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税务稽查是指税务稽查部门的专业检查，是由税务稽查部门依法组织实施的对纳税人、扣缴义务人履行纳税义务、扣缴义务情况进行全面地、综合的检查。税务稽查主要对象是对涉及偷、逃、抗、骗税的大案要案的检查。税务稽查专业性相对性强，要求政策水平高，是高标准的税务检查。要求查深、查透、办成铁案。
税务稽查包含选案、实施稽查、审理、执行四个部分。
一、选案
确定税务稽查对象是税务稽查的重要环节。目前稽查选案分为：人工选案、计算机选案、举报、其他等
人工选案的基本方法是抽样。实施抽样又分为随机抽样和非随机抽样。在实行抽查选案时，一般都采用随机抽样法，它是按照概率规律抽取稽查对象的一种方法。
计算机选案的指标主要有以下几个方面：分行业生产经营指标平均增长值分析、分行业财务比率分析、企业常用财务指标分析、流转税类选案分析、企业所得税税前限制列支项目指标分析、进出口税收指标分析、税收管理指标分析等。
举报是税务机关发现案源最多的一种途径。
其他选案方法指：转办、交办等。
二、实施稽查
税务稽查实施阶段是税务稽查工作的核心和关键环节。税务稽查必须依照法律规定权限实施。税务稽查人员在实施稽查之前，除另有规定之外，应当提前以书面形式通知被查对象，向被查对象下达《税务稽查通知书》，并由收件人填写送达回证。税务人员在实施税务稽查时可以根据需要和法定程序采取询问、调取账簿资料、实地稽查、账外调查和异地协查等方式进行。税务稽查人员在税务查账时，应在《税务稽查底稿》上逐笔如实纪录稽查中发现的问题及所涉及的账户、记账凭证、金额等细节，全面反映此项稽查工作的情况。税务稽查实施终结，税务稽查人员应当认真整理检查资料，归集相关证据，计算补退税款，分析检查结果，提出处理意见，并根据立案查处、未经立案查处以及稽查中发现的问题等不同情况，决定实行一般工作程序或简易工作程序，并分别制作《税务稽查报告》、《税务处理决定书》或《税务稽查结论》。
三、审理
税务稽查审理，是税务稽查机构对其立案查处的各类税务违法案件在实施稽查完毕的基础上，由专门组织或人员核准案件实施、审查鉴别证据、分析认定案件性质，制作《审理报告》和《税务处理决定书》或《税务稽查结论》的活动过程。
税务稽查审理主要包括：1.违法事实是否清楚、证据是否确凿、数据是否准确、资料是否齐全。2.适用税收法律、法规、规章是否合法。3.是否符合法定程序。4.拟定的处理意见是否得当。 审理终结的处理有以下几种处理方法：
1.同意《税务稽查报告》、
2.补正《税务稽查报告》、
3.不同意《税务稽查报告》
4.构成犯罪案件的处理——移送。对税收违法行为的处罚应根据<税收征管法>及其实施细则以及<发票管理办法>的规定处理。
四、执行
随着税收法制建设的不断加强，纳税人的税收法制观念也在不断提高，税务稽查文书送达后，被查对象一般都能自动履行税务机关做出的法律文书所规定的义务——自动办理补报缴纳。逾期不履行的，税务机关将采取强制执行措施。
税务稽查的职能要从两方面来界定，一方面税务稽查依据税收法律法规赋予的执法权，对纳税人纳税行为进行税务检查监督，同时依照税收法律法规对纳税人的税收违法行为或违章行为给予处罚或纠正，促进纳税人积极履行纳税义务；另一方面对税务机关和税务人员在税收征管程序中的各项行为进行监督检查。
（一）对纳税行为的监督检查。税务稽查通过对纳税人纳税情况的稽查，促使纳税人按时、如实申报缴税，查补追缴少缴、欠缴税款、查处偷逃骗税抗税行为，达到依法治税、惩治税收犯罪的目的，推进纳税申报制度的尽快建立和完善；
（二）对具体执法行为的监督制约。税务稽查通过对税务机关和税务人员执法行为的监督检查，发现和反馈税收征管中的薄弱环节，纠正超越权限、乱征乱免、有法不依、执法不严等侵犯纳税人权利的问题，克服执法上的随意性，为税务机关领导改进征管工作提供决策的依据。
（三）对抽象行政行为的监督检查。税务稽查通过对一些地区纳税情况的检查，发现和纠正一些地方政府受利益驱动，利用行政行为干预税收工作的问题，如发布与税法相抵触的地方规范性文件，擅自越权减免税、退税，实行变相包税或免税，人为地混淆收入级次，自行改变税率或税种等违法违纪行为。
