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保密专利是涉及国家安全和利益的需要保密的发明专利。专利是在法律保护下公开其技术内容，并保护专利权人的利益在特定的地域和时间内不受他人侵犯，但这应该是在国家安全和利益不受影响的前提下的公开和保护。如果丧失了这个前提，就应该申请保密专利。按有关规定，涉及国家安全需要保密的，主要指国防专用技术，应由专利局授权国防专利分局受理、审查；涉及国家利益需要保密的，由专利局受理保密专利。
这些发明创造的公开会影响国家的防御能力，损害国家的政治、经济利益或削弱国家的经济、科技实力。对于军民两用的发明创造，申请人如果希望其发明能够推广应用，就不宜申请保密专利。申请保密专利的发明创造不包括实用新型和外观设计。
(1) 涉及国防利益需要保密的专利申请
由国防专利局进行审查，经审查没有发现驳回理由的，由专利局根据国防专利局的审查意见作出授予国防专利权的决定，并委托国防专利局颁发国防专利证书，同时在专利公报上公告国防专利的专利号、申请日和授权公告日。
国防专利复审委员会作出宣告国防专利权无效决定的，专利局应当在专利公报上公告专利号、授权公告日、无效宣告决定号和无效宣告决定日。
(2) 涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的发明或者实用新型专利申请
由专利局按照以下程序进行审查和管理。审查员应当对确定需要保密的专利申请案卷作出保密标记，在对该专利申请作出解密决定之前，对其进行保密管理。保密专利申请的初步审查和实质审查均由专利局指定的审查员进行。
对于发明专利申请，初步审查和实质审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行。初步审查合格的保密专利申请不予公布，实质审查请求符合规定的，直接进入实质审查程序。经实质审查没有发现驳回理由的，作出授予保密发明专利权的决定，并发出授予发明专利权通知书和办理登记手续通知书。
对于实用新型专利申请，初步审查按照与一般实用新型专利申请相同的基准进行。经初步审查没有发现驳回理由的，作出授予保密实用新型专利权的决定，并发出授予实用新型专利权通知书和办理登记手续通知书。
保密专利申请的授权公告仅公布专利号、申请日和授权公告日。