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林业税费是指就木材、林材及其它衍生品征收的税费，由林业税收和林业收费两部分组成。其中，林业税收是国家为了满足一般的社会共同需要，凭借政治权力，以法规形式加以规定的强制性课征，国家在征税时不需向纳税人直接提供特殊服务和支付任何代价；林业收费则具有相对于缴费义务人的有偿性。林业税费制度，不仅是国家和地方收入的来源，而且是促进林业经济发展、优化生态环境、保证社会可持续发展的重要手段。
(一)以费为主的格局有悖于公共财政的原则。
在公共财政中，税收是公共财政唯一的基本收入形式，收费只是补充形式。现行以费为主的林业税费格局有悖于公共财政的原则。以费为主的林业税费格局造成的结果是，在公共财政的框架之外，还存在一个林业部门的自运转系统。表现在：一方面，林业部门的收入主要源于林业费的收取；另一方面，这种本就取之于林业生产的收入却没有用在生产中，而是用于当地林业部门的内部运转上，并且还有相当部分要上交给省、地林业部门。
(二)现行林业税费制度不利于森林资源的保护，催生乱收费，为林业部门的收费留出了空间。
1.以费为主的林业税费制度不利于森林资源的保护。现行的对包括国有企业在内的所有企事业单位种植林木、林木种子和苗木作物以及从事林木产品初加工取得的所得暂免征收企业所得税、以三剩物和次小薪材为原料生产加工的综合利用产品增值税“即征即退”等优惠政策，是国家为了减轻“天保”工程实施对林业企业的影响而出台的，对于减轻林业企业的负担，起到了一定作用。但也出现了问题。以暂免征收林木产品初加工企业的企业所得税为例，根据财政部、国家税务总局<关于国有农1：3企事业单位征收企业所得税问题的通知》规定，林业产品初加工虽然是指通过利用林业“三剩物”和次小薪材为原料生产的综合利用产品，但其所列示的具体范围很广，木、竹刨花板、纤维板(含中密度纤维板)，木、竹地板块(含复合地板)等产品都包括在内。理论上，刨花板、纤维板生产应以板糠等林业剩物为原料，但在实际生产过程中，由于没有足够的林业剩物可供生产消耗，企业往往通过大量收购原木来解决原材料问题，致使大量次生林、幼林被采伐，不利于森林资源的保护。
2.以费为主的林业税费制度催生乱收费。随着国家林业优惠政策的出台和“天保”工程的实施，原有的企业“木头”经济和地方“木头”财政失去了支持，加上我国财政转移支付模式的缺陷，导致林业企业和地方财政陷入困境。在此背景下，以费为主的林业税费格局催生乱收费。除了前述9项收费外，各地自行制定的林业规费可谓五花八门，包括森林资源补偿费、森工企业管理费、林业养路费、迹地更新费、更新造林预留费、森林病虫害防治专项费、自然保护区管理费、护林防火费、检疫代办费、运输费、物价调节基金、检尺费、能源基金、木材销售咨询费、还贷准备金、养老统筹、国有资产占用费等。
3.以费为主的林业税费制度为林业部门的收费留出了空间。如，现行的免征原木特产税、综合利用加工林产品增值税“即征即退”等税收政策，从国家的角度讲，是为了减轻林业企业的负担，帮助林业企业克服由“天保”工程带来的困境，但实施结果却显示，国家通过减免税使企业获得的利益远远低于庞大的林业行政机构抽取的费用。
(三)来源多、收付散、监管难，给资金使用提供了漏洞。
目前的林业税费来源多，且收付分散，征收主体除了财政部门外，还有森工企业和林业主管部门；此外，还有形形色色的乱收费。来源多、收付散，这给资金的监管带来困难，为资金使用提供了漏洞。根据《森林法》的规定，育林基金等必须用于造林育林，不得挪做他用。但事实上，许多县市将这笔钱用于林业部门的人员工资、办公费等。
(四)育林基金亟待改革。
长期以来，育林基金体现了国家的“以林养林”政策，对恢复森林植被、改善生态环境起到了重要的作用。但是，随着社会主义市场经济的发展，公共财政框架的建立，国家对林业的投入已发生了根本性转变，现行育林基金的征收、使用和管理已不适应林业发展的需要。其问题体现在：一是育林基金无法维持林业的简单再生产，更谈不上扩大再生产，“以林养林”的目的没有达到。据统计，1953—1992年，我国共征收育林基金155.9亿元，同期营林生产费用为376.58亿元，远远满足不了林业再生产的需要。二是育林基金属预算外资金，对其缺乏有效监管，加之长期以来营林资金无偿使用，造成其使用效果差。三是由于育林基金采取事业制管理，被占用挪用的现象非常严重，致使育林基金变成养人基金。
