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公共卫生专项资金是指市场经济运行中政府为满足社会公共需要和纠正市场失灵而进行经济活动的资金。
公共卫生专项资金是各级财政部门通过预算安排或其他资金渠道拨付，指定项目或用途，并需要单独与管理部门结报的资金。随着医药卫生体制改革的不断深入，国家越来越关注对公共卫生事业的投入，尤其是对基层医疗卫生机构的资金投入比例加大。财政部门项目资金计划下达晚，资金拨付不及时；监管体系不健全，监督机制不完善，日常监督少，全方位跟踪监督少，对不按预算执行或随意改变资金使用用途的违规事项，没有指定相应的解决办法和措施，对财政资金的管理缺位；未能建立绩效评价机制，管理部门和用款单位的责任不明，对资金的管理做不到跟踪问效，资金使用的有效得不到保证如何管好用好公共卫生专项资金，确保专项资金安全，使资金发挥最大效益是当前做好公共卫生服务项目的重要环节。公共卫生专项资金的规范合理使用，也是确保医改工作扎实开展，医改任务有效落实的关键。
财政部门在拨付资金前，应要求各项目实施单位制定切合本地实际的项目实施方案，填制专项资金审批表，表中应列明各专项资金的来源、性质、主要用途、使用方案及申报理由等，做到分项目管理资金
公共卫生专项资金是政府向医疗卫生机构购买公共卫生服务而设立的专项资金。主要用途是对医疗卫生机构在基本公共卫生服务中的项目进行补助和项目管理，其目的是对影响居民健康的主要卫生问题实施干预，减少主要健康危险因素，有效预防和控制主要传染病及慢性病。
② 讲求效率，在资金的使用上要减少浪费，保证资金充分有效的利用。
③ 保证效益，资金的使用和管理一定要符合规划，能够综合实现经济社会效益。
提高专项资金的使用效益， 就要做到加强专项资金的项目管理。各项目单位应当依据实际情况制订实施方案，对各项资金的来源和用途加以记录，实现对资金的分项目管理。财政部门的预拨资金不得低于50％ ，提高拨款进度，以便早日启动项目单位的工作。
财政部门应该以各项目单位的工作进度为参考，来安排拨款的多少。要切实加强日常监督， 把重点放在日常工作中。针对专项资金的使用情况，每年进行不定期检查，形成监督检查报告。
1．伟0订科学的实施方案
项目实施单位应该结合本地实际情况，把握“专款专用、讲求效率、保证效益”的原则，详细制定工作实施方案。中央下发文件中只对工作任务和补助标准进行了规定，项目实施方案应该完善其他各项指标， 明确各项开支范围和支出标准。
2．力口强专项资金预算管理
首先要针对每个分项目的工作目标，对专项资金的预算进行科学编制和合理细化， 强行制定预算约束。财务人员要强化财务控制意识，转变观念，全面参与资金在使用上的控制和决策。
3．加强专项资金结余管理
项目资金如果有过多的结余，单位应该仔细分析结余的产生原因， 并且通过财政部门的批准后将资金用于相关业务。当资金在运行环节出现问题时， 及时寻找解决方法。