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农业专项资金审计是指审计机关依法对农业专项资金财政、财务收支的真实性、合法性和效益性进行的审计监督。
农业专项资金审计的主要内容：
(一)国家计划内投资、中央财政预算安排(包括主管部门)下拨的专项资金、地方财政配套资金是否按国家规定及时足额拨付到位。
(二)项目资金投向是否合理，资金使用是否合规合法、专款专用，有无挤占、挪用、截留、转移、损失浪费等问题。
(三)建设项目计划(协议)执行与完成情况，有无擅自变更项目计划，有无超计划、超标准、超面积、超预算、随意搞计划外工程等问题。
(四)专项资金使用单位财务管理和内控制度是否健全有效，会计核算是否规范，各项报表是否齐全、合规、真实、准确。
农业专项资金审计的主要程序：
(一)全国农业系统的农业专项资金审计由审计署驻农业部审计局列入年度审计项目计划，经审计署批准，农业部下达审计任务。地方农业主管部门根据农业部和上级主管部门下达的任务，拟定本部门专项资金审计工作计划，制定工作方案，发出审计通知书，培训审计人员，派出审计组，实施审计监督工作。
(二)听取被审单位专项资金管理使用情况汇报，审查账目、凭证、报表、实物，进行实地察看及进行必要的审计调查取证。
(三)被审单位要积极配合，提供所需的账目、文件、资料，接受查询和提供必要的工作条件。
(四)评价资金使用效益，对审计中发现的问题提出处理意见和改进建议。
(五)审计终结出具审计报告。审计报告内容应当真实、客观、公正，全面反映专项资金到位情况、项目建设情况、资金使用效果和审计处理意见等，不得隐瞒或虚报。审计报告须征求被审单位意见。
农业部组织实施的专项资金审计，审计署驻农业部审计局根据需要进行抽审，在审计项目完成后根据各省、区、市农业主管部门上报的审计报告写出综合审计报告，报农业部领导审定后印发各省有关农业主管部门，并抄送国务院有关部门和省、区、市人民政府。地方农业主管部门组织实施的专项资金审计，由主管部门领导审批后下达审计意见书或审计决定，抄报本级人民政府、上级农业主管部门和同级审计机关。
(六)被审单位必须执行经批准的审计意见书和审计决定。对审计意见书或审计决定如有异议，可在10日内将其书面意见送交负责专项资金审计的主管部门，主管部门领导应及时进行处理，在规定时间内作出是否复审的决定。
(七)审计机构要对审计查出问题较多的单位，在下达审计意见书或审计决定后对其实施后续(跟踪)审计，检查采纳审计意见和执行审计决定的情况，并将结果报本级人民政府、主管部门和审计机关。
(八)农业专项资金审计结束，对办理的审计事项及时建立审计档案，按照规定进行管理。
农业专项资金审计的依据：
(一)国家的法律、法规、政策。
(二)农业部、地方人民政府和主管部门在法定权限范围内制定的各项规章制度。
(三)上级主管部门和国家投资部门下达的投资计划，建设单位与上级主管部门和国家投资部门签订的协议(合同)，经批准的建设项目设计任务书等有关文件、资料。
农业专项资金是党和政府安排用于农业和及帮助农民脱贫致富的专项支出，包括农业综合开发资金、扶贫资金、水利专项资金等。其分配管理的特点，一是政策性强，每项资金都紧紧围绕党和国家的政策进行安排，有明确的用途和使用范围；二是点多面广线长，资金通过财政、农业主管部门和机构逐级下拨，最后到达用款单位，项目遍及千万家农户；三是实效性强，要求每笔资金都发挥应有的效益，切实为农业、农村和农民办好事，造福于民。因此，搞好农业专项资金审计，对各级政府和有关部门加强农业专项资金的管理和使用，贯彻落实国家的宏观决策，将起到积极作用。
(一)农业专项资金审计查实的三大问题
1.项目立项不科学
