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环保资金效益审计是对政府环境保护资金筹集 使用和管理过程的真实性 合法性和效益性进行的审计监督。
目前，我国的环保资金效益审计尚处于起步阶段，虽然近几年探索地开展了一些环保资金审计工作，并取得了一定的效果，但总体上仍与我国社会经济、人口、环境的可持续发展要求极不适应。如何将我国现有的环保资金效益审计引向深入，我们认为，目前还存在许多问题需要解决。
(一)未建立量化考核指标体系
开展环保资金效益审计是以经济监督的手段，达到促进环境和经济协调发展的目标，必然以会计信息为主要前提。会计信息构成审计对象，会计准则、制度等又成为审计的主要依据。而我国则在环保资金运用的界限上没有明确的规定，影响环保资产、负债、成本的核算。审计实践中由于环保资金还没有建立环境会计理念，在环保资金使用等对环境的正、负面影响效果的基础数据，环保成本、收益和资金运用效果，难以取得。并且目前对生态环境的评价，其量化指标体系还没有建立标准。使得审计人员对环保资金使用的效果难以进行定量分析，确定效果。
(二)缺乏明确的审计操作平台与标准
审计部门来说是一项全新的工作，原有的操作规范，档案管理，考核体系，质量标准等都是以财务收支、合规性审计为前提建立起来，不适应绩效审计的开展。由于缺乏绩效审计操作规范，审计人员开展绩效审计难免会受到现有体系的制约。我国已颁布的审计准则和行业审计规范中，均没有环保资金效益审计方面的有关行业审计规范和评估标准，这给环保资金效益审计实际工作带来一定的难度，审计机关和审计人员在被审计单位的环保资金效益进行评价时缺乏相关的审计依据或评价标准。
(三)传统的审计技术与方法不能满足开展环保资金效益审计的需要
目前，我国进行的与环保资金效益审计相关的审计是合规性检查监督，而合规性审计无法对运载环境管理系统的有效性进行检查，也无法满足公众对环保资金活动效益的关注，随着我国环保信息化系统的建立和完善，以及财会电算化的普及，传统的手工审计已不能适应审计对象信息化的需要，必须应用现代计算机辅助审计技术以达到审计目的。因此，传统的审计技术与方法滞后了环保资金效益审计的发展。
(四)审计人员的素质与环保资金效益审计发展的需要不相适应
环保资金效益审计与传统审计相比是一个系统工程，必须采用多学科、全方位、多层次手段和措施。在审计内容、方法、指标评价、责任界定等方面都具有不同程度的特殊性。开展环保资金效益审计，不仅需要审计人员熟练掌握财务审计技术和方法，还需要审计人员掌握环境政策法规、环境经济学、环境工程学、环境管理学等方面的专业知识以及绩效审计知识、方法和技能。另外，还要兼备计算机知识。目前我们审计队伍具备上述能力的复合型人才比较匮乏，很难适应环保资金效益审计发展的需要。
(一)从思想上提高对环保资金效益审计重要性的认识
作为审计机关，在主观上要充分认识环保资金效益审计事关我国经济和社会的可持续发展，要充分发挥审计职能作用，监督环保资金管理使用是否合法有效，检查成本、资产、负债的潜在影响，评估国家环保政策实际效果，充分发挥审计机关对环保资金使用监督的重要作用。而宣传环境保护对人类可持续发展有着重要的意义，使得可持续发展的认识深入人心，使越来越多的企业在政府倡导、公众参与和市场压力的氛围中，意识到建立良好的环保管理体制，加强环保资金的管理、使用，深入开展资金绩效审计，使有限的环保资金产生最大的经济效益和社会效益。
(二)建立一套完整的环保资金使用绩效考核体系，制定与环保标准相配套的审计专门法规
环保标准是评价环境质量优劣程序和企业环境污染治理好坏程度的尺度，也是审计部门进行环保资金效益审计执法的基础依据，因此，环保标准工作在环保资金效益审计工作中具有极为重要的作用。目前缺乏统一的环保技术指标和规范，这意味着环保资金效益审计依据的不统一性，导致环保资金效益审计缺乏必要的客观性及公允性。为达到环保资金效益审计依据的规范化，必须在制定统一的环保标准的同时，应加快环保资金效益审计专门立法的制定工作，逐步建立起环保资金效益审计的理论框架、作业规则与报告标准，使环保资金效益审计工作逐步走上规范化、制度化的轨道。
(三)结合实际、上下配合，是搞好环保资金效益审计的有效途径
环保资金来源渠道多，资金性质复杂，资金运作方式是层层拨付、转拨，如果仅仅停留在对财政部门、主管部门的检查上是不够的，应当顺着资金走向一查到底。这就要求我们结合实际，各级审计机关上下配合，才能保质保量完成工作任务。环保专项资金使用项目繁多，大多数项目又分布在县一级实施，很多涉及各单位，根据环保资金管理分配权集中在上面，而使用和效益情况表现在下面的特点，各级审计机关应根据各自的实际确定自己的重点。地市级审计机关主要审查环保资金的管理、分配和调拨情况，县级审计机关不但要检查环保资金的管理、分配和调拨情况，还必须深入到单位和部门，检查资金的使用情况和效益。为此各级审计机关的相互协作、配合、信息交流是提高环保资金效益审计工作的有效途径。
(四)重视环保资金效益审计与其他审计的结合。
实现从源头上控制和监督环保资金，一是与财政年度预算执行审计结合。重点审查部门预算安排的科学、合理性，以及专项资金审批程序，促进提高环保资金使用的效益和效果。二是与固定资产投资审计结合。一方面配合污水治理和垃圾处理等环境整洁工作，实施全过程监督；另一方面加强对环保固定资产建设项目可行性研究，防止资金的不合理使用和损失浪费；三是与领导干部任期经济责任审计结合。环保责任是经济责任的一个组成部分。应该把环保责任作为地方领导干部的经济责任一个必不可少的内容，重点关注环境治理资金较大的部门，同时加强环保资金使用效益的分析和评价；四是与企业财务审计结合。审查企业是否按规定缴纳了各项环境收费，排污企业营运支出中的环保支出是否合理等。
(五)以真实性、合规性为基础，积极探索环保资金效益审计。
环保资金效益审计要以财政财务收支审计、合规性审计向效益审计转变。对于各项资金包括环保资金，其在使用方面的真实合法并不等同于其使用的合理有效。因此，开展环保资金效益审计，要结合当前财政支出改革的要求，除检查环保政策的落实和资金使用情况、环保资金收支的真实合规性外，环保效益审查将是今后审计的重要目标。今后的环保资金效益审计，应该在合规性审计的基础上，对环保资金的整体运用情况及取得的效益进行评价，促进环保资金使用单位在环境保护活动中既满足需要又降低成本，最大限度地发挥财政资金使用效益。
(六)建立能够与环保资金效益审计相适应的审计队伍
现有审计人员绝大部分是财会、审计专业或经济类专业毕业的人员，一般都未参加过环保资金效益审计工作，针对目前我国的实际情况，一是立足现有人员，通过对他们的职业继续培训，使他们掌握必须的环境知识，突出强调环保资金效益审计专业技术、交叉学科知识和综合能力的培养。同时有针对性地培养一批环保资金效益审计专家，使他们能够在环保资金效益审计中发挥主导作用；二是可在审计机构外建立一支具有专门环境保护知识的专家队伍，以便在需要开展特定环境领域的审计时临时聘用，为搞好环保资金效益审计工作打下坚实的基础。