（一） 依法稽查是建设和谐税务稽查的根本。大力推行依法稽查，有助于贯彻落实国家税收政策，规范税收执法行为，保护纳税人的合法权益。只有坚持依法稽查，才能理顺税务稽查中的各种关系，规范税收执法行为，为构建和谐征纳关系提供根本保障。
（二）公正稽查是建设和谐税务稽查的核心。税务机关稽查检查的执法客体是广大纳税人。由于受稽查传统思想的影响，在税收征纳主、客体之间似乎约定俗成了一种“检查”与“被检查”的关系，纳税人往往是望而生畏，双方存在一种不和谐的气氛。因此，稽查工作必须始终重视维护纳税人的合法权益，实行公开、公正和文明稽查，力争实现依法征税和依法纳税的有机统一。
（三）诚信稽查是建设和谐税务稽查的基础。依法诚信纳税，是每个纳税人的责任和义务。作为管理者的税务机关，更要做遵守法律的典范，以公正执法、优质服务引导纳税人依法诚信纳税。只有征纳双方都以诚实守信作为基本原则，共同构建政府与纳税人之间的诚信状态，和谐的征纳关系才能得以长久的维系和发展。
税务稽查的基本任务是：依照国家税收法律、法规，查处税收违法行为，保障税收收入，维护税收秩序，促进依法纳税，保证税法的实施。在实践中，税务稽查的具体作用和意义表现在：
1．税务稽查是防止税款流失，堵塞漏洞和打击偷税的有力手段。根据纳税人遵从理论，税务稽查就象是高悬于纳税人头上的一柄达摩克利斯之剑，强有力的检查手段会对纳税人形成强大的心理威慑，大大降低其对偷税收益的心理预期，促使其主动履行纳税义务，推动了税收征管中登记、申报、征收等环节的顺利完成，从而保证国家的财政收入的稳定。
2．税务稽查弱化了人们偷逃税的侥幸心理，发现并减少税收征管中的“漏网之鱼”，从而产生依法纳税的良好“示范效应”，为企业创造税负公平的竞争环境，促进经济投资的发展，充分发挥税收调节经济的杠杆作用。
3．税务稽查的强化必然会提高全民的纳税意识。欧美国家人民高度的纳税意识并非一朝一夕间轻松实现，除了进行宣传、普法教育之外，更主要的是以一种强制力增大偷逃税的成本，降低其预期收益，在趋利避害的本性驱使下，让纳税人不得不选择主动依法纳税，久而久之，好的“示范效应”就会创造出来并最终形成一种主流意识。
4．强化税务稽查，有利于敦促企业、个人完善其财务会计制度，改善经营管理，加强经济核算。亚当•斯密以及瓦格纳在论述最少征收费用原则时都曾指出，“对于因逃税而被没收和触及刑律致使破产的，社会也因此丧失从他们资本中得到的利益”，税务稽查的最终目的不是为了惩罚偷逃税者，而是要创造公平的税负环境，实现瓦格纳的“国民经济原则”，即保护税本，慎选税源，保护和发展经济，引导企业走上健康、良好的发展道路。
5．强化税务稽查，有利于及时发现征管漏洞，提高税务征管水平，锻炼征管人员的业务水平。税务稽查涉及会计准则、税收法规、经营核算等方方面面，具有专业性、复杂性等特点，计算机的使用和操作同样要求很高的技术水平，同时要求检查人员必须廉洁、奉公、守法，由此鞭策税务检查机关必须提高工作人员素质、严格执行各项征管执法制度。
税收征管包括三个主要环节，即税收征收、管理和检查，一般认为“管理是检查和征收的前提，检查是实现征收的关键，征收是管理、检查的归宿”。目前税务稽查已普遍受到各国重视，在税收征管中正发挥日益重要的作用。其原因在于：
第一，不管其最终目的如何，税收最突出的表现即为财富从私人部门转移到政府部门，趋利避害是现代经济人的本性，纳税人永远都具有逃避税收的动机，因而税收征管制度的设计必须围绕一个永恒的主题展开，即如何最大限度地防止和限制纳税人偷逃漏税的可能性。税务稽查作为税务机关的一项职责和权力，在税收征管程序中继登记、申报、征税之后，而在责罚以及税务行政复议和行政诉讼之前，若将整个程序比作向实现税收目的接力跑的话，那么税务稽查是税务机关向终点冲刺的最后一棒，其权力的行使已达致顶峰，成败在此一举。