受不当政绩观的影响，一些地方政府领导在农业项目立项上，不能科学、客观地分析当地自然条件、市场实际和项目的效益情况，一味地争取资金，盲目申报建设项目。项目资金到位前，不做项目的可行性分析，项目资金到位后，不进行资金使用规划而盲目上马，项目建成后不能发挥其应有的效益，造成资金的损失浪费。
2.配套资金不到位
国家在下达项目计划时，均要求地方财政予以一定比例的配套资金，而且往往规定若地方不配套，就不能立项。地方政府和有关部门，为了得到项目，就承诺配套，而在实际执行过程中配套资金大部分不足。特别是一些贫困和欠发达地区，由于自身财力困难，对于应予配套的农业专项资金更是无法落实，只能采取作假账或“拆东墙补西墙”的办法瞒哄上级检查。由于配套资金的不足，导致项目实施后常常不能全面完成，形成“胡子工程”、“半拉子工程”。
3.使用管理不规范
一是项目点多面广，资金严重分散，使用管理中政出多门，受部门分割条条管理和专款专用制度的制约，地方在支农资金的使用中很难有效整合，致使地方政府难以集中财力解决“三农”事业发展方面面临的突出问题，影响支农资金更大效益的发挥。二是由于农业专项资金具有无偿性，个别单位和主管部门领导法律意识淡薄，忽视国家专项资金的严肃性，只考虑自身利益、地方利益和小团体利益，擅自制定资金管理政策和办法，随意开口子，达不到预期目标，使农业专项资金不能有效到位，项目得不到完整有效地实施。三是一些农业专项资金未按计划进行管理，项目执行和资金拨付滞后，甚至被任意截留、挤占、挪用。四是一些主管部门(单位)受部门利益驱动和缺乏责任心，在支农项目实施过程中，仍存在变相增加农民负担，损害农民利益的行为。
(二)农业专项资金审计的三大难点
1.审计深度、广度不易把握
农业项目繁多，往往涉及到村、户，必须深入到项目点、乡、村和农户，而审计部门则受人力、时间、责任心等多种因素的限制，不可能对每个项目都一一进行审计检查，只能采取抽查方式，抽查项目时一般根据资金量大小而定，不一定能代表整个项目情况，对项目建设成果及效益情况就更不好评价了。尤其是农村基础设施建设，如农村公路、饮水等工程项目的立项、设计和决策等环节是否规范、工程质量如何等问题审计均难以到位，审计的深度、广度不易把握。
2.审计目标不易实现
农业项目资金实行报账制，通过近几年对农业项目资金的审计和检查发现，这种管理办法虽然解决了发票的正规性和白条入账问题，但不能保证报账时所附的报账凭据内容的真实性。加上有些工程是个体户做的，而个体经济单位账目和核算不健全，很难核实到专项资金使用的真实情况，给监督检查和管理带来困难，审计目标不易实现。
3.审计处理难
农业专项资金审计处理难主要表现在以下三个方面：一是违纪问题处理难。审计查出的问题，既涉及单位的部门利益，又涉及单位内部职工的群体利益，既有管理部门滥用职权，又有分管领导的行政干预，造成责任追究难。二是审计结果落实难。近几年查出的农业专项资金被挤占、挪用等违规违纪问题，除单位内控制度不健全之外，往往与行政事业单位弥补本单位经费不足有直接关系，造成审计决定落实难。三是审计信息反馈难。在实际工作中，审计结果须先征求当地政府的同意，才能上报，审计的真实情况往往不能及时向上级反映。
1.农业专项资金惩罚失度制约审计
一些上级主管部门规定，哪一级项目工程出了问题.就取消项目。因此，不仅是项目执行单位，就是有的政府主管部门，都害怕取消项目。在这一心理作用下。抓项目建设就害怕暴露问题。为了掩盖问题，被审计单位消极配合，有的甚至想方设法对付审计；审计出了问题，一些领导向审计机关施加压力，使审计机关受其制约，处于两难境地。
2.项目批复和项目资金到位与项目实施时间差的矛盾制约审计。
