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农业直接补贴是政府将财政补贴资金直接发放给农民或直接让农民受益的一种补贴方式，包括综合补贴和专项补贴。
1、固定补贴和差价补贴。按照补贴的水平分类，农业直接补贴可以分为固定补贴和差价补贴。固定补贴是指对农民的补贴水平在基期的标准计算出来后，在若干年内被固定下来，与特定农产品的市场价格变动没有关系。差价补贴是指补贴水平按照特定农产品的市场价格与政府制定的保护价之间的差价来确定，补贴水平每年随着特定农产品的市场价格和政府制定的保护价的变动而变动。
2、挂钩补贴和不挂钩补贴。按照发放的依据分类，农业直接补贴又可分为挂钩补贴和不挂钩补贴。所谓挂钩补贴，是根据农户当年特定农产品的生产或交售数量，向其发放补贴。按照挂钩的依据，挂钩补贴又可分为与农户特定农产品生产数量挂钩的补贴和与农户特定农产品交售数量挂钩的补贴。按照农产品实际生产数量发放补贴在我国几乎是不可能的，补贴发放多是依据农户的播种面积。
按照交售数量发放补贴，通常是以向国有粮食企业交售的农产品数量为依据，在实践中有两种类型：价内补贴和价外补贴。价外补贴是指政府事先确定补贴的标准，农民交售粮食时，除按照市场价格计算取得销售收入外，还按照确定的标准获得一定的直接补贴收入。价内补贴是指粮食购销企业按照政府制定的保护价和收购数量，向农民收购粮食，事后政府测算一个市场价，把保护价与市场价之间的差额补贴给企业，农户所获得的补贴暗含在保护价中，称为价内补贴。从形式上看，价内补贴和以往的保护价没有多大差别。但政府和粮食企业的关系有非常大的转变，政府不再像以往那样，对粮食购销企业收购的粮食大包大揽，而是只负责保护价和市场价之间的差额，也就是把市场价与保护价之间的差额通过粮食企业支付给农户，粮食企业以市场价作为自身的购进成本参与市场竞争。
所谓不挂钩补贴，是按照农户基期特定农产品生产、交售数量，或者计税土地面积、计税常产向其发放的补贴，与农户当年该产品的生产及交售数量不挂钩。目前，我国试点地区不挂钩补贴主要是按照农户计税土地面积或者计税常产发放的。不挂钩的补贴在操作上有不同的形式：一种是与税费一条线运行，即可以与税费抵扣的方式；另一种是与税费两条线运行，即不与税费相抵扣的方式。
3、农业直接补贴的形式主要有：不挂钩的固定补贴、不挂钩的差价补贴、挂钩的固定补贴和挂钩的差价补贴。
首先，不挂钩的固定补贴是一种农民收入支持政策，具有普惠性，对农户的生产种植意向没有影响，属于绿箱政策的内容，在世贸组织农业协定中不受限制。
其次，不挂钩的固定补贴有利于我国农业的战略性结构调整。实际上，这种不挂钩的固定补贴都是按照计税土地面积或者按照计税产量发放的，即有承包土地的农户，不论种植何种作物，均可享受补贴。和以往粮食价格支持政策相比，这种补贴方式促使农户按照比较效益进行种植业结构调整，从而有利于推动我国农业战略性结构调整目标的实现。
第三，不挂钩的固定补贴实际上是对原有土地税费负担的抵减，减少了土地的负担，降低了农产品的间接生产成本，有利于增强我国农业的国际竞争力。从安徽试点的经验看，这种补贴的效果确实减轻了农民的税费负担。在试点县安徽来安，农民所获得的补贴大体相当于其缴纳农业税及其附加的50%。
与不挂钩的固定补贴一样，不挂钩的差价补贴也是一种收入支持政策，具有普惠性，也是按照计税土地面积或者计税常产发放的，也属于绿箱政策内容，有利于我国农业结构调整和我国农产品国际竞争力的增强。由于与特定农产品市场价格变动相联系，不挂钩的差价补贴对农户的种植意向仍然有一定的影响。对于不种植该产品的农户来说，这种差价补贴与种植行为没有关系；但对于种植该产品的农户来说，补贴实际上弥补了市场价格变动对其收入的影响，即在市场价格水平较高的时候，补贴的水平较低，而在市场价格较低的时候，补贴水平相对较高。差价补贴具有反市场周期的收入支持作用，减小了农户种植特定农产品的市场风险，增强农户对该产品的种植意向。
