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增值税审计是对纳税人的会计账簿和记录进行的一种有选择的审核制度。
在日常的增值税审计中，我国现行增值税存在着一些不容忽视的问题。如增值税的转型问题、抵扣机制及小规模纳税等问题都需要认真研究。
(一)现行增值税抵扣机制存在的问题及原因
1.我国现行增值税抵扣机制存在的问题
(1)“高征低扣”、“有征无扣”等导致增值税链条脱节和税负转移。增值税的征税方式从原理上说是链条式的，只要其中一个环节征税或扣税不足，就会导致抵扣机制的脱节，税负就会在不同环节间发生转移。从我国现行增值税制实施情况看，抵扣链条脱节和税负转移现象主要表现在：首先，一般纳税人向小规模纳税人购进货物，要么不能取得增值税专用发票，得不到税款抵扣，要么只能取得由税务机关代开的增值税专用发票，可抵扣6%或4%的进项税额。这类一般纳税人即使在所经营产品无增值的情况下，也必须按不含税价计算17%或13%的销项税额，而其应当抵扣的进项税额只有6%或4%。这样，增值税链条以前环节的税负有11%或13%转由本环节负担。其次，一般纳税人购进免税的农产品，按买价的10%计算进项税额，外购、销售货物所支付的运输费用，按运输费用的7%计算进项税额，收购废旧物资不能取得增值税专用发票的，按收购支付金额的10%计算进项税额。这样，增值税链条以前环节的税负有一部分由本环节负担。
(2)阻碍小规模纳税人发展。我国经济仍不发达，大多数属于小规模纳税人。小规模纳税人对一般纳税人销售货物或提供应税劳务，只能由税务机关代开征收率为6%或4%的增值税专用发票，而一般纳税人适用的增值税税率为17%和13%。显然，在销售货物或提供劳务同质同价的条件下，一般纳税人从小规模纳税人处购进货物或劳务比从一般纳税人处购进货物或劳务，进项税额少抵扣。因此，在一般情况下，一般纳税人不会向小规模纳税人购进货物，小规模企业与一般纳税人相比明显处于不利地位，缺乏市场竞争力，不得不采取折扣或让利等方式跟一般纳税人交易。由此可见，现行增值税的抵扣机制已成为中小企业发展的障碍之一。
(3)税款抵扣范围不规范。一方面，由于小规模纳税人的存在和普通销货发票的使用，使得购进属于增值税应税范围的项目不能全部得到税款抵扣；另一方面，对运输费用计算扣税的规定等又使得不属于增值税应税范围的项目纳入了增值税的抵扣范围。这使增值税抵扣机制变得混乱，加大了增值税进项税额管理的难度。
2.现行增值税抵扣机制存在问题的原因分析
(1)征税对象范围窄，是导致增值税链条脱节的重要原因。规范增值税的征税对象范围应该覆盖到几乎是所有货物和劳务，而我国目前的增值税仅是对有形动产和加工、修理修配劳务征税，致使纳税人很多购进项目不属于增值税的征税范围，从而也不能得到增值税进项税额的抵扣，人为地割断了增值税的抵扣链条。为了弥补这一缺陷，又规定对纳税人购进某些不属于增值税征税范围的劳务项目可以计算扣税，这种抵扣机制在某种程度上又很容易被某些有意偷逃税收的纳税人利用，加大了增值税管理的难度。
(2)增值税税率和抵扣率多样化，极易造成税负转移。目前增值税的税率根据纳税人的不同，有税率和征收率两种设计，税率有17%、13%、0%三档，征收率有6%和4%两档。其设计不够规范，仍保留有1994年税制改革的产品税和增值税的特征。增值税的抵扣率也呈多样化，有17%、13%、6%、4%、10%、7%等。增值税无论是按增值额计税，还是实行税款抵扣制，多样化的税率和抵扣率必然会造成不同环节间的税负转移。
(3)生产型增值税利少弊多，影响经济结构的有效调整。增值税按税基的价格构成不同，可以分为生产型、收入型和消费型三种类型。在税率不变的情况下，从财政收入效果看，生产型税基最宽，收入最多；消费型税基最窄，收入最少。采用生产型增值税的国家多是为了保证财政收入和发挥人力资源丰富的优势，同时也是为了抑制投资。这也是我国增值税从试点以来一直选择生产型增值税的原因所在。但是，从经济长远发展的角度来看，特别是在当前我国经济正处在向社会主义市场经济转轨的关键时刻，经济全球化的迅猛发展和我国宏观经济呈现的通货紧缩现象都要求国家采取更加积极的财政政策和税收政策，鼓励投资，扩大内需，积极推动商品出口，保证经济发展，从而决定了我国的现行税制特别是增值税制，必须作出相应的调整，改生产型为消费型，以适应经济形势发展的需要。
(二)我国小规模纳税人执行中出现的问题及原因
当前我国对小规模纳税人的界定总的来说是按照年销售额作为标准的。小规模纳税人购进货物支付的增值税不允许抵扣，同时不能使用增值税专用发票。不管实际征管中执行政策产生了多大偏差，也不管小规模纳税人出于对自身利益的维护采取了多少违反规定的做法，仅就政策本身而言，增值税的公平性在小规模纳税人身上被明显扭曲。
1.重复征税的矛盾十分突出
由于小规模纳税人购进货物所支付的增值税是不能抵扣的，即使其销售货物时按照6%和4%的征收转嫁了一部分税负，其自身仍要承担11%—13%的税负。重复征税的程度因不同情况而不同。
2.由于不能使用增值税专用发票，使小规模纳税人的生产经营受到双重影响
