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行政许可监督检查是指有权机关对行政许可机关的许可行为以及被许可人实施行政许可行为的监督检查。其中对行政许可机关许可行为的监督检查主体主要是其上级行政机关，对被许可人实施行政许可行为的监督检查主体主要是行政许可机关。
1、行政机关内部的层级监督检查。即上级行政机关基于行政隶属关系对下级行政机关实行的监督。
2、行政机关对被许可人的监督检查。主要包括以下几种：(1)书面检查；(2)抽样检查、检验、检测与实地检查；(3)被许可人的自检；(4)对取得特许权的被许可人的监督检查。
1、行政许可机关。行政许可机关履行的对被许可人的监督职责，与行政许可机关行使的许可权是相平衡的，是依法行政精神的具体表现。
2、被许可人。被许可人作为许可事项的实施者，有正当实施行政许可的权利，也有配合行政许可机关监督检查以及对自身合法实施行政许可作必要说明的义务，对实施公益性行政许可还要根据各自的特点履行相关的义务。
3、行政许可利害关系人。行政许可程序往往涉及申请人或当事人以外的利害关系人，《行政许可法》关于监督检查的规定中，规定了利害关系人撤销行政许可的请求权，这种请求权，在本质上属于程序权。但是关于利害关系人的范围以及其请求撤销行政许可的方式行政许可法并没有具体说明。
4、行政许可机关的上级机关。《宪法》关于我国行政管理结构和权属关系的规定，实际上也确定了行政许可机关的上级机关监督行政许可事项的法律地位。各级行政机关的职权是法定的，下级不得逾越职权而行事，上级也不应该越俎代庖。此外，《宪法》还明确规定了上级机关监督功能的实体处置权。
按照《行政许可法》，上级行政机关要加强对下级行政机关及其工作人员行使行政许可权的情况进行监督检查；要完善许可权的运行程序，强化监督，制定监督规范，形成跟踪、有效的监督机制，从制度上严格防止行政许可权的滥用和在行政许可方面的腐败。
为了避免对被许可人的干扰，防止执法扰民，根据《行政许可法》，行政机关可以要求被许可人报送有关书面材料，通过对这些材料的审查，监督被许可人是否按照许可的条件、范围、程序等从事被许可事项的活动。
行政机关应当将监督检查情况和处理结果归档。为了加强群众对行政机关和被许可人的监督，按照行政许可的公开原则，《行政许可法》还授予了公众查阅行政机关监督检查记录的权利。同时，行政机关应当创造条件，实现与被许可人、其他有关行政机关的计算机档案系统互联，核查被许可人从事行政许可事项活动情况。这是为了方便被许可人提供有关材料，方便行政机关进行监督，提高办事效率。
作为对书面审查方式的必要补充，《行政许可法》第六十二条第一款授权行政机关在必要时可以依法进行抽样检查、检验、检测和实地检查，以便于行政机关履行监督责任。只有在法律、行政法规规定需要进行定期检验的，才能进行定期检验，并且限制了定期检验的范围，即只能对直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施进行定期检验。
《行政许可法》第六十三条明确规定了行政机关实施监督检查时必须遵守的禁止性行为规范：一是不得妨碍被许可人正常的生产经营活动；二是不得索取或者收受被许可人的财物；三是不得谋取其他利益。
《行政许可法》第六十四条实际上规定了属地管辖的原则：被许可人违法从事行政许可事项活动的，由违法行为发生地行政机关进行核实并依法作出处理。但违法行为发生地的行政机关应当依法将被许可人的违法事实、处理结果抄告作出行政许可决定的行政机关。这样，作出行政许可的行政机关可以及时了解被许可人的活动情况，并相应作出处理决定，以切实履行监督职责，实施有效监管。这样规定，还有利于明确监管责任，防止行政机关之间相互推诿扯皮，不能对违法行为及时作出处理。
