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专利侵权纠纷是指专利权人与未经其许可实施其专利的侵权行为人发生的争议。这类纠纷较为普遍，处理方式也与其他纠纷不同。
专利侵权纠纷主要有以下几种。
1．未经专利权人许可实施其专利的侵权行为
这里所说的“实施”针对不同性质的专利，其含义也有所不同，一般情况下，非法实施他人专利比较隐蔽，有时是改头换面，将原来专利进行非实质性改动，看似不同，实则没有新内容；有时只是部分侵权，侵权人的产品可能比原专利技术更进步，效果更好，但确实使用了他人专利，不论使用的程度有多大，都构成侵权。对侵权行为，专利权人或利害关系人可以请求管理专利工作的部门处理，也可以直接向人民法院起诉。诉讼时效为2年，自专利权人或者利害关系人得知或应当得知侵权行为之日起计算。
2．假冒他人专利的侵权行为
假冒他人专利是指在非专利技术产品上或广告宣传中注明专利权人的专利标记和专利号，使公众误认为是他人的专利产品的行为。被假冒的专利是客观存在的有效专利，因此这种行为直接危害专利权人的利益，欺骗消费者，扰乱了专利管理秩序，它比第一种专利侵权行为情节更为严重。
一、专利侵权纠纷的处理
(一)专利侵权纠纷的处理模式
1．当事人协商解决
专利侵权纠纷是民事纠纷，由当事人自行协商解决，有利于平息纷争，化解矛盾。修改后的《专利法》第57条首先提倡这种解决方式。但是协商解决不是请求处理或者起诉的专利侵权纠纷的处理模式一般有协商解决、行政处理、司法解决和诉前临时措施前提条件。当事人不愿意协商的，可以直接通过行政或司法程序处理侵权纠纷。
2．行政处理
由管理专利工作的部门处理专利侵权纠纷是实现专利权保护的重要途径。依《专利法》第57条规定，专利管理机关处理侵权纠纷时，有权认定侵权行为是否成立；认定侵权行为成立的，有权责令侵权人立即停止侵权。对专利管理机关的处理决定，当事人不服的，可以在收到处理通知之日起15天内向法院提起行政诉讼。侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，专利管理机关可以申请人民法院强制执行。
专利管理机关也可以对侵犯专利权的损害赔偿问题进行调解。但损害赔偿属于典型的民事救济方式，专利管理机关只能应当事人的请求进行调解，不作处理决定。调解不成的，当事人可向人民法院提起专利侵权的民事诉讼。
3．司法解决
所谓专利权纠纷的司法解决是指为了有效地对侵犯专利权行为予以制裁，给权利人以适当的补救，维护市场秩序，司法机关给予专利权人以必要的司法救济。当专利权受到不法侵害时，专利权人可以直接向人民法院起诉。依照最高人民法院的规定，专利侵权纠纷的第一审人民法院，是各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院、各经济特区的中级人民法院及各地高级人民法院指定、经最高人民法院同意的较大城市的中级人民法院。基层人民法院和其他中级人民法院不能作为第一审法院审理专利侵权纠纷案件。
4．诉前临时措施
诉前临时措施，是指在诉讼开始之前，为制止正在实施或即将实施的侵权行为所采取的措施。修改后的我国《专利法》新增的第61条规定：“专利权人或者利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其专利权的行为，如不及时制上将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。人民法院处理前款申请，适用《中华人民共和国民事诉讼法》第93条至第96条和第99条的规定。”诉前停止侵权行为的措施，在英美法和大陆法系中被称为“临时性禁令”，TRIPs协议第50条称之为“临时措施”。诉前l临时措施可以理解为专利权人在寻求法律保护中特殊的司法救济方法。一方面，权利人还没有实际的损害后果；另一方面，行为人的实施行为却受到了人民法院的禁止。这种保护方法援引了民法上对物权的保护防卫性理论①，法律允许专利权人在其权利实际受到侵害之前请求司法机关制止正在实施或者即将实施侵犯其专利权的行为，可以有效地防止即发侵权后果的产生，起到了权利的防卫作用。因为专利权具有无形性，它不能像有形财产那样为所有人通过占有的方式来保护，它较其他财产权更容易受侵害，因此，对专利权侵权行为的规制，仅局限于侵权行为开始之时，往往会使权利人陷入被动的局面，一旦受到侵害，可能会造成不可弥补的损失。而从事后救济转向事前防卫，则能更为有效地保护权利人的利益。
(二)专利侵权纠纷中的举证责任
一般情况下，在专利侵权纠纷中，专利权人或者利害关系人对自己提出的主张，有责任提供证据。但是，根据我国《专利法》第57条第2款的规定，当专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利时，举证责任发生转移，由制造同样产品的被告提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。如果被告能证明其产品是用专利方法以外的方法获得的，侵权行为不成立。反之则推定其侵犯了专利权。
对涉及实用新型专利的侵权纠纷，新的《专利法》也增加了专利权人提供证明的义务，以防止实用新型专利权人过于轻率地提出侵权诉讼，新《专利法》第57条第2款规定，专利侵权纠纷涉及实用新型专利的，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人出具由国务院专利行政部门作出的检索报告。检索报告用以确定该实用新型专利是否具备新颖性、创造性、实用性等实质要件，是人民法院审理实用新型专利侵权案的重要参考依据。