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出入境检验检疫证单在对外贸易活动中用途广泛。出入境检验检疫机构签发的证单是出入境检验检疫机构工作成果的最终体现，也是出入境检验检疫机构对受检对象实施监督管理的重要载体。
广义的出入境检验检疫证单泛指国家质检总局公开发布的、具有固定格式和填制要求的各种证单，包括申请单、证书、证单、监督管理证明和专用证单等。
狭义的出入境检验检疫证单专指“证单类”检验检疫证单。
1.出境货物检验检疫类
(1) “检验证书”:适用于出境货物(含食品)的品质、规格、数量、重量、包装等检验项目。(2) “生丝品级及公量证书”:适用于证明生丝的品质及公量。
(3) “捻线丝品级及公量证书”:适用于证明捻线丝的品质及公量。
(4) “绢丝品质证书”:适用于证明绢丝的品质。
(5) “双宫丝品级及公量证书”:适用于证明双宫丝的品质及公量。
2.出境货物卫生类
(1) “卫生证书”:适用于经检验符合卫生要求的出境食品以及其他需要实施卫生检验的货物。
(2)“健康证书”:适用于食品以及用于食品加工的化工产品、纺织品、轻工产品等与人、畜健康有关的出境货物。
3.出境兽医类
(1) “兽医(卫生)证书”:适用于符合输入国或地区与中国有检疫规定、双边检疫协定以及贸易合同要求的出境动物产品。
(2) “兽医卫生证书”:适用于输往俄罗斯的牛肉。
(3) “兽医卫生证书”:适用于输往俄罗斯的猪肉。
(4) “兽医卫生证书”:适用于输往俄罗斯的动物性原料等。包括皮革、角蹄类、肠衣、毛皮和羔羊皮、羊毛、鬃、马尾、鸡鸭鹅及其他禽类的羽毛和羽绒。
(5) “兽医卫生证书”:适用于输往俄罗斯的禽肉等。
4.出境动物检疫类“动物卫生证书”
适用于
(1)符合输入国家或者地区与中国有检疫规定、双边检疫协定以及贸易合同要求的出境动物;
(2)出境旅客携带的符合检疫要求的伴侣动物;
(3)符合检疫要求的供港澳动物。
5.植物检疫类
(1) “植物检疫证书”:适用于符合输入国或地区以及贸易合同签订的检疫要求的出境植物、植物产品以及其他检疫物(指植物性包装铺垫材料、植物性废弃物等) 。
(2)“植物转口检疫证书”:适用于从输出方运往中国并经中国转口到第三方(包括到港、澳、台等地区)的符合相关检疫要求的植物、植物产品以及其他检疫物。
6.运输工具检疫类
(1) “船舶入境卫生检疫证”:适用于入境卫生检疫时没有染疫的或不需要实施卫生处理的国际航行船舶。
(2) “船舶入境检疫证”:适用于入境卫生检疫时，需实施某种卫生处理或离开本港后应继续接受某种卫生处理的国际航行船舶。
(3) “交通工具卫生证书”:适用于申请电讯卫生检疫的交通工具，包括船舶、飞机、火车等。
(4) “交通工具出境卫生检疫证书”:适用于出境交通运输工具的卫生检疫。
(5) “除鼠证书/免予除鼠证书”:除鼠证书用于船舶实施鼠患检查后，发现鼠患并进行除鼠的情况;免予除鼠证书用于船舶实施鼠患检查后，未发现鼠患亦未采取任何除鼠措施的情况。
(6) “运输工具检疫证书”:适用于
①经动植物检疫合格的出入境交通运输工具;
②经卫生检疫合格的入境运输工具，如飞机、火车等。除此之外还有检疫处理类、国际旅行健康类、入境货物检验检疫类等。
1.申请单类
(1) “入境货物报检单”:适用于对入境货物(包括废旧物品)、包装铺垫材料、装载法检货物的集装箱，以及外商投资财产鉴定的申报。
(2) “出境货物报检单”:适用于对出境货物(包括废旧物品)、包装铺垫材料、装载法检货物的集装箱等的申报。
