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事业单位财务管理制度是指为了规范事业单位的财务行为，加强事业单位财务管理，提高资金使用效益，保障事业单位健康发展等而制定的一系列规则。
在市场经济条件下，建立健全事业单位财务管理制度已经是当前我国一项非常迫切的重要任务，必须从多方面入手，认真加以切实解决。
事业单位要建立健全现金交接制度和支票使用登记制度。设置现金收款登记簿，用于记录创收活动中收到的现金。现金收款登记簿应记载收款日期、金额、合同号、收款人、交款人等详细事项；开据的现金收款单还应有收款人和交款人签字。设置支票使用登记簿，记载使用（或作废）支票的日期、号码、金额、使用人等详细信息。上述两类登记簿应做为会计档案保管。
定期对事业单位往来款项进行全面清理，并将清理情况（清理前账面明细和挂账时间、已清理数额、清理后账面明细）报到财务计划部门。事业单位往来款项原则上不应跨年度，严禁单位将公款借给个人私用，个人借款办公事原则上不应跨月份，严禁个人借没有支出的大额现金（借多少还多少，或只使用一小部分），借款单应注明具体用途，实际使用用途与借款单列示的用途应相符。
事业单位要加强创收收入（包括科技服务收入、资产出租收入等）合同管理，设置专人负责合同管理工作。从事创收活动时，必须签订合同，合同应当连续编号。在取得收入时，合同金额、发票金额与收到款项必须一致方可入账，若SHI三者不一致，必须由有关人员书面写出原因，按规定权限报批后入账。对已签定了合同或协议，并且服务对象将服务款一次性付清后，在执行过程中，由于各种原因造成服务项目终止，需要给服务对象退款的，要写书面说明，并及时修订合同，由单位负责人批准后方可办理退款。合同要按编号整理、存档，不得随意处置、销毁。
4．切实贯彻执行材料管理制度
事业单位及所属企业应加强材料采购、验收、存储、发货等各个环节的管理，并建立健全相应内部控制制度。
（1）采购环节。材料的采购程序参照政府采购有关程序执行，并与供货方签订采购合同，有关材料采购合同应报送财务部门备案。
（2）验收环节。由独立于采购人员、材料保管人员的验收人员对采购的材料进行验收入库，并签发材料入库单。采购人员凭审批手续齐全的发票和经单位负责人签批的材料入库单并到财务部门核销相关支出，财务部门对有关原始凭证与采购合同核对一致后予以核销，并按规格、型号等登记材料明细账。
（3）存储环节。材料保管人员应每月一次对库存材料进行盘点，并将库存材料盘点表与财务部门材料明细账核对。核对不一致的应当及时查明原因。
（4）发货环节。根据与服务对象签订的科技服务合同及施工图纸等资料，应编制材料出库单送财务部门审核，经单位负责人签批后，财务部门核销相应材料明细账；材料保管人员根据审核和签批后的出库单发货。未经财务部门审核和单位负责人签批，材料保管人员不得发货。
对库存材料至少应在编制年度决算前进行全面清查，并据以编制“库存材料盘点报告表”，要详细列材料、物品的账面数、实存数、盘亏盘盈的数量和金额以及盘亏盘盈的原因，经单位负责人审批后交财务部门进行账务处理。
5．固定资产管理制度
在报销固定资产采购费用时，必须提供审批手续齐全的发票、按审批权限签订的采购合同、单位资产管理部门的验收单，否则财务部门不予报销。其中，属于政府采购制度规定范围内的固定资产要按要求参加政府采购，属于变更政府采购公开招标方式采购的，需提供采购方式变更的批件。对于已购入的固定资产，财务部门要在列支采购费用的同时，记入固定资产账，绝不能等到年底入账。事业单位要严格执行资产清查制度，在年底前组成由财务人员和资产管理人员参加的资产清查小组，着重对固定资产进行一次彻底清查，发现账实不符的情况要及时查明原因，属于漏记的固定资产要立刻补记，确保单位全部固定资产均已入账。
总之，事业单位必须严格执行国家有关财经法律、法规和财务规章制度，坚持勤俭办事业的方针，正确处理事业发展需要和资金供给的关系，社会效益和经济效益的关系，国家、集体和个人三者利益的关系。在此基础上，实现事业单位的可持续发展。