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行政复议是行政法上的一项重要制度，其目的在于，给行政相对人在行政系统内提供一个针对违法或者不当行政行为的救济管道，同时，也给行政机关在行政系统内一个纠正违法或者不当行政行为的机会。虽说行政复议带有准司法性质，但其基本性质仍是行政行为，且是依申请的行政行为、要式行政行为。
专利行政复议是指针对涉及专利事项的具体行政行为提起的行政复议。此处所谓涉及专利事项，既包括国家知识产权局在审查授予专利权等过程中做出的具体行政行为，也包括管理专利工作的部门在处理专利侵权纠纷、查处专利违法案件等过程中做出的具体行政行为。
我国目前的专利执法体制是所谓的双轨制，即司法体制和行政执法体制并行。根据《专利法》第60条、第63条以及第64条的规定：管理专利工作的部门，可以做出责令侵权人立即停止侵权行为，责令改正并予公告，没收违法所得，并处罚款等行政处罚。对上述行政处罚，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起15日内依照《行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。这一体制的架构需要在地方设立管理专利工作的部门，负责处理专利侵权纠纷、查处假冒专利和冒充专利等违法行为。目前，在所有省级人民政府内，都已设立此类管理专利工作的部门，在部分设区的市级人民政府内，也已设立此类管理专利工作的部门。
专利行政复议的主体，指提出专利行政复议申请的人以及被申请人。根据前面的分析，可以将提出专利行政复议申请的人分成两类。第一类申请人是指不服国家知识产权局做出的具体行政行为，提出复议申请的人。《行政复议规程》第2条规定：公民、法人和其他组织，认为国家知识产权局的具体行政行为侵犯其合法权益的，可以依照本规程向国家知识产权局申请复议。
第二类申请人是指不服管理专利工作的部门做出的具体行政行为，提出复议申请的人。第二类申请人包括专利权人，利害关系人、被控侵权人，以及假冒、冒充专利行为人等。所称利害关系人包括专利实施许可合同的被许可人、专利权的合法继承人。专利实施许可合同的被许可人中，独占实施许可合同的被许可人可以单独提出请求；排他实施许可合同的被许可人在专利权人不请求的情况下，可以单独提出请求；除合同另有约定外，普通实施许可合同的被许可人不能单独提出请求。在专利侵权纠纷中，若专利权人或者利害关系人提起行政复议的，被控侵权人应为第三人。反之亦然。无论是第一类专利行政复议，还是第二类专利行政复议，被申请人均是做出具体行政行为的行政机关。具体而言，就是国家知识产权局或管理专利工作的部门。
专利行政复议的机构，也称专利行政复议的机构的主管机关。与专利行政复议的两类申请人一致，也存在专利行政复议的两类机构。第一类机构，《行政复议法》第14条规定：对国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府的具体行政行为不服的，向作出该具体行政行为的国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府申请行政复议。国家知识产权局属于国务院直属机构，性质上相当于国务院部门，因此，对其作出的具体行政行为，应由其本身进行复议。当然，尽管作出具体行政行为的机关与作出复议决定的机关同一，但内部的处理部门却可以不同。根据《行政复议规程》第3条：国家知识产权局法律事务处(以下简称“法律事务处”)负责行政复议的具体工作。第二类机构，根据《行政复议法》第12条的规定，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。所以，此类行政复议，既可以向管理专利工作的部门所属的本级人民政府提出申请，也可以向上一级管理专利工作的部门提出申请。
根据《复议规程 第五条规定，专利行政复议的收案范围包括：1、专利申请人对不予受理其申请不服的；2、专利申请人对申请日的确定有争议的；3、专利申请人对视为未要求优先权不服的；4、专利申请人对其专利申请按保密专利申请处理或者不按保密专利申请处理不服的；5、专利申请人对专利申请视为撤回不服的；6、专利申请人对视为放弃取得专利权的权利不服的；7、专利权人对专利权终止不服的；8、专利申请人、专利权人因耽误有关期限导致其权利丧失，请求恢复权利而不子恢复的：9、专利权人对给子实施强制许可的决定不服的；10、强制许可请求人对终止实施强制许可的决定不服的；11、国际申请的申请人对国家知识产权局根据专利法实施细则第一百零二条终止其国际专利申请不服的；12、国际申请的申请人对国家知识产权局根据专利法实施细则第一百一十五条所作复查决定不服的；13、专利代理机构对撤销其机构处罚不服的；14、专利代理人对吊销其 专利代理人资格证书》的处罚不服的；15、公民、法人和其他组织认为国家知识产权局作出的其他具体行政行为侵犯其合法权益的。
最后一项是个“兜底条款”，究竟包括哪些情形， 未见到任何解释。但从实际来看，可以肯定的是，国家知识产权局专利复审委员会所作出的任何具体行政行为都不包括在内。
