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财政专项周转金是由财政部门管理的，按照有偿原则周转使用的财政资金。
各级财政内部的预算职能机构是各级财政专项周转金的综合管理部门，各种财政专项周转金均由预算总会计统一在银行或非银行金融机构开户，由当年预算安排，资金的借出和收回均通过预算总会计，并设帐反映。因此，在审计周转金来源和规模时，要将财政职能机构管理的各项周转金当年增加情况和历年基金规模情况，同财政预算总会计相核对。重点检查两个方面：一是财政各专项周转金累计总额，是否超过当年财政本级支出预算的15％，如果超过这一比例应适当压缩，并不得再新增周转金；财政有赤字的地区和工资发放有困难的地区，原则上不再新增财政周转金。二是财政各项周转金当年增加数(不含当年收回本金和利息、占用费数；就地方各级财政部门而言，还要扣除当年从上级财政部门借入的财政专项周转金数)，是否与财政预算当年安排数相符，如不符要查明原因，看有无通过违规退库或隐瞒预算收入转作周转金的问题。
审计财政专项周转金使用和投向情况，主要是通过审核财政周转金借款合同来完成，即要逐笔、逐项核对周转金贷款合同、贷款协议等具有法律效力的贷款文件，看其是否按财政专项周转金原规定用途使用，有无直接或间接用于股票、证券、期货、房地产等投机性项目等问题；有无参与金融拆借、从事高利率放贷等问题；有无用于国家计划外基本建设和消费性开支等问题。另外，按财政周转金管理的有关规定，财政专项周转金的年贷款利率一般不超过4％，贷款期限一般不超过3年(个别专项周转金的贷款期限可到5年)，审计时如财政周转金贷款合同书上的贷款年利率和贷款期限超过上述规定，应查明原因，予以纠正。
假定某市财政局发生下列会计事项：
①收到省财政厅拨来小型技措贷款基金688000元。根据国库转来的收帐通知填制记帐凭单，会计分录为：
收(借)：预算外存款 688000
收(贷)；财政专项周转金 688000
②经研究决定，用本级预算资金安排支农周转金750000元。根据批准的文件填制记帐凭单，会计分录为：
付(借)：预算支出 750000
付(贷)：国库存款 750000
收(借)：预算外存款 750000
收(贷)：财政专项周转金 750000
③将预算外资金500000元用于增设支农周转金。根据有关批文等填制记帐凭单，会计分录为：
付(借)：预算外支出 500000
收(贷)：财政专项周转金 500000
④贷给市属某企业小型技措贷款基金200000元。根据付款凭证填制记帐凭单，会计分录为：
付(借)：财政专项周转基金贷款 200000
付(贷)：预算外存款 200000
⑤收回拨付给所属乙县的支农周转金170000元。根据国库转来的收帐通知填制记帐凭单，会计分录为：
收(借)：预算外存款 170000
收(贷)：财政专项周转基金贷款 170000
⑥省财政厅抽回增拨的小型技措贷款基金300000元。凭付款凭证填制记帐凭单，会计分录为：
付(借)：财政专项周转金 300000
付(贷)：预算外存款 300000
为了详细反映财政专项周转金和专项周转基金贷款增减余存情况，总会计可按专项基金项目和贷款单位名称设明细帐户，采用三栏式明细帐簿进行明细核算。
财政专项周转金审计的内容，依据财政专项周转金运作内容而定。财政专项周转金运作内容包括：
项目设立、周转金规模、周转金来源、周转金使用效益、周转金利息及占用费使用、周转金管理等。财政专项周转金审计的重点也应放在这些方面。
1．财政专项周转金项目设立审计
财政专项周转金项目设立审计主要是对财政部门设立的财政专项周转金的项目进行的审计。审查财政专项周转金的项目，是搞好财政专项周转金审计的前提，只有掌握财政专项周转金设立的全面情况，才能进一步揭露财政专项周转金管理中存在的问题。通过对财政专项周转金项目设置情况的审计，可以揭露在财政专项周转金项目设立中存在的不合理、不规范的问题。
2．财政专项周转金规模审计
财政专项周转金规模审计主要是对财政专项周转金的规模及增长情况进行的审计。依据国家规定：地方财政周转金(不含周转金占用费及存款利息转入部分)的增长幅度要低于本级预算内可用财力的增长幅度；周转金本金总额(含周转金占用费及存款利息转入部分)不得超过本级当年预算内可用财力的15％。超过比例的地区应适当压缩，并不得再新增周转金本金。财政有赤字的地区和工资发放有困难的地区，原则上不再新增本级财政周转金。审计中要依据国家规定检查财政部门，有元违反规定超规模增设周转金的问题。
3．财政专项周转金来源审计
财政专项周转金来源审计主要是对财政周转金的来源渠道是否合规进行的审计。重点检查被审计单位有无将财政收入直接转作财政周转金的问题；有无违规退库冲减财政收入转作有偿使用的问题；有无利用财政专户间歇资金搞有偿使用的问题。
4．财政专项周转金投向审计
财政专项周转金投向审计主要是对财政部门是否坚持专款专用的原则进行的审计。重点检查被审计单位是否合理有效地使用财政专项周转金；是否做到拾遗补缺，提高社会效益，兼顾经济效益。
5．财政专项周转金使用效益审计
财政专项周转金使用效益审计主要是对财政专项周转金的回收及效益情况进行的审计。根据财政专项周转金的回收率、周转率，以及部门单位借用周转金而实现或增加的产值、利润、税收等经济效益指标，对周转金的回收及效益情况作出评价。重点检查被审计单位有无因决策失误，造成严重的损失浪费，使投放的周转金难以收回的问题。
6．财政专项周转金利息及占用费使用审计
财政专项周转金利息及占用费使用审计，主要是检查：
(1)财政专项周转金利息及占用费是否及时入账；是否及时按规定转作财政周转金本金。
(2)利息及占用费中开支的业务费是否超过规定的比例。
(3)业务费是否真正用于周转金管理部门办理具体业务时所需的开支，如项目评估、专家咨询、购置凭证账册等。
(4)有无挪用周转金利息及占用费收入乱发奖金、补贴、实物，以及用于本机关职工福利的问题。
7．财政专项周转金管理审计
财政专项周转金管理审计，主要是对财政专项周转金的内部控制制度进行审计。重点检查内容包括：
(1)财政专项周转金的内部监督约束机制是否建立、健全，是否做到公开、透明，监督约束是否得力、决策是否民主科学。
(2)各类周转金是否由预算部门统一开户，统一核算，有无多头开户的问题。
(3)周转金的投放是否按程序办理，并在可行性研究的基础上经过集体决定，有无擅自发放周转金的问题。
(4)周转金投放项目的管理是否责任到人，并建立追踪反馈制度，有无只放不管，逾期不收，形成呆账、死账的问题。
(5)是否建立严格的计划管理制度，做到收支有计划，年终有决算。
(6)对已形成的周转金呆账，是否定期进行清理，并按规定的程序进行处理，有无随意擅自核销周转金的问题。
(7)周转金的核算是否符合国家规定，做到手续完备、账目清楚、内容真实、结算准确，有无违规账外经营的问题。