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农村金融体制改革包括狭义和广义两个层面，狭义的农村金融改革单指农村信用合作社改革，广义的农村金融改革蕴涵极其宽广，既包括农村政策性金融、商业性金融、国家对资金流动的引导、农村融资媒介的创新和发展，也包含农村金融机构的退出机制以及订单农业、农产品期货市场、农业保险的发展等问题。农村金融体系改革是农村改革的一个重要部分，单纯考虑农村信用合作社的改革难以解决农村金融市场的根本问题，必须推进农村金融体系的全面改革。
2008年1月，第十个“三农”问题一号文件发布，文件指出，要按照形成城乡经济社会发展一体化新格局的要求，突出加强农业基础建设，扎实推进新农村建设。这就决定了农村金融体制改革的目标与指导思想必须以新农村建设为中心不断推进。
农村金融体制改革是一项涉及广泛的系统工程，需要进行深入研究，从多方面加以推进。具体包括：
1、深化农村信用社改革，把农村信用社办成产权清晰、管理科学、约束机制强、财务上可持续发展、坚持商业性原则、主要为“三农”服务的金融机构。
2、继续完善农村政策性金融服务，明确中国农业发展银行作为国家政策性银行的职能定位，形成农村政策性金融与商业性金融分工明确、各负其责、共同支持农村经济发展的格局。
3、尽快停止对新增邮政储蓄实行利差补贴政策，并结合邮政储蓄体制改革，解决存量部分的利差补贴问题。参考有关国家在社区发展与再投资的立法及实际经验，要求有关存款类金融机构对县域经济发展提供必要的信贷支持。
5、探索建立农村存款保险机制，保障农户存款与农村金融机构的可持续发展。
6、逐步放开县及县以下贷款利率，确保农村金融机构的利差能抵补成本和风险。
7、实事求是地认识民间借贷的作用，规范和引导民间借贷，积极探索新的农村金融组织形式和金融产品。
农村金融体制的初步形成阶段（1979—1984年），这一阶段是中国经济体制改革的起步阶段，形成了农业银行和农村信用社分工协作的农村金融体制。
1979年2月，经国务院批准组建的中国农业银行成为从事农村金融业务的国家专业银行。
1979年，全国第一家城市信用社在河南省漯河县成立。 从1979年到1984年，各专业银行相继恢复或设立，并按行政区划将分支机构延伸到县及9镇。而农村信用社则开展了以恢复“三性”(组织上的群众性、管理上的民主性、业务经营上的灵活性)为主要内容的改革。
农村金融体制的发展与定位阶段（1985——1984年后，农村信用社建立了县级信用联社，调整农业银行与信用合作社的关系，改变了农村信用社‘既是集体金融组织，又是农业银行的基层机构”的格局。 与此同时，多种农村金融组织、金融形式应运而生，在一些地区涌现了农村信托投资公司，乡镇金融服务机构和多种形式的合作基金会，并产生了农村合作金融组织的雏型。央行允许各专业银行打破分工、业务交叉，一个由政府主导的庞大的国有金融组织体系在短时间内初步形成。
1993年《国务院关于金融体制改革的决定》，计划在1994年基本完成县联社的组建工作，1995年大量组建农村信用合作银行。
1994年11月，中国农业发展银行正式成立。
1996年按照《国务院关于农村金融体制改革的决定》，农村信用社与中国农业银行脱离行政隶属关系，农村信用社的行业管理实际上由中国人民银行负责。农村信用社改革的重心转向恢复其合作制性质。
1996年中国牧业发展银行的分支机构延伸到县(市)级，农村内独立的政策性金融体系初步形成。