《行政复议法》第9条规定：公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过60H的除外。《行政复议规程》在规范层次上仅属于部门规章，并非该条中所指的“法律”，鉴于《专利法》对专利行政复议的期限未做特别规定，所以，不管是第一类专利行政复议，还是第二类专利行政复议，都遵照该60日的规定，但是，因不可抗力或者其他正当理由耽误前款所述期限的，该期限自障碍消除之H起继续计算。
关于第一类专利行政复议，申请复议时应当符合正当申请人、复议事项范围、复议期限以及复议请求和证据等条件。具体讲，包括：(1)申请人是认为国家知识产权局的具体行政行为侵犯其合法权益的专利申请人、专利权人、布图设计登记申请人、布图设计权利人及其他利害关系人，其中利害关系人是指具体行政行为可能影响其合法权益的人；(2)有具体的复议请求和必要的证据；(3)属于申请复议的范围，例如对于驳回决定则不可以提起行政复议；(4)在规定的申请复议期限内。
申请复议应提交复议申请书一式两份，并附具必要的证据材料。复议申请书应当载明下列内容：(1)申请人的姓名、名称、通信地址；(2)具体的复议请求和理由；(3)复议申请人的签名或印章。国家知识产权局以书面形式做出具体行政行为的，应附具该文书或者其复印件。委托代理人的，应附具授权委托书。
关于第二类专利行政复议，依照《行政复议法》的一般规定，可以自知道该具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请；申请人申请行政复议，可以书面申请，也可以口头申请；口头申请的，行政复议机关应当当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、申请行政复议的主要事实、理由和时间。
关于第一类专利行政复议，国家知识产权局法律事务处收到复议申请书之日起5日内，对复议申请分别做如下处理：(1)复议申请符合《行政复议规程》规定的，予以受理，并向复议申请人发送受理通知书；(2)复议申请不符合《行政复议规程》规定的，决定不予受理并书面告知理由；(3)复议申请书不符合《行政复议规程》第13条、第14条规定的，通知申请人在指定期限内补正；逾期不补正的，视为未提出复议申请。
关于第二类专利行政复议，依照《行政复议法》第17条的规定：“行政复议机关收到行政复议申请后，应当在5日内进行审查，对不符合本法规定的行政复议申请，决定不予受理，并书面告知申请人；对符合本法规定，但是不属于本机关受理的行政复议申请，应当告知申请人向有关行政复议机关提出。除前款规定外，行政复议申请自行政复议机关负责法制工作的机构收到之日起即为受理。”
国家知识产权局法律事务处应当自受理复议申请之日起7日内，将复议申请书副本转交有关部门。该部门应当在收到复议申请书副本之日起10日内提出维持、撤销或者变更原具体行政行为的书面答复意见，并提交当初做出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。逾期不提出答复意见的，不影响复议决定的作出。复议申请人、第三人可以查阅前款所述书面答复意见以及做出具体行政行为所依据的证据、依据和其他有关材料，但涉及保密的内容除外。
原则上，复议期间具体行政行为不停止执行。法律事务处认为需要停止执行的，应当向有关部门发出停止执行通知书，并通知复议申请人及第三人。
对被申请复议的具体行政行为进行审查后，按照下列规定作出复议决定：(1)具体行政行为适用法律、法规、规章正确，事实清楚，符合法定权限和程序的，决定维持；(2)具体行政行为有程序上不足的，决定有关部门进行补正；(3)有关部门不履行法律、法规、规章规定的职责的，决定其在一定期限内履行；(4)具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更该具体行政行为，并可以决定有关部门重新作出具体行政行为。该具体行政行为不能撤销的，应当确认该具体行政行为违法：①主要事实不清、证据不足的；②适用法律、法规、规章错误的；③违反法定程序的；④超越或者滥用职权的；⑤具体行政行为明显不当的；⑥出现相反证据，撤销或者变更原具体行政行为更为合理的。撤销或者变更原具体行政行为的复议决定作出后，法律事务处在必要时可以向有关部门提出后续程序的书面建议。复议申请人可以在提出复议申请时一并提出行政赔偿请求，法律事务处应依据国家赔偿法的规定对该赔偿请求进行审理，经规定的审批程序后，在复议决定中一并对赔偿请求做出决定。
按照《行政复议法》第31条的规定，行政复议机关应当自受理申请之Et起60日内作出行政复议决定；但是法律规定的行政复议期限少于60H的除外。情况复杂，不能在规定期限内做出行政复议决定的，经行政复议机关的负责人批准，可以适当延长，并告知申请人和被申请人；但是延长期限最多不超过30日。《行政复议规程》重申了上述规定。
行政复议原则上采取书面审查的办法，但是申请人提出要求或者行政复议机关负责法制工作的机构认为有必要时，可以向有关组织和人员调查情况，听取申请人、被申请人和第三人的意见。行政复议机关负责法制工作的机构应当自行政复议申请受理之H起7日内，将行政复议申请书副本或者行政复议申请笔录复印件发送被申请人。被申请人应当自收到申请书副本或者申请笔录复印件之日起10日内，提出书面答复，并提交当初做出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。申请人、第三人可以查阅被申请人提出的书面答复、作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料，除涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私外，行政复议机关不得拒绝。
