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风险投资的运行机制是指风险投资系统运行的一般规律及确保投资活动正常进行的机理和条件。它具有复杂性，连续性和动态性，覆盖了从投入到产出的资金运动全过程。
风险投资的运行机制可分解为外部机制和内部机制两大层次。
它是风险投资的原动力，分为四种：
(1)社会需求和高收益是推动风险投资的根本动力；
(2)高新技术自身系统运动的技术创新是风险投资的内动力；
(3)高新技术发展中激烈的国际竞争是风险投资的外动力；
(4)打破发达国家技术封锁和垄断的专利综合保护是风险投资的驱动力。
约束机制是指系统通过调控手段，把风险投资的运行约束在一定的时空限度内，以提高投资的成功率。它有内外部约束之分。内部约束表现在资金约束、创新人才约束、信息获取约束、内部管理约束、自身协调水平的约束和机构设置状况的约束；外部约束表现在投资各方利益的约束、产业化潜在需求状况的约束、国家政策法规的约束和企业间横向关系的约束。
它由利益驱动和担保两方面来保证。高收益把科技型中小企业和投资者的积极性调动起来，确保资金投入的效益；信用招保机构通过财政拨款或以股份制形式筹集资金，使多方资金来源投向高新技术产业。
它是指高新技术开发的复杂性或产业化的巨额投资，必须有相应的法律保护、税制保护、基金保护和知识产权保护等。
发达国家风险投资的经营方式有三种：
(1)以私营风险投资公司为主体的美国模式；
(2)以大公司、大银行为主体的日本模式；
(3)以政府风险投资为主体的西欧模式。
在三种经营方式中，风险投资公司的投资形式是比较普遍的一种。它一般是分期进行多轮投资；例如，美国苹果计算机公司在发展过程中共得到过三轮的风险资金。同时，也避免了公司在初期投资中大规模丧失股权而造成损失。在分阶段投资的方式下，风险投资公司将得到三种不同的真实期权：其一是放弃项目投资的期权；其二是投资项目增资的期权；其三是重新评估投资项目股权价值的期权。
高新技术项日从立项起就必须强化资金管理，规范管理行为。
(2)吸收投资各方组成精干机构的集团管理；
(4)使投资各方责权分明，既可以加强资金管理，又可以监督资金使用的责任管理。
风险投资的回收途径有：分红、转让股权和出售股票等。在适宜的股份制条件下，科技型中小企业进入持续、稳定发展的时期时，风险资金可撤出或继续投资，扩大企业规模，以便在公司正式上市时适时抛售高价股票，回收增值资本。随着大量有实用价值的高新技术产品问世及通过市场竞争而得到高收益回报后，风险资本便可寻找新的投资机会，以开始新一轮的风险投资循环。
风险投资的上述两个外部机制把风险投资者、风险资本和风险企业家聚集在风险企业里，在五个内部机制的匹配和共同作用下使风险企业稳定发展，使风险投资运行走上良性循环的轨道。
事实上，由于风险投资的融资和投资两个过程都存在着信息不对称，那么，由信息不对称所带来的代理问题就成为了风险投资要解决的重要问题。由于有限合伙契约机制较好地解决了风险资本提供者与风险投资家之间的高度信息不对称问题，所以，风险投资家与风险企业也可以借鉴这种方式签订风险投资契约，通过设计出合理的约束与激励机制来调节风险投资家与风险企业的利益关系，降低他们之间由信息不对称所带来的代理成本。
为了解决信息不对称问题和控制风险，风险投资家很少把一个企业完成经营计划所需的资本一次性全部投入，而是采用多轮次投资方法分期投入。
如果风险企业发展顺利，资本分期注入可以避免风险企业家的股权一开始稀释过大，这样可以对创业企业家产生激励作用。如果风险企业发展不顺利，风险投资家可以保留随时放弃再投资的权利。除此之外，风险投资家还可根据风险投资契约的条款解雇恣意妄为的管理者。通过这些安排，风险投资家牢牢地把握住了对风险企业的控制能力。
一般地，创业企业家的现金收入要低于他们在劳动力市场上所能赚到的，不足的部分由他们在风险企业得到的所有权来弥补。但是，除非风险企业创业成功并使股权变现，否则创业企业家将一无所获。因此，从这个角度来看，企业家与风险投资者的利益是一致的，这种报酬结构的安排可以最大限度激发创业家的创业精神和敬业精神。
