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税收司法独立是指税收司法机关依法独立行使司法权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。
税收司法独立它要求法院在审理税务案件时，必须自己作出判断，不受行政权、立法权的干涉；要求法院在体制上独立于行政机关，不应因受行政机关的控制而无法独立作出判断；还要求法院审判权的行使不应受上级法院的干涉。我国《宪法》第126条规定“人民法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉，这是我国税收司法独立原则的宪法依据。与西方国家相比，我国的司法独立只是法院的独立，而非负责具体审判的法官的独立，具有不彻底性。
要克服税收司法监督中存在的问题，一方面要从强调司法权的独立性、保护司法人员不受外界社会因素的干扰人手；另一方面，要加强外部力量对司法权的制约与监控，防止司法权的越权、渎职、腐败。司法独立与司法监督是保证司法公正的两个必要措施，二者缺一不可。
一、处理好法院独立行使涉税审判权与被监督的关系
由于外部监督等因素的作用，人民法院的执法水平，特别是审理刑事案件的质量在不断提高。但是，司法的品质在于其公正，司法独立乃是实现司法公正的内在保障。司法独立当然不是司法活动追求的最终目的，仅仅具备独立性的司法未必能实现公正的司法，但缺少独立性的司法是难以达到司法公正的。为了司法的公正推行各种各样的监督，而各式各样的监督如果行使不当极有可能冲击司法独立、妨碍司法公正的实现甚至导致更大的不公。因此，对涉税审判来讲，处理好涉税审判监督与法院独立行使审判权的关系非常重要。
对于司法权的监督制约是现代国家所不可或缺的，对法院涉税审判的监督也是题中应有之义。一般而言，没有司法民主及司法监督，司法独立的正当性就很难得到社会认同；而为了实现真正意义上的司法独立，就必须建立合理的司法民主和有效的监督制约机制。
然而，由于司法权力行使方式的特殊性，司法民主在制度安排方面与立法和行政的民主存在明显的差异。一方面，司法民主是以司法独立为前提的，应保证司法公正不会由于简单的民主行为(如表决)而改变；而司法独立在保障民主的同时，又应能有效地对民主本身进行补偏救弊，如通过个案的审理对恶法或劣法进行纠正，对弱势群体或当事人加以特殊救济等，防止以民主的方式导致侵害人权或非正义结果；另一方面，司法独立亦不能脱离司法民主的制约而存在。这种制约及其制度设计可能因不同的社会背景和司法环境而有所不同。在司法权威极高的法制国家，对涉税审判的外部监督很少启动，主要依靠法院的内部程序和自律实现监督和制约；而在司法缺乏公信力的背景下，就必须在法律制度和司法程序中建立合理的制约监督机制并积极发挥其功能。
在司法监督和司法民主的问题中，最重要的是两个基本方面：其一，是对司法官人事的选任以及对其行为的监督，最重要的制度设计是法官选任和弹劾程序。其二，是对司法活动及其过程的参与与监督，目的是使职业司法官受到公众的监督，不致脱离社会正义观和民众的常识与情理作出荒谬的裁判，其中最重要的制度设计就是陪审和参审制。而由于社会监督缺少规范的制度和程序保障，在承认其积极作用的同时，必须谨防它们被滥用，导致对司法独立的破坏。
司法独立如果缺乏重要的社会支撑，也难以得到社会的认同。所以应该同时加强司法民主与司法独立，使二者互为因果和保障。例如，对于具有重大社会影响的案件，可以通过人民陪审员等方式增加公众对涉税审判活动的参与，通过增强司法过程的公开性，加强民众对司法活动的监督，等等。这种制度设计既有利于实现司法民主，同时也有利于促进司法独立，而且能够使外部监督(社会监督)转化为一种内部制约，纳入法律程序。
二、处理好检察院独立行使涉税检察权与被监督的关系
检察独立的基本涵义是：检察权的专属性，即国家检察权只能由检察机关统一行使，其他任何机关、团体和个人都不可行使此项权力；行使检察权的依法性，即检察机关进行法律监督必须严格依照法律规定，正确适用法律，不能超越职权滥用检察权；行使检察职权的独立性，即检察机关依法独立行使自己的职权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。从检察机关的宪法地位可以看出，检察机关是国家的法律监督机关，把检察权从国家政权体系中独立出来，赋予其具有依法独立行使检察权的地位，是以监督、制约行政权、审判权等国家权力的行使，保障行政权、审判权等国家权力在行使中不被滥用和腐蚀为其根本指向。
同时要认识到，检察独立是相对独立，即独立不独行。根据我国宪法规定，检察机关和审判机关、行政机关一样，要接受中国共产党的领导，同时向产生它的权力机关负责，接受人大及其常委会的监督。而从宪政意义上讲，依法独立行使检察权也是坚持党的领导和维护人大权威的体现和重要内容，是依法治国、建设社会主义法制国家的客观需要。
检察独立还有别于法院独立，法院独立再现为整个法院系统的独立，法院上下级之间在审判活动和审判业务上是一种监督与被监督的关系，而且这种监督表现为事后监督；同时法院独立还表现出合议庭或者是法官独立，对案件审理和评议后作出相对独立的判决。而检察独立首先表现为整个检察机关系统，相对于行政机关、社会团体和个人来讲是独立的，但就检察机关上下级之间和检察机关内部来讲，是不能强调下级检察院独立、检察员独立的。根据宪法和人民检察院组织法的规定，上下级检察机关之间在检察业务是领导与被领导的关系，就一个检察院内部来讲，实行的是检察委员会领导下的检察长负责制，也就是检察长有权指挥领导本院的所有检察官的检察工作。因此主诉、主办检察官的独立办案与主审法院的独立办案是本质上完全不同的两个概念。检察官是在上级检察院、本院检察委员会和检察长领导下的独立办案，其独立是相对于独立其他机关、团体和个人，独立于当事人，摆脱一切非法干涉而言的。
三、处理好公安机关独立行使涉税侦查权与被监督的关系
新时期要进一步改善和加强公安机关涉税侦查工作，提高公安机关的涉税侦查工作水平，各级公安机关特别是领导必须首先从思想上克服“两种”错误观念和倾向。一是把权力与监督对立起来的思想。在公安机关涉税侦查工作中，有些公安机关领导和民警把依法行使职权与依法接受监督对立起来，重视发挥公安职权而忽视对权力的监督，不愿接受监督，甚至规避、对抗监督。二是把执法监督与业务工作指导和队伍管理割裂开来的倾向。有些公安机关领导和民警认为执法监督工作只是监督部门的事，与自己无关，遇有责任全部都推给监督部门；有的地方把执法监督绝对化，使监督工作与队伍管理脱节，形成“两张皮”。
正是由于这些错误认识的存在，导致对监督工作不重视，对涉税案件侦查的监督工作不到位，甚至形同虚设，影响了公安机关的涉税侦查工作水平。因此，各级公安机关领导及民警要正确认识和处理依法行使职权与接受监督的关系，把执法监督与业务工作和队伍建设有机地结合起来，树立正确的执法监督思想，把接受监督的立足点放在提高公安机关的涉税侦查水平上，在监督中寓于指导，在指导中溶入监督，真正使监督为公安工作和队伍建设服务。