩自己到底有什么职责。
环境行政强制措施是指环保行政机关为制止、预防违法行为或者在紧急情况下依法采取的对行政相对人的财产或行为加以限制，使其保持一定状态的各种方式和手段。环境行政强制措施又包括一般行政强制措施和紧急行政强制措施。提高环境行政执法效率需要建立环境行政强制制度。
目前，环境行政执法效率不高的重要原因在于环境行政执法体制不健全。环保行政机关缺乏查封、扣押、取缔等行政强制手段，对肆意污染、破坏环境等违法行为，不能采取强制性措施；对处罚相对人不主动履行环境行政处罚的决定，没有强制手段作保障。这一方面使环境行政机关缺乏法律威慑力，执法威信低，环境管理效率低下；另一方面，环境违法行为得到不及时制止，客观上放纵了环境违法行为，导致人民群众抱怨不断。目前，我国已有的环境行政强制手段在环境行政执行实践中发挥了积极作用，但与实际执法工作需要相比，还存在不少问题，主要表现在：①环境行政强制规定的法律位阶比较低。在目前环保行政机关实施的环境行政强制手段如扣押、查封等强制措施主要是地方法规及政府文件。环境保护法律法规还没有赋予环保行政机关直接行政强制执行权。②环境行政强制的种类与方式还比较少。③环境行政强制缺少程序规范。目前，有的环境法律和有的地方法规规定了环境行政强制手段，但基本上都缺乏实施环境行政强制的程序规定。1996-2000年，按照国家有关规定，全国取缔、关停“十五小”及小水泥、小煤矿等污染严重企业8．4万多家，但实施取缔、关停污染企业的程序还没有规定。
为实现可持续发展、保护人民群众的根本利益，有必要强化环境行政执法、提高环境执法效率。建立和完善我国环境行政强制制度是实现这一目标的重要途径。环境行政强制措施根据目的不同，可以分为预防性、制止性和保障性环境行政强制措施。①预防性环境行政强制措施。该措施以预防危害社会的环境违法行为为目的。如对产品和包装物的强制回收，就是预防环境污染和资源浪费的发生。②制止性环境行政强制措施。该措施实施于污染事件发生之后、结束之前，目的是制止污染行为的继续实施。如扣押或封存排污设施或危险物品、封堵排污口、取缔污染严重的小企业、对突发生性污染事件的强制性制止措施等。③保障性环境行政强制措施。该措施是暂时性的，主要是为以后要进行的环境行政工作做前期必要的、具有保证意义的准备。如为保证没收含铅汽油行政处罚的实施而对含铅汽油采取的扣押、查封措施。
实施环境行政强制措施应遵循一定的程序，如作出书面决定(情况紧急的，可以先实施强制措施，再补作决定)。按照一般过程作出行政强制措施后还应该告知相对人申请复议等告知救济途径。
孟德斯鸠说：“一切有权力的人都容易滥用权力，这是万古不易的一条经验。”要防止滥用权力就要加强监督与制约。一是通过分权形成权力制约机制(国家机关的监督)；二是通过政务公开形成广泛的社会监督。
在社会主义国家里，人民政府在改善舆论监督方面应当具有很大的潜力：它能使一种公众的讨论形式生机勃勃地发展起来；创造条件保证公众的了解权和参与权的实现。因此，把公共舆论引入执法监督机制，并大力加强公共舆论对执法的监督作用，是目前改善我国执法环境的重要环节。在我国目前条件下，改善执法的舆论监督机制除了有效防止腐败之外，还具有多重意义：提高环境行政执法过程的透明度，促进环保之间的相互监督，吸引广泛的社会监督力量；提高全民的依法办事意识，改变徇私枉法的不良风气，改善执法环境；有效地促进法律知识的普及，消除和削弱执法的阻力，提高执法效率；激发广大公民的社会参与热情，通过自我教育和培养，提高公民素质，为进一步发展民主政治创造条件。
加强环保执法的民主性，增强环保执法的透明度，实现环保部门依法行政的必要手段，也是贯彻执行环境保护“公众参与”原则的重要举措。具体而言，目前可以考虑在排污许可证的核发、数额的排污费的征收等重大执法领域设立听证程序，并建立鼓励民众参与环保执法的激励机制，增强其自觉性和积极性。还要推行环保领域的政务公开制度，也是增强环保执法的民主性的重要手段。还可以考虑建立环保执法的回访制度，多方面、多渠道征求民众对环保执法的意见和建议。
一是通过开展企业环保监督员试点工作，探索新型企业环境管理体制，促进企业提高自主守法水平和能力。二是积极推进环境信息公开工作。逐步推行企业年度环境报告书制度，实行上市企业年度环境审计和信息披露制度，及时公开环境违法重点案件的查处情况。三是广开参与途径。包括聘任特约环保监督员，加强环境保护社会团体参与制度，建立环境问题论坛制度和环境保护问卷调查制度，以建立公众参与环境执法制度。规范行政处罚行为、建立行政处罚的监督机制、建立和完善环境执法检查机制，充分发挥环境法管理机构的作用，如对重大案件依法主持听证、审理行政复议案件、行政赔偿案件，彻底解决行政诉讼难的问题。吉林省在这方面作了有益的探讨，他们在实行环境与发展综合决策中，“制定了《吉林省环保局行政处罚工作程序》、《吉林省环保局各处职责与工作程序》、《吉林省环保局行政复议程序》等制度；开展了严肃查处环境违法行为等项行动”。