风险投资的报酬体系还规定了如果雇员被开除或辞职，不仅所有未配给的股权或选择权风险企业有权收回，而且风险企业有权购回其拥有的股份。当按协议规定购回股份时，企业支付给离职创业者的价格通常以低于市场价格的账面价格为基础。
此外，风险投资契约还隐含了一个创业企业家通过首次公开发行重新由风险投资家手中获得公司控制权的期权。因为，它为创业企业家提供了一个关于企业控制权的看涨期权合约，因而对创业企业家形成了激励。
首先，为了保证所投资本能够顺利地变现回收，获得现金收益或降低损失，风险投资协议通常给风险投资家卖出证券的权利，即要求风险企业赎回风险投资家的优先股。其次，许多风险投资协议还特别规定了风险投资家在其优先股转换成普通股后，可以与企业主要雇员同时以相同的条件出售其股份。通过这些条款，无论风险企业经营如何，风险资本都可以在需要时顺利地实现退出，尽可能减少损失，降低风险。
要支持大量创新成果的转化，单靠政府的投入是远远不够的，必须要靠民间力量，必须要有一种机制、一种制度来安排引导民间资金支持创新事业。风险投资正是这样一种新型的投资工具，它通过组合的投资能给投资者带来比较丰厚的回报，这已经被世界各国的风险投资实践所证实。改革开放以来，我国风险投资从无到有，取得了很大进步，同时，我国风险投资还存在许多制度性的缺陷，制约了其对高新技术企业的自主创新的支持。具体体现在：
第一，投资主体单一，资金来源社会化程度低，资金实力较弱。我国目前存在以财政为主体的风险投资公司(如北京科技风险投资股份有限公司、武汉新技术风险投资有限公司等)，也存在以银行和政府为主体组建的风险投资公司，由于我国风险投资的发展环境和制度存在制度性缺陷，大量的民间资本不愿进入风险投资行业，致使国内风险投资资金来源单一，融资量有限，社会化程度不够。在2005年调查的150家风险投资企业中，有36家是外资企业，有114家是内资企业。外资企业的平均资金是6亿元人民币，内资企业的平均资金是2亿元人民币。所以从平均资金实力来看，本土风险投资企业是比较低的。
第二，我国风险投资明显出现外强于内的局面，境外风险投资机构在国内非常活跃，国内风险投资却呈现低迷态势，造成以上现状的原因除管理机制的原因外，很重要的一点是外资的运作方式大多采取投资于成长期或成熟期的企业，然后快速在境外上市，达到股本退出获利的目的。而内资风险投资机构由于我国的资本市场的缺陷，没有形成适合不同层次高新技术企业发展的多层次资本市场，不能为风险投资的退出提供多渠道、高效率的交易平台，造成其投入的资金无法及时变现退出，使境内风险投资资金的流动性大大降低，而产生萎缩。可用以下数据说明，截至2005年底，我国共有553个风险投资项目退出。在这553个退出项目中，通过并购的占55．9％，通过上市的占33．1％，清算、破产、失败的占11％。
这和国外的情况大体相近。在并购退出方面，内资风险投资项目通过并购退出的占69％，通过上市退出的占17％，清算的占14％。外资风险投资项目通过并购退出的占35％，通过境内外上市退出的占58％，清算的占7％。因此可以说，外资风险投资项目退出主要是通过上市和IPO方式。在通过上市退出的183项中，有139项(76％)是通过境外资本市场退出的，只有40项(24％)通过境内资本市场退出。其原因是近几年我国资本市场的制度性问题，所以就有不少风险投资支持的创新企业选择了境外上市这条路。
第三，风险投资的组织形式单一，影响风险投资的发展。由于没有有限合伙制的法律制度安排，我国风险投资的组织形式只能以公司制的方式出现，单一的组织形态对风险投资资金进入以及决策效率的激励约束机制产生了较大的影响。
第四，传统行业与高新技术企业形成争资源的态势。进入中国的风险投资已经入乡随俗，项目投资“短、平、快”成了它们的特征。对于某些新技术具有风险大、回报时间过长的项目，多数风险投资采取回避态度，来自传统领域的高增长企业吸引了投资者的目光，高增长替代了高科技。
