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审计实施是指评价内部控制系统，进行财务收支项目实质性审查，进而取得审计证据，编制审计工作底稿和作出审计评价等，也就是说，审计实施阶段是一个过程的两个方面，一方面是审计人员与被审计单位协调配合的过程，另一方面则是通过审查会计凭证、会计账簿、会计报表，查阅与审计事项有关的文件、资料，检查现金、有价证券和实物，向有关单位和个人延伸调查等方式进行审计并取得证明材料，即审计人员自身实施审查与取证的过程。这个阶段在整个审计中是非常重要的一个阶段，审计人员的任何一点疏忽，均有可能增加审计风险，提高审计成本，甚至造成整个审计项目的失败
即对被审计单位的库存现金、银行存款进行突击检查，检查之前要保密，盘点时间应在进点当日。审计实践证明，账外账(“小金库 ”)资金与正常的财务库存货币有一定的联系，现金库往往也是“小金库”货币资金的存放处。突击检查能发现单位货币资金与“小金库”资金相互挪用情况，特别是当库存现金出现负数时，采取这种方法是发现“小金库”的有效方法。如果审计项目涉及多个单位，应合理组织力量同时进行现金库盘点，否则将失去通过突击盘点发现问题的良机。
随着计算机技术在财务管理中的广泛应用，使违法篡改会计账簿、会计报表等原始会计资料而不留痕迹成为可能；随着财务造假和违法违规问题不断受到揭露和查处，隐匿和销毁会计资料已成为涉嫌违法犯罪分子逃避监督、保护自己的主要手段。这些情况的出现，必然给以查账为基础的审计工作造成很大困难。但是，审计查处和发现案件线索，完全可以摆脱对被审计单位会计账簿和会计报表资料的依赖，从审计银行账户入手，查清和揭露违法犯罪事实真相。因为，任何经济案件都与“钱”有关，银行账户是资金活动的载体，能够全面揭示货币资金收支的真实性、合法性和效益性。尽管涉案人员采取各种手段逃避查处，但其资金所反映的经济活动却会在银行账户上留下运行的轨迹。因此，审计人员在审计过程中发现疑点时，应特别关注银行账户，查清资金在账户中的运动情况，掌握了资金的流动方向和有关活动，就抓住了案件线索的根源。
审计方法应以银行对账单为主线，采取“逆时法”对大额银行存款收支作为审计重点。首先是将审计截止日银行对账单与银行账核对，检查余额是否一致，如果存在未达账项，对未达账项逐笔核对，检查有无可疑线索。其次是将对账单的大额收支与银行账逐笔核对，检查有无不一致情况，尤其对银行对账单上出现金额相同的收支业务，而银行账无记录的，有可能是将收取的资金转移到账外账(“小金库”)，因此，应逐笔查明原因。如果具备利用计算机辅助审计条件，应向开户银行提取数据与被审计单位银行帐电子数据核对，可有效提高审计质量和效率。
收据是能够证实一个单位资金流入的有效凭证，通过对收据使用情况的检查，往往可以发现收入资金是否全部入账，从中发现账外账或 “小金库”。首先，检查收据登记制度健全情况：一看收据保管与使用人员是否分离；二看收据领用、缴销登记是否详细无遗漏；三看登记的收据与凭证中的式样、编号是否一致，且符合制度要求。其次，重点检查可能列支自行购买收据支出的有关科目，检查是否存在使用收据不登记的情况，如财务费用、管理费用等科目列支了自行购买收据的支出，但收据登记簿未对这些收据进行登记，有可能存在账外账的问题。
通过往来科目隐瞒收入、调节成本和利润，是企业常用的舞弊手段。而行政事业单位较普遍地存在通过往来科目隐匿收支的问题，将“暂存款”等往来科目作为报销结算科目，预算外资金在此类科目列收列支，资金来源主要有：第一，单位的杂项收入，如房屋出租收入；第二，向下属单位收取的赞助费；第三，实行收支两条线管理应上缴财政专户的收费。如对收取的房屋出租收入挂“暂存款”，在该科目直接列支发放的奖金、补贴、招待费等支出。
有些单位往往对某些收入不入账，仅查账很难发现问题，审计人员可通过询问被审计单位之外的有关人员，或向被审计单位群众了解有关情况，也能够发现账外账(“小金库”)的线索。
审计中，按照方案实施审计是基本要求，但如果死扣方案容易走向另一个极端。一方面，每个被审单位的情况千差万别，在具体审计时往往会遇到一些意想不到的情况，审前调查再细也不可能全都发现，有些情况审计方案没有涉及到，在此情况下，审计人员要随机应变调整工作思路和审计重点。另一方面，审计实施中涉及面很宽，所发现的重要情况有可能涉及到其他单位，如何将这些问题追查到底，就需要我们利用审计专项调查的手段，通过延伸审计查清问题。
当前，由于会计规章和财经法规制度的不断完善，一个人难以完成对资金的虚报冒领等贪污行为，往往利用上下串通、内外勾结的手段转移财政资金、侵吞国有资产。多人共同作案的违法行为更加隐蔽，给审计发现问题带来很大难度。审计人员要有深邃的洞察力，对支出凭证的真伪认真辨别，如检查购买实物发票是否附有明细，入库单是否齐全，经手人、验收人是否本人真实签字，有无伪造等问题。
内部审计机构是本部门、本单位的一个部门，内部审计人员是本部门、本单位的职工，因而可根据需要随时对本部门、本单位的问题进行审查。一是可以根据需要，简化审计程序，在本部门、本单位负责人的领导下，及时开展审计；二是可以通过日常了解，及时发现管理中存在的问题或问题的苗头，并且可以迅速与有关职能部门沟通或向本部门、本单位最高管理者反映，以便采取措施，纠正已经出现和可能出现的问题。