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瑕疵商事登记是指登记事项与实际情况不符的登记。
瑕疵商事登记按照不同的角度进行分类可以分成以下几种主要形态：
1.按照登记的种类不同可以分为设立登记时的瑕疵和变更登记时的瑕疵；
2.按照主观过错可分为虚假登记和不实登记，其中虚假登记是指因故意而导致的虚假登记，不实登记是指因过失而导致的虚假登记；
3.按造成瑕疵登记的行为人分可分为因申请人的原因导致的瑕疵登记、因中介机构等第三人的原因导致的瑕疵登记以及因登记机关的原因导致的瑕疵登记；
4.按照登记事项的瑕疵分可分为必要登记事项的瑕疵和相对登记事项的瑕疵；
5.按照登记的阶段可分为登记事项与公告事项不一致的瑕疵。
造成瑕疵登记的原因是多方面的，但如果从主观原因上分析无外乎两种：即过失和故意。对于过失造成的瑕疵登记主要是因为相关人(包括申请人、中介机构等第三人和登记机关)的疏忽大意造成的，往往在纠纷发生之前尚未发觉瑕疵登记的事实。而对于故意造成瑕疵登记的行为，往往因为动机和目的的不同，造成主观故意内容的不同。有的是以损害国家、集体或他人的利益从而来为自己谋取利益的，如虚报注册资金的行为就是典型的例子。而有的是因为种种原因不宜进行某种登记，而主观上没有以损害国家、集体或他人的利益为内容的。如关于公司中显名股东和隐名股东的问题。这两种情况虽然都是主观上有故意，但是由于故意的内容不同，法律上对这两种故意造成的瑕疵登记所产生的效力也就作了不同的规定。
(一)从结果角度分析瑕疵登记的效力
l、设立时瑕疵登记的效力
设立时的瑕疵登记的效力是指该瑕疵登记是否导致该设立行为无效。主要有两种观点：一种观点认为设立时的瑕疵登记当然导致设立登记的无效从而导致商主体的法人人格被否定；另一种观点认为设立时的瑕疵登记并不必然导致设立登记的无效也就是说商主体的法人人格并不当然被否定。
对此依公司的设立登记为例世界上两大主要法系国家均确立了公司法人格免受公司设立瑕疵影响的原则。即即使公司在设立过程中存在某些瑕疵，只要公司获得设立证书，公司的独立人格就会受到尊重，公司股东、公司债权人或其他利害关系人均不得向法院起诉，要求法院宣告所设立的公司无效。同样在我国，虽然《公司法》没有就公司设立瑕疵的效力问题作出明确说明，但是，我国《公司法》和《公司登记管理条例》均在实际上已经暗含地认可了两大法系国家法律所实行的原则。《公司法》第31条规定有限责任公司成立后，发现作为设立公司出资的非货币财产的实际价额显著低于公司章程所定价额的，应当由交付该出资的股东补足其差额；公司设立时的其他股东承担连带责任。
根据我国《公司法》第23条的规定最低注册资本是作为有限公司设立的有效要件的，因此，公司在设立时应当具备最低注册资本。但是，根据《公司法》第31条规定，公司并不因为设立时不具备最低注册资本而无效，只要有限责任公司获得了法人格，则即便公司在设立时不具备所要求的最低注册资本，公司仍然有效设立，公司债权人、股东或其他人员不得以公司在设立时不具备最低注册资本为由而主张公司设立无效。如果他们认为公司在设立时不具备最低注册资本这一必备条件，他们可以提起诉讼，要求公司股东根据《公司法》第3l条来承担资本的补充责任。
而根据《公司法》第199条的规定，违反本法规定，虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，对虚报注册资本的公司，处以虚报注册资本金额5％以上15％以下的罚款；对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以5力I元以上50力．元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。这就表明了在我国即便公司的设立违反了公司法所规定的条件和程序，只要公司获得营业执照，公司法人格即应得到维持，公司不应当被宣告无效，这实际上就是英美法所规定的公司设立证书的确定性效力。但是，对此有一个限制即如果公司的设立严重违反《公司法》所规定的条件或程序，则公司可以被有关机关撤销。同样我国的《公司登记管理条例》第68条和69条的规定也表明了在我国公司的瑕疵设立登记并不必然导致公司法人格的否定。第68条规定虚报注册资本，取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，处以虚报注册资本金额5％以上15％以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。第69条规定提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实，取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，处以5万元以上50万元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。
2、变更时的瑕疵登记的效力
变更登记是指申请人在取得商主体资格并存续期期间，由于种种原因对已经登记之事项进行的变更登记。具体包括：名称、住所、经营场所、法定代表人、经济性质、经营范围、经营方式、注册资本、经营期限、增设或撤销分支机构、股东的变化以及合并和分立等。变更的事项依照法律法规的规定必须要向法定登记机关进行登记，申请人不得擅自改变登记事项。经过登记后的事项产生对第三人的对抗效力，未经登记的事项不产生对抗第三人的效力。这就是登记的公信力理论。
