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调运检疫指植物检机构在种子、苗木及其他应施检疫的植物、植物产品调运过程中的检疫，多在车站、码头、机场、公路、市场、仓库、邮局以及其他调运现场实行。
根据调运的植物及其产品的方向，调运检疫分调出检疫和调入检疫两部分，检疫程序如下。
(一)调出检疫的程序
1．报检：就是承运单位或个人向所辖地的检疫机构申请调运检疫，填写《森林植物检疫报检单》、出示《产地检疫合格证》(未经产地检疫的除外)，提交调入地森检机构出具的《植物检疫要求书》。
2．受理：检疫机构接受报检单后，受理检疫业务的森检员要认真审查报检单及所有单证、票证，查验有无可疑之处，是否真实呵信，并根据疫情资料，分析疫情，明确检疫要求。
3．检疫检查：需到现场检疫时，应仔细核查森林植物及其产品标签上的品种、名称、产地、数量是否与报检单一致，有无掺杂使假、冒名顶替等作弊现象；同时，按照国家林业局公布的《森林植物检疫技术规程》规定的比例和方法抽样，以确定是否携带有检疫对象和危险性病虫。
4．检疫检验：若现场不能作出可靠判断的，需再抽取一定数鞋的标本，连同现场检疫时发现的样本及其他危害物，一并送室内或请专家作进一步的检验或鉴定。
5．处理：根据检验结果，对未发现携带有检疫对象或危险性病虫的，签发《植物检疫证书》；发现携带有检疫对象或危险性病虫的，签发《检疫处理通知单》。
(二)调入检疫的程序
1．查验：调入地的检疫机构，应查验《植物检疫证书》。
2．复检：必要时，对调入的森林植物及其产品进行复检。调运检疫的最终结果是签发《植物检疫证书》或《检疫处理通知单》。而《植物检疫证书》是检疫机构准予调运森林植物及其产品的法律文书，是检疫机构行使检疫执法权利的一种凭证，也是防止人为传播检疫对象的关键措施。
属两次或多次调运的森林植物及其产品，存放期在一个月以内的，可凭原《植物检疫证书》换发新的《植物检疫证书》，如遇转运地疫情严重并有可能染疫的，应重新检疫合格、签发《植物检疫证书》后放行。
一、调运检疫中漏检产生的原因
1．农业植物及其产品调运的种类及数量急剧增加，检疫力量相对薄弱
随农业产业结构的调整，水果，农产品，花卉等产业发展日益兴旺，省际、(区)县间调运及其农产品调运日益频繁，使检疫工作量急剧增大，检疫力量呈现严重不足的现象，我区专职检疫人员不过几人，面对运输工具方式各异，种类和数量庞大的农产品的异地调运难以应对，致使漏检现象大量发生。
2．植物检疫在社会上的影响力不够，人们对检疫的重要性认识不足
植物检疫在整个社会工作中所占份额较小，人们对植物有害生物危害和经济重要性缺乏知识，对防治及检疫工作认识不到位，企业只注重引进优良品种及市场交易，忽略了植物检疫的重要性，加快了危险性有害生物随植物及其产品的传播蔓延速率。
3．经营单位或个人对植物检疫的法律、法规、政策不了解，不按《植物检疫条例))等法律、法规要求报检
随农村经济的发展，一部分农民开始了农产品的销售，他们普遍是自发的，且随意性强，法制意识不强，受经济利益驱动，存在能逃避则逃避的侥幸心理。如我区的一家花卉企业因调运过程中缺乏相应的检疫程序，从其他区县调运的花卉上感染了植物检疫对象，最终全部销毁，不仅给自己企业造成很大的损失，也给植物检疫工作带来相当大的被动和困难。
4．检疫路卡少和设卡检疫效果差
目前，四通八达的交通给农业植物及农产品的生产者、经营者提供了方便，却给农业植物检疫增加了工作量。有的地方没有公路哨卡，部分哨卡因时间，人力、技术设备等条件限制，使工作只能停留在粗略检验开证放行上，有些地方只用补证代替补检。快递公司的出现也是导致漏检的一个主要因素。
5．检疫经费的缺乏，影响检疫工作的顺利开展
植物检疫属于行政许可，同时也是一项技术性工作，要开展检疫工作，必须有专职检疫员，并配备必要的检疫仪器及交通工具等，这些都需要经费的投入，但由于经费的缺乏，使检疫条件和设备落后，检疫人员只能凭眼睛和经验进行检疫，很容易造成漏检。
二、减少漏检的对策
1．加强宣传，提高全民对植物检疫重要性的认识
在实际工作中要大力宣传《植物检疫条例》及《植物检疫条例实施细则》等法律法规，特别要宣传危险性病虫害对生态安全和人民生活的影响，使广大群众认识到检疫工作的重要性，为了农业生产的安全应积极主动地报检。
2．领导重视是堵塞漏检的重要措施
植物检疫是一项社会性事业，仅靠植检工作者的力量是不够的。一个地区植物检疫工作开展的好坏与领导重视程度有很大关系，遇到问题应多向领导汇报，领导了解、重视了，工作中遇到的问题就能取得支持与理姆，检疫执法和管理的力度就得以加强。
3．加强各部门之间的联系和协作，取得相关单位的配合和支持
调运检疫过程牵涉到交通，邮电、航空、船运等部门，货物的抽样，检验及疫情货物处理等将直接影响货物的承运及交付。作为植物检疫部门要宣传有关法律法规及检疫的重要性，并取得运输部门与货主的理解和支持。在日常检疫工作中，要与各有关部门加强联系，相互沟通，遇到新的情况和问题及时与有关部门协商，以便更好地开展检疫工作。
4．加强人员培训，提高植物检疫技能
植物检疫是一种政策性强、技术要求高的综合管理体系。在检疫实际操作过程中，要求检疫人员掌握较系统的法律法规及检疫技术，因此需要定期进行培训，逐步提高检疫、检验和执法的整体水平。
5．积极开展产地检疫和复检，补检工作
产地检疫是把检疫性有害生物消灭在调出前的重要措施，可从源头上控制有害生物传出，复检、补检是减少漏检的补充手段。
6．充实检疫队伍力量，增强执法力度
目前，植物捡疫任务越来越繁重，植检力量相对薄弱，只有加强检疫人员队伍建设，才能适应植物检疫工作的需要。
7．增加经费投入，改善和提高检疫设备
植物检疫工作是一项公益性事业，它本身并没有收入，完全依靠国家政府投入，只有改善检疫条件和设备，才能确保检疫工作的顺利开展。