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交叉稽核是指稽核监管部门为提高稽核质量，增强检查工作透明度，排除被查地各级部门的干扰而采取的异地交叉检查、互查或循环查，以达到完成工作任务和既定目标的一种检查方法。
1、认识不统一，观点不一致。被查单位日常是由当地人进行监管，如有问题当地人提上报，这样导致查无可查。另外，即使查出问题，罚款也为当地人执行，交叉稽核则造成了监管部门既无“好处”又“得罪人”，故很多观点认为交叉稽核没有必要。
2、处理决定难以执行。检查结束后，监察组织根据查证事实形成结论并形成处理决定交由当地金融机构（指出具稽核通知书的金融机构）具体执行时，当地金融机构对检查组的处理决定往往有不同看法，最终导致处理决定难以完成执行。
3、财务、会计有关负责人不在位。特别是检查发现敏感问题需要进一步澄清或者核实时候，企业财务或金融机构会计负责人经常有意或无意回避，给检查工作增加难度。
4、就近检查问题多。通常检查组都为临县或者临乡人员，检察人员的积极性低，造成检查质量收到影响。
5、检查区域范围。交叉稽核一般在省与省之间才具有说服力与代表性，但是却会耗费大量人力物力财力，但小范围的话可能无法查的深和透。
6、检查时间长短。时间太长，检察人员效率必然受到影响；时间短又会影响透明度与质量。