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药品平行进口是指第三人在未经专利权持有人许可的情况下，将在一国市场经持有人许可或经其同意销售的专利药品进口到另外一个国家销售的行为。
平行进口究其本质是经济利益驱动的产物，产生的原因是由于平行进口商品在原产国与在中国销售价格存在差异，这种差异到达一定程度，即大于从事平行进口的交易成本，那么平行进口商即可从中获利。
这种价格差异由几条途径产生：一是生产商或销售商为获取最大利润有意识地在不同国家的市场上实行价格差别化策略。二是由于各国经济、科技发展水平的差异及劳动力成本等的不同从而造成生产成本的不同。三是国际汇率的波动。任何一个商标产品在一国的定价在一定时期内会保持稳定。两国汇率变化会影响到两国商品的国际价格差异，当这两国货币汇率变化达到一定程度时，平行进口商就会从中获利。四是平行进口商分销或转销的成本较低。因为平行进口商一般没有固定或只有少量的销售场所设施，通常既不需要做广告或开展各种促销活动，也不提供售后服务。他们只是利用先行进口商建立起的市场和信誉，其搭便车的行为可以使平行进口商以较低的价格销售其商品，并给自己带来了巨额利润。五是市场竞争状况的作用。这主要是由于商标产品在一国有着很大的需求，同时商标产品的商标权人利用自己的垄断地位，在高价位上获得高额的垄断利润。
目前我国药品市场价格差异主要由上述第五种途径产生。我国作为发展中国家，是药品的需求大国，也是技术引进的大国，药品的专利保护使得专利权人利用自己的垄断地位，获得高额的垄断利润。面对较高的专利药品垄断销售价格和高额的垄断利润，专利药品平行进口商看到了巨大的获利空间，理所当然希望进入并从中获利。
对药品平行进口国而言，由于药品平行进口是经济利益驱动的产物，那么它必然会对药品专利权人及消费者产生不同的影响，使相关的利益得到重新分配。
(一)药品平行进口的短期影响
对药品专利权人的影响。美国著名经济学家曼斯菲尔德通过研究分析得出，如果没有专利保护，60%的新药就不会被发明。同时大量经济学研究发现，药品平行进口对降低生产成本的研发活动有明显的抑制作用。据美国药物研制与生产者协会的数据显示，平均需要5亿美元和12～15年的时间才能将一种新药推向市场。而一种新药从开发到最后上市，成功率约为万分之一，其问的投资和风险均由医药公司承担。由于专利权的授予可以为公司较快收回投资，如英国葛兰素史克公司专利药品的收入占70％以上，因此药品的研发客观上需要强化专利保护。
无论从短期还是长期来说，平行进口对药品专利权人的影响总是负面的。短期来看，平行进口加剧了输入国同类产品的竞争，削弱了原有厂商的垄断地位，降低了药品价格，从而降低厂商的利润。另外，由于平行进口商一般没有固定或只有少量的销售场所没施，通常既不需要做广告或开展各种促销活动 他们只是利用先行进口商建立起的市场和信誉，其搭便车的行为也损害了专利权人的竞争优势。
对消费者的影响。从短期来看，对于药品平行进口国消费者而言，平行进口一般会降低输入国药品价格，这相当于增加了消费者的净收人，有利于提高消费者剩余。但如果平行进口商的这种低价是以牺牲部分销售服务(包括售前和售后服务)的标准或质量存在差别为代价，那么对消费者的影响则取决于消费者对价格的减让幅度与因缺少销售服务或存在质量差别而造成的损失之间的权衡。
(二)药品平行进口的长期影响
从长远角度看，药品平行进口的影响取决于市场的需求状况和药品平行进口的程度以及由此而导致的药品专利人获利减少的程度。对药品厂商而言，过度的平行进口使得获利减少，将直接导致研发经费的减少，提高产品质量的动力减少，不愿意对新品牌投资，这将导致产品质量的整体下降，甚至会使他们退出现有的药品市场。这种长期影响也将会抵消短期内消费者因商品价格下降所获取的利益。适度的药品平行进口则不仅会使消费者获取低价的利益，而且会迫使专利厂商为了维持竞争优势获得垄断利益，从而改进生产技术，提高产品质量，制定更加合理的价格策略，同时加强销售渠道的控制和监督，最终提高服务质量。
