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行政事业单位预算管理是财政部门同行政事业单位的主管部门之间，行政事业单位的主管部门同所属的行政事业部门之间关于财政资金的分配使用，领拨缴销的方法、形式，以及责任、权力与利益划分的基本组织制度。
由于行政事业单位的资金管理必然涉及到预算的管理，而预算的管理是分级次的，所以在谈到行政事业单位的资金管理时，必须明确是那一预算级次的资金管理。不同级次的预算单位具有不同的资金管理职责权限。
现行行政事业单位的预算管理级次分为三级，即：
1．一级预算单位。
它直接向同级财政部门编报预算，领拨缴销预算资金。有些一级预算单位，同时负责核定所属单位预算，向所属单位转拨汇缴预算资金，也称为主管预算单位。
2．二级预算单位。
它向上一级预算单位或上级预算单位编报预算，领拨缴销预算资金，并负责核定所属单位的预算，向所属单位转拨汇缴预算资金。
3．三级预算单位，也称基层预算单位。
它向二级预算单位或直接向一级预算单位编报预算，领拨缴销预算资金，没有所属预算单位。
行政事业单位预算管理，包括全额预算管理、差额预算管理和自收自支管理。
1．全额预算管理：即没有稳定的经常性业务收入或收入较少的(一般占单位经常性支出的百分之三十<不含>以下)，各项支出全部或主要由国家预算拨款供应的单位，实行全额预算管理。
(1)对全额预算管理单位实行多种形式的预算包干、结余留用、超支不补的预算管理办法。主要形式有：经费和任务挂钩，一年一定；核定基数，比例递增(减)；包死基数，一定几年等。各单位可结合本单位实际情况，报经主管部门或财政部门批准，执行其中某种管理形式。如支出经费全部包干，结余留用，超支不补。即国家财政根据财力可能，按照单位的基数和定额，核定单位年度预算，由单位包干使用，在预算执行中，除特殊原因外，不予调整预算，年终结余留用，超支不补。又如支出经费部分包干，包干部分结余留用。即国家财政把单位支出中的某些项目费用核定定额包干使用，在保证完成包干项目计划和任务的前提下，包干项目的费用结余留给单位按规定支配使用。其余未包干项目按核定定额安排使用。
(2)对有条件逐步向差额预算管理过渡的全额预算管理单位，单位主管部门和财政部门应促其向差额预算管理过渡。即凡是有一定收入的全额预算管理单位，财政部门应会同单位主管部门对其收入规定一定的比例或数额，抵顶事业费预算拨款。
2．差额预算管理：指有一定数量的稳定的经常性业务收入，但还不足以解决本单位的经常性支出，需要财政补助的事业单位，则实行差额预算管理。
(1)对差额预算管理单位实行核定收支、定额(或定项、差额)补助、增收节支留用、减收超支不补的办法。
一是定额补助，结余留用。即国家财政对于支大于收的预算单位，根据其收入和支出的情况，选择一个特定的业务计垦单位(如医院的病床数)，核定基数，确定补助定额，计算同年度差额补助数，由国家预算拨款定额补助，由单位安排使用，自求平衡，结余留用。
二是定项补助，结余留用。即财政部门对事业单位的全部收支进行管理，根据收支情况，确定一个或几个支出项目，按照基数和定额，核定单位年度预算补助数额，其余项目的支出，由单位业务收入抵支，结余留用，超支不补。
三是差额补助，结余留用。即国家财政核定单位收支预算，单位收入抵补其支出后的差额，由财政拨款补助，年终结余由单位自行安排使用。
(2)对有条件逐步向自收自支管理过渡的差额预算管理单位，应逐步减少事业费补助，在其主管部门会同财政部门规定的年限内达到经济自主，实行自收自支管理。
3．自收自支管理：即有稳定的经常性收入，可以解决本单位的经常性支出，但尚未具备企业管理杀件的事业单位，实行白收自支管理。主要包括以下五种形式：
(1)对自收自支管理单位实行核定收支、增收节支留用、减收超支下补的办法。
(2)收入大于支出较多的单位，在核定其收支数时规定其收入的一部分上交财政，或上交主管部门。上交主管部门的部分可抵顶财政对该部门的事业费拨款，具体核定比例或数额由财政部门会同单位主管部门确定。
(3)实行自收自支管理的事业单位，其单位的事业性质不变，职工的工资、福利待遇等均执行国家对事业单位的有关规定。
(4)实行自收自支管理的事业单位仍属预算内事业单位，按照国家规定编报年度财务收支计划和决算，接受财政、审计等监督。