第二，税收原则的发展决定了税务稽查必然成为税务征管的重点。西方古典经济学的始祖亚当·斯密首创公平、确实、便利和节约税收四大原则，经瓦格纳总结完善，增加了税收的国民经济原则，西方各国奉为税制建设的圭臬，19世纪末由马歇尔倡导的税收中性原则进一步丰富了税收效率原则，可以将之概括为“税收应以最少的征收费用，在将对经济活动的不良影响减少到最低限度的前提下，实现国家财政收入的最优化”。税收原则的丰富伴随着20世纪 70年代以后税收电算化的发展，推动西方各国税收征管纷纷向“纳税人主动报税”模式转变，即纳税人主动申报，税务机关抽样检查、征税服务社会化相结合的征管模式。该模式在税收登记、申报、征收过程中赋予了纳税人绝对的主动权，大量的审核、检查和监督工作均集中在了税务稽查环节，税务稽查成了税务机关握在手中的最后一张王牌，从而呈现出税务征管以检查为主的特色。
第三，电子计算机、互联网在税收领域的普遍应用。欧美国家借助于电子计算机，建立起全国性的税收信息处理系统，实行税务登记、审核报表、税务稽查等资料信息的集中管理和无纸化处理，尤其是通过互联网实现税收系统内部以及税务与银行、保险等其他金融机构之间的信息共享，使税务机关可随时掌握税务征管的进展和纳税人的各方面的纳税资料，把纳税人的经营活动和税收情况尽可能地纳入税收监控网络，一方面大大增加了纳税人偷逃漏税的成本，促使其主动申报纳税；另一方面增强了税务稽查的可操作性和绩效。
除此以外，中国作为发展中大国，税务机关征管技术、服务意识差，公民纳税意识淡薄，偷、逃税现象还很严重，税制不尽完善，并且“重征收、轻管理、弱检查”的旧有征管模式还大量存在，更需要强化税务稽查，切实把好最后一道关。
根据〈税务稽查工作规程〉等行政规章、制度的规定，我国从中央到地方各级税务部门都设立相应的税务稽查机构，各自在一定的管辖范围内行使税务稽查职权。具体来说，我国税务稽查的管辖权大致如下：
国家税务总局稽查局负责拟定税务稽查制度、办法并组织在全国税务系统实施；办理重大税收案件的立案、调查，并提出审理意见；指导、协调全国税务系统的稽查工作。
各地国家税务局、地方税务局分别负责所管辖税收的税务稽查工作。在工作中遇有属于对方管辖范围的问题时，应当及时通报对方查处。双方在同一个税收问题认定上有不同意见时，应当先按照负责此项税收的一方的意见执行，然后报负责此项税收的上级税务机关裁定，以裁定的意见为准。
税务案件的查处，原则上应当由被查对象所在地的税务机关负责，但发票案件由案发地的税务机关负责。
在国家税务局、地方税务局各自系统内，遇有涉及两个以上税务机关管辖的税务案件，由最先查处的税务机关负责；管辖权有争议的，有关税务机关应当本着有利于案件查处的原则协商确定查处权；经过协商仍然不能取得一致意见的，由各方共同的上一级税务机关协调或裁定。
根据规定，下列案件可以由上级税务机关查处或者统一组织力量查处：①重大偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、避税、抗税案件；②重大伪造、倒卖、非法代开、虚开发票案件和其他重大税收违法案件；③根据举报，确需上级税务机关派人查处的案件；④涉及被查对象主管税务机关有关人员的案件；⑤上级税务机关认为需要由自己查处的案件；⑤下级税务机关认为需要由上级税务机关查处的案件。
实施税务稽查，首先需要明确的就是稽查对象。从我国税务稽查实践来看，各级税务稽查机构一般通过以下三种方式，确定稽查对象：①通过电子计算机选案分析系统筛选；②根据稽查计划，按照征管户数的一定比例筛选或者随机抽样选择；③根据公民举报、有关部门转办、上级交办、情报交换资料确定。
为便于公民举报税务违法案件，各级税务机关应当在所属税务稽查机构建立税务违法案件举报中心，受理公民举报税务违法案件。公民可以用书面或者口头方式举报税务违法案件。举报中心受理口头举报应当笔录或者录音。笔录经过举报者核实无误以后，可由举报者签名、或者押印，但是不愿意留名或者不便留名者除外。如果举报者不愿意公开其情况，举报中心应当为其保密。如果举报的案件不属于本机关管辖，举报中心应当告知举报者到有关机关举报，或者将举报材料转交有关机关处理。
通过上述各种方式确定稽查对象，既能全面了解纳税人、扣缴义务人履行税法义务的情况，又能突出重点，及时查处大案要案。
