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合同销售组织意即产品持有人将产品销售服务外包给专业机构来完成，这不同于国内医药界长期通行的代理方式，CSO专注于销售环节的外部服务，代理模式则是将药品出厂后几乎所有环节都交给代理商完成。
两票制改变药品交易结构
两票制如果全面实施，工业开出的第一张发票是到商业配送公司而非之前的过票公司，这意味着没有配送资质或配送能力的医药公司将失去合法经营药品的机会，斩断工业与非主流配送公司药品交易的链条，这是两票制给医药界带来的第一大冲击。
其次，由于药品交易及开票绕开了过票公司，那么，之前普遍由外部机构（过票公司或关联公司）进行高开票处理的职能将回归到工业，尽管这个回归是无奈的，底价转高开已成必然。
在两大冲击之下，药品交易结构发生变化，政策面及合规层面的药品交易只允许工业至商业配送，而广大的代理商和自然人，由于失去了过票公司的挂靠土壤，一直以来与工业发生药品交易+推广的职能将会被政策剥离只剩下推广职能。
营改增：釜底抽薪
如果说两票制是改变交易结构的话，那么营改增政策则是在此基础上的釜底抽薪。
营改增之前的营业税时代，至少在实操层面，营业性的发票来源、使用、销账几乎没有遇到太多的风险和阻力，不管是工业还是代理商，很容易、低成本弄到发票来冲费用账，这已经是行业公开的秘密，大行其道多年似乎畅通无阻。
而营改增后，增值税发票，特别是增值税专用发票的管理非常之严，虚开发票与刑事责任挂钩，玩票就是玩命。
那么，工业高开之后成倍增加的收入如何找到对应的费用项目来平账呢？这就是难题！
底价转高开的难点
在国内4800多家医药工业中，绝大多数是采用底价模式运作。由于之前一直将销售外包（包含高开的财务处理）给代理商处理，工业对底价转高开的操作方法，一无经验二无人才，并且财务与业务两条线疏离，财务不了解药品到底如何销售出去的，招商的更不懂基本的财务知识（估计这其中不懂药品怎么卖出的的也大有人在）。
代理商在失去过票公司的支持之后过票成本陡然增加（某些地区提升了不止一倍），再加上国家打击挂靠经营，连自身的生存安全都受到了挑战，也变得惶惶不可终日。那么，工业在此背景下，又如何来解决高开问题及销售体系的问题？
自营模式遇到更大的挑战
自营模式的工业同样遇到政策挑战，自营模式下，并非像很多人想象的那样早已解决高开问题，且有自己的销售团队，将迎来利好。其实不然，盘子越大风险越大。事实上，几乎没有一家自营模式下的工业自己能在内部解决高开问题的，基本上都是通过外部的过票公司或关联公司来完成公开。
两票制政策下，过票公司遭遇打击，自营模式的公司也面临与底价公司同样的问题，自己需要解决上述问题。然而相对于底价公司来说，由于销售团队是自己公司雇佣的员工，销售费用无论是以工资、奖金、提成、费用报销等等方式来处理，都会遇到大量的无票费用，按规定，个人所得税是免不了的，如果照此路径走下去，收入-成本倒挂，整个经营体系将无法维系。
高开高返隐藏着巨大的风险
还有一类“早已解决高开问题”的模式，那就是高开高返。通常的做法是代理商将底价+税金给厂家，厂家发出货物，商业回款后，厂家将回款金额扣除底价+税金那部分差价返还给代理商。高开高返的本质依然还是底价结算，只不过发票采用高开而已。在合规要求日益提高的当下，高开高返面临着比底价和自营更大的风险。
由于高开高返存在厂家与代理商之间资金的双向流动（既有底价+税金汇入厂家，又有厂家返款给代理商）相关部门对此难免会有质疑：
代理商给厂家的款项是什么？如果是货款，那么代理商是否有药品经营资质？是否符合两票制的相关要求？
另一方面，厂家返回给代理商的款项又是什么？很难解释作为药品的采购方（代理商）会有销售方（厂家）的资金流入，最大的嫌疑便是商业贿赂，至少是资金往来双方存在套取现金的嫌疑，那么这样一来，发票高开，几乎可以等同于虚开发票，而返回的资金可以作为虚开的直接证据……
综上所述，底价、自营、高开高返模式都不同程度上存在经营风险，需要解决几个问题：
1、与收入相对应的费用处理，特别是无票费用的处理；
3、因税务、费用、渠道等核心要素改变后的营销体系的重构；
以上三点，都是新形势下不得不面对的挑战，工业、商业、代理商都不同程度受到影响，整个行业的经营生态都将重新构建而非简单的调整。药品经营链条上重要的两个环节发生根本性变化：
1、过票公司歇菜，因为票不从此门过了，药品经营与你无关；
2、广大在市场一线发挥了重要销售作用的药品代理商/自然人也将和药品销售（交易）脱钩，销售+推广职能只剩下推广职能。
于是，解决工业高开、销售，以及代理商饭碗问题，似乎只能从CSO方向发展：工业与销售体系剥离，脱离隶属和雇佣关系，转移分摊风险，构建风险-收益分摊机制和风险防火墙；代理商/自然人转为CSO承担药品第三方营销服务。厂、商两者的利益高度一致，除了CSO外实在是找不到更合适的路径。
药品交易关系：在CSO趋势下，厂家在政策、财务层面，与之发生药品交易的只有商业配送公司。
CSO的角色：代理商/自然人成立CSO机构，从原来的药品代理（销售+推广）转为单一的推广服务，为厂家提供营销外包服务，开具发票，获得服务佣金。
厂家作为营销服务外包的发起人和发包方：负责项目包的设计和发包、委托具备相应推广能力的CSO来完成营销项目。这就需要厂家进行营销活动的项目预算，充分制定合乎企业及市场需求、政策要求的项目包，将项目细化并层层分解。CSO机构承接项目后组织真实发生的营销活动活动服务佣金。
而在营销体系的改造上，厂商之间本着工商一体化的理念，将厂家、商业、代理商都放在同一操作平台上统一方式运行以确保风险可控。这其中：
原底价模式的厂家，底价转为高开，原代理商升级调整为CSO机构；
逐步忘记底价，摒弃高开高返的高风险模式，朝佣金制目标过渡；
自营模式的厂家，将销售团队由雇佣关系转为商业伙伴关系，后者演变为专业CSO机构；
佣金制将成为未来主流的结算方式。