非银行金融机构的迅速发展和起伏构成了这一阶段金融体制改革发展的另一侧面。政府也一度对民间金融的发展采取默许和支持的态度。比如吉林省人民政府曾经印发《吉林省人民政府关于印发加快发展9镇企业座谈会纪要的通知》 (吉政发〔1992〕28号)。通知里规定，根据条件，允许集体的钱庄等民间金融组织的存在和发展，经过乡以上政府批准，允许农民创办股份合作基金会。
农村金融体制重新定位阶段（1997—2005年），这一阶段，农村金融结构出现了重大调整，随着四大国有商业银行的退出以及对非正规金融的整顿，农村信用社成为农村金融的主力军。农村金融供给的相对萎缩与蓬勃发展的农村经济主体对金融需求之间的矛盾非常明显的显现出来，从而对农村金融体系的重构提出了更为迫切的要求。
受亚洲金融危机的影响，1997年11月中央召开的第一次全国金融工作会议，确定了“各国有商业银行收缩县及县以下机构，发展中小金融机构，支持地方经济发展”的基本策略。
1998年7月国务院颁布实施了《非法金融机构和非法金融业务活动取缔办法》，同年8月，国务院又颁布了《转发中国人民银行整顿乱集资乱批设金融机构和乱办金融业务实施方案的通知》，上述两个文件使得原来民法、合同法和刑法允许的许多组织和行为，被宣布为非法。
1998年冬，城市信用社开始“大整顿”。到2002年末，从1998年末的5290家剧减至449家。
1999年国务院发布3号文件，正式宣布全国统一取缔农村合作基金会。
农村金融体制的逐步开放阶段（2006年至今）
2007年1月，第三次全国金融工作会议召开，国务院总理温家宝提出，加快建立健全农村金融体系，推进农村金融组织创新，适度调整和放宽农村地区金融机构准入政策，降低准入门槛，鼓励和支持发展适合农村需求特点的多种所有制金融组织，积极培育多种形式的小额信贷组织。这与此前银监会出台的降低农村金融业准入门槛的意见交相辉映，垫定了未来农村金融改革的方向和格局。
农村金融本身是一个独立的系统，具有整体性、相关性、环境适应性和动态性
所谓系统，就是按一定目的、条件和环境，按一定的关系组成的互相作用的若干要素的有机整体。系统论认为，宇宙中包括人类社会宏观和微观方面，都是若干大小系统。基于这一系统论基本原理，宏观经济可以看作一个系统，农村经济可以看做是宏观经济系统中的一个子系统，而农村金融可以看做是农村经济系统的一个子系统（宏观经济系统的二级子系统）。农村金融作为一个独立的系统，它也是由若干要素所组成的有机体。按照不同的层次划分，包括宏观层次的金融监管系统、中观层次的金融机构系统以及微观层次的金融需求主体系统，其中，宏观层次的金融监管系统和中观层次的金融机构系统构成农村金融的供给系统，金融机构系统是农村金融系统的主体，在整个农村金融系统中起着关键的作用。
（一）农村金融系统的整体性与相关性
整体性是农村金融系统的首要特征。如前所述，系统是由相互依赖的若干部分组成，各部分之间存在着有机的联系，构成一个综合的整体，以实现一定的功能。因此，农村金融系统各部分也不是简单的组合，而要有统一性和整体性，要充分注意农村金融系统各组成部分或各层次的协调和连接，提高农村金融系统的有序性和整体的运行效果。同时，农村金融系统中相互关联的各部分或部件形成“部件集”，“部件集”中的各部分的特性和行为相互制约和相互影响、相互作用和相互依赖，即具有相关性。农村金融系统中相互关联的各部分，有的相互关系较为强烈，有的相互关系较为软弱；有的相互关系是线性的，有的相互关系则是非线性的；有的相互关系是长久的，有的关系则是暂时的。这种相关性确定了农村金融系统的性质和形态。
（二）农村金融系统的环境适应性与动态性
