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森林生态效益补偿是指国家在保留森林面积的基础上为了充分发挥生态效益而建立的，它主要是由国家投资筹建，然后森林生态效益的经营者需要再向国家交一部分的补偿费用的方法来维持生态效益资金循环链条，这些资金再反过来对森林进行保护和管理的一种法律机制。
在我国的《森林法》中明确提出要建立森林生态效益补偿基金的基本设想，这部法律主旨是由国家承担这些资金的主体，并通过林业管理部门的预算管理，再由民营注入推动力，使这一机制能够可持续的运行下去。
(一)实行森林生态效益补偿政策是生产实践的迫切需求。森林的生态效益是森林的外部经济效益，不能通过市场交换使其经济主体受益，现代经济学将之称为公共商品，对这种公共商品应有特殊的价值计量方法和补偿措施。森林生态补偿就是对森林生态效益的一种价值回报，也是商品经济价值规律的客观要求。建立完备的森林生态体系是我国林业发展战略的首要奋斗目标。而生态环境恶化和林业资金匮乏的矛盾也日益突出，因此，建立森林生态补偿机制是我国林业实现跨越式发展的迫切需要。
(二)实行森林生态效益补偿政策是弥补生态公益林资金严重不足的重要渠道。从我国生态公益林建设的实践来看，生态公益林建设资金严重不足。主要体现在三个方面：一是建设初期的造林费用不足；二是森林管护费用，包括人工管护费、护林防火费、病虫害防治费等不足，导致森林资源管护不力，毁林现象严重； 是对经营生态公益林的集体和个人投入的补偿，由于没有资金渠道，一直没有实现，严重影响了生态公益林经营者的积极性。当前，我国作为发展中国家，国家财政对林业的投入是相当有限的，实行森林生态效益补偿政策，通过“谁受益，谁补偿”，“专款专用”等政策弥补资金不足，实现森林资源的有效配置。
(三)实行森林生态效益补偿政策是实施生态公益林体系建设的重要保证。生态公益林是以维护和改善生态环境，保持生态平衡，保护生物多样性等满足人类社会多种生态需求为主体功能的森林。生态公益林服务于社会，受益于全民，是一项公益事业。是以空气净化、水源涵养、水土保持、防风固沙、农田牧场保护、护岸固堤、护路、护渠、美化环境，以及以国防、科研服务为主要目的。其本身的价值很难直接用经济效益指标来衡量。生态公益林的生态效益是以活立木群落为载体的形式发挥作用的。一旦将其林木采伐，其生态效益也就不复存在。所以，生态公益林是严禁商业性采伐的，其经营者不可能按商品经营方式通过市场交换取得其劳动和投入的经济回报。实施生态补偿机制，可以从根本上改变森林生态效益长期无偿享用，森林的经营者只有投入而无回报的这种不合理的状况，也可以弥补国家财政拨款的不足，保证公益林建设的可持续性。
森林生态效益补偿机制对促进森林生态效益市场化，为生态建设筹资，改善生态质量，增强生态保护意识具有重要意义；然而，现行的补偿机制主要是通过财政转移支付来实现，由于森林类型多样性、生态效益广泛性、管理体制的差异和财政资金的不足，使当前的森林生态效益补偿机制存在几个主要问题。
(一)补偿标准偏低且缺乏差异性。补偿标准过低，难以满足对森林的抚育、管理和维护的需求，不能充分体现森林生态效益的价值，不能足以补偿林农、林业部门等主体的损失。尤其是在干旱、半干旱地区，造林初植成活率低，造林成本高，种林农民的种苗费明显不够。森林生态效益的需求不能跟上地区经济发展水平。通常情况下，生态地位重要的地方多是经济发展水平较低的地区，在施行全国统一的补偿标准时，经济落后地方的配套资金难以得到有效保障，阻碍了森林生态效益的提高。另外，我国的森林生态补偿以国标为主，由中央和地方财政负担，因我国地域广阔、森林类型和造林方式多样，经济发展水平的差距等，导致实际的生态价值与规定存在差异，补偿标准没有顾及到森林的社会影响，调整因素不完善，以至于在补偿细则中未能满足多方利益需求。