挂钩的固定补贴属于特定农产品生产支持政策。由于把补贴同特定农产品生产联系起来，对于该产品的生产有激励作用，影响农业的生产结构，属于黄箱政策内容。根据我国加入世贸组织所作的承诺，对特定农产品生产的支持水平不能超过该产品生产总值的8.5%。这种标准固定的补贴，相当于在一个固定水平上抬高了特定农产品的价格水平，或者降低该产品的生产成本，增强了该产品的国际竞争力。由于补贴标准不随市场价格的变动而变动，这种补贴方式没有削弱市场供求变动对该产品生产的调节作用。
另外，就补贴与生产数量挂钩和与交售数量挂钩两种操作方式而言，后者是把补贴与农户向国有粮食企业交售的粮食数量挂钩，增强了国有粮食企业在粮食收购市场上的竞争优势。但由于农户向国有粮食企业交售的产品数量仅是其全部出售产品中一部分，补贴对农户生产的支持作用大大减弱了。
挂钩的差价补贴同样属于特定农产品生产支持政策，影响农业的生产结构，属于黄箱政策内容。由于补贴的标准随特定农产品的市场价格变动而变动，具有较强的价格支持作用，实际上减小了市场波动对农民生产的影响，稳定了该产品的生产。另外，把补贴与交售数量挂钩，仍然是增强了国有粮食企业在市场竞争中的优势地位，减弱了补贴本身对农户生产的支持作用。
1、不挂钩的固定补贴方式操作相对简便，农民容易得到实惠。首先，在农村税费改革过程中，各地对农户的计税土地面积和计税常产进行了全面的测量和评估，资料健全，农户普遍认可。补贴标准确定后，按照农户的计税土地面积发放补贴，变得十分简便。其次，这种方式透明度高，计算方法简单，各级政府的截留和挪用相对较少，农民容易得到实惠。第三，由于补贴标准是固定的，只要基期标准制定合理，可以防止地方政府把补贴方式转变成财政减负的手段。
2、不挂钩的差价补贴在补贴标准的确定上有较强的主观性。与不挂钩的固定补贴一样，利用农村税费改革的成果，这种补贴在分配上不存在太多的困难，但在补贴标准的计算上存在漏洞，地方政府可能低估差价，降低补贴标准。由于在特定农产品市场价格的调查和计算过程中存在很多主观因素，在目前各级政府财政比较困难的环境下，地方政府为了减轻财政负担，有可能在计算市场价格的过程中有意提高市价，低估差价，降低对农民的补贴标准。
此外，补贴水平的变动也容易造成农户和基层政府之间的矛盾。如果按照计税面积发放补贴，并且与农业税抵扣，那么农户会把这部分补贴误认为是税费负担的减轻。当补贴水平下降，农户需要缴纳的农业税费负担增加时，农民会认为是地方政府擅自提高了税费负担，从而产生误解。有鉴于此，试点县安徽来安在补贴发放时特别强调，补贴不能与税费抵扣，要求农户必须在缴纳农业税费完毕后，带着身份证和税费缴纳完毕的收据，到财政所领取补贴。而且在宣传中明确说明，补贴标准是一年一定。这样，大大增加了补贴发放的组织成本。
3、挂钩的固定补贴在操作上相对困难。挂钩补贴的分配依据有两种：农户种植特定农产品的实际面积和农户交售特定农产品的数量。与农户当年特定农产品生产面积挂钩的补贴方式，由于农户种植面积每年都要变动，需要年年层层上报，成本高，准确性差，操作困难，透明度差，补贴资金很容易被截留。湖南省是以实际中晚稻种植面积为分配依据进行补贴的。
与农户特定农产品交售数量挂钩的补贴方式，一般是通过粮食部门按照农户实际交售的农产品数量，把固定水平的补贴发给农户。为了控制补贴总量，一般要事先确定好补贴的总数，带来的一个难题是如何分配补贴数量。从理论上讲有三种办法：
一是按照计税土地面积进行分配，虽然操作简便，但难以实现对粮农支持的目的。
