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良种补贴是指国家对农民选用优质农作物品种而给予的补贴。目的是支持农民积极使用优良作物种子，提高良种覆盖率，增加主要农产品特别是粮食的产量，改善产品品质，推进农业区域化布局、规模化种植、标准化管理和产业化经营。此外，近年来国家还出台了奶牛良种补贴和生猪良种补贴等政策。
良种补贴是指政府对使用优良品种的农户按其种植良种面积给予一定标准的资金补助，是国家财政支农方式的重大改革，是我国第一个直接对农民的生产性补贴，也是在世贸组织规则框架下国家出台的第一个农业补贴政策。它的直接受益者是农民，却可以体现比种粮直接补贴及单纯的种子补贴更深远的意义。良种补贴不仅是通过良种推广的环节将资金补贴给农民，更重要的是以良种补贴为手段，以良种为载体，推广普及精量播种等配套技术，并延伸至优质农产品产业的各个环节，强调提高农产品生产过程的科技含量、增加单产、改善农产品品质和提高市场竞争力，促进优质高效农业发展。
良种补贴政策能够有效促进现代农业的建设，现代农业要求用现代科学技术改造农业，优质的良种是众多科技因素的重要载体，随着科技的不断进步，品种的更新换代加快，优良品种的增产、增收效果日益显现，但优良品种的普及应用还受种种因素的制约，良种补贴政策的实施可以激励农民积极选用优良品种，扩大良种种植面积，提高良种覆盖率，调优品种结构、加速良种推广，增加优质农产品产量、促进优质农产品的区域化、规模化生产，提高农产品的商品率和产业化程度，从而有力的促进农业增产和农民增收。
同时，良种补贴政策的实施有利于培育优势种子企业，提升种子产业化水平。良种补贴要以补贴品种供应数量及农民种植面积为依据，需实行有计划地组织供种。在良种补贴政策的实施过程中，要选择有实力的优势种子企业作为补贴品种的供应主体，可以有效激发这些种子企业增强种子产销的衔接，实行规模化经营，进而推动育、繁、销结合和种子连锁经营、深度分销等现代营销方式的逐步形成。