农村金融系统和包围农村金融系统的环境之间通常有物质、能量和信息的交换，各种环境要素的变化，如政府职能转换和经济工作重心的转移、宏观经济景气状态的变化、宏观调控的收与放、银根的松与紧、农村经济增长的快慢、农村市场开放度的增减、农村金融体系内部的相互竞争与合作态势的变化、区域投资环境的改善与恶化、社会信用状况的波动等等，与农村金融系统之间均有互动作用，都会引起农村金融系统特性的改变，相应地引起农村金融系统内各部分相互关系和功能的变化。为了保持和恢复农村金融系统原有特性，农村金融系统必须具有对环境的适应能力。
为此，作为一种制度安排的农村金融系统，它在形成以后，虽然在一定时期内具有一定的稳定性，但它也具有一定的生命周期特性，随着环境的变化，农村金融系统本身也需要发展，需要在变化了的新的环境下找到新的均衡，具有动态性。
（一）重视正规农村金融，忽视非正规金融，改革缺乏必要的整体性和相关性
与我国经济改革的整体战略路径一致，金融领域的改革也采取一种渐进改革的方式，遵循“摸着石头过河”、“走一步看一步”的方式而展开，对金融改革特别是农村金融改革缺乏整体的系统性构思。在金融市场化的方向下，农村金融改革到底要达到什么目标，缺乏系统性论证。
因而，多年来的中国农村金融改革主要着眼于农村正规金融机构系统内部关系的调整和改善，没有着眼于机构间运作机制的协调。改革视角始终停留在对农村金融机构的改革上，而且仅就农村金融机构的改革来看，也缺乏必要的整体性和相关性考虑。
例如，对农业银行的改革是从改革国有商业银行的角度展开的，这样的改革必然导致农业银行从农村地区的撤离。而对于农业发展银行的改革则是在粮食市场化改革情况下不得不采取的举措。农村金融改革仅仅是为了构建一种完善的机构体制，而没有着眼于如何构建农村金融系统中各子系统间相互协调运作的长效机制。
改革开放以来，多次调整和改变农村金融监管系统的运作方式，农村正规金融系统内部，也仅仅着眼于各金融机构系统内部的改革，而忽视非银行系统的安排，仅仅着眼于正规金融部门制度的演进，而忽视非正规金融部门制度的变迁。
事实上在农村私人借贷极为普遍，构成了农村借贷的主要方面。农户的支出比例从大到小依次为教育、生活、医疗和生产，当入不敷出时，农户往往更倾向于通过私人借贷的方式获得融资。据国家统计局农调队的调查数据显示，农户从正规金融获得的借款占全部借款的比重不到1/3。这主要是因为通过正规农村金融机构获得借款非常困难。调查显示，农民借贷的问题并不在于利率的高低，而是根本借不到钱。非正规金融的存在显然有其客观必要性，也有其优点。而且，非正规金融的存在也表明：我们不花钱，一样可能得到一个较好的农村金融市场机制。但问题是非正规金融游离于法律之外，不仅可能蕴含着极大的风险，而且其自身也得不到法律的保护。
（二）农村金融系统改革与城市金融系统改革缺乏协调推进性
我国经济金融改革的次序，是经济改革先于金融改革。尽管我国经济改革首先是从农村展开的，但是经济发展的路径却遵循着以东部和城市为中心推进的模式，与经济发展的路径一致，我国金融发展也遵循以东部和城市为中心推进的模式（何广文，2001），金融改革首先在城市进行，这就必然造成农村金融改革与农村经济发展的脱节。农村金融改革落后于农村经济发展，农村金融供给不能适应需求的变化。农村经济和农业结构的战略性调整带来了农村金融需求的变化。经济发展的过程在逐渐地削弱二元结构特征，城乡统筹、缩小城乡差距也成为政府现阶段经济工作的重心。同时，农村经济主体出现多元化、需求出现多样性。
然而农村金融系统却在固化这种城乡金融的二元结构特征。
一是和城市相比，我国农村历来是受管制最少的，农村金融市场应该是最能体现竞争机制的市场。
二是我国农村金融本身存在庞大的客观需求，具有内在的生存、发展和创新的能力和动力，即使在最贫困的地区，也有生存的土壤。
