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专利行政诉讼是指专利申请人、专利权人或者其他利害关系人认为专利行政主体的具体专利行政行为侵犯其合法权益时，依法向法院提起诉讼，法院按照行政诉讼的制度和程序，对专利具体行政行为进行司法审查、依法做出裁判的活动。
专利行政诉讼具有显著特点。
首先是司法权对行政权的监督和制约。专利行政诉讼是法院运用国家审判权来监督专利行政主体依法行使专利行政权，在专利行政相对人的合法权益遭受专利行政机关违法行政行为的侵害时，为专利行政相对人提供的保护和救济。各国专利审查制度均赋予当事人对行政部门终局裁定的司法审查请求权，专利行政诉讼作为专利审查制度的重要组成部分，是专利审查公正性和准确性的最后保障。
其次是以法院为主体的司法审查活动。法院作为独立于专利行政机关和专利相对人及其他利益相关者的居中裁判者，应专利相对人的请求，启动行政诉讼程序，根据诉讼当事人和利害关系人的陈述和意见，采取抗辩制的审查方式，就某项专利具体行政行为的依据是否合法，程序是否正当进行审查，并依法做出裁判。
第三，审级较高且具有交叉性。专利案件具有高专业性、强技术性，在管辖级别设置上一审管辖法院为中级人民法院。在专利侵权民事诉讼中，对专利效力的审查采取专利行政诉讼的方式。此时，专利侵权民事诉讼须待专利无效行政诉讼的判决生效后才能恢复审理，针对同一个专利纠纷案件，就可能同时存在两个既独立又交叉的诉讼。
根据做出行政决定的机关不同，我国专利行政诉讼主要分为以下三类：
(1)以专利复审机构作为被告的专利行政诉讼。专利申请人对专利复审机构做出的、维持专利审查机构(国家知识产权局专利局)驳回专利申请、不授予专利权的复审决定不服，或专利权人对专利复审机构做出的宣告专利权无效，或者无效宣告请求人对其做出的维持专利权有效的决定不服，可将专利复审委员会作为被告提起专利行政诉讼(((专利法》第41条、第46条)。
(2)以专利审查机构作为为被告。对专利审查机构(国家知识产权局专利局)根据专利法》第48至50条规定做出的三种强制许可的决定不服，或不服专利审查机构做出的实施强制许可使用费裁决，专利权人可提起诉讼(专利法第55条)；对国务院专利行政部门应当事人申请对专利局的具体行政行为的复议决定不服，复议申请人或者第三人可起诉。
(3)以地方管理专利工作的部门为被告。对依法在地方政府设立管理专利工作的部门，具有专利行政执法职能。专利行政相对人对其做出的责令停止专利侵权、处罚假冒他人专利、对专利代理机构或代理人惩戒等行政决定不服，可以以管理专利工作的部门为被告向有管辖权的法院提起诉讼。