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粮食直补全称粮食直接补贴，是为进一步促进粮食生产、保护粮食综合生产能力、调动农民种粮积极性和增加农民收入，国家财政按一定的补贴标准和粮食实际种植面积，对农户直接给予的补贴。
原有补贴机制的缺陷
长期以来，国家一方面在生产环节领域加大农业基础设施等投入，促进粮食综合生产能力的提高；另一方面，在流通环节方面给予政策支持，促进粮食有序流通，保护好种粮农民利益，调动农民种粮积极性。
在流通环节，国家每年都支付大量粮食补贴，支持粮食的收购和存储等，通过补贴流通环节间接地补贴农民，保护好农民利益。这种补贴方式与当时的经济体制和粮食流通体制密切相关，对贯彻落实好“按保护价敞开收购”政策，稳定粮食生产与供求、缓解农民“卖粮难”等，发挥了积极作用。但随着市场经济体制的完善和粮食市场化改革的推进，其弊端也日渐突出，主要是：
1．种粮农民难以完全享受到政策实惠。对流通环节进行补贴，最终目的是为了保护好农民利益，调动农民种粮积极性，稳定和发展粮食生产。但通过补贴流通环节以补贴农民的做法，在操作上往往难以完全落实到位，政策容易打折扣。
2．财政补贴效率较低。国外经验表明，支持流通环节的价格补贴政策，补贴效率相对较低。据经合组织测算，发达国家价格政策的补贴效率仅仅为25%，即补贴4元钱，农民得到的只有l元。我国在流通环节补贴效率也相对较低，结果国家花了钱，效果还不明显。
3．粮食流通不畅。我国传统保护价敞开收购政策在促进粮食大幅增产的同时，也带来粮食的大量积压，使得顺畅流通和顺价销售陷入困境，迫使国家只能降价销售或不断调低保护价格水平，最终农民利益还是不能得到有效保护。
4．国有粮食企业缺乏改革压力和动力。实行粮食保护价政策后，国有粮食购销企业“收购有贷款、库存有补贴、亏损就挂账”，对国家的政策依赖心理日益严重，躺在国家补贴身上，市场经济意识逐渐淡化。国家每年给予大量补贴，企业反而陷入亏损“黑洞”。
1．国外经验启示，探索建立粮食直补政策是市场经济发展的必然趋势和有效途径。农业工业化和农村城镇化是必然趋势，受市场和资源条件等因素限制，农业生产效率滞后于第二、三产业，农村人口将大量进城务工就业，不愿继续从事种植业，这在全世界都是普遍的现象。国外解决这个问题的方法，就是工业反哺农业，对种粮农民进行直补，让农民得到相当的比较效益，稳定种植。对农业生产者直接进行补贴，农民能直接得到实惠，对贸易的扭曲作用小，符合市场经济规律和WT0规则要求。
2．贯彻落实好党中央和国务院的三农政策，需要尽快实施对种粮农民的直补。多年来，农民增收缓慢，农村经济发展迟缓，城乡差距越来越大，已经影响了整个国民经济的协调发展。为尽快解决“三农”问题，我国政府对“三农”发展实行了“少取、多予、放活”的方针，对种粮农民实行直补就是贯彻落实当时“多予”方针的重要举措之一，也是最便捷有效的渠道。
3．进一步确保国家粮食安全，需要尽快建立直补机制。粮食安全是我国构建公共财政框架体系重点关注的领域之一。丰年谷贱，谷贱伤农，政府必须在保证粮食供应与稳定农民种粮收益之间，寻求平衡和良好的政策支点。政府对种粮农民给予直补，可以防止在丰收时谷贱伤农，保护好农民种粮合理稳定的收益，也有利于防止农民抛荒毁地，切实保护好粮食综合生产能力，这是国家为维持粮食安全必须支付的政策调控成本。
从2000年提出粮食直补的政策构想，到2004年全国实施，用了五个年头，先后经历了改革方案酝酿（2000-2001年）、试点（2002-2003年）和全面推广三个发展阶段。
从2000年下半年开始，财政部开始酝酿研究粮食直补方案。在认真调研的基础上，2001年3月24日，财政部向国务院报送了《关于完善粮改政策的建议》，提出了改革粮食补贴方式、实行对农民直补的初步设想，建议“完善粮改政策”、“保护农民种粮积极性”、建立“一个简便的、农民看得见好处的，直接对农民的调控手段”。
2001年国务院28号文件同意进行粮食直补试点。在财政部统一部署和指导下，2002年，安徽、吉林、湖南、湖北、河南、辽宁、内蒙古、江西、河北等粮食主产区进行了粮食补贴方式改革试点，对不同的补贴方式，选择不同的县区进行试点。2003年，安徽省在总结天长、来安两县（市）的试点经验基础上，在全省范围内进行试点。改革试点得到国务院领导的高度重视和社会的关注，也为后期改革积累了宝贵经验。可以说，没有改革试点，直接全面实施粮食直补，当时很难被社会接受，也难以顺利开展。改革试点为后期改革的顺利进行奠定了坚实基础。
2003年10月28日，国务院召开的农业和粮食工作会议决定，从2004年起，在全国范围内实行粮食直补，要从粮食风险基金中安排不少于100亿元的资金，主要用于对主产区种粮农民的补贴。2004年3月23日，在国务院召开的全国农业及粮食工作会议上，温家宝总理对粮食直补工作进行了全面部署，提出了“尽可能在春播之前兑现部分补贴资金，全部补贴资金要在上半年基本兑现到农户”的直补工作任务，粮食直补工作全面推广开来。
补贴原则
1、按照谁种地补给谁的原则，承包地转包给他人的，按承包协议处理；
2、抛荒地和非农业征（占）用的耕地不予补贴；
3、补贴不得用于高效农业，成片粮田转为设施农业用地常年不种粮的，不予补贴。
补贴方式
粮食主产省、自治区（指河北、内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、江苏、安徽、江西、山东、河南、湖北、湖南、四川，下同）原则上按种粮农户的实际种植面积补贴，如采取其他补贴方式，也要剔除不种粮因素，尽可能做到与种植面积接近；其他省、自治区、直辖市要结合当地实际选择切实可行的补贴方式；具体补贴方式由省级人民政府根据当地实际情况确定。
兑付方式
可以采取直接发放现金的方式，也可以逐步实行“一卡通”或“一折通”的方式，向农户发放储蓄存折或储蓄卡。兑现直接补贴可以与农民缴纳农业税同步进行，但要分开操作，缴归缴、补归补，不许采取直接抵扣农业税的办法，也严禁抵扣其他任何税费。具体兑现方式，由省级人民政府根据当地实际，结合农民意愿自行确定。
具体兑付方式由省级人民政府根据当地实际情况确定。粮食主产省、自治区必须在全省范围内实行对种粮农民（包括主产粮食的国有农场的种粮职工）直接补贴；其他省、自治区、直辖市也要比照粮食主产省、自治区的做法，对粮食主产县（市）的种粮农民（包括主产粮食的国有农场的种粮职工）实行直接补贴，具体实施范围由省级人民政府根据当地实际情况自行决定。
2016年起，在全国全面推开农业“三项补贴”改革，从农资综合补贴中调整20%的资金，加上种粮大户补贴试点资金和农业“三项补贴”增量资金，统筹用于支持粮食适度规模经营，重点用于支持建立完善农业信贷担保体系；将农作物良种补贴、种粮农民直接补贴和农资综合补贴合并为农业支持保护补贴，政策目标调整为支持耕地地力保护和粮食适度规模经营。