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药品价格管理是指依据《中华人民共和国价格法》、《中华人民共和国药品管理法》和《药品管理法实施条例》的规定，对纳入政府定价范围的药品价格进行管理。
社会主义市场经济建立以来的药品市场，首先打破药品独办局面的是药品经营部门，从那以后，我国药品市场便成为个人、集体、国家齐上阵的竞争状态。虽然市场竞争的最大受益者是消费者，生产者为了让自己的产品占了消费份额，会努力提升自己的产品和服务质量。但是由于我国的市场经济发展不是很完备，导致这种竞争状态很快就变成恶性竞争。企业为了使资金周转加快，一些药品生产企业选择直接向医疗机构销售药品，这不仅使医疗机构的进货渠道被打乱，也扰乱了市场。
有些人认为，药品生产和经销企业通过竞争让利来占领市场，若药品进价低而市场中的药品零售价不变，则可以使医疗机构在差价中获得更多的利益，从而增加医疗机构的收入来源，这在我国医疗收费标准低于成本以及财政补助不足的情况下，也不一定是一件坏事，起码可以让医疗机构自己找到方法来弥补医疗的亏损。但是，在我国不太完善的市场经济体制下，这种避开第三方监督的行为，很可能引起失控的情况。事实也是如此，由于出厂的药品在定价方面没有严格的标准，使得虚高定价的药品不断增加，这也就使药品的让利空间无形变大，而企业的药品经销部门便以各种促销手段，在各大医疗机构和药店进行销售，从而占领市场。这种失控的、不正当的药品营销手段，使得不正之风在医药营销之间泛滥。
因此，对药品价格进行管理是非常有必要的。经过多年的整顿和治理，我国的药品价格逐步形成了与市场接轨的模式，药品的定价形式不再是由政府统一定价，而是发展成为多种定价模式共存的模式，也就是以药品的不同品种为依据，分别实行企业自主定价、政府指导价和政府定价等形式，三种定价模式相互衡量，政府和企业之间也相互监督。新的价格管理模式在规范价格方面发挥了很大的作用，它不仅明确了政府的管理权限，还使企业获得了行使自主权的机会。于是，这种药品价格管理模式在受到普遍欢迎的同时，也使社会主义市场经济发展的需要逐渐被满足。虽然药品价格仍然在不同程度上存在虚高的问题，但这不是药品管理的方法和观念等问题，药品的流通秩序在短时间内也无法被理顺是意料之中的，目前，我国的药品价格依然有些混乱，这就说明药品价格管理的模式还需要不断改进和完善。
(1)自主定价模式。即医药企业根据市场经济规律及当地市场的实际供求情况，自主制定药品的价格，政府不干涉其具体定价过程。通过成立药品价格审查机构控制其价格水平，防止价格无限制上涨。采取这种模式的代表国家有美国、加拿大、泰国等。
(2)政府定价模式。即医药企业不能自主定价，必须经过政府部门根据基本国情和实际医疗体系给出相应的销售价格。其代表国家有日本、德国、瑞典等 。
(3)利润率定价模式。即医药企业可在国家给予的利润率范围内，制定药品价格并进行调整。国家只进行宏观调控，不设计具体的品种价格。代表国家有英国等。
(4)我国药品价格的定价模式。基本上由政府在对医药企业信息全面了解的基础上对价格进行管理与调控。但是，在信息获取不全和失真度较大的情况下，国家常常无法给出较为合理的定价。2007年初，为了保证医药价格管理的公平、公正、公开，国家发改委在《医药价格工作守则》中提出，医药产品价格必须经过“成本价格调查、专家评审论证、听取各方意见、集体讨论、集体审议”五道程序。并对其做了具体规定。
1.建立高效、统一的监管制度体系
