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生态补偿制度是以防止生态环境破坏、增强和促进生态系统良性发展为目的，以从事对生态环境产生或可能产生影响的生产、经营、开发、利用者为对象，以生态环境整治及恢复为主要内容，以经济调节为手段，以法律为保障的新型环境管理制度。
它可以分为广义和狭义两种。广义的生态补偿制度包括对污染环境的补偿和对生态功能的补偿。狭义的生态补偿制度，则专指对生态功能或生态价值的补偿，包括对为保护和恢复生态环境及其功能而付出代价、做出牺牲的单位和个人进行经济补偿；对因开发利用土地、矿产、森林、草原、水、野生动植物等自然资源和自然景观而损害生态功能、或导致生态价值丧失的单位和个人收取经济补偿。《中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》中提出：“按照谁开发谁保护、谁受益谁补偿的原则，建立生态补偿机制”。这是建设资源节约型、环境友好型社会，最终实现和谐社会目标的重要组成部分，也是我们建立生态补偿制度的出发点。
建立生态补偿制度是确保生态功能区建设的需要。生态区群众的发展权与非生态区群众的发展权是平等的。国家为追求宏观上经济、社会和生态效益的最大化，规划了不同的功能区，并分别制定了相应的优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发的政策。保证功能区规划落到实处，需要设计相应的生态补偿制度。如果没有生态补偿制度安排，限制开发、禁止开发区域就会选择“博弈”行为，导致“限、禁”失效。
建立科学的生态补偿制度可以约束生态环境消费。生态环境的容量有限，生态环境消费无度会损害生态环境。建立科学的生态补偿制度，对生态环境过度消费征费，以作生态补偿之资，让生态环境消费者的消费成本内部化、制度化、刚性化，能够有效约束生态环境消费者对生态环境的过度消费。
建立科学的生态补偿制度可以激励生态环境保护行为。建立科学的生态补偿制度可以让生态环境保护的收益内部化，使保护者得到补偿与激励，实现生态环境保护行为的自觉自愿自利，可持续地坚持下去。建立生态环境保护的长效机制，还可以增强生态产品的生产和供给能力。
明确补偿主体。“谁开发、谁保护，谁破坏、谁恢复，谁受益、谁补偿，谁污染、谁付费”中的“谁”，可以是国家、地方政府、企业和个人，有时还可能涉及多个主体，情形比较复杂。应因事制宜，明确特定的补偿责任主体，多个主体则应量化责任。
落实受益主体。“谁受损、谁受益”。应落实受益主体。目前存在补偿利益虚化、未补偿到真正受损者的问题。对此，有多个受损主体的，应量化其利益；有多个受损方面的，应全面覆盖受损的各个方面。
补偿标准体系化。生态环境受损后的影响是多方面的，影响的利益主体是多元的。现在的补偿是一个简单的经济总量，且一般按“人头”分配，掩盖了受损主体的差异性。补偿标准应按社会、经济、生态分类，细化为一个指标体系，再按差异性补偿给当地政府、企业和个人等主体，并规定用于社会重建、经济发展和生态修复。
补偿模式多样化。现行的补偿模式以政府财政转移支付为主，辅以一次性补偿、对口支援、专项资金资助和税赋减免等。应坚持多样化模式，同时避免模式选择的随意性、补偿额的随意性。应制定实施细则，规范补偿模式的选择和实施。
确保补偿用于生态修复。现在，生态补偿大多用于生活、安置、迁移、生产等刚性需求，真正用于生态修复、生态保护的很少。生态补偿制度安排中应有量化的刚性要求，使一部分补偿直接用于修复生态。同时，还应有使用的有效监督制度。
生态补偿是一系列消减环境正外部效应的经济手段的统称。关于外部性的理论，向来存在庇古和科斯两派。庇古认为外部性是市场失灵的结果，应采取政府干预手段，对正外部性的行为者进行补贴。而科斯则认为，产权界定不清晰是市场失灵导致外部性产生的根源，解决外部性问题应从明晰产权入手，通过产权的市场交易实现其价值，从而消除外部性。因此，生态补偿的实现路径主要分庇古手段和科斯手段两类，常见的包括财政转移支付、市场调节、保证金（或储备金）制度和协商谈判机制。
财政转移支付是政府将部分财政收入进行再分配的过程。国际的转移支付指生态产品消费国的部分财政收入通过国际性组织（如环境非政府组织NGO，全球环境基金GEF等）向生产国转移。国内转移支付包括各级政府对从事生态建设和环境保护的下级政府、单位和个人进行的纵向转移支付，以及地方财政资金（通过中央政府）向其他地方转移的横向转移支付。目前，转移支付是国内外最广泛使用的生态补偿途径。尽管OECD（经济合作与发展组织）已对“污染者付费，受益者补偿”原则进行了详尽描述，但涉及公共品和正外部性时，政府支付又变得理所当然。Hanley对不同国家的情况进行调查后发现，采用“受益者补偿”的情况很少，而政府支付达到了一个很高的水平。而我国在90年代后期，生态补偿更多地指对生态环境保护和建设者的财政转移补偿制度。其主要原因之一是由于生态环境资源的公共物品属性，生态问题的外部性、滞后性以及社会矛盾复杂和社会关系变异性强等因素，导致许多领域和场合难以采取受益主体直接支付的补偿方式。转移支付通常采用捐赠、专项拨款、税收返还、补贴、奖励等形式实现生态补偿。