三是农村金融机构的命题特征应该为：体制上是私人的，对象上是立足于乡镇社区的，规模上是小型的，数量上是大批的。
四是这些金融机构本身可以充分竞争，繁荣发展，成为农村金融的主力。
五是这些金融机构服务范围窄、影响小，风险比较容易控制。但以往和目前的改革措施往往是着眼于机构，侧重于监管，热衷于“拉条条”、“定框框”，把本来简单的事情复杂化，对农村金融市场的改革、发展和创新形成极大的制约。
（三）改革缺乏有效的协调机制和外部支持环境
改革的推动者和行为主体的行为没有协调，监管者和金融机构之间缺乏协调机制，金融机构本身创新的动力和创新的主动精神缺乏。现有农村金融监管力量，分别来自于人民银行、中国银行业监督管理委员会、各省政府金融监管部门，往往出现职责上的分工问题，或者造成监管漏洞，监管不到位，或者监管过度。
农村金融改革需要一个良好的金融运行环境。
一是需要相应的法律和制度环境支持，对于农村金融机构包括政策性金融机构、商业性金融机构以及非正规性金融机构，目前还都缺乏明确的法律规范。
二是需要有关的宏观政策支持。对于商业性或政策性农村金融机构，在准备金管理、再贷款利率等方面，现有的制度安排还不是很合理，需要研究更符合现实情况的管理措施。
三是需要基础设施建设的支持。道路、教育、医疗、水电、通讯和法律支持等公共产品供应不足，也制约了农村商业金融服务的改善。
四是一些配套改革也非常重要。例如，尽管有的农村土地制度使农村土地和房产已进入市场，也不能成为抵押品和担保品。农村社会保险、医疗保险以及教育、投资等方面的现有体制都在一定程度上对农村金融市场发展构成了阻力。
（四）农村金融供给和需求之间不协调，农村金融改革与环境的适应性被忽视
农村金融服务的主体是“三农”，由于中国经济发展的区域性差异决定了全国各地“三农”问题的重心和表现形式是不一致的，农村金融需求也不同。
经济欠发达的贫困地区的金融需求主要表现为解决基础设施建设和缓解贫困局面，为贫困农户提供基本的金融服务，这是通过商业金融渠道所不能实现的；中等发达的传统农区的金融需求主要是农业生产发展所需，解决商业贷款能力较弱的农户融资难的问题；发达地区的金融需求主要体现为农村经济发展所需，解决推动私营经济发展和中小型企业发展所需的融资问题。
就现有农村金融市场供给而言，经济欠发达的贫困地区和中等发达的传统农区的金融供给主要是农村信用社在实力不足状况下的低水平的金融供给，需要通过合作金融、政策金融、各种类型的民间小额信贷协同来满足。发达地区虽然业已形成了金融机构多元化格局和多渠道金融供给状况，由于私营中小型企业在商业信贷市场上的融资能力不足，需要政策金融各种形式的辅助。
可见，不论是发达地区还是欠发达地区，政策金融在农村金融供给中的作用是至关重要的，并且需要政策金融在发达地区和欠发达地区发挥不同的功能。而就现阶段的中国农村政策金融的功能设定而言，在发达地区和欠发达地区的功能设定具有同质性，即为粮棉收购企业提供贷款，业务范围狭窄，功能退化，仅是在农产品收购方面发挥着政策性金融组织的作用，退化成“粮食银行”。而实际上，发达地区和欠发达地区的政策金融需求是不一样的。
近年来，四大国有商业银行大量收缩县和县以下机构，涉农金融机构大量缩减，严重影响农村金融供给能力，实际上形成了农村信用社“独户挑重担”，垄断农村金融市场的局面。但是，农村信用社在满足农村金融需求方面的作用有限。
一是资金来源不足是农信社供给能力有限的最主要原因，在县域经济范围内，金融机构之间的存款竞争非常激烈。各商业银行虽然大规模收缩农村金融业务，但它们的储蓄网点还在强抓存款。同时，邮政储蓄凭借自身优势，大量挤占存款市场。这些机构抽走了大量农村资金，却大都不承担支农任务，不仅使农村资金严重外流，而且也造成农村信用社存款增长相对较慢。