变更时的瑕疵登记主要是指在现实中已经进行了变更且依规定应该办理变更登记的却没在登记机关办理变更登记事项或者作了不实登记。它实际上包括了两种情况，一种是应登记而没登记：如公司更换了法定代表人，依法应该在登“机关进行变更登记，但公司没有进行变更登记：另一种是登记了但不实，如公司的股东事实上由甲变更为了乙，但在登记机关却变更为了丙。
(二)从原因角度分析瑕疵登记的效力
从原因角度进行分析瑕疵登记的效力是指由于相关人的主观过错造成瑕疵登记时对该相关人的效力，也就是说由于该相关人的主观过错造成瑕疵登记时该相关人应该承担什么责任的问题。由于商事登记的相关人可以分为申请人、第三人及登记机关，因此下面就从因申请人的原因、因第三人的原因、因登记机关的原因三方面进行分析。
l、因申请人的原因
因申请人的原因造成瑕疵登记应区分申请人是善意过错还是恶意过错。对于善意过错一般认为申请人只需承担补正的责任，而对于恶意的过错除了需要承担补正的责任外还应承担相应的行政责任甚至刑事责任。我国《公司登记管理条例》第68条规定，虚报注册资本，取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，处以虚报注册资本金额5％以上15％以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。第69条规定提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实，取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，处以5万元以上50万元以下的罚款：情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。《公司法》第212条第2款规定公司登记事项发生变更时，未依照本法规定办理有关变更登记的，由公司登记机关责令限期登记；逾期不登记的，处以1万元以上10万元以下的罚款。《刑法》第158条第1款规定申请公司登记使用虚假证明文件或者采取其他欺诈手段虚报注册资本，欺骗公司登记主管部门，取得公司登记，虚报注册资本数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处虚报注册资本金额1％以上5％以下罚金。这种规定是以“诚信原则”和“禁反言”的法学原理为基础的，其目的在于通过国家的监管增强登记的公信力。
2、因第三人的原因
因第三人的原因造成瑕疵登记主要是指如会计师事务所、金融机构等为商主体出具不实或虚假的验资证明所造成的瑕疵登记。
对于这种瑕疵登记，会计师事务所、金融机构该承担何种责任的问题，我国在不同的法律法规及司法解释种就不同的责任形式作了规定。我国《注册会计师法》第42条规定会计师事务所违反本法规定，给委托人、其他利害关系人造成损失的，应当依法承担赔偿责任。最高人民法院也相继出台了若干司法解释。如最高人民法院于2002年2月9同发布的《最高人民法院关于金融机构为企业出具不实或虚假验资报告资金证明如何承担民事责任的通知》的第1条规定，出资人未出资或者未足额出资，但金融机构为企业提供不实、虚假的验资报告或者资金证明，相关当事人使用该报告或者证明，与该企业进行经济往来而受到损失的．应当由该企业承担民事责任。对于陔企业财产不足以清偿债务的，由出资人在出资小实或者虚假资金额范围内承担责任。第2条规定，对前项所述情况，企业、出资人的财产依法强制执行后仍不能清偿债务的，由金融机构在验资不实部分或者虚假资金证明金额范围内，根据过错大小承担责任，此种民事责任不属于担保责任。
于2006年1月1日实施的《公司法》第208条第3款作了更明确的规定，承担资产评估、验资或者验证的机构因其出具的评估结果、验资或者验证证明不实，给公司债权人造成损失的，除能够证明自己没有过错的外，在其评估或者证明不实的金额范围内承担赔偿责任。以上规定的责任形式是一种民事责任。而《公司法》第208条第1款和第2款则就行政责任作了规定，承担资产评估、验资或者验证的机构提供虚假材料的，由公司登记机关没收违法所得，处以违法所得1倍以上5倍以下的罚款，并可以由有关主管部门依法责令该机构停业、吊销直接责任人员的资格证书，吊销营业执照。承担资产评估、验资或者验证的机构因过失提供有重大遗漏的报告的，由公司登记机关责令改正，情节较重的，处以所得收入1倍以上5倍以下的罚款，并可以由有关主管部门依法责令该机构停业、吊销直接责任人员的资格证书，吊销营业执照。如《公司登记管理条例》第79条也就行政责任作了同样的规定。
3、因登记机关的原因
对于因登记机关的原因造成瑕疵登记从广义上讲不仅仅是登记事项的瑕疵还包括应予登记而没给登记或不应登记而给了登记两种情况。对于这两种情况《公司登记管理条例》第81条和82条分别不同情况作了规定。其中第81条规定公司登记机关对不符合规定条件的公司登记申请予以登记，或者对符合规定条件的登记申请不予登记的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。第82条规定公司登记机关的上级部门强令公司登记机关对不符合规定条件的登记申请予以登记，或者对符合规定条件的登记申请不予登记的，或者对违法登记进行包庇的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。但是这两条规定仅仅表明了追究的是一种行政机关内部的行政处理。而对于因登记机关的原因造成瑕疵登记从而造成申请人或第三人受损的，登记机关是否应当承担赔偿责任，我国现有的法律法规都没规定。而笔者认为作为国家行政机关，因为自己的过错造成相对人损失的就应该承担相应的赔偿责任。这样做既是依法行政，建设法治国家的需要，也是促进登记机关的工作人员工作责任心，保障公民合法权益的需要。