各国典型案例不胜枚举，如奥地利、新西兰等国对非国有林的补贴，挪威政府为解决农地土壤侵蚀问题采取的系列高额补贴等。值得关注的是，国际上经常采取的“积极补贴”形式，即资金尽可能来自对不可持续性活动的税收。比如，法国对SO2和NOx的排放征税，税收用于补贴企业对减排设施的投资或用于奖励对污染物减量和测量技术的研发。波兰法律明确规定，环境税收只能用于环境支出，包括各种补贴以及相关的教育、科研等；哥伦比亚用水污染税收成立基金，专门用于支持公共场所净化工程、新技术的示范、清洁生产研究以及环境教育。丹麦将CO2税的净收入专项用于对商业节能工程和生物燃料的使用进行直接补贴。哥斯达黎加1/3的生态税收专用于支付环境服务，比如1996年，哥斯达黎加的生态税收达6.6千万美元，使得2.2千万美元能够用于支付森林主。
目前，可交易的许可证制度主要应用于排污权交易和水权交易。其以科斯理论为基础，建立合法的排放污染物或使用水资源的权利，以许可证的形式发放，并允许这种权利像商品一样自由买卖。换个角度理解，即排污权或水权的出让方通过出售剩余权力而获得的回报是对其做出有利于环境的正外部性行为的补偿。排污权交易的思想由经济学家Dales于1968年提出，并于20世纪70年代中期开始在美国实施，先后用于大气污染和水污染控制。在美国取得成功的基础上，澳大利亚、英国、智利、德国、哥斯达黎加等国纷纷引进排污权交易制度并予以发展。目前排污权交易的主要类型有水污染物（如COD）和大气污染物（如SO2和CO2）排污权交易。水权交易在智利和墨西哥全国，美国、澳大利亚、秘鲁等国的部分地区都得到了广泛应用。从1987年进行排污许可证试点工作，我国就开始了排污权交易制度的酝酿。上世纪90年代初期开始在全国进行排污权交易的试点，在COD、SO2排污权交易方面取得了一些经验。目前全国普遍实行了水污染物排放许可证制度，但排污权交易仍缺少相应的法律法规支持，没有形成一项正式的制度。而我国的水权交易尚处于探索和起步阶段，2000年浙江义乌—东阳水权交易、2003年绍兴汤浦水库与慈溪自来水公司水权交易、以及黄河流域宁夏—内蒙古水权交易开启了国内该领域的先河。鉴于水资源涉及众多利益主体，市场机制界定水权的成本太高，政府在我国目前的水权交易中扮演着重要角色[22]。此外，2003年在甘肃张掖地区同一灌区，不同用水者之间自发兴起水权交易，虽然规模小，且属于微观层次，但对于推动我国水权交易市场形成具有现实参考价值。
保证金制度针对具有潜在环境破坏性的经济活动，主体在对可能造成的破坏及其恢复费用进行货币评估并向有关部门交纳超过预算（或一定比例）的费用或固定金额作为保证金后，才能获得经营许可。当经济活动结束而环境状况未得到有效恢复时，保证金则被部分或全部扣留，用于补偿第三方对环境的恢复建设。而储备金制度是指由政府按照相关法规、标准向环境破坏者收取费用、滞纳金、罚款、捐款等建成基金，用于补偿相关主体进行环境恢复行为。保证金或储备金制度是矿区土地复垦管理中的主要经济手段。美国国会于1977年通过的《露天开采治理与复垦法案》（SMCRA，1990、1992年经过两次修订）]规定：未能完成复垦计划的企业，其保证金将被用于资助第三方进行复垦；现有采矿企业缴纳的费用（开采地表煤缴纳35美分/t，地下煤缴纳15美分/t或售价的10%，褐煤缴纳10美分/t或售价的2%）、滞纳金、罚金、捐款等建成复垦基金，用于对SMCRA实施前的老矿区进行恢复。德国的《联邦采矿法》也要求采矿许可获准前缴纳必要的复垦保证金。澳大利亚也执行复垦保证金制度，要求复垦工作做得最好的几家矿业公司只缴纳25%的保证金，而其他公司必须100%的缴纳。此外，加纳、菲律宾等发展中国家也制定了相关规定。我国河北、山西、安徽等地，在一定范围内针对某类生态建设破坏土地的复垦，规定了收缴土地复垦费或收缴土地复垦保证金。
协商谈判是国际上解决跨界环境问题以及全球环境问题惯用的方式，通过会议协商和各方讨价还价最终达成共识并制定解决方案。生态补偿也可以通过谈判的途径实现，比如2004年9月8日，浙江省金华市金东区傅村镇和源东乡就签订了一份为期2年的协议，源东乡承诺保护和治理生态环境、保护下游用水安全，傅镇村每年向位于自己两条溪水上游的源东乡提供5万元的补偿费用。实际上，前文提到的我国浙江和黄河流域发生的水权交易案例，都只存在两个交易主体，且在政府的主导下完成，并没有形成真正的市场，也不完全属于市场交易，而更多的是交易双方讨价还价、协商谈判的结果。因此，协商谈判在有的地方也被称为准市场机制。区域间的协商谈判在共同发展原则的指引下，能创造出经济扶持的独特生态补偿形式。主要有两种：
（1）发达地区（或下游地区）向贫困地区（或上游地区）投资，帮助发展环境友好型产业（如旅游、服务等）或替代产业；同时开展智力补偿，提供无偿技术咨询和指导，培养(训)受补偿地区或群体的技术人才和管理人才，输送各类专业人才，提高受补偿者生产技能，技术含量和管理组织水平。
（2）生态重点保护区的企业允许到环境容量大的地区进行定向“异地开发”，异地开发所取得的利税返回原地区，作为支持原地区生态环境保护和建设事业的启动资金。绍兴市在袍江经济开发区设立新昌医药化工园，用于新昌县异地发展，有效地减轻了上游新昌江的水污染。