(3) “出/入境集装箱报检单”:适用于出入境空集装箱和装载非法检货物的集装箱检验检疫的申报。
2.通关单类
(1) “入境货物通关单”:适用于在本地报关并实施检验检疫的入境货物的通关，包括调离海关监管区。此单仅供通关用。
(2) “出境货物通关单”:适用于国家法律、行政法规规定必须经检验检疫合格的出境货物(包括废旧物品、集装箱、包装铺垫材料等)的通关。此单也是检验检疫机构对出境货物的放行单。
3.结果单类
(1) “进口机动车辆随车检验单”:适用于进口机动车辆的检验，每车一单。
(2) “出境货物运输包装性能检验结果单”:适用于经检验合格的出境货物包装性能检验。
(3) “出境危险货物包装容器使用鉴定结果单”:适用于证明包装容器适合装载出境危险货物。
(4) “集装箱检验检疫结果单”:
适用于①装运出口易腐烂变质食品、冷冻品集装箱的适载检验以及装载其他法检货物集装箱的检验;
②出入境集装箱的卫生检疫和动植物检疫。
(5) “放射监测/处理报告单”:适用于对放射性物质实施监测或处理。
除此之外还有通知单类、凭证类等证单。
1.动植物检疫审批类
(1) “中华人民共和国进境动植物检疫许可证申请表”:适用于以下所列三类货物的许可证申请。动物、动物产品及动物遗传物质(精液、胚胎、种蛋、受精卵);水果、土壤、栽培介质、烟叶、谷物(小麦、玉米、大米、稻谷、大麦、黑麦、燕麦、高粱、麦芽、面粉等)、豆类(大豆、绿豆、豌豆、赤豆、蚕豆、鹰嘴豆等)、薯类(马铃薯、木薯、甘薯粉等)及其饲料(麦麸、豆饼、豆粕等);因科学研究等特殊需要引进的植物微生物、昆虫、螨类、软体动物及其他转基因生物材料和国家禁止入境的职务繁殖材料。
(2)“中华人民共和国进境动植物检疫许可证”:本许可证由直属局初审，国家质检总局签发。动物、动物产品及动物遗传物质(精液、胚胎、种蛋、受精卵);水果、土壤、栽培介质、烟叶、谷物(小麦、玉米、大米、稻谷、大麦、黑麦、燕麦、高粱、麦芽、面粉等)、豆类(大豆、绿豆、豌豆、赤豆、蚕豆、鹰嘴豆等)、薯类(马铃薯、木薯、甘薯粉等)及其饲料(麦麸、豆饼、豆粕等);因科学研究等特殊需要引进的植物微生物、昆虫、螨类、软体动物及其他转基因生物材料和国家禁止入境的职务繁殖材料。适用于上述所列货物的进境动植物检疫审批。
2.口岸卫生监督类
(1) “中华人民共和国国境口岸储存场地卫生许可证申请书”:适用于国境口岸储存进出口货物的场所(如保税仓、集装箱装卸场地、冷库等)领取卫生许可证的申请。
(2) “中华人民共和国国境口岸储存场地卫生许可证”:适用于国境口岸储存进出口货物的场地(如保税仓、集装箱装卸场地、冷库等)的卫生许可。
(3) “中华人民共和国国境口岸服务行业卫生许可证申请书”:适用于国境口岸的宾馆、餐厅、小卖部、公共场所等服务行业经营单位领取卫生许可证的申请。
(4) “中华人民共和国国境口岸服务行业卫生许可证”:适用于国境口岸的宾馆、餐厅、小卖部、公共场所等服务行业经营单位，作为准予营业的凭证。
(5) “中华人民共和国国境口岸食品生产经营单位卫生许可证申请书”:适用于在国境口岸和交通工具从事食品生产经营的单位，领取卫生许可证的申请。
(6) “中华人民共和国国境食品生产经营单位卫生许可证”:适用于在国境口岸和交通工具从事食品生产经营的单位，作为准予经营的凭证。
(7) “健康证明书”:对在国境口岸和交通工具从事饮食、饮用水工作人员以及国境口岸公共场所服务人员的简况证明。
3.卫生检疫类
(1) “入/出境特殊物品卫生检疫审批单”:适用于特殊物品的携带人、托运人或代理人办理出入境手续的审批。特殊物品指微生物、人体组织、生物制品、血液及其制品等。