(二)管理体制不健全。森林生态效益补偿机制作为一种新的管理制度，还处于起步阶段，缺乏充分有效的政策体系和配套措施。只有部分重点公益林纳入补偿范围，“天然林保护”工程和退耕还林工程虽起到了森林生态效益补偿作用，但工程结束后无法维持林农保护森林和进行生态建设的积极性，甚至部分林农为了生存而破坏森林。由于相应的管理制度缺失，国家投巨资的森林生态建设项目和补偿被部分地方部门坐收渔利，严重危及到项目的实施。
(三)市场化机制不健全。由于财政难以支撑起日益增长的补偿金额，完全依靠政府补偿森林生态效益不符合现实情况，没有建成政府、社会和市场等多元化资金募集机制，没有形成具有可操作性的措施保证资金源的连续性和稳定性。财政转移支付缺乏稳定性，不能满足我国森林抚育、管理和维护的需求，当财政状况不稳定时，转移支付的资金难以有效兑现，森林生态效益补偿机制难以发挥效用，势必影响林业的可持续发展。
(四)法律法规缺失。我国的森林生态效益补偿多体现在政策层面，缺少专门的立法来保障，一旦遇到某一类严重影响人们生产生活的重大问题时，往往通过行政手段突击解决，随意性强，且没有合法合理的依据，缺乏权威性的法律保障措施，很多地方在执行森林生态效益补偿时，不能有效深入开展工作。
(一)提高并优化补偿标准。当前以政府主导的补偿标准，增添了财政负担，也难以充分调动经营者的积殴眭。因此，政府应采取多种渠道融集资金，还可以发型林业国债、福利彩票等渠道，完善森林生态效益服务市场机制，对具有市场潜力的森林效益产品，加以开发，实现利益转化，来弥补经营者的资金缺口。加强对林农的技能培训，完善各种社会保障。同时，对森林生态效益补偿基金必须坚持高效利用，完善基金使用和监管制度，设立第三方审核与监督，增强执行补偿标准的水平平。专款专用，直接将补偿资金打人林农的专用账户，降低和避免权力寻租行为的发生，降低交易成本，实现森林生态效益补偿在解决民生问题和促进经济发展的巨大功能。
(二)完善森林生态效益补偿管理制度建设。规范统一的补偿机制，对不同级别、不同权属的生态补偿拉大补偿差距，区别对待。强化补偿资金科学化、精细化管理，明晰资金用途，分类使用，调动政府部门和林农参与森林生态管理的积极性，避免管护费被侵占造成管护水平的下降。加强对补偿资金的监督管理。建立一整套的森林生态专项资金监管体系，完善资金公示制度，完善资金发放程序和认领签收制度。对补偿资金的拨付、管理和使用，进行全面监督，健全监督通报和整改落实反馈制度。
(三)完善市场化补偿机制。学习和借鉴国外先进经验，完善市场化机制，发挥其补偿方式灵活，运行成本低，适用范围广的优势，丰富生态效益补偿手段，提高森林项目的管理和实施能力，明晰林业所有权归属。中央和地方各级政府建立多层次的管理机制，开放林业经营权，盘活市场机制，抓住公众支付意愿，鼓励和引进私企进入林业市场，通过市场调节规范市场行为，将森林生态效益推人市场，以市场交易的形式降低成本，实现生态效益的应有价值。
(四)完善森林生态的法律制定。要想森林生态效益补偿长效机制，就必须从法律层面上加以完善，法律是保障补偿公平、公正、合理和有序的有力抓手，具有权威性和稳定性，实现森林生态效益补偿的法制化、规范化和科学化。制定《森林生态补偿法》将补偿对象、补偿方式、补偿标准和补偿范围等以法的形势固定下来，明确各主体间的权利义务与法律责任，完善法定监管途径，对森林生态效益补偿资金来源渠道予以明确，引入公民和企业的资金。