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专项资金审计是审计机关对专项资金收支的真实性、合法性和效益性进行的监督活动。专项资金审计只对某项资金的收支活动进行审查，一般不需要涉及被审计单位的其他财政财务收支活动。
专项资金具有项目多、金额大、使用范围广的特点，主要包括扶贫、农林水、教科文卫、交通能源和开发等资金。在实际工作中，对各项专项资金的审计有时不够全面深入，其主要原因是往往忽视了专项资金审计的几个重要环节：
1、注重账簿审计的同时，千万别忽视实际项目的审计。
审计往往只是将被审计单位的专项资金收支总账、明细账和记账凭证等会计资料送达审计组，审计完后即为审计结束。即使到实地查看工程，也是走马观花，没有认真丈量、记录，也没有计算材料实际用量与账面决算数所使用数量是否一致，看是否有高估冒算或实际使用量小于决算量的现象。
2、注重账面的收支凭证的同时，千万别忽视银行票据的审计。
专项资金审计的传统方法是看账面收支凭证是否合理、合法、合规，而对银行票据的真实性和银行对账单的核对工作容易忽视。由于某些配套资金不能足额到位，多数采用配套资金空运行方式，即真拨付、后转回、账面反映配套资金到位了，而实际上根本没有到位，在实际工作中，只要查阅开户行银行对账单所反映的收支明细与被审计单位银行账收支栏目，就可能反映同等金额的一收一支，而且时间相近；还有一种情况是被审计单位账上反映现金增加而银行对账单没有记录付出，则采用现金支票存根联入账，提款联没有取款、主观上也不想取款，客观上也无款可取。只要重视加强对银行票据系列的审核力度，弄虚作假的现象便一目了然。
3、重视资金使用的同时，千万别忽视资金使用效益。
主要看在建工程项目借方数或专项支出数，累加后与上级下达计划指标进行对比，看资金是否全部支出，全部支出即视为专项资金专款专用，没有被挤占、挪用，忽略了该项资金的使用经济效益，有的即便在审计报告中有所反映，也总是很勉强，其数据不够准确真实。形成的主要原因：一是某些地区或部门为了争取上级专项资金早日投入，项目立项具有盲目性、随意性，缺乏对当地经济社会等现实环境的可行性论证，从而降低了资金使用效益；二是工程项目竣工时间较短，还没有发挥应有的作用，效益不明显；三是由于审计人员少，时间短，根本不可能深入实地调查了解，往往是“从书本到书本”的反映效益。
4、注意资金到位率的同时，千万别忽视资金到位的时间性。
在对各项专项资金审计中，审计人员总是查找上级财政部门和主管部门联合下达的专项资金的指标文件，然后与同级财政部门专项资金额进行对比，计算资金到位率，比例大则资金足额到位，比例小则到位小，并在审计中予以评价。但是，较多当年下达的专项资金的指标，由于财力有限调剂其他用途，下拨渠道不畅等，拖欠到年底，有的甚至到第二年底才勉强拨付完毕，资金到位时间迟缓，严重影响工程项目设施建设。
以上四个环节的审计是一个有机的整体，应同等对待，相互对应，互为牵制。这样才能在专项资金审计中客观、公正、真实地反映资金收支的全貌。
1.顺藤摸瓜法。
通过对资金运动轨迹的跟踪，对每一笔资金的来龙去脉追查到底，沿着资金流向，资金到哪追到哪，涉及哪个单位查哪个单位，一直查到资金的最终用途。这是专项资金审计最基本也是最有效的方法，但费时、费力，工作量较大，因此，适用经验比较丰富，有较高的判断能力的审计人员，应突出重点，选择有疑点的资金进行审计。
2.调查法。
此法适用于发现账外线索和核实发票审计，是获取账外审计线索或审计证据最有效的方法。审计人员在审计过程中，通过专业判断，认为被审计单位存在账外收支款项或支出票据中存在虚假发票，就要采取延伸调查的方法予以核实。首先，要制定好调查方案，对调查对象 谈话技巧 调查方式方法调查的内容以及被调查对象的确定做好安排；其次，调查应脱离被审计单位，审计人员独立进行。
3.银行存款核对法。
适用于专项资金审计，是发现专项资金转移 挪用最有效的方法。不仅要对余额 未达账项进行核对，而且要对每一笔发生额进行核实，对不符的款项或虽然相符但认为有异常的款项，要进行延伸审计开户行和到对方单位进行核实，查清专项资金的具体使用用途。
4.分析性复核法。
