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两税并轨，即将《外商投资企业和外国企业所得税法》和《企业所得税暂行条例》统一成一部所得税法。在税率等方面对内外资企业一视同仁。
主要是税前扣除标准不同，优惠条例不同。
前者比如员工工资扣除标准不一致等，内资企业只能按计税工资扣除，而外资企业可以据实扣除，这一差异为外资带来了用人成本上的优势。后者包括四方面：
一是纳税义务的起始日不一样。
内资企业是从企业登记之日起纳税，外资企业是从盈利之日起纳税，而工资据实扣除的规定也在客观上给外资延后盈利提供了一个机会。
二是税率差异。
内资企业在任何地方的税率都是33%，而外资企业在特区税率是15%，在沿海14个开放城市是24%。
三是特殊行业优惠差异。
生产型外商企业如果投资基础设施产业，经营期10年以上，经审批可享受在“二免三减半”的基础上再延长5年减半征收的特殊优惠，而内资企业不具有。
四是再投资退税待遇。
外商如果将利润就地转为投资，可享受退税，而内资则基本不享受这项优惠政策。
再结合其他产业性政策等因素。
在其他产业性政策中，外资企业实际税负在11%左右，而内资企业的实际税负在22%~24%之间。
内外资企业适用两套税法，全球鲜见，也不符合WTO国民待遇原则。二者之间的差异直接带来了内外资企业实际税负的不公平，影响了内资企业的发展。在中国已进入WTO后过渡期的情形下，两法合并显得异常迫切。
定好税制改革“从认身份的普惠制”向“认经营行为的特惠制”转变的基调，两法合并也会遵循这个原则。两法合并后所保留的税收优惠因此也应该向国家鼓励发展的高新技术产业、基础设施产业等倾斜。比如写在信产部蓝皮书里的软件、芯片、纳米新材料、能源工程等7大行业就可以作为税收优惠的行业参考，逐步推进。
这样的产业性税收优惠，正是适应我国目前经济发展转型的迫切需求，可以让更多的资本从低端制造流向高端制造，以推动我国产业的升级换代。而2月16日生效的《京都议定书》对两法合并又提出了一个更高、更迫切的要求，即通过制定产业税收优惠政策，抑制继续引进高耗能、污染严重等产业，促进环保、节能等产业的发展。
两法合并不能仅看作是税负高啊、低调整不同集团利益的问题，还应看作是政府经济及社会发展理念的战略转变。不属于优惠行业的外资企业，未来如果投资政府鼓励领域，则不会受到影响。不能适应这种变化，可能就会退出中国市场。这与中国产业升级换代的目标一致。值得期待的是，两税合并将在客观上推动中国产业的变革。
2004年12月7日，财政部部长金人庆宣布，合并内外资企业所得税将是2005年的税制改革4大工作重点之一，一场围绕内外资企业所得税并轨的辩论随即展开。
2005年1月6日，有媒体报道称，54家在华跨国公司联合向国务院法制办提交了一份报告，要求“取消对外资企业优惠政策应有一个5到10年的过渡期 ” 。
2005年1月12日，金人庆在“2005 年全国财政学会年会”上表示，“统一内外资企业所得税税率已经迫在眉睫，现在时机已经成熟，不能再拖了。”
2005年1月16日，在“中国经济形势报告会 ”上，中国财政部常务副部长楼继伟解释了两税合一草案的主要内容。
2005年1月17日，在“中国经济形势报告会”上，商务部外资司司长胡景岩在演讲中，着力强调了外资企业对中国经济的重要拉动作用。
2005年1月24日，两会尚未召开之际，来自商务部外资研究院的消息称，“内外资企业所得税合并方案将不会在今年审议，所以明年不可能实施。”
2005年7月12日，在同日国务院新闻办的新闻发布会上，商务部部长助理陈健则提出，现阶段中国相对劳动力成本在上升，资源又短缺，在没有相对稳定的、可靠的替代政策的情况下，应该继续保持吸收外资政策的连续性和稳定性。
2005年11月16日，财政部副部长楼继伟的最新表态是，“内外资企业所得税合并的草案尚未提交全国人大常委会。”