二是农村信用社历史包袱沉重，不良贷款比例高，经营亏损严重。
三是支付结算体系的落后也成为农村信用社竞争能力拓展的重要障碍。目前大部分地区的农村信用社支付结算体系都十分落后，联行结算和电子汇兑业务远远落后于商业银行和邮政储蓄。这些技术制约不仅大量增加资金在途时间，时效性差，准确性低，严重影响了农村信用社的信誉和形象，从而使相当一部分资金流失。
四是从市场经营看，农村金融机构最薄弱的环节在于市场竞争和风险管理能力的匮乏，道德风险问题仍然十分严重。
（五）目前农村信用合作社的改革方案不知不觉又走了计划经济的老路
省联社与县联社的两级法人几乎就是原县联社与信用社两级法人的翻版。公司治理中最简单的道理，即权力与责任对等、努力程度与激励必须对等以及投资收益与风险必须对等，在省联社的体制中没有考虑进去，县联社需要通过增资扩股来满足监管当局的资本充足率要求，但却不必对股东负责；被剥夺了委托人权利的股东，追求的是不需要承担风险的高额收益；省联社有权任命县联社主任，但无需也没有能力承担县联社经营不善的责任。
此外，省联社体制形成了对整个农村金融部门事实上的垄断，使得农村信用社的道德风险便无可避免，可能形成信用社风险的集中化和国家化。省联社的体制还是垄断改革的根源，可能成为农村金融创新的主要制度性障碍，与改革的初衷背道而驰。在省联社的体制之下，信用社之间的竞争将被当作“家丑”来处理，信用社信息披露的选择性将会更强，其他新的金融组织创新出现的难度将大大增加。
1、造血不足，加上失血过多造成了“三农”的严重贫血。农民贷款难一直是压在农民心头的老大难问题，输血不足是造成“三农”贫血的原因之一，但是造血不够、失血过多也是导致“三农”问题较为突出的重要原因。农村的造血机制远远不能满足其金融服务的需求。从国务院发展研究中心调查结果显示，农民真正能够从正规机构得到贷款的大约只有20％左右，额度基本上是5000元左右，1万元、2万元以上的借贷较少，而且生活类借贷多于生产性借贷，资金使用的效益尚处于较低水平。一方面，银行惜贷；另一方面，农民对贷款的需求却不能满足。合法金融的缺口就由非法金融、不正规金融活动代替，并日趋活跃。
2、农村财政公共品供应不足导致金融财政化现象严重。目前，我国中西部地区的地方财政尤其是地、县以下财政大多是吃饭财政。在中央、省级政府掌握主要财力的布局下，县乡政府财力薄弱却承担了义务教育、基本医疗经费，当然无力承担基础设施项目建设。沉重的乡村债务已成为影响农村金融机构发展的重要因素，乡村债务主要靠拖欠农信社解决，债务金融化相当严重。这种做法直接影响了金融机构资产的质量。不少由政府牵头、企业出面贷款的公共设施项目，形成了大量的不良贷款。金融与财政的互相渗透，不仅导致了金融机构的道德风险，也助长了政府部门的道德风险，结果是形成大量的不良资产，财政再出钱核销呆账，这中间就存在资源浪费和效率低下的问题。
3、农村金融机构监管缺位，风险状况较高。农村金融机构的资产质量普遍不高。截至2005年末，农业银行不良贷款率为26.3%，农业发展银行不良贷款率为54.1％，远远高于同业水平。同时，农村金融机构的资本充足率严重不足，有关金融专家称“很难说城乡金融机构之间在资本充足率方面差多少，因为农村金融机构基本上这个指标都是负数；中国银行业的主要金融风险已经从不良资产问题转移为机构发展不平衡、地区发展不平衡和城乡发展不平衡。”目前，政府对农村金融市场缺乏有效监管。农信社改革后交给了地方政府管理，但又不赋予其监管职能。这种制度安排使地方政府可以任意干预农信社的日常经营活动，但不用承担相应的风险和成本。如果不对省联社管理权限进行限制或规范，新一轮的大面积亏损不可避免。同时对农村金融监管的不到位还助长了民间金融的活跃，一些民间金融活动已经成为孕育地下经济的温床。特别是高利贷现象不仅提高了资金使用者的生产经营成本，而且伴随着其他犯罪现象的产生。