(2) “艾滋病检验报告单”:适用于经采血样进行艾滋病检验后签发的报告单。
(3) “国际旅行人员健康检查记录”:适用于出入境人员传染病监测体检的结果记录“进口食品、化妆品后续检查记录”:适用于进口食品、化妆品后需管理的检验检查记录。
(4) “国境口岸及入/出境交通工具、食品、饮用水从业人员体检表”:适用于国境口岸公共场所和入出境交通工具食品饮用水从业人员实施体格检查的结果记录。
(一)检验检疫证单是出入境货物通关的重要凭证
1.凡列入《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出口商品目录》范围内的进出口货物(包括转关运输货物) ，海关一律凭货物报关地出入境检验检疫机构签发的《入境货物通关单》或《出境货物通关单》验放。
2.对未列入《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出口商品目录》范围的进出口货物，国家法律、法规另有规定须实施检验检疫的，海关亦凭检验检疫机构签发的《入境货物通关单》或《出境货物通关单》验放。
3.有些出境货物，尤其是涉及社会公益、安全、卫生、检疫、环保等方面的货物，入境国家的海关将依据该国家法令或政府规定的要求，凭检验检疫机构签发的证单(包括品质、植检、兽医、健康卫生、熏蒸消毒等证书)作为通关验放的重要凭证。
(二)检验检疫证单是海关征收和减免关税的有效凭证
1.有些国家海关在征收进出境货物关税时，经常依据检验检疫证单上的检验检疫结果作为海关据以征税的凭证。以检验检疫证单作为把关或计收关税的凭证。
2.对到货后因发货人责任造成的残损、短缺或品质等问题的入境货物，发生换货、退货或赔偿等现象时往往涉及到免征关税或退税。检验检疫机构签发的证书可作为通关免税或者退税的重要凭证。
3.检验检疫机构签发的产地证书是进口国海关征收或减免关税的有效凭证。一般产地证是享受最惠国税率的有效凭证，普惠制产地证是享受给惠国减免关税的有效凭证。
1.检验检疫机构所签发的各种检验检疫证书是作为交接的凭证。
2.检验检疫证书是双方结算货款的凭证。
3.有的国家法令或政府规定要求，某些入境货物需凭检验检疫机构签发的证书方可进境。
(四)检验检疫证单是议付货款的有效证件
在国际贸易中，签约中的买方往往在合同和信用证中规定，以检验检疫证书作为交货付款的依据之一。
(五)检验检疫证单是明确责任的有效证件
在发生商务纠纷或争议时，检验检疫机构签发的证书是证明事实状态，明确责任归属的重要凭证。
对入境货物，经检验检疫机构检验检疫发现残损、短少或与合同、标准不符的，检验检疫机构签发检验证书。买方在合同规定的索赔有效期限内，凭检验检疫机构签发的检验证书，向卖方提出索赔或换货、退货。属保险人、承运人责任的，也可以凭检验检疫机构签发的检验证书提出索赔。有关方面也可以依据检验检疫机构签发的证书进行仲裁。检验检疫证书在诉讼时是举证的有效证明文件。
(七)检验检疫证单是办理验资的有效证明文件，价值鉴定证书是证明投资各方投入财产价值量的有效依据
(一)检验检疫证单的签发程序
出入境检验检疫证书的签发程序包括审核、制证、校对、签署和盖章、发证/放行等环节。
抽样记录、检验检疫结果记录、拟稿等环节在各检验检疫施检部门完成，其他各环节均在检务部门完成，包括审核证稿及其全套单据，缮制各种证单，经过校对证单，签署和盖章后发证，完成签证工作的最后一个环节，也是检验检疫工作程序的最后一个环节。
(二)证单的更改、补充与重发
