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行政复议机构是行政复议机关设立的专门办理行政复议事项的工作机构，它在行政复议机关的直接领导下，负责处理有关行政复议的日常事宜。
按照行政复议法的规定，行政复议机关的法制工作机构，充当行政复议机构。在人民政府作为行政复议机关的情况下，行政复议机构即为人民政府的法制工作机构；在政府工作部门作为行政复议机关的情况下，行政复议机构即为部门的法制工作机构。人民政府的法制工作机构是政府的办事机构，负责协助政府领导办理专门事项，没有外部行政管理职能，部门的法制工作机构是行政机关的内设机构，更没有外部行政管理职能。
行政复议机构完全从属于行政复议机关，它只对行政复议机关的行政首长负责，与其他行政机关和行政复议机构没有从属关系。这里，需要注意的是，行政复议机构完全从属于行政复议机关，并不意味着它与其他行政机关就不存在任何关系。事实上，行政复议机构作为行政复议机关的工作机构，基于行政复议机关之间的层级关系，它们的行政复议机构之间也必然存在业务上的层级关系。例如，人民政府对所属工作部门和下级人民政府的行政工作(包括行政复议工作)负有行政领导之责，上级行政主管部门对下级行政主管部门的行政工作(包括行政复议工作)也负有业务领导或者指导之责，体现这种领导、指导关系的大量事宜，是由行政复议机构具体落实的。有些事宜，也能交由行政复议机构去做。例如，维持行政复议机关各自的行政复议机构之间的工作联系、进行业务交流，提供和处理有关的报表和信息资料，请示和答复有关具体问题，等等。
行政复议是一项法律性、技术性很强的工作，一些程序性事宜及大量的具体事务，都要由行政复议机构在行政复议机关领导下独立完成。因此，必须建立一支高度专业的行政复议机构，配备具有一定法律知识和行政管理知识的人员，才能承担起繁重的行政复议任务。在这点上，行政复议机构与其他内部工作机构有着一定程度的不同。
在行政复议法公布以前，行政复议机构完全是作为一个普通的内部工作机构存在的。在职权设置上，行政复议机构也完全类同于其他内部工作机构，由此引发了一系列弊端。首先，尽管对于行政复议的程序和规则，有关法律法规作了具体规定，但是没有赋予行政复议机构完全依法办事的权力和义务，而是事事听命于行政复议机关行政首长的指示。由于有的行政复议机关的行政首长法律意识不强，或者出于其他考虑，不愿意履行行政复议职责，致使行政复议机构也无所作为。在这种情况下，行政管理相对人对行政复议的威信和功能产生了怀疑。其次，强调事无巨细均由行政复议机关的行政首长决定，行政复议机关与行政复议机构之间没有相应的职责分工。这样，无论是程序问题，还是实体问题，行政复议机构都不享有自行决断的资格和权力。行政复议的每一个环节，都要经过行政复议机关的认可以后，才能进行到下一步。行政复议机构忙于时时向行政复议机关请示汇报、寻求答复，而行政复议机关对行政复议机构的请示汇报也疲于应付，大大降低了工作效率。实践中许多行政复议案件久拖不决，原因就在于此。为此，行政复议法对行政复议机构的职责作了具体规定，主要是： 第一，对符合规定的行政复议申请，独立作出受理的决定；
第二，向有关组织和人员调查取证、查阅文件和资料；
第三，审查被申请人的具体行政行为是否合法、适当，拟订行政复议决定；
第四，处理或者转送申请人对有关规范性文件提出的审查申请；
第五，对行政机关违反本法规定的行为依法提出处建议；
第六，办理不服行政复议决定提起行政诉讼的应诉事项；
第七，法律、法规规定的其他职责。对这些职责，行政复议机构可以直接以自己名义办理，无须事先报请行政复议机关同意。
行政复议机关是依法享有行政复议权的行政机关，行政复议机构则是行政复议机关设立的具体办理行政复议事项的工作机构。因此，行政复议机关与行政复议机构的关系是非常密切的。
对外而言，是行政复议机关在受理当事人的行政复议申请，并履行行政复议职责。然而，行政复议机关作为法律上的实体，在实际当中，主要体现为行政首长及其拥有的相应的决定权。而且，行政复议机关无论是人民政府，还是人民政府的所属工作部门，其本身所负职责都不限于行政复议，还有很多其他事务需要它们处理。因此，行政复议机关在行政复议工作方面，必须也只能保留最终的行政复议决定权，而将具体的行政复议事务交由负责行政复议的工作机构办理。可见，行政复议机关履行行政复议责，离不开行政复议机构。同时，行政复议机构也必须在行政复议机关的权限范围内，按照行政复议机关行政首长的授权，办理有关行政复议事项。行政复议机构作出的所有影响行政复议机关权利义务、产生外部法律后果的行政决定，都要经过行政复议机关的审查和同意。从这点上看，行政复议机关和行政复议机构是一体化的，都是履行行政复议职责的主体。
行政复议机关与行政复议机构的关系十分密切，但是并不能简单地将行政复议机关等同于行政复议机构。行政复议机关与行政复议机构作为两个不同的行政主体，存在显著的差异。首先，行政复议机关是一个独立的行政机关，享有对外实施行政管理、作出具体行政行为的权力。行政复议机构则是行政复议机关内部的一个工作机构，不能以自己名义对外独立作出具体行政行为。其次，行政复议是行政复议机关依法履行的职责，行政复议机构只是替行政复议机关办理具体行政复议事项所设立的工作机构，除法律特别授权以外，不能以自己的名义独立进行行政复议活动。再次，行政复议过程中凡影响案件实体问题的决定，如不予受理决定、行政复议决定，都由行政复议机关作出，行政复议机构只能根据其承办具体事项的职责，提出初步意见，供行政复议机关的行政首长审查决定。对于一些不影响案件实体问题的程序性决定和事务，如受理行政复议申请，向有关单位或者个人进行调查，审查被申请人的具体行政行为，则由行政复议机构负责。最后，公民、法人或者其他组织对不予受理的决定和行政复议决定以及行政复议机关不履行行政复议职责的行为提起行政诉讼，由行政复议机关作为被告，行政复议机构只是作为行政复议机关的代理人出庭应诉。