以农业综合开发资金为例，现行的项目运行机制是：项目县头年底前规划论证完毕。逐级上报到国家农发部门批准，然后再层层批复到项目县 从最近几年看，项目批复到县的时间为当年lO月左右，资金在l2月左右到县，要求当年的任务在次年3月完成，4月进行验收和资金结算。对此，项目县一般这样来操作：秋收一结束，就组织一部分农民开工，待批复到时，再组织大队人马突击。这样就带来项目边干边调整、边干边讲价等问题。等到审计时，一些必要的和重要的资料无法提供。这就制约了审计的质量和效率。
3.现有农业专项资金配套政策与贫困地区社会经济实际的矛盾制约审计。
目前，大多数农业专项资金如长防、水保、多种经营、土地治理、秦巴项目等，都规定了各级财政配套资金的比例和农民自筹资金的比例，有的配套比例达l：l。而对贫困地区的市县来说，则无法按要求配齐配套资金。项目县只能有多大能力配多少资金，配不齐部分或者搞虚假配套，或者挪用其它资金。审计时，如果如实反映，则会影响政府争取资金；如果不反映，审计又负“不作为”责任。
4.项目资金量与项目工程量的矛盾制约审计。
以土地治理项目为例。改田改土所用材料以石条和混凝土计算，每亩需要资金600元左右，而下达任务时每亩资金只有200多元(舍配套资金)。所需资金和实拨资金差额太大，无法按要求完成任务。项目区的原则是拨多少钱做多少事，在账务处理上，往往采取虚列工程量的方式以应付检查。审计检查时，无法提出处理意见。
1.改变审计方式
对农业专项资金的审计要多组织一些上下联动的行业审计，尽量采取上审下或者交叉审的方式，实行统一计划、统一组织、统一政策和统一处理。同时，上级审计机关要加大审计工作的督导检查和抽查，及时掌握和处理审计实施情况和审计实施过程中遇到的问题，加强行业审计工作的统筹协调工作。
要改变过去对农业专项资金的事后一次性审计，实行分年度、分阶段的对资金拨付各个环节的审计监督，变被动为主动，及时发现问题，及时解决处理。在制定审计计划时，对重点农业开发项目和农业专项资金，要尽量安排事中审计或事前审计，坚持提前介入，全过程跟踪审计。从规范管理制度和资金使用办法入手，及时发现和处理资金管理使用中的问题，使问题消灭在萌芽状态，既有利于促进资金合理有效利用，又有利于审计处理决定的落实，真正发挥以审帮促作用。
2.完善审计方法
采用分析性复核与现场实地调查相结合、点面结合等审计方法。将账面审计与深入乡镇、农户调查结合起来。就账、表、证进行账面审计，可以摸清农业专项资金投入的总体规模，掌握支出的结构；而在此基础上沿着资金流向，深入乡镇、农户及项目实施地进行检查，可以最终核实资金支出的真实性。
3.强化绩效审计
绩效审计是现代审计的主流.也是最高的审计目标。农业专项资金绩效审计，应从以下两方面入手：一是科学地确定项目绩效评价指标体系：二是科学地界定项目绩效的高低。从当前状况看，由于审计人员自身知识结构还不能完全达到绩效审计的要求，仅靠审计人员自身的知识水平无法确定某些项目绩效评价指标，也无法评价某个项目绩效的高低。在这种情况下，除了加强审计人员的专业培训，提高自身素质外，还可聘请有关专业人员加入，对某些项目做出评估，这样可以从多种角度对项目实施及运行情况做出实事求是、客观公正的结论，使专项资金绩效审计真正达到预期的目标。
4.加大处罚力度
对农业专项资金审计发现的问题，要区分不同情况，做到宽严适度。对严重违反财经纪律、侵吞国家财产和挤占挪用农业专项资金的单位和个人，要依法严肃处理，并向社会公布审计结果。对屡查屡犯、不执行审计决定的要采取通报和申请强制执行等手段，促进审计决定的执行和落实。同时要加快农业专项资金审计立法、规范工作力度，制定和完善农业专项资金审计实施细则，对审计中遇到的共性问题和难点问题，做出明确的处理规定和标准，使审计处理有据可查、有法可依，促进农业专项资金审计工作更加制度化、规范化。