二是按照固定基期向国有粮食企业交售的数量进行分配，也存在同样的缺点。同时各村都没有农户以往向国有粮食企业交售数量的详细资料，难于取得农户的认可。三是按照当年农户的产量进行分配，虽然可实现对农户的支持，但也有缺点：一方面每年要对产量进行测算，工作量和操作难度较大；另一方面在层层汇总中，透明度差，容易发生截留和虚报的情况，也难以得到农户的认可。
此外，把补贴与农户向国有粮食企业交售的特定农产品数量挂钩，事实上造成了国有粮食企业与其他收购主体之间的不正当竞争，影响了多元化市场主体的形成与发展，而这正是我国粮食流通体制改革成功与否的关键。同时，按照农户向国有粮食企业交售农产品的数量发放补贴，依然难以解决粮食企业的压级压价问题，实际上农户还是难以享受全部的补贴。
4、实施挂钩的差价补贴在操作上的困难和问题更多。挂钩的差价补贴有两种：价外补贴和价内补贴。就价外补贴来说，其困难与挂钩固定补贴类似。而对于价内补贴而言，困难则更多。
首先，受财力的限制，实施价内补贴的地区同样要实施总量控制，这样如何分配价内补贴粮数量仍然是一个难题。
其次，测算各地粮食的市场价格也非常困难。实施价内补贴方式的河南省，把全省划分为4个价区，每年由物价部门对4个价区6月至8月的夏粮价格进行监测和测算，把3个月测算的价格平均计算，即为各价区当年的市场价格。由于在实际中市场价格频繁波动，价区内各县市的市场价格也有差异，容易造成补贴资金的流失，也带来各价区国有粮食企业的苦乐不均。第三，给个别粮食收购企业以可乘之机，借部分农户没有交售保护价收购粮之际，把市场价收购粮作为保护价收购粮，冒领财政补贴资金。此外，仍然存在国有粮食部门压级压价现象，以及由此带来的国有粮食企业与其他收购主体不平等竞争的问题。
1、抓住粮食流通体制改革的有利时机，建立对农民进行直接补贴的制度。随着各个粮食主产区粮食购销体制改革的推进，原有的保护价政策已经逐步被取消。在目前粮食生产总量平衡、丰年有余的形势下，粮食价格波动难以避免，我国加入WTO后，国外廉价粮将对我国粮食价格产生很大的压力，农民（特别是中西部以粮食生产为主业的农民）收入会受到很大影响。为了减轻农民的损失，把原有粮食风险基金的大部分转为用于对农民的补贴，是改革粮食购销体制和转变农业补贴方式的题中应有之义。需要指出的是，原有粮食购销体制难以维系的原因，是高达数千亿并逐年增加的粮食积压贷款和逐年增多的粮食购销企业的亏损挂帐，粮食风险基金的现有规模对政府的压力并不大。随着原有的粮食购销企业老库存的消化，把这部分粮食风险基金转为对农民的直接补贴是能够实现的。
2、鼓励地方建立不挂钩的固定补贴制度。一方面，鼓励或者要求各粮食主产省按照计税土地面积对农民进行直接补贴。税费改革后，各地对农户的计税土地面积和计税常产进行了普遍的清查和登记造册，为直接补贴提供了透明度很高的分配依据，计算简单，便于操作，能够获得农户普遍认可。另一方面，根据各省现有粮食风险基金的规模和计税土地面积总量，确定一个适当的补贴标准，把补贴水平固定下来，可以有效防止各地政府今后降低补贴水平。在目前各级政府财政困难的情况下，防止这种倾向是很有必要的。按照计税面积进行固定补贴，实际就是对原有农业税及附加的抵减，为农村下一步税费改革奠定基础。
3、加大国有粮食购销企业的改革力度，为转变农业补贴方式创造条件。转变农业补贴方式的一个实质就是把原来补给国有粮食系统的资金直接补给农民。加大国有粮食企业的改革力度，化解“三老”问题，成为粮食风险基金转变用途的关键环节。因此要支持和鼓励各地国有粮食部门采取各种措施，真正成为一个自负盈亏的独立经营主体，参与市场竞争。同时协调农发行贷款政策，解决好改革后国有粮食企业的收购资金问题，让企业平稳过渡，保证粮食购销市场的稳定。