行政复议机关负责法制工作的机构应当对被申请人做出的具体行政行为进行审查，提出意见，经行政复议机关的负责人同意或者集体讨论通过后，按照下列规定做出行政复议决定：
①具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，决定维持；
②被申请人不履行法定职责的，决定其在一定期限内履行；
③具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法；决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新做出具体行政行为：a．主要事实不清、证据不足的；b．适用依据错误的；c．违反法定程序的；d．超越或者滥用职权的；e．具体行政行为明显不当的。
④被申请人不按照《行政复议法》第23条的规定提出书面答复、提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料的，视为该具体行政行为没有证据、依据，决定撤销该具体行政行为。
行政复议机关责令被申请人重新做出具体行政行为的，被申请人不得以同一的事实和理由做出与原具体行政行为相同或者基本相同的具体行政行为。
申请人在申请行政复议时可以一并提出行政赔偿请求，行政复议机关对符合《国家赔偿法》的有关规定应当给予赔偿的，在决定撤销、变更具体行政行为或者确认具体行政行为违法时，应当同时决定被申请人依法给予赔偿。申请人在申请行政复议时没有提出行政赔偿请求的，行政复议机关在依法决定撤销或者变更罚款，撤销对财产的查封、扣押、冻结等具体行政行为时，应当同时责令被申请人返还财产，解除对财产的查封、扣押、冻结措施，或者赔偿相应的价款。
行政复议决定书一经送达，即发生法律效力。被申请人应当履行行政复议决定。被申请人不履行或者无正当理由拖延履行行政复议决定的，行政复议机关或者有关上级行政机关应当责令其限期履行。
关于第一类专利行政复议，不管是原先的具体行政行为，还是后来的复议决定，其做出机关均是国家知识产权局。法治国家要求对所有具体行政行为都应该享有司法救济的权利，所以，当事人对复议决定仍不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。当然，当事人也可以选择不提起复议，而直接向人民法院提起行政诉讼。
根据《行政诉讼法》第25条规定：经复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为的，做出原具体行政行为的行政机关是被告；复议机关改变原具体行政行为的，复议机关是被告。惟在专利行政复议，复议机关和原先做出行政行为的机关同一，所以无论复议决定维持还是改变了原先的具体行政行为，都以国家知识产权局为被告。相应地，此类案件一审均由北京市第一中级人民法院管辖。对于北京市第一中级人民法院的判决，当事人还可以上诉一次。
至于第二类专利行政复议，根据《行政诉讼法》第38条规定：公民、法人或者其他组织向行政机关申请复议的，复议机关应当在收到申请书之日起2个月内作出决定。法律、法规另有规定的除外。申请人不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起15Et内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起15El内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。
关于行政诉讼被告的确定，以行政复议是否改变原行政行为而定，如行政复议维持原行政行为，原作出行政行为的管理专利工作的部门为被告，如行政复议改变原行政行为，行政复议机关为被告。行政诉讼案件由最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，复议机关改变原具体行政行为的，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。此类行政诉讼案件，其管辖法院不似第一类专利行政复议所引发的专利行政诉讼那么集中。视具体情况而定，一审管辖法院既可能是基层人民法院，也可能是中级人民法院；且往往分布在全国各地。
现行调整专利行政复议的法律、法规，主要是《行政复议法》(自1999年10月1日起施行)，《国家知识产权局行政复议规程》(自2002年9月1日起施行，以下简称《行政复议规程》)。但如果说到与专利行政复议有关联的法律、法规，则至少还有《专利法》《专利法实施细则》《行政诉讼法》《行政处罚法》《最高人民法院关于执行(中华人民共和国行政诉讼法)若干问题的解释》《专利行政执法办法》等。
《行政复议法》属于法律，《行政复议规程》属于部门规章，在两者适用关系上，应遵循上位法优于下位法的原则。《行政复议规程》第1条也明文规定其系根据《行政复议法》而制定。当然，在两者并不抵触的情况下，鉴于《行政复议规程》将《行政复议法》作了具体化，应优先考虑适用，此自不待言。需要指出的是，《行政复议规程》仅适用于针对国家知识产权局的具体行政行为提出的复议申请。针对管理专利工作的部门的具体行政行为提出的复议申请，直接适用《行政复议法》的规定。