分析性复核是指审计人员对被审计单位重要的比率或趋势进行分析，主要目的是发现异常事件和数据，是审计人员进行综合判断的基础。对分析中发现的差异，特别是对异常变动进行调查，必要时要适当追加审计程序。
( 一) 审前调查了解和准备不充分，对专项资金的“ 专项性” 不熟悉。
内部控制测评、重要性水平确定与审计风险评估是编制审计方案的三个重要参数. 由于审计机关人力与时间的限制. 审前准备时间受到很大压缩. 专项资金在项目的立项背景、政策制定、资金管理和运作模式、申报批复和验收程序等方面具有专业性和其行业特殊性. 审计人员在审前调查阶段. 主要忙于对上述基本情况的初步收集和专业概念的学习与理解。掌握资金分配分布状况、走访本级资金管理部门了解其相应的控制制度。内部控制测试的任务是检查对既定的内部控制的实际执行情况. 专项资金的逐级性使得穿行测试不完整， 只能取本级一个环节进行测试. 甚至仅是只了解而无测试. 对下级和最终用户的测试实际上根据实施阶段视审计情况而安实际设置是否一致即没有做到。因此重要性水平的确定是根据资金量分布的大小或者以往审计经验， 审计风险评估和控制环境评价也是凭经验泛泛而谈. 没有建立在内部控制测评基础上发表意见， 这样编制出来的审计方案指导性和实操性不强。审计人员甚至对某项专项资金的代表性业务是什么. 其如何运作都不清楚。
( 二) 实质性测试不足. 样本不充分导致审计取证不足以透彻说明问题。
专项资金重在发挥国家扶持和引导示范的作用， 其业务性质、运作方式和效益水平错综复杂。以往我们把审计目标定位在支出方面， 在有限的现场实施阶段花费大量时间查核资金流向及支出.可以说对资金拨付使用的每个环节审计人员都做了细致的测试。样本的抽取和证据的获取相对充分。但由于较少把资金使用效益纳入考核. 忽视效益控制的健全性和有效性考核， 当审计人员需要靠多次观察来获取信息时， 就容易忽视样本量的积累. 以求从小样本中获得数据来寻求总体的相似. 注重样本的共性而忽视其本土性， 即富裕地区与贫困地区所抽样本的控制差异， 没有考虑样本区域不同会导致其代表性不同。因此在判断时往往高估样本结果的可靠性， 以支出的不合理推断制度的有效性， 审计结果多偏重资金使用的路径是否正确.而结果的形成没有足够多的样本量进行分析， 只能就事论事. 提出的管理建议没有实质性的深层次的内容支撑. 显得空洞。由于对控制环节、控制频度、控制手段的实际状况没有取得足够大的样本准确反映事实。我们一直无法回答“ 为什么屡查屡犯” 这个控制有效性的问题. 不能找准问题出在什么环节。
一是目前专项资金的审计大多还停留在账项基础审计层面。仍以资金记录为主线， 从账户人手， 倚重传统经验， 从现象推断本质、部分推断总体进行分析判断。这种思维惯性会在审计纵深交错的项目时. 导致不成熟的观点和错误结论产生。甚至无法形成结论。比如目前专项资金在财政部门都已实行报账制或国库集中支付管理， 相对控制已比较健全，但资金流人项目的施行 环节时。承包人以税务发票报账取得工程款后. 再以分包或材料款、人工费等名义领取现金， 审计人员无从核实现金真实用途. 窘于手段不足会对这种问题采取不发表意见的态度. 实际已形成了审计风险。
二是一项资金涉及几百上千项目甚至千家万户，财政部门和主管部门未设立系统的项目库和信息库， 项目单位也未建立业务信息台帐. 审计设计表格多是闭门造车， 与实际运作不衔接， 表格数据分析利用价值不高。上述各种信息资源的不对称致使审计人员无法利用计算机技术进行分析筛选.转换清理和验证。审计抽样、内部控制测试、风险评估等定量技术方法应用不充分，影响了审计信息的准确性及客观性。
三是专项资金的政策投向主要在基建投资，项目主要T程量的落实需要到现场查勘、丈量、测算、抽样化验，但审计测量工具和手段无法达到专业验证.在大部分审计领域仍采用相当传统落后的验证手法，审计人员的专业知识也不可能面面俱到，导致审计发现的诸如工程预算与结算不符、实际建设与设计不符等问题只能浅表定性。无法收集证据判定是哪个环节没有控制.或者有控制没执行，其产生影响的程度。这些现象的产生既有制度设计本身的缺陷的原因.也有审计人员知识结构和学习提高时间安排不足的原因。