(5)对有条件向企业管理过渡的自收自支管理单位，其主管部门和财政部门应规定期限，促其实行企业管理。实行企业管理后，执行国家对企业的有芣规定。
行政事业单位预算管理审计即对预算单位办理经费支出审计、经费包干结余审汁、单位基金管理审计和事业费节约使用审计等内容。
1．预算单位办理经费支出审计。
(1)审查是否按批准的预算和计划用款。各单位的经费支出，是否按照批准的预算和计划所规定的用途和开支范围办理，有无办理无预算、超预算支出，或以领代报，以拨作支的问题。
(2)审查是否按财务制度和开支标准办理支出。国家规定的各种财务制度和费用开支标准，各单位是否严格遵守，有无违反财经纪律，随意报销支付的问题。
(3)审查是否勤俭节约，注重经费支出的经济效果。各单位办理经费支出是否注意艰苦奋斗，勤俭节约，既考虑完成行政事业任务的资金需要，又尽可能合理节约地使用资金，特别是力求注重经费支出的经济效果。
(4)审查是否按规定的资金渠道分别列支。即属于预算外的支出，是否列入预算内；属于基本建设的支出，是否列入行政事业费用内。
(5)审查是否有合法凭证，支出是否有根有据。各项支出是否取得合法的原始凭证，做到有根有据；对各项付款姆销支出凭证是否认真审查，符合规定要求。
2．经费包干结余审计。
(1)审查经费包干结余的范围。一是审查全额预算包干的单位，其年终经费结余，是否都是包干结余，由单位全数留用，未予收回。二是审查早——项或某几项预算包干的单位，其年终经费结余中，属于包干的结余资金，是否留给单位，未予收回；不属于顶算包干结余的资金，年终是否收回；三是审查不实行预算包干的单位，其年终结余是否收回。
(2)审查单位经费包干结余的提取是否按规定正确计算。单位经费包干结余是否按规定设置“事业发展基金”(行政单位为机关基金)、“职工福利基金”和“职工奖励基金”等。各项基金的具体提取比例，是否按同级财政机关或上级单位的规定正确计算，有无随意变动；各项基金是否按照规定作用掌握使用，有无将事业发展基金用于集体福利或发放奖金。
(3)审查经费包干结余，是否纳入单位预算内进行核算，有无擅自转为预算外资金的问题。
(4)审查包干结余支出的其他管理，是否比照经费支出的办法办理。
3．单位基金管理审计。
(1)审查全额预算管理单位的预算包干结余经费，是否分别建立事业发展基金(机关基金)、职工福利基金和职工奖励基金。
(2)审查差额预算管理单位和自由自支管理单位是否逐步建立修购基金制度，修购基金是否从收入中提取。有条件的自收自支单位是否逐步建立折旧制度。单位增收节支结余的经费是否建立事业发展基金、职工福利基金和职工奖励基金；有条件的自收自支单位是否建立后备基金，增强单位发展后劲。
(3)审查各事业单位各项基金提取比例是否符合国家规定。各事业单位情况不同，各项基金的提取比例亦有所差别。即同一类型事业单位的职工奖励基金，自收自支管理单位是否高于差额预算管理单位；差额预算管理单位是否高于全额预算管理单位；差额预算管理单位向自收自支管理过渡后，是否实行与事业费减拨速度挂钩的办法。各事业单位职工奖励基金的具体比例和办法是否由单位主管部门会同财政部门规定。
4．事业费节约使用审计。
(1)审查各事业部门、单位是否本着少花钱、多办事的原则，在财政部门核定的年度预算范围内，合理安排各项支出，包干使用，结余留用，超支不补。年度预算在执行中，是否除国家重大政策变动和特批项目外，一律未予追加。
(2)审查一切有条件的事业单位，是否挖掘内部潜力，扩大有偿服务，合理组织收入，努力提高事业经费自给水平。对固定收入较多的事业单位，是否根据其经济自立程度，分别不同情况，实行差额补助、定项(或定额)补助、自收自支或企业化管理的办法。对全额预算管理的事业单位，是否促使其积极组织收入，抵顶部分预算拨款。具体办法是否由各级财政部门同事业单位主管部门制定。
(3)审查有偿还能力的事业单位或有经济效益的事业项目，资金暂时周转困难需要财政部门支持，是否采取“周转金”方式，借给单位，按期归还，实行财政资金有偿使用。
(4)实行自收自支管理的事业单位仍属预算内事业单位，是否按规定编报年度财务收支计划和决算，接受财政、税务、审计等监督。
(5)对有条件向企业管理过渡的自收自支管理单位，主管部门或财政部门是否规定期限，促使其实行企业管理。实行企业管理后，是否执行国家对企业的有关规定。