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辅导期一般纳税人是指新认定的小型商贸批发企业一般纳税人和国家税务总局规定的其他一般纳税人：
1、“小型商贸批发企业”是指注册资金在80万元（含80万元）以下、职工人数在10人（含10人）以下的商品批发业，但只从事出口贸易，不需要使用增值税专用发票的企业除外。这里的“批发企业”是指国家统计局颁发的《国民经济行业分类》（GB/T4754-2002）中规定的批发企业，即批发商向批发、零售单位及其他企业、事业、机关批量销售生活用品和生产资料的活动，以及从事进出口贸易和贸易经纪与代理的活动，批发商可以对所批发的货物拥有所有权，并以本单位、公司的名义进行交易活动，也可以不拥有货物的所有权，而以中介身份做代理销售商，批发还包括各类商品批发市场中固定摊位的批发活动。这里的“生活用品和生产资料”的范围包括农畜产品批发；食品、饮料批发；烟草及其制品批发；文化、体育用品及器材批发；医药及医疗器材批发；矿产品、建材及化工产品批发；机械设备、五金交电及电子产品批发；再生物资回收与批发以及其他以上未列明商品的批发等等。
2、“国家税务总局规定的其他一般纳税人”是指具有增值税偷税数额占应纳税额的10%以上并且偷税数额在10万元以上或者骗取出口退税、虚开增值税扣税凭证或国家税务总局规定其他情形之一的一般纳税人。
《办法》规定新认定为一般纳税人的小型商贸批发企业实行纳税辅导期管理期限为3个月；其他一般纳税人实行纳税辅导期管理期限为6个月，在辅导期内应注意以下问题：
1、辅导期纳税人按增值税一般纳税人适用税率计算缴纳增值税，并允许抵扣购进货物或者劳务时支付的增值税进项税额，但取得的增值税专用发票（以下简称专用发票，不过，根据《国家税务总局关于推行机动车销售统一发票税控系统有关工作的紧急通知》（国税发[2008]117号）规定，《机动车销售统一发票》在进项税申报抵扣上视同增值税专用发票管理，下同。）抵扣联、海关进口增值税专用缴款书以及运输费用结算单据应在交叉稽核比对无误后方可申报抵扣进项税额交叉稽核即先到主管税务机关或自行上网通过认证（认证未通过的不允许申报抵扣增值税进项税额），然后待收到主管税务机关送达的《稽核结果通知书》后，凭《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的稽核相符的专用发票、海关进口增值税专用缴款书以及运输费用结算单据、协查结果中允许本期抵扣的数据申报抵扣进项税额，暂未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证留待下期比对结果出来后确定是否可以抵扣。
2、辅导期一般纳税人应当在“应交税金”科目下增设“待抵扣进项税额”明细科目，核算尚未交叉稽核比对的专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书以及运输费用结算单据（以下简称增值税抵扣凭证）注明或者计算的进项税额，取得增值税抵扣凭证时，将支付或计算提取的增值税进项税额记入“应交税金——待抵扣进项税额”明细科目借方，交叉稽核比对无误后按会计核算的要求同时记入“应交税金——应交增值税（进项税额）”科目借方和 “应交税金——待抵扣进项税额”科目贷方。经交叉稽核比对不符的增值税抵扣凭证用红字冲销“应交税金——待抵扣进项税额”借方和相关资产或成本费用科目贷方相应的当期发生额。
一般纳税人在辅导期增值税进项税的账务处理时， 本月认证的进项税额一般在次月抵扣，可以按下述方法处理，本月认证通过的进税额可以设置“待抵扣进项税额”明细，以便与正常可以抵扣的进项税额区分：
外购货物时：
次月允许抵扣时：
借：应交税费——应交增值税(进项税额)
贷：应交税费——待抵扣进项税额
根据《国家税务总局关于印发<增值税一般纳税人纳税辅导期管理办法>的通知》（国税发〔2010〕40号）第十二条规定：
主管税务机关定期接收交叉稽核比对结果，通过《稽核结果导出工具》导出发票明细数据及《稽核结果通知书》并告知辅导期纳税人。辅导期纳税人根据交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证本期数据申报抵扣进项税额，未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证留待下期抵扣。
根据《国家税务总局关于印发<增值税一般纳税人纳税辅导期管理办法>通知》（ 国税发〔2010〕40号 ）规定：
纳税辅导期内，主管税务机关未发现纳税人存在偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为的，从期满的次月起不再实行纳税辅导期管理，主管税务机关应制作、送达《税务事项通知书》，告知纳税人；主管税务机关发现辅导期纳税人存在偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为的，从期满的次月起按照本规定重新实行纳税辅导期管理，主管税务机关应制作、送达《税务事项通知书》，告知纳税人。