“免疫系统观”审计体系的要点.就是提前介人被审计者的业务流程，通过对控制环境的了解。识别控制风险并进行风险评估。及时掌握风险反应进而提高监控能力。在此条件下专项资金审计可以尝试以下途径：
(一)先行试审，取得经验再全面推开审计。
审计要对政府决策的执行和实施控制过程进行评价。提出改进建议，但一个好的具备合理性和可操作性的审计建议，需要花费更多精力去分析被审计单位的整体情况。审计任务和难度随之大幅度增加。鉴于审前调查时间太仓促。可以选择某个地区作为前期样本进行相对完整的试审，以熟悉整体运作流程为基础， 以专项资金预期目标实现程度为关注核心.深入到专项资金涉及的主要业务环节，对其管理模式、作业组织、业务布局进行风险和收益的权衡.确定运作质量和维护运作的管理制度是否完整、合理及有效。经过试审，可以达到以下目的：
1.绘制专项资金运作程序图、工作流程图.制强弱程度，风险所在，初步确定符合实际的重要性水平。
2.经过对某个样本进行完整的符合性测试和实质性测试程序，我们已等同于进行过一次专项资金的业务流程实操训练。可以比较准确地查找漏洞和风险源，确定审计重点，据此而编制的审计实施方案更具执行性、专业性和指导性。对审计报告和综合报告的撰写提供系统指引。
3.提供经验案例再全面推开审计， 改变边审边摸索边调整的状况，迅速找准切入点。提高审计效率，让审计人员有更多时间深入到运作程序，对政策执行情况及各部门的职责履行情况进行检查， 评价政策的有效性，查找潜在问题，做出充分科学，定性准确的评价。有更多时间征求各层次各方面意见，提出具有说服力操作性强的审计建议。
(二)改变习惯观念，优化审计手段。
政府运作的专项资金管理，没有统一的内部控制评价指南和操作办法，主要依靠各部门按其管理职责制定监管细则，但是任何一种监管制度都是循序渐进不断完善的，任何一种完善的制度也会出现执行偏差。政府审计“提前介人”，“全程跟踪”的改革，使工作重点从“查错纠弊”转移到为改善管理。提高效益服务，而改善管理涉及经济活动全过程，因此以往的着重会计资料事后审计也应扩展到经营活动基础资料的事前事中审计，从数据产生的源头查起。
1.在审计方法上引进风险基础审计模式和系统审计模式。以风险的分析与控制为出发点.把审计对象的经济活动作为一个整体来研究，观察判断系统整体的效能和协调性，分析系统各要素的优劣程度，在信息技术支持下建立最优化模型。
2.突破审计的“外部性”牵制.深入和扩大交流范围。建设性和免疫性使得审计越来越专业化，更加重视审计职业判断水平方面的专业和能力，审计不只与被审计单位财务部门接触，更要扩大与业务管理部门和内部审计部门的交流，在内部控制和监管方面他们具有丰富的经验和管理水平，比审计人员更清楚问题产生的根源在哪里， 应从哪个方面控制才有效果。同时还可加强与评审组、论证组、验收组的专家交流，充分借鉴利用行业专业标准和专业人员的判断。通过各类资源的相互配合， 优势互补.优化各自工作成本。如在实践中我们与被审计单位共同设计审计表格， 对其在管理中发现的控制弱点和改进意向进行充分沟通.其优点是审计表格更切实际。更利于基层操作，更利于信息点的准确统计和综合分析利用。 又如在现场验证时观察被审计单位专业人员的操作，对其结果的专业性虽不能发表意见，但控制结果形成的程序履行是否有效，可以与对方监管部门商讨从而形成审计人员的思路和判断。
3.审计立项应更倾向于内控制度考核状况。一个良好有效的控制，需要运行多年才能逐步有效完善。审计建设性的发挥。 更高层面也在于从制度的源头发现对全局有重要影响的因素。提早防范，应对危机。因此我们选择审计项目时，应考虑视各单位内部控制的总体状况和其健全有效程度安排审计计划。对专项资金的审计，可以建立项目审计库，甚至细化到项目内部控制审计库.将历年审计情况加以信息管理，对项目内部控制的建立情况、修改情况、运行状况及相应的审计评价都进行计算机管理， 提取审计需要的信息加以利用，经过连续性的追踪和管理，相信我们提出的意见会更具利用价值。
风险预警、控制和消除机制，成为国家治理的重要工具，社会经济的环境变化催生审计转型发展，专项资金审计的功能必须深化为查错纠弊与预警预防并重.已不仅仅是“对症下药”，而应上升到帮助设计特定规则以获取最大效益.从而实现自我约束，形成良性循环。