(五)现行林业税费制度造成林区地方财政困难，财政风险加大。
现行林业税以低税率甚至零税率为特征，有利于林业的休养生息和可持续发展，却抽离了林区地方财政收入的基石。以费为主的林业收费游离于公共财政之外，造成的直接后果就是以林业为主的地区地方财政收人锐减，加上天然林保护工程的实施和财政转移支付不到位，使林区地方财政陷于困境。表现在一是财政收入减少，缺乏可靠的强有力的财源，财政收入风险凸现。二是林业企业陷入困境，下岗失业人员迅速增加，政府财政支出规模扩大，社会保障资金缺口扩大。三是在财政收入风险和财政支出风险的双重作用下，财政债务风险及财政赤字风险也呈现累积效应。
(一)将林业税费制度纳入公共财政体系。
目前，林区的公共基础设施、社会保障等都未纳入公共财政体系。不少地方的林区乡村公路建设投入都由森工企业负责，其他公共设施，如通讯、电力、防洪工程等也存在类似问题。森工企业承担职工的社会保障职能，仍是传统体制下的“企业办社会”模式，企业负担重，政府社会保障职能缺位。公共财政是适应市场经济体制而生的，林业税费制度的改革也必须充分体现市场经济的原则，走市场化改革的道路。首先要求财政部门和林业部门明确分工。剥离林业企业的社会职能，将林业公检法、森警、子弟学校经费等从企业中划出，作为事业费和政府经费，改由政府预算支出。各级政府要明确财权和事权，接手林业部门难以负担的一些公益性项目，改变林业部门承担财政部门职责的现状。
(二)将以费为主的林业税费制度改为以税为主的林业税费制度。
一是开征林地税。林地税征税对象是商品林，按林地面积征税。林地税不按林产品产量征税，而按林地面积征税，税源范围相应扩大，且具有稳定性，有利于林业生产者采取合理利用和保护森林资源的经营措施，促使其进行长期林业投资，是我国林业税费改革的可选方案之一。二是开征生态环境补偿税。生态环境补偿税体现“谁保护，谁受益；谁破坏，谁补偿”的原则，通过强化纳税人的行为，引导企业与个人放弃破坏生态环境的生产活动和消费行为；同时筹集资金，用于林区生态环境的建设和保护，为其可持续发展提供资金支持。三是调整所得税、增值税等税收优惠政策。对现行的众多减免项目进行全面梳理，进一步改进优惠方式，加强目标管理，使执行结果最大程度地接近优惠政策的最初目标，对于既不利于体现国家大政方针又有失量能负担、公平原则的刨花板、纤维板等列入林业产品初加工享受减免优惠项目，应进一步予以调整、取消。四是取消与林地税和生态环境补偿税重合和内容相近的收费，如绿化费和植物新品种保护权收费等，构筑以税为主的林业税费制度。
(三)规范林业税费制度。
总的原则是取消有悖公共财政原则、与林业经济发展不相适应的税费，杜绝乱收费，力争做到简便易行，体现规范化，维护统一性和严肃性。在事权划分的基础上，明确地方政府和各级林业部门在林业发展中的地位和作用，取消省以下各级政府和有关部门在事权职责以外越权设立或批准的对林业的各项收费，如对木材经销商按计税收购价6％征收的地方税，对林业企业按木材销售额的0.06％一0.5％征收的防洪基金，按销售收入1％征收的价格调节基金及县教育基金等。取消各级林业部门的自主收费，包括市场管理费、植物检疫费、工本费、木材销售咨询费等。
(四)改革育林基金。
应遵循公共财政的构建原则，尽快使育林基金退出历史舞台。育林基金取消后，要有后续措施跟上，且要遵循森林分类经营的原则。对公益林，投入主体主要是国家，国家要通过财政转移支付保证公益林的建设和保护。对此，《决定》提出，要把公益林建设、管理和重大林业基础设施建设的投资纳入各级政府财政预算，并予以优先安排。对关系国计民生的重点生态工程建设，国家财政要重点保证；地方规划的区域性生态工程建设投资，要纳入地方财政预算；部门规划的配套生态工程建设投资，要纳入相关工程的总体预算。对商品林，则可采用开征林地税的办法。
(五)建立森林生态环境利益补偿机制.帮助林区地方财政摆脱困境。
应建立多层次、多渠道的森林生态环境利益补偿机制。这是林业税费改革的拓展和保障机制。