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企业投资方案的特点是，系统性、层次性和长远性。
系统性是企业投资方案的基本特点。它指企业投资总额合理分配从而保持企业总体上投资效益最好。正如我们指出过的那样，企业在一定时期投资总额的分配做到合理、高效、切实有力，就必须是对企业投资结构的正确认识和估价，只要我们找到了企业投资的合理结构，那么，企业投资总额的合理安排就是容易的事。企业投资方案鸵系统性首先表现在企业投资计划的编排上；其次是企业投资的组织实施；再次就是企业所追求的各种比例关系的协调。
企业投资方案的层次性是指：
(1)企业内部各种比例关系。如生产性投资和非生产性投资的比例关系，直接投资和间接投资的比例关系，有形资产和无形资产的比例关系。
(2)总公司投资方案与子公司投资方案的关系。企业投资方案的层次性是企业的产业结构、市场结构及其相互作用的结果。
企业投资方案的长远性是指，企业投资方案体现了企业投资的战略目的。企业投资方案反映了企业未来发展战略，这种战略性质客观上要求企业投资方案具有预见性和长远性。例如三峡工程给建材行业的企业带来了战略利益。建材行业中有部分企业充分认识到这点，于是制定企业投资方案时就必须把战略支点投资作为重要项目，因为三峡库区意味着获得投资机会的激烈竞争，谁早抓住机遇，谁就能发展。企业投资方案的长远性与项目投资方案关系涉及的货币时间价值原理是不同的。项目投资方案运用现值法、年值法等计算未来几年的资产收益，并以此判断项目投资方案的合理性。项目投资方案所运用的货币时间价值原理认为未来利益是可预测的，而企业投资方案的长远性即它的未来利益仅仅依靠财务分析的原则是无法判定的。例如，企业把100万元投入新建项目，还是技术改造项目，依据财务分析原则就可以作出明智的决断。然而，企业把100万元投入新产品开发项目，依据财务分析原则就不够了。尽管通过不确定性风险分析，我们可计算出一个概率，依据概率测度该项目的未来利益，或者我们通过线性回归分析预测它的项目的投资收益，但是，这种测度只有参考性，要使其测算有实际意义，就必须使它与经验分析方法结合起来。经验分析既是以往实践的总结又是一种升华和创造。企业投资方案的长远性只有拥有丰富实践经验和创造性的人们才能洞察得到。
独立方案是指一组相互独立、互不排斥的投资方案。在独立方案中，选择一个并不排斥另一个，它们之间互不干涉，相互间独立地存在，可自由组合。
独立方案存在的条件为：
(1)投资金额不受限制；
(2)各投资方案所需人力、物力均能得到满足；
(3)不考虑地区、行业间的相互关系及其影响；
(4)每一投资方案是否可行只取决于本方案的经济效益。
符合上述条件的方案即为独立方案。例如，某企业拟建办公楼等。这类项目投资之间没有什么联系，互相独立，若符合上述条件，并不存在相互比优问题。独立方案的效益之间具有加和性，企业可以全部不接受，也可全部接受或部分接受。从上述条件来看，实际中难以满足，因此独立方案在投资项目中比较少见。
互斥方案是指互相关联、互相排斥的方案。在一组互斥方案中，只能选择其中的一个方案。例如，某企业拟投资增建一条生产线，有国内订购和国外订购两种方案，从中只能选择一种较优方案。互斥方案的效益之间不具有加和性，决策有较强的优选性，是从多个方案中优选一个最佳的方案。
混合方案是独立方案和互斥方案两者的混合。如某企业改进工艺方案，A_1、A_2为互斥方案，改造搬运设备，B_1、B_2为互斥方案，但改进_T艺和搬运设备效果可视为互不相干，相互独立。这时，该企业面临从混合方案中优选的问题。
相关方案也称配套方案。一个方案是否被接受，依赖于一个或多个方案的同时被接受，这种方案为相关方案。如兴建一个工厂的同时，必须修建一条公路，此时，该公路的投资方案与工厂投资方案相关或配套。
不同类型投资方案比较优选的目的只有一个：最有效地利用有限的资金，以取得最佳的经济效益。重要的是根据不同方案类型，正确选择和使用评估方法。独立方案的比优一般通过财务评估和国民经济评估进行。互斥方案比优有静态法和动态法。
对投资方案实施过程进行管理与监督，对于投资方案的完成有着十分重要的意义。
投资方案经过可行性研究论证后，虽然保证了方案决策的正确性和科学性，但仅仅是对方案所确定的目标是否符合国家经济发展规划和科研院所预期效益的论证，最终要靠完整的实施才能获得实现。投资方案的实施过程是固定资产形成的过程，决定着生产工艺技术水平和生产装备的水平是否先进以及生产能力的大小，因而直接决定着投资方案实现后科研院所的生产和经济效益水平。如果在投资方案实施过程中管理混乱，效率低下，没有科学的管理方法和严格的监督保证体系，不仅会拖延建设周期增加建设成本，而且还会影响投资方案所确定经济技术要求，不仅达不到预期的经济效果，更造成投资的浪费，使科研院所背上沉重的包袱。
投资方案在实施过程中要靠设计单位、建设单位、施工单位、贷款银行、提供设备的生产厂家和物资材料部门等的协作劳动，在他们之间形成了一定的经济关系。科研院所作为投资的建设单位，必须在实施过程中把各方面关系处理得井然有序，各个环节紧密衔接，才能够使这些部门在各自的分工体系中积极支持、通力协作，以保证项目顺利实施。
经济特点所要求加强实施管理与监督大型投资方案一般具有工程庞大、施工周期长等特点，更要求坚持科学的管理程序，必须根据准确无误的设计方案和完整无缺的施工图纸，进行合理的施工组织。在一定的时间内，把众多的人财物加以组织，在时间和空间上正确处理好各种错综复杂的关系，保证实施过程连续、均衡地进行，才能达到预期的目的。实践证明，重视项目实施过程的科学管理与监督是加快建设项目进度、缩短工期、提高工程质量和降低建设成本的重要保证。很多投资项目在实施过程中管理监督不力，造成了资金缺口较大和资金浪费严重，投资效益低，达不到预期投资效果。因此，投资方案实施过程的科学管理和严格监督，以其重要的位置摆在了科研院所投资决策者的面前。