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经济效益审计程序是指效益审计工作从开始到最后结束的过程。为保证工作质量，提高工作效率，达到科学化、规范化、标准化，必须按照一定的工作顺序进行审计。
(1)准备阶段。包括两方面：一是组织、思想的准备，二是实务准备，具体有以下准备工作。
①收集资料信息。主要是被查单位的各种管理制度、计划、规划、市场信息、统计会计报表，以及各种内控制度和目前国家的有关法规政策等综合性资料。
②审计立案。根据以上收集的各种信息资料，选择审计对象，明确审计目的。
③拟定审计调查提纲。调查内容一般是在资料收集中未了解到的情况，内容可以更具体些。
④选择标准。经济效益审计通过对各种经济指标的分析、研究、对比、考核，评价被审计单位经济效益的好坏。因此，必须建立比较衡量的标准。根据具体情况，确定合理、有效的可比标准，是搞好效益审计的主要一环。
⑤制订计划、发出通知。上述阶段工作结束后，审计人员可根据掌握的实际情况，编制车计计划(可按总体计划和具体计划分别制定)，根据计划实施审计。
(2)实施阶段即审计阶段。包括以下内容：
①听取被审单位的介绍，围绕主题进一步摸清情况，对影响经济效益的重要问题，应询问清楚。
②采取各种审计方法，对有关数字、资料进行比较、分析、考核、查证，找出经济效益优劣的主要原因。
③测算数据，提出建议。通过审计找出影响经济效益的主要因素，有针对性地提出具体措施，并测算出因实施措施而能实现的经济效益，对好的经验予以肯定推广。完整的效益审计不仅要有定性的考核，还须有定量的考核，给被审单位提供明确的目标和实现目标的途径。
④作好审计记录，在整个审计过程中，作好工作底稿的记录，是十分重要的。通过记录，可以把审计资料完整地、系统地加以归类整理，它不仅是审计人员能力的表现，而且是审计终结后，编写审计报告的重要依据。
(3)终结阶段。经过前述审计工作，应对被审情况作出客观公证有建议性的总结报告。报告应分清主次、轻重、缓急进行归类分析，用数字、证据对照审计标准，从各个角度进行衡量，对被审单位的经济效益作出评价并提出建议及改进措施。
(4)后续阶段。经济效益审计报告中，通常有提高经济效益的建议。这些建议落实得如何，是否被企业所接受，效果怎样，需要进行后续审计。后续审计的作用不仅在于督促企业认真落实审计建议，而且也是对审计结论的检验，以便总结经验，提高经济效益审计的水平。
经济效益审计程序有其自身的特点，主要表现在以下几方面：
其一，确定审计项目很慎重。财务审计主要是评价财务收支及其有关经济活动的真实性和合法性，而经济效益审计在评价其效益性以后，还要考虑提高经济效益的途径，潜力或措施，否则，难以作出符合客观实际的审计结论。因此，在确定项目之前，要细致地调查将要审计的重点，主要的问题，及其可能解决的途径。只有这样，才能有效地开展审计工作，并取得应有的效果。
其二，收集资料要广泛。由于经济效益审计牵涉的面很广，因而不仅要收集财务收支方面的数据，而且还要收集生产技术、经营管理、建设工程等方面的资料。因此，在确定审计项目以后，应根据审计目的向有关方面广泛地了解情况，收集资料，使经济效益审计工作顺利地开展。
其三，编制计划要细致。由于经济效益审计涉及到生产、技术、经营等各个方面，计划工作相对于财务审计来说，更需要做得细致一些，要通过编制计划来明确审计项目的目的、要求、重点、范围、步骤和进度，用以组织和协调整个项目的审计工作十以便检盏审计工作的进度和成果。
其四，审计方法多种多样。由于绎济效益审计的范围非常广泛，涉及到被审计单位各项资源利用和开发的各个方面，因而就需要运用；各种审计方法进行各项测试，以便找出薄弱环节，提出改进意见。经济效益审计的方法在种类和方式上比财务审计要多得多，经济效益审计除要应用财务审计的方法外，还要广泛地应用数量分析方法，经济活动分析方法、技术经济论证方法等。因此，在审计的实施阶段，就需要运用各种经济效益审计方法对被审计单位各项资源利用程度和开发途径进行测试，作出评价。
其五，审计决定较少采用。在财务审计过程中，要对合法、合规、正确、真实等方面的问题进行审查，审查后，要作出审计决定，通知被审计单位执行。而经济效益审计一般不涉及或较少涉及合法、合规；正确，真实等方面的问题，因而一雄不下达强制性的审计决定给有关部门执行，而只须要写出审计报告和审计结论，由被审计单位自行改进。因此，在经济效益审计的报告阶段，很少作出审计决定这一强制性的做法。
其六，后续审计更重要。经济效益审计的结论是否正确，需要一个比较长的时间进行验证，经济效益审计不仅要探寻经济效益的实现程度和开发途径，而且要帮助被审计单位实现经济效益。但是，经济效益的实现，并非一朝一夕之功，尚须被审计单位的职工付出艰辛的劳动。因此，后续审计阶段在经济效益审计的程序上就显得更为重要，而且是必不可少的一个阶段。