拓宽风险资本渠道，疏通融资“入口”，从制度上规范民间资本进入。我国以前的风险投资一直以国家财政资金为主，但在国家财力有限的情况下，风险投资不可能得到大规模的发展。从国外的经验看，风险资本的来源多种多样，主要来自私人资本和民间资本，如欧洲风险资本的来源构成最大项为人寿、养老保险金占40％，而政府资金仅占2％；澳大利亚的风险资本结构72％来源于退休基金72％；美国的风险资本结构60％来源退休基金。
虽然这些基金来源不一，但有一些共同的特点可供借鉴：一是风险基金大多以基金形式筹集：二是风险基金大多是私募的民间资金，而不是公募的政府投资。像我国的保险基金现在由于利率下降而面临资金缩水，容易造成亏损的风险，急于寻找保值、增值的投资渠道，我国还有大量的闲散的民间资金，我国存差在逐年增加，有足够的资金来满足风险投资的需求，如果能够以风险投资基金的形式组织起来，不仅可以防范储蓄银行的呆账风险，而且可以调动民间投资的热情，推动经济的发展。当然，我国风险投资刚刚起步，与发达的资本主义国家有很大差距，因此不能完全克隆。现阶段适当发挥政府财政的作用也是必要的，其实许多国家在初期阶段，也曾采用政府出资的形式组成风险基金。如以色列政府1992年拨款1亿美元组建了10个风险投资基金，但政府创立的风险基金只是引导私人投资，而并不以逐利为目的，政府宜“支持而不控股，引导而不干涉”，尽量把投资行为交给私人机构、民间基金去做，政府的支持主要体现在政策方面。
大力扶持和发展二板市场，提供退资“出口”。当风险资本伴随着企业走过最具风险的阶段后，应该要有出口让其退出，进入下一轮循环。经验表明，风险投资的成功与否最后落实到退出的成功与否。由于高新技术企业所具有的高风险，很多国家都在主板市场之外设立了二板市场(second board)，如美国的NASDAQ、日本的JASDAQ、欧洲的EASDAQ、新加坡的SESDAQ，马来西亚的MESDAQ，香港的创业板等，使处于早期阶段的规模小、盈利不佳但前景看好、成长性强的高新技术企业能够上市融资。正是由于这种有利的资本撤出通道，提供了兑现创业资本的出口，使高额回报成为事实。这一机制有效激发了创业投资家投资高科技企业的热情，从而催生了风险投资的良性循环。
如美国对风险投资收益的60％免税；英国对风险投资信托实行全面豁免税赋；马来西亚对从事尖端技术领域的制造企业，5年内全额免除法定公司所得税；新加坡在风险投资最初的5～lo年完全免税，而且对风险企业造成的损失允许风险投资公司从所得税中扣除，这些经验、做法是值得借鉴的。
目前我国的风险投资机构是以公司制的形式存在，虽然公司制存在这样或那样的问题，但是根据目前的情况来看，公司制仍然会在一段时间内存在。因此我国风险投资组织形式的选择应分两步走：
首先，对公司制进行改造，引入民间资金。完善风险投资公司的运行机制，从国际经验来看，政府作为风险投资的资金供给者鲜有成功的案例，相反，由此引发的政企不分、投资效率低下不利于风险投资的发展。所以，应重视对民间资本的引导，在法律上扫除民间资本的进入障碍，并提供相应的保障。然后，完善公司运行机制，简化公司管理层次，以确保信息在传递过程中的准确性和实效性。真正做到两权分离，减少投资者对决策过程的干预，同时建立相应的机制使风险投资家所承担的权利和责任对等。
其次，创造条件，为有限合伙制铺路，有限合伙制在美国获得成功，其本身的优点也适应风险投资业的发展，从而许多学者建议我国也应该采用有限合伙制。然而，每个国家都有其特定的环境，适合别人的不一定适合我们。有限合伙制是否适合我国应该由市场的实践来决定，而不是由学者或政府来决定。一方面，推出相应的法律法规，承认有限合伙制的合法地位，并解决双重征税问题，以规范有限合伙风险投资公司的行为，保护有限合伙企业及其合伙人的合法权益。另一方面，完善配套措施。我国的风险投资到底采用公司制还是有限合伙制，只有让公司制和有限合伙制在同一个市场环境下同时运行与竞争，才能直观地看出到底哪种形式更有利于我国风险投资业的发展。