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海关行政诉讼是指公民、法人或其他组织因不服海关的行政处理或处罚，依法向人民法院起诉，由人民法院依法审理的活动。
海关行政诉讼除遵循诉讼法的共有原则，如司法机关依法独立行使职权的原则，公民在适用法律上一律平等的原则，以事实为根据、以法律为准绳的原则，公开审判、回避、合议、两审终审制的原则，辩论的原则和各民族公民都有权使用本民族语言、文字进行诉讼活动的原则等外，还应遵循行政诉讼特有的原则。
人民法院只对具体行政行为的合法性进行审查。至于行政机关的具体行政行为是否适当，原则上由行政机关自行处理。虽然《中华人民共和国行政诉讼法》也规定了人民法院对显失公平的行政决定可以变更，但这只是表明人民法院具有一定的权威性，在司法实践中一般不予采用。这是《中华人民共和国行政诉讼法》确定的重要原则，体现了对行政机关的行政决定实施司法审查的监督机制。
《中华人民共和国行政诉讼法》规定，当事人对行政机关的具体行政行为不服，可以自行选择向作出具体行政行为的海关的上一级海关申请复议，也可以选择直接向人民法院起诉。赋予当事人自行选择的权利是我国法制民主性的充分体现。当然，考虑到关税纳税争议的专业性较强，《海关法》规定了复议前置的程序，即当事人只能向上级海关申请复议，只有对复议决定不服的，才可以向人民法院提起诉讼。
为了保持行政管理的连续性和法律上的执行力，在行政诉讼中，海关作出的具体行政行为并不因原告的起诉而停止执行。海关行政诉讼是由1987年《海关法》的颁布而确立的。《中华人民共和国行政诉讼法》颁布后，在我国建立了全面、规范的行政诉讼制度。凡是涉及公民、法人切身利益的情事，应赋予公民、法人诉诸司法保护的权利，这是法制国家的重要原则。我国在推进社会主义法制逐步完善的进程中，一方面要求国家行政机关依法行政，另一方面又建立行政诉讼制度，允许公民、法人在对行政机关的具体行政行为不服时诉至人民法院，请求审查其合法性。这不仅是对国家行政机关依法行使行政职权的监督，而且也是对公民、法人或其他组织合法权益的保护。
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，人民法院受理公民、法人和其他组织对海关具体行政行为不服提起的诉讼有：
1．对海关作出的罚款、没收、警告、暂停或取消从业资格等行政处罚决定不服的；
2．对海关决定征收的关税和其他税费发生争议的；
3．对海关扣留进出境货物、物品、运输工具及与之相关的文件、账册、资料和对海关将走私罪嫌疑人扣留移送等强制措施不服的；
4．认为符合法定条件，申请海关颁发许可证和执照，海关拒绝颁发或者不予答复的；
5．认为海关不作为而要求海关履行法律义务的；
6．认为海关侵犯法律规定的企业的经营自主权的；
7．认为海关侵犯其他人身权、财产权的。
海关行政案件的第一审由中级人民法院管辖。
海关行政案件一般应由作出具体行政行为的海关所在地中级人民法院管辖。经复议的案件，海关复议机关改变原具体行政行为的，也可以由海关复议机关所在地中级人民法院管辖。对扣留货物、物品或限制人身自由等行政强制措施不服提起的诉讼，由被告海关所在地或者原告所在地中级人民法院管辖。
两个以上人民法院都有管辖权的案件，原告可以选择其中一个人民法院提起诉讼。
原告向两个以上有管辖权的人民法院提起诉讼的，由最先收到起诉状的人民法院管辖。
人民法院发现受理的行政案件不属于自己管辖时，应当移送有管辖权的人民法院。
有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院对管辖权发生争议时，由争议双方协商解决，协商不成的，报它们的共同上级人民法院指定管辖。
上级人民法院有权审判下级人民法院管辖的第一审行政案件，也可以把自己管辖的第一审行政案件移交下级人民法院审判。下级人民法院对其管辖的第一审行政案件，认为需要由上级人民法院审判的，可以报请上级人民法院决定。
原告是依法提起海关行政诉讼的公民、法人或者其他组织。
有权提起诉讼的公民死亡，其近亲属可以提起诉讼。
有权提起诉讼的法人或者其他组织终止，承受其权利的法人或者其他组织可以提起诉讼。
被告是作出具体行政行为的海关。
当原告未申请行政复议而直接向人民法院提起诉讼时，被告应当是作出具体行政行为的海关。
经海关复议后提起诉讼的行政案件，海关复议机关决定维持原具体行政行为，被告应当是作出原具体行政行为的海关；海关复议机关改变原具体行政行为的，则被告应为海关复议机关。
第三人是与提起诉讼的具体行政行为有利害关系的其他公民、法人或者其他组织。例如，在沿海航行的船舶载运国家禁止或限制出入境的货物，无合法证明，被海关查获，并认定承运人构成走私行为而予以处罚。承运人不服海关行政处罚的，可作为原告提起行政诉讼。而船载货物的货主则是行政诉讼中的第三人。第三人可以申请参加诉讼，或者由人民法院通知参加诉讼。
诉讼代理人包括律师、社会团体、提起诉讼的公民的近亲属或者所在单位推荐的人。当事人(原、被告)均可以委托1-2名代理人参加诉讼。代理诉讼的律师享有《中华人民共和国律师法》规定的诉讼权利。