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集体土地流转，人们在认识和理解上存在较大差异。不少学者在研究集体土地使用权流转问题时未区分建设用地和农业用地，对集体土地使用权流转的客体和主体都作了扩大理解。
两种理解
一种观点认为集体土地使用权流转包括首次流转和再次流转。前者是指集体土地所有者与建设用地使用者之间的土地使用权流转关系；后者是指土地使用者相互之间的土地使用权流转关系。
另一种观点认为集体土地使用权流转仅指集体建设用地使用权在土地使用者之间的转移。
从严格意义上讲，土地使用权流转是指集体所有的建设用地使用权在土地使用者之间的转移，不 应包括发生在土地使用者与土地所有者之间的土地使用权“首次流转”，更不应该将流转的客体扩大到家用地。
虽然“首次流转”和“再次流转”都可以实现土地有偿使用，但两者间有着重要的区别：
（1）所谓的“首次流转”，实质上是土地使用权与土地所有权的初次分离。在我国现行土地制度下，这种分离与建设用地使用权的取得实质上属于同一过程，通常会涉及到土地用途的改变和土地利用规划的实施。因此，集体建设用地使用权与所有权分离的前提是政府依法审批。虽然“首次流转”中土地所有者与使用者之间的流转协议，最终还要经人民政府的批准，但这种批准是被动的、形式上的，很难体现审批的真正意图。在政府审批把关不严的情况下，很可能导致大量土地在乡（镇）政府的操作下涌入市场，耕地保护将更加艰难。而“再次流转”仅限于建设用地使用权的流转，一般不涉及到农地的转用问题和规划的变更，也无需政府审批。以所谓的“首次流转”获得建设用地使用权的做法，实质上是规避政府审批的非法占地行为。
（2）“首次流转”主要发生在集体土地所有者与土地使用者之间，通常是在地方政府的操作下进行。其结果通常是增加建设用地的供给总量，而不是提高现有存量建设用地的利用率；而“再次流转”是对存量建设用地使用权的重新分配，其结果是使目前利用效率较低的土地资源得到更加充分、合理的利用，并不会增加新的建设用地。
（3）“首次流转”如果监管不力，极易造成土地供给失控，产生严重的社会后果；而“再次流转”比较容易监控，以通过流转合同、土地使用权变更登记、税收、价格等手段予以监控。
基于上述区别，集体建设用地土地使用权流转是指存量建设用地使用权在集体建设用地使用者之间的流转，而不应包括土地所有者与土地使用者之间所谓的首次流转。就像国有土地使用权出让不同于转让，农村土地承包经营中的发包不同于转包一样，它们遵循的是不同的规则，有不同条件和要求。准确界定“流转”的含义，对于我国集体建设用地使用权流转制度的建立，对于未来国家进行土地市场的宏观调控和监管，以及对于土地资源的合理利用与保护，都具有十分重要的意义。
集体建设用地使用权流转产生的收益包括转让收益和土地增值收益。
这笔收益如何分配是集体土地使用权流转制度建设中的核心问题，它关系到土地资源配置机制的形成以及集体土地使用权流转的动力。从理论上讲，集体建设用地使用者作为土地使用权人，在自己不能有效利用土地的情况下，将土地使用权再让渡给他人，从中获得了土地收益，其自然是转让收益分配关系的参加者。土地所有者（农民集体）在其土地所有权与使用权分离之后，并未丧失土地所有权，其当然享有土地的收益权，也自然享有土地转让收益分配的参与权，并据此获得应得的收益。因此，集体土地流转收益分配关系的参加者，主要是土地的所有者和土地的使用者。
同时，由土地利用的特殊性所决定，土地增值收益的形成，主要是社会经济发展、政府投资、周边环境改善以及规划实施的结果。就此而言，国家也应成为土地流转收益分配的参与者，但其所得的土地收益应以征收土地增值税的形式取得（这属于再分配的范畴）。因此，在集体土地使用权流转中，土地收益分配关系的主体应是土地所有者、使用者和国家。但从一些地方的试点方案来看，不少地方都将各级地方政府作为集体土地流转收益分配关系的直接参与者。如有的地方要求“收取的土地流转收益及土地增值收益，在土地所有者与镇、区、市人民政府之间按2：5：2：1比例进行分配”。
国土资源部批准的流转试点方案和管理办法，虽然要求“对集体建设用地使用权流转所得的收益要严格按着5：4：1的比例进行分配”，但仍将“集体土地所有者、试点镇、市县政府”作为土地流转收益分配的参加者。诸如此类的分配方式和分配比例，作为试点中的一种探索是可以理解的，但是作为未来制度建设的模式是不可取的。
首先，土地使用权流转是一种交易行为，参与这种交易关系的主体只能是土地的权利人，地方政府既不是土地的所有者又非土地的使用者，没有理由参加土地流转收益的分配。即使像有些人所讲的那样政府作为投资者使土地增了值，也是其职责使然，而不应成为参与土地使用权流转收益分配的理由。其次，各级政府参与集体土地使用权流转收益的分配，很可能导致土地供给失控并扰乱正常的市场秩序。据有关调查资料，目前集体土地使用权流转主要是采用乡（镇）政府（或投资公司）将土地使用权收购，并给予经济补偿，再将土地使用权出让（转让）给企业的方式；或者采取土地使用权租赁的方式，先由镇政府、村与农户签协议，再由乡镇政府（公司）与用地单位签协议，基本上是基层政府在操纵主导集体土地使用权的流转。 在这种土地使用权流转过程中，政府所处的地位和所扮演的角色就决定了政府既是集体土地使用权流转的主导者，又是土地使用权流转的受益者，流转的土地越多，其收益越大，其后果可能是我们始料不及的。而国家以税的形式对集体土地使用权流转收益进行调控，可以规范市场秩序保证流转收益的公平分配。
集体土地使用权流转收益的分配，是土地使用权流转机制的核心，也是决定市场能否健康有序发展的关键，关系到集体建设用地的合理利用和耕地保护。因此，土地使用权流转收益分配制度的设计一开始就应建立在公平、合理的基础上，并按市场规则运行。
对此，国家有关部门应予以高度重视，并尽快制定统一的规范性法律文件，对那些重要而具有普遍性的问题做出明确的规定，以引导和规范集体土地使用权流转行为，堵住“流转”掩盖下非法用地的漏洞，保证农村土地市场健康发展和土地资源的合理利用。
随着社会主义经济体制的建立、经济社会的快速发展和土地使用制度改革的深入推进，集体建设用地流转，已不再是一个讳莫如深的概念，尤其是在经济相对发达的省份和城乡结合部，集体建设用地流转已由自发、小规模出租房屋、场地等，逐步演变为有组织、有规模、形式多样的流转。在基层，由于长期以来一直执行较为严格的土地用途管制制度，对集体建设用地流转也一直持谨慎态度，在一定程度上限制了集体建设用地流转的规模和频率，但毋庸讳言，在一些区位优势明显、工业经济发展较迅速的乡镇，集体建设用地流转还是时有发生，而且近几年来有逐步上升的势头。
那么如何从基层实际出发，采取切实可行的措施，正确引导和规范集体建设用地流转，使之成为推动农村经济发展和社会稳定的重要手段呢？党的十七届三中全会出台的《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》中关于建立城乡统一的土地市场的重要论述无疑给我们吃了一颗“定心丸”，给了我们必要的政策依据。