4、机构布局不合理，功能交叉，缺乏协作。目前，在农村设立营业场所的金融机构大致包括：农业银行、农发行、农信社、邮政储蓄。此外，国家开发银行、进出口银行的个别业务涉及到农村业务。其中农业银行属于商业银行，商业资本的逐利性促使其陆续淡出农村领域，转向县域金融；农发行作为唯一一家专业支农的政策性银行，业务单一已经逐渐演变成“粮食收购银行”；农信社几乎成为农村金融市场上唯一的正规金融组织，但其经营存在明显的地域限制，加上包袱沉重，实力薄弱，无力满足农村发展的金融服务需求。在农村实际上形成了农信社“一家独大”的局面，尚没有形成针对不同客户、不同需求，提供差异性金融服务的农村金融体系，导致农村金融供给总量不足、金融产品单一、服务质量较差。农发行无力从事农业基础设施建设、扶贫开发等支农事业，而作为商业机构的农业银行、农信社承担了大量的政策性金融业务。政策性金融与商业性金融不分，大大降低了商业性金融的效率。迫于政策压力，商业化改革后的农行与农信社承担了一部分政策性业务，但在利益机制驱动下，支农贷款比重逐年下降。
1、加强有效的农村金融监管体制。为建立多样化、有序分层的农村金融体系，有必要创新监管模式，实施中央和地方的分级监管。可以将省联社改革为地方金融监管机构，赋予地方政府部分监管权，如对信用社的监察审计职责、保证债权法律主体，承担部分防范和化解信用社风险的责任，特别是要规定在辖区内的金融机构出现支付危机时地方政府应承担的救助比例。金融机构市场准入仍由银监会负责。并要适当放松金融市场准入，允许民间资本进入金融领域；通过立法使民间借贷走向法制化，并将其置于政府的监管之下。
2、积极创新农村金融服务。首先是金融服务创新。积极探索完善金融服务“三农”的区域合作模式；完善信息技术服务，保障网络的稳定性；拓展服务手段，推广网上银行、电话银行、咨询等业务。其次是金融产品创新。一是设置农村基础设施建设专项贷款、农田水利改造专项贷款、大型农业机械按揭贷款及租赁业务；二是探索发展定单农业，农业生产资料购买贷款、科技兴农推广贷款等品种；三是开发农产品专业市场和电子化信息网络市场的贷款，以外贸和新兴领域企业为服务对象，以仓储、配送、分销等为主要内容的物流服务贷款品种。
3、进一步厘清农村金融格局。一是深化农村信用社改革，发挥支农主力军作用。把农村合作金融机构分期分批逐步建成产权明晰、经营有特色的社区性农村银行机构，加大对农业产业化的支持力度，向农户提供小额农户贷款、种养业贷款等形式的农业产业化贷款，增加农村助学和消费信贷的投入。二是加快政策性银行改革，完善政策性银行运行机制。扩大业务范围和服务领域，发挥好农业综合开发等政策性专项贷款职能。三是加快农业银行改革，加大对农村的市场化支持力度。通过国家注资和重组，把农行整体改造为国家控股的股份制商业银行。
4、健全农村公共财政体系。一是要通过农村公共财政直接投资以改善农村投资环境。二是逐步完善农村社会保障体系，包括居民生活补助和救助、基础的生产生活设施和文化教育支出，还包括农户个体生产及合作组织的补助，促进农村金融机构的市场化运作。只有公共财政发挥其应有的作用，农村金融才能正常进行。同时还要要建立政策金融的财政补偿机制。国家应整合对农村的资金投入，区分国家必需的财政投入和国家予以补偿的财政投入。向有政策性金融业务的机构提供贴息资金和呆账损失的弥补，用少量的财政补贴引导社会资金流向农业和农村经济，满足农业、农村经济结构调整的资金需求。