《行政许可法》规定，行政机关应当采取多种措施对被许可人从事行政许可事项的活动进行监督。鼓励个人和组织进行举报和投诉，便是一种相当重要的监督方式，是发现违法活动的有效手段。行政机关对于举报和投诉应当及时作出反应。对举报和投诉反映的问题属实的，行政机关应当对不依法开展活动的被许可人和未经许可擅自从事依法应当取得行政许可的活动的公民、法人或者其他组织依法作出处理，并告知举报人、投诉人处理结果；对举报和投诉反映的问题不符合实际情况的，行政机关应当向举报人、投诉人说明有关情况。同时，行政机关应当为举报人、投诉人保密。
对于这些事项的许可，其主要功能是分配稀缺资源，以提高资源利用的效益。被许可人取得行政许可往往负有依法开展有关活动，以充分利用自然资源或者公共资源的义务。如《基本农田保护条例》规定，禁止任何单位和个人闲置荒芜基本农田，占用基本农田满1年不使用的，应当组织耕种；1年以上未动工建设的，应当按照规定缴纳土地闲置费；连续2年未使用的，经国务院批准，无偿收回用地单位土地使用权。《矿产资源勘查区块登记管理办法》第18条规定，探矿权人应当自领取勘查许可证之日起6个月内开始施工。
直接关系公共利益的特定行业，就是通常所称自然垄断行业，如铁路交通、民航、电信、邮政、电力以及城市供水、供气等行业这些行业都是关系国计民生的基础行业，直接影响到经济发展和生产、生活。授予被许可人行政许可权，就是因为根据其申请材料及实际条件，该申请人比其他申请人条件更优，能够提供更为便捷、安全、稳定的服务。如果不对其加强管理，被许可人可能会滥用其垄断地位，降低服务质量，损害消费者的利益和社会公共利益。因此，对于这类行业，国家一般都对其服务标准、价格、服务质量及普遍服务的义务等作出了相应的规定；这些行业的被许可人不得擅自停业、歇业，因特殊原因需要停业、歇业的，也必须报经原作出许可决定的行政机关批准，并有相应的替代其履行公共服务职能的方案。对于在监督检查中发现的被许可人不按要求履行义务的情形，应当及时作出处理，责令其履行义务或者采取必要的措施，迫使其履行义务。
对直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施，除了依赖许可人的自检，行政机关还应当通过定期检验、不定期巡查，及时发现违法行为。根据《行政许可法》第六十八条第二款的规定，行政机关在监督检查时发现安全隐患的，应当责令停止建造、安装和使用，并责令设计、建造、安装和使用单位立即改正。对这些直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的行政许可事项，将监督责任重点放在预防安全隐患的产生上，重在制止违法行为的产生。
按照现代行为科学的基本理论，行为的确定与执行始终是无法完全吻合的。这主要是由执行主体对行为准确的认知、接受的差异性所决定的。在被许可人实施许可事项的行为中，就可能因为利益而规避义务，出现扩大或缩小许可范围，甚至完全违背被许可事项的情况。因此，有必要通过一定的机制和体系来及时防止和迅速地消除系统或个人的偏离行为。行政许可监督检查是行政许可主体与行政许可相对人之间的一种交流和互动，通过这些活动，可以保持行政许可行为的目的与实施被许可行为的结果的一致性和统一性。
行政许可监督检查的预防功能是通过监督，提前发现在行政系统中的各种潜在的或显现的弊端，从而达到防患于未然的目的。通过各种行政许可监督制度的设立，增强被许可人实施许可行为的可预见性，使人们对某一行为的后果有比较明确和清醒的认识，使被许可人的行为控制在合法有效的范围之内。
行政许可监督检查的反馈功能，主要是通过行政许可监督，对监督对象的活动过程及其结果的真实性、准确性和可靠性作出评价，不仅为行政许可主体，而且为被许可人提供改进工作的科学依据。
1、备案审查。局内各行政许可职能科室要把实施的行政许可名称、依据、办理条件、具体程序、时限及收费情况报局法制机构备案审查，实施行政许可中的上述环节有变动时应及时通知局法制机构；
2、资格认定。对行政许可主体资格及行政执法人员资格进行认定；
3、开展行政执法检查。受理广大行政相对人对我局行政许可实施情况的举报，定期或不定期开展对局内行政许可实施情况进行检查或抽查。