增强药品监管机构的独立性，加强药品监管各职能部门之间的权力制衡与相互配合，理清交叉职能，纠正错位职能，适时探索医药卫生主管部门职能在体制上的整合。建立全国药品监管信息交换平台，建立跨省协调管理的制度化体系，避免一事一议。增强我国药品价格监管的公众参与度，给予医保机构、药品生产经营企业、医疗机构、患者及其利益代言人充分发表意见的机会，纠正信息不对称，有效避免监管失灵尤其是“监管俘获”。改变GMP认证中“重认证、轻监管”的现象， 加强GMP认证跟踪检查， 建立市场准入后的长效监管机制。
2.提高价格管理的科学性和透明度
在药品零售价格调整方面，建立定期调价制度，将调价周期缩短至两年左右。调整药品调价重点，适度加大进口或合资高价药的降价力度，适当放宽对创新药、经典廉价药的价格限制。推进同类疗效药品的比价关系与国际价格比较研究，探索药物经济性评价等新方法的本土化运用。在流通差率管制方面，可考虑对公立医疗机构销售的定价目录内药品，实行高价低差率、低价高差率的差别化政策，逐渐探索合理的差率设置。
3.加强药品质量安全监管体系建设
应当全面、有效开展已经出台的有关药物疗效一致性检验工作，以期为药品质量安全监管提供更加科学、更加合理的决策依据。加强药物经济学方法在我国的应用与推广，规范临床循证医学的评价标准，提高其评价效果的权威性。适时开展中药与西药疗效的平行评价探索工作，为中药质量安全监管提供可信依据。加强对假冒伪劣药品生产经营的查处、整顿力度。加强药品生产企业能耗、水耗、资源综合利用和安全、质量及职工健康、劳动者权益保护等方面的监管。
4.依据产权关系理顺招标制度
完善政府主导下的药品集中采购模式，纠正行业主管部门作为招标主体的错位问题，可考虑按照医疗机构产权关系或财政所属关系确定招标主体，如省级公立医院可由省级医院资产管理机构负责招标，市县级公立医院可由同级医院资产管理机构负责招标，如采购规模较小也可以医院联合或委托专业招标机构进行。探索建立体现优质优价的招标评审指标体系，发挥集中招标在鼓励药品质量提升方面的积极作用。
1.科学性
政府已经认识到药品价格管理工作是一项复杂的系统工程，与经济体制、流通体制、社会福利体制和市场机制关系密切，因此今后在管理和操作上会更加注重科学性。
(1)引入药物经济性评价方法。政府在药品定价的过程中很希望能真实了解药品的实际成本，以合理制定药品价格，但由于这些数据总是掌握在企业中，而且不同企业区别很大，因此总是很难合理定价。但是药物经济性评价方法可以部分解决这一难题，即以药品的疗效为基础，以其它药品为参照系，按照社会成本最低的原则来科学评价一个药品的价格。可以预计未来政府的价格管理将更多引入药物经济性评价方法。
(2)建立科学的定价体系。政府在未来工作中将完善药品价格监测体系，形成合理专业的定价机构和制度化透明化的定价程序。力求做到信息通畅，组织完备，程序透明。
2.手段丰富
政府之前对药品价格的管理主要集中在药品价格的限制上，但预计现在政府将使用更多的立体手段来开展药品价格管理工作。所谓的立体手段包括药品价格直接管理、药品流通利润管理和药品零售加价率管理等手段。这些手段的综合应用将会加大政府对药品价格管理的力度。
3.区别对待
为了鼓励新药、首仿药、保护名优和品牌产品，今后政府在对药品价格进行调控的时候将更多采取差别化对待的政策。这是为了保护我国药品工业的竞争力，防止国外制药厂商垄断我国药品市场，稳定药品价格。
4.管理范围更广
随着政府价格管理工作深入推进，政府对药品的管理范围越来越广。从医疗保险目录药品到处方药，再扩展到OTC药，甚至一些耗材也被纳入管理，政府价格干预范围将逐渐扩大。