在检验检疫机构签发检验检疫证单后，报检人要求更改或补充内容的，应向原证书签发检验检疫机构提出申请，经检验检疫机构核实批准后，按规定予以办理。任何单位或个人不得擅自更改检验检疫证书内容，伪造或变更检验检疫证书属于违法行为。
1.补充证书
检验检疫机构发出证书后，因交接、索赔、结汇等各种需要，或报检人要求补充检验项目，或发现该批货物的其他缺陷或产生缺陷的原因等，为了进一步说明这些情况，检验检疫机构可在原证书的基础上酌情补充证书内容，对原证书的不充分或遗漏部分作进一步说明或评定。报检人需要补充证书内容时，应办理申请手续，填写《更改申请单》，并出具书面证明材料，说明要求补充的理由，经检验检疫机构核准后据实签发补充证书。检验检疫机构按规定在补充证书上注明本证书是× ×证书的补充证书字样。补充证书与原证书同时使用时有效。
2.更改证书
在检验检疫证书签发后，报检人要求更改证单内容的，经审批同意后方可办理更改手续。报检人申请更改证单时，应将原证书退回，填写《更改申请单》，书面说明更改原因及要求，并附有关函电等证明单据。品名、数量、检验检疫结果、包装、发货人、收货人等重要项目更改后与合同、信用证不符的，或者更改后与输出、输入国家法律法规规定不符的，均不能更改。
3.重发证书
申请人在领取检验检疫证书后，因故遗失或损坏，应提供经法人代表签字、加盖公章的书面说明，并在检验检疫机构指定的报纸上声明作废。经原发证的检验检疫机构审核批准后，方能重新补发证书。
(一)检验检疫证书的格式
检验检疫证书使用按照国家质检总局制定或批准的格式，分别使用英文、中文、中英文合壁签发。报检人有特殊要求使用其他语种签证的，应由申请人提出申请，经审批后予以签发。入境货物索赔的证书使用中英文合壁签发，根据需要也可使用中文签发。
(二)一般情况下，检验检疫机构只签发一份正本。特殊情况下，合同或信用证要求两份或两份以上正本，且难以更改合同或信用证的，经审批同意，可以签发，但应在第二份证书正本上注明“本证书是× ×号证书正本的重本”。
(三)检验检疫机构签发的证单一般以验讫日期作为签发日期。
(四)出境货物的出运期限及有关检验检疫证单的有效期
1.一般货物为60天;
2.植物和植物产品为21天，北方冬季可适当延长至35天;
3.鲜活类货物为14天;
4.交通工具卫生证书用于船舶的有效期为12个月，用于飞机、列车的有效期为6个月，除鼠/免予除鼠证书为6个月;
5.国际旅行健康证明书有效期为12个月，预防接种证书的有效时限参照有关标准执行;
6.换证凭单以标明的检验检疫有效期为准;
7.信用证要求装运港装船时检验，签发证单日期为提单日期三天内签发(含提单日) 。
(五)检务部门收到施检部门的证稿后，出境签证应在两个工作日，入境签证应在五个工作日内完成，特殊情况除外。
(六)检验检疫证单的填写要求
1.货物品名:货物名称必须填写具体的名称，不得填写笼统的商品类。如为“塑料玩具”，不能填为“玩具”。需要时可填写货物的型号、规格或牌号。
2.报检数量/重量:填写重量时，应注意净重、毛重或以毛重作净重。一般以净重填写，如填写毛重，或以毛重作净重则需注明。
3.包装种类和数量:指本批货物运输包装的种类及件数，如100一纸箱。散装的要注明“散装”。如采用木质包装，应详细列明。
4.标记及号码:按货物实际运输包装的标记填写，没有标记的填写“N/M”，或注明“散装”、“裸装”。标记太多填写不下，或有计算机无法绘制的图案时，报检人应提供标记的样张。
5.启运地:指装运该批货物出/入境的交通工具的启运地点。出境的原则上填写启运城市名称;入境的按进口提单所列的启运地点填写。