一种影响是，购进货物不能取得专用发票，进项税金不能抵扣，使其进货成本增加；另一种影响是销售货物不能开具专用发票，使其在激烈的市场竞争中与一般纳税人相比处于极不利地位。以某经营计算机的小规模纳税人为例，其购买计算机的价格为每台4 700元，支付增值税799元，即使按成本价销售，还要承担188元的增值税，这部分税金购货方不能抵扣。而一般纳税人按相同的每台4 700元进货，按4 800元销售，其应纳增值税为17元。销项税金816元购货方可全部抵扣。毫无疑问，经销商肯定愿意从能够开具专用发票的一般纳税人处购买货物。而小规模纳税人即使降低价格至进货价销售，也不能与一般纳税人竞争。由于税收政策存在歧视性，使小规模纳税人的经营受到极为不利的影响。
3.小规模纳税人与一般纳税人的比例值得探讨
四川省—般纳税人的比例在1996年为10%，以后逐年下降，转折性的下降出现在1998年商业—般纳税人的较大规模的划转。这次划转导致的后果是一般纳税人比例越来越小，1999年这一比例已降至5.7%。我们担心，如果对小规模纳税人的增值税政策仍不作调整，随着这部分纳税人的不断增加，会使得前述矛盾更加突出，进一步带来就业、下岗工人安置等其他方面的负面影响，使增值税政策问题转化成影响社会稳定的因素之一。
(一)完善现行增值税抵扣机制
1.拓展增值税征收范围，延伸增值税抵扣链条
按照增值税普遍征收的要求，其征收范围应尽可能得宽，覆盖面应尽可能得广。所有的货物销售(包括视同销售)和目前征收营业税的大部分劳务，都应纳入增值税的征收范围。拓展增值税征收范围应与扩大增值税抵扣范围同时进行。
2.确定科学、简化增值税税率机制
税率不统一，一方面造成购进免税或低税率产品作原料的产品税负上升；另一方面生产应税产品供给免税产品作原料的，由于不开具增值税专用发票，容易出现税收征管上的漏洞。因此，增值税应建立数量尽可能少的税率机制。
3.实行消费型增值税
增值税抵扣范围的扩大，不仅体现在征税范围的扩大上，而且也体现在增值税征税类型的改革上。增值税征税类型应由“生产型”改为“消费型”。“十一五”规划明确提出，2006年到2010年期间，将在全国范围内实现增值税由生产型转为消费型。
4.实行凭票同率抵扣的方法
小规模纳税人购进货物由于得不到税款抵扣，因此其支付给销售方的增值税额只能计入进货成本。而小规模纳税人向一般纳税人销售应税货物或劳务时，其进货成本应是销售价格的一个组成部分。这样，一般纳税人向小规模纳税人购进的应税货物或劳务所承担的增值税应包括两部分：一部分是小规模纳税人的应纳税额；另一部分是小规模纳税人进货成本中的增值税额。从理论上讲，这两部分都应在本环节得到抵扣。为了使一般纳税人向小规模纳税人购进的应税货物或劳务所承担的增值税能得到足额抵扣，就不能仅按税务机关代开的增值税专用发票上注明的增值税额抵扣，而应实行同率抵扣的办法。这种方法下，增值税专用发票就不再是唯一的抵扣依据，普通销货发票、运输发票都应成为增值税抵扣的法定凭证。
(二)改进小规模纳税人增值税
对小规模纳税人的税收征管，我们历来强调的是如何强化征管，特别对个体工商户制定了一系列建账管理、查账征收的管理办法，但收效甚微。既然对这部分纳税人的账簿暂时没有有效的办法加以控制，要制止他们想方设法逃避税收必然耗费大量的人、财、物力，带来的结果不是税收的增加而是征税成本的增加。与其如此，能否换一个角度，从政策本身存在的问题中寻找办法?借鉴其他国家经验，结合我国实际，笔者认为：对小规模纳税人增值税政策，有放才能有收，思路是：轻税负、简征收、重规范、严执法。具体的建议如下：
1.提高增值税起征点，适当扩大享受免税的纳税人比例
我国目前增值税起征点为：货物的月销售额达到600—2000元，应税劳务的月销售额达到200—800元，按次(日)纳税为每次(曰)50—80元。起征点的调整，需要考虑的因素包括经济发展水平，最低工资标准、生活水平以及税收征管成本等。考虑我国东西部地区的差异，笔者建议：年销售额在4—10万元以下的小规模纳税人免征增值税，具体标准由各省自行确定。
2.降低小规模纳税人的征收率
小规模纳税人的进销差率一般来说低于一般纳税人。因此，工业小规模纳税人的征收率可调为4%，商业小规模纳税人调为2%。作这样的调整后，理论上对增值税收入会产生一定影响，但实际上，这部分收入可以通过核实销售额而得以弥补。征收率下调后，有助于缩小两种纳税人之间的税负差异，缩小小规模纳税人的名义税负与实际税负的差异，也有助于减少偷漏税和培养税源，有助于促进小规模纳税人发展。
3.小规模纳税人可以选择按适用税率纳税
小规模纳税人可以选择按适用税率纳税，并由税务部门按17%或 13%代开增值税专用发票，但其进项税额不允许抵扣。
4.鉴于我国小规模纳税人素质普遍较低的实际情况，对他们的征税办法应尽可能简便易行
对小规模纳税的征税办法可以采取取消申报表，采取划卡申报、电话申报等办法。在减轻税负、简化征收办法的同时，对不依法纳税的小规模纳税人，税务及相关部门要密切协作，加大执法力度。税务部门要坚决依法处罚，工商管理部门可以吊销其营业执照，公安部门可以参与税务执法，共同维护税法的法律权威。