税务稽查对象确定以后，应当分类建立税务稽查实施台账，跟踪检查、考核稽查计划执行情况。在税务稽查对象当中，经初步判明有以下情形之一的，应当立案查处：
①偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税和为纳税人、扣缴义务人非法提供银行账户、发票、证明或者其他方便，导致税收流失的；②无上述违法行为，但是查补税额在5 000万元至2万元以内的（具体金额标准由各省、自治区、直辖市税务机关根据当地实情况在上述幅度以内确定）；③私自印制、伪造、倒卖、非法代开、虚开发票，非法携带、邮寄、运输或者存放空白发票，伪造、私自制作发票监制章和发票防伪专用品的④税务关认为需要立案查处的其他情形。
税务稽查的实施，是指对纳税人、扣缴义务人执行国家税法和有关财经制度的情况进行检查、收集有关证据等活动。税务机关在实施税务稽查以前，应当先全面了解被查对象的有关情况，确定稽查方法，然后向被查对象发出书面通知，告知其稽查时间和需要准备的资料等。但是，对于被举报有税收违法行为的，税务机关有根据认为被查对象有税收违法行为的，预先通知有碍稽查的，不必事先通知。
如果税务稽查人员与被查对象有近亲属关系、利害关系和可能影响公正执法的其他关系，应当自行回避，被查对象也有权要求他们回避。实施税务稽查应当两人以上，并出示税务检查证件。
在税务稽查过程中，稽查人员可以根据需要和法定程序采取询问、调取账簿资料和实地稽查等手段。需要跨管辖区域稽查的，可以采取发函调查和异地调查两种方式。稽查结束时，税务稽查人员应当将稽查的结果和主要问题向被查对象说明，核对事实，听取意见。
税务稽查完毕后，稽查人员应区别情况作出相应处理：①对经过稽查没有发现问题的，如果没有立案查处，由稽查人员制作《税务稽查结论》报批，如果已经立案查处，由稽查人员制作《税务稽查报告》，连同有关稽查资料，提交审理部门审理；②对未立案的税收违法案件，可以按照简易程序，由稽查人员直接制作《税务处理决定书》，按照规定报经批准以后执行；③对立案查处的税收违法案件，稽查人员应当制作《税务稽查报告》，连同《税务稽查底稿》和其他证据，提交审理部门审理。
税务稽查审理工作应当由专门人员负责，必要时可以组织会审。审理人员应当认真审阅稽查人员提交的《税务稽查报告》和其他有关资料，确认违法事实是否清楚，证据是否确凿，数据是否准确，资料是否齐全；适用法律、法规、规章是否得当；是否符合法定程序；处理意见是否得当。对于大案、要案或者疑难案件，本级税务机关定案有困难的，应当报经上级税务机关审理以后定案。
审理人员在接到稽查人员提交的《税务稽查报告》和有关资料以后，应当在10日以内审理完毕。审理结束时，审理人员应当提出综合性审理意见，制作《审理报告》和《税务处理决定书》，履行报批手续以后，交有关人员执行。对于构成犯罪，应当移送司法机关的，制作《税务违法案件移送书》，报经领导批准以后移送司法机关处理。对稽查人员提交的经过稽查没有发现问题的《税务稽查报告》，审理人员审理以后确认的，制作《税务稽查结论》报批；有疑问的，退还稽查人员补充稽查，或者报告领导另行安排稽查。
税务执行人员接到批准的（税务处理决定书）以后，填制税务文书送达回证，送达被查对象，并监督其执行。
被查对象没有按照（税务处理决定书）的规定执行的，税务执行人员应当依法对其应当补缴的税款和滞纳金采取强制执行措施，填制（查封（扣押）证）、（拍卖商品、货物、财产决定书）或者（扣缴税款通知书），经县以上税务局（分局）局长批准以后执行。
被查对象对税务机关作出的处罚决定或者强制执行措施决定，在规定的时限以内既不执行，也不向税务机关申请复议或者向人民法院起诉的，县以上税务机关可以填制〈税务处罚强制执行申请书〉，连同有关材料一并移送人民法院，申请人民法院协助强制执行。
对已经作出行政处理决定，移送司法机关查处的税务案件，税务机关应当在移送前将其应缴未缴的税款、罚款和滞纳金追缴入库。对于未作行政处理决定，直接由司法机关查处的税务案件，应追缴的税款，由税务机关办理补缴税款手续；定为撤案、免予刑事处罚的，税务机关应视其违法情节依法予以行政处罚，并加收滞纳金。