《TRIPS协议与公共健康多哈宣言》指出，药品专利权人和公众之间的利益平衡，应当以正义作为社会制度的首要价值，两者之间的利益平衡应体现“合乎最少受惠者的最大利益”的正义原则，这为药品平行进口争端做出了较为理性的裁判。
是否允许药品平行进口，国外已有许多相关经验。南非政府已于1997年通过了医药法，允许平行进口药品；而欧美国家为了促使国外的先进技术产品进口到本国，多数对平行进口问题采取“默认许可”原则，即只要专利权人在外国销售其专利产品时没有明确提出限制条件，就不能够禁止他人将出售后的专利产品进口到本国来，不也能禁止进口后的专利产品在本国的进一步使用和转销；日本最高法院1997年7月1日在处理“BBS铝制车轮”侵权诉讼案时就肯定平行进口未构成侵权。
鉴于我国的实际情况，笔者认为，是否允许药品平行进口以及允许药品平行进口的程度大小取决于对各方利益的权衡。通过利益的权衡，一方面使药品专利权人能够获得一定的垄断利润，以调整其改善产品质量，提高产品服务的积极性和创造性。另一方面，消费者的利益也要受到保护，防止专利权人滥用权利，侵害消费者利益，破坏市场经济秩序，从而有利于我国的药品行业长远发展。
我国应充分利用TRIPS协定留给各国的自由空间，坚持区别对待的适度平行进口政策。要立足于我国的整体利益，允许药品平行进口，但要对药品平行进口的规模加以控制，同时对某些药品的平行进口应予以限制。
首先，允许药品平行进口是我国国情的需要。目前我国的经济实力和科技水平与发达国家相比还有较大的差距，药品领域的专利权大多由外国专利人掌握，我国的药品产业发展在相当程度上仍依赖于国外技术和产品的引进。允许药品平行进口对我国总体影响呈现正面特征，可以控制药品专利权的滥用和防止市场过度垄断，促进市场竞争，从而降低高昂的专利药品价格，保护消费者的利益。
当然，允许平行进口将使药品专利权人的利益受损，过度的平行进口肯定会消弱其从事新技术、新产品研发，提高服务质量的动力，从而影响我国药品行业的发展。因此，应适度控制平行进口的规模和质量，对药品专利权人产生正面的导向作用，迫使其为了维持垄断利益，提高产品服务质量和技术研发的能力。
其次，坚持区别对待是保护我国药品产业发展的需要。对我国部分有发展潜力的药品种类应当加强竞争力的培育，给予适当保护，促进我国药品行业的健康发展，因此在一定时期内应限制此类药品的平行进口，使其免受来自外国药品企业的冲击。例如，我国企业经过多年研究开发、已接近世界先进水平的头孢系列产品及相关中间体，这类产品临床需求量很大，从发展势头看，经3～5年的发展，就可以与国外产品竞争。另外，有些我国授权的专利药品被平行进口商返销回国内，虽然这样可以促进竞争 降低价格，短期内增加消费者利益，但这势必削弱国内厂商的竞争力，破坏市场的秩序，应限制此类专利药品的平行进口。从长远来看，我国药品产业竞争力的提高及健康发展必将最终有利于我国的经济发展和社会公众的整体利益。
再次，药品平行进口对解决我国的公共健康问题具有重要意义。制药产业的竞争优势来自于创新成果所取得的专利，专利所提供的法律保护可以确保企业在研发中投入的高昂成本获得足够的商业利益，继而为新药的研究开发提供连绵不绝的原动力，从而开发出更多更好的药品来治疗疾病，以解决公共健康问题。但是，不可否认的是，对药品实施专利保护的做法，在某种程度上有可能影响公共健康问题的解决。
当出现公共健康问题的时候，如果治疗有关传染病的药品被授予专利权，该药品的生产和销售均受到专利权人的控制，就有可能导致公众无法以低廉的价格及时获得足够的药品。允许平行进口其他地区通过强制许可证生产的低价药物可以有效破解落后地区欠缺制造能力的问题。