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廉政审计是以促进廉政建设(反腐防腐)为目标，由独立的特定审计主体，根据授权，运用专门的策略、手段和规程，对国家公职人员(公产权代理人)的违纪违法腐败行为进行审查、监督和防范的特种审计。[1]
国家审计署审计长刘家义在“谈中国参与联合国审计工作”答记者问时有这么一段话：“国家审计随着国家治理的产生而产生，并随着国家治理的发展而发展。在国家治理这个大系统中有决策系统、执行系统和监督控制系统。国家审计就是国家治理的一个监督控制系统，它服务于决策的落实，又促进决策的完善，还对执行系统落实决策的过程进行监督和控制。国家治理需要国家审计，国家治理的方向和重点决定着国家审计的目标。”由此。可以得出，廉政审计就是基于国家治理腐败的需要而产生的。
1998年11月，在乌拉圭召开的第16届最高审计机关国际组织大会上，确立“防止和侦破舞弊与贪污腐败”为第一主题，深入研讨“审计在防止和侦破舞弊和贪污腐败方面的作用”，从此拉开了全球范围内舞弊审计的帷幕。
廉政审计是从特种审计变迁而来的。特种审计是2000年有专家提出来的。是基于防范国家公职人员在政府采购、重大工程项目、基金管理、国有企业改制等活动中出现的违法违纪行为而特设的一种审计。但是，由于审计实施中仍然以审查财务收支为主，体现不出其特性，所以一直没有将特种审计进行到底。在以后几年里，随着中央提出架构防腐体系的精神，许多学者在特种审计的基础上研究廉政审计，对廉政审计的目标、机构设置和人员配备、廉政评价标准等都做了研究。
廉政审计采用腐败风险基础审计模式，即以具有审计价值(发生贪污腐败可能性较高或腐败风险)的疑点线索或移交的案件为起点，确立审计项目，安排特种审计查证，而后进行内部控制分析和评价，提出完善内部控制建议。其基本过程如下：
(1)进行疑点线索价值(腐败风险)评估或承接移送案件，确立审计项目。
(2)拟订审计方案或审计计划。
(3)执行审计方案或审计计划，进行特种审计查证。审计工作以审计机关为主，纪检、监察、检察等部门全程(审前、审中、审后)配合协作。
(4)评估和分析内部控制，编制内部控制分析报告。要求对违纪违法行为的内部控制原因进行深层分析和研究，提出改进和完善内部控制的对策措施，以防止以后类似行为的重犯。
(5)审计终结或移交。移交的条件是审计职权、手段(含其他部门的配合手段)已用完，后续工作必须由其他执法、司法部门进行。审计主体无法获取充分适当的审计证据，以形成审计结论和处理意见，或者已形成的结论和决定须由纪检、监察、检察、司法等部门追究党纪、政纪或刑事责任。
(一)廉政审计与财政财务审计的关系
从联系来看．财政财务审计为廉政审计提供疑点线索．廉政审计对特定的财政财务审计结果加以深化从区别方面看，其一，审计模式不同．财政财务审计采用制度导向审计模式．即根据内部控制的调查、测试和评价结果，确定实质性测试的性质、时间和范围。而廉政审计则采用腐败风险导向审计模式。其二。审计目标不同。财政财务审计的目标是对财政财务收支活动以及财务报表真实性、合法性、合规性等方面反表审计意见而廉政审计是针对腐败高发多发领域、重点部门、重点项目和重点资金．以腐败为审计导向，预防、揭露和打击周家公职人员经济犯罪的特种审计。其三．审计依据不同。财务审计侧重依据会计准则和国家其他有关财务会计制度．而廉政审计则侧重于依据同家法律法规、部门规章制度以及国家公职人员廉政的有关规定。其四，审计方式不同。财务审计一般是事后审计．而廉政审计中的廉政指标体系．设计有评价指标．可以正确评价部门和个人廉政情况．监测指标能及时反馈可能存在或已发生的腐败而预替．使得审计关口前移．较好体现打防结合．以防为主的反腐败策略。所以廉政审计是事前、事中、事后审汁其五．审计方法不同财政财务审计运用的是传统审计方法．比如采用常规抽样技术．判断会计账册错误和遗漏：而廉政审计侧重于分析部门或国家公职人员廉政或腐败情况．需要对廉政或腐败程度加以量化．再评估。
(二)廉政审计与财经法纪审计的一关系
廉政审计内容比较广泛．与财经法纪审计实质上是一种包容关系财经法纪审计是对严重违反财经法纪的行为所进行的专案审计．它是一种特种审计它主要依据党和国家的财经政策、法令和制度来专案审查严重违反这些政策、法令和制度的行为。廉政审计中的查实审计也是根据国家公职人员廉政的法律制度．审查腐败嫌疑人犯罪事实．以确定腐败性质．以及犯罪严重程度两者内容相近都是特种审计，但两者又有很大区别。其一，财经法纪审计是专案审计．不审查某经济单位、团伙、个人是否违犯法纪，而是对某经济单位、团伙、个人在违犯法纪后的定案审计。一案一查，从立案到定案，彼此独立，不相连续。而廉政审计既有专案审计功能．可以通过腐败预警指标．监察国家公职人员违法违纪行为．具有财经法纪审计不具备的预防作用。其二。财经经法纪审计是一种突击性的不定期的事后审计．审计的方法不固定．灵活多样。而廉政审计是常规经常性的事前、事后审计，采用的是以腐败为导向的审计方法。其三，审计对象不同财经经法纪审计对象是严重违反财经法纪行为．具体到专人审查而廉政审计则是根据“腐败嫌疑”假设，把某些重点部门、重点领域的国家公职人员作为审计预防腐败对象。其四．审计程序不同。财经法纪审计是一种立案审计，根据这个特点．可以把财经法纪审计程序划分为立案、查证、结案、处理等四个阶段。如果当事人对处理不服．提出申诉．还要对其申诉进行复审．构成申诉和复审阶段。而廉政审计程序分为腐败预警、预警审计和查实审计三个阶段。
(三)廉政审计与效益审计的关系
两者区别明显．其二．审计客体不同效益审计的客体是被审计对象的经营活动和管理活动．而廉政审计对象是国家公职人员其二．审计目标不同效益审计的目的是对主要收支项目和资源管理的经济性、效率性和效果性提出意见．而廉政审计是预防和打击腐败其三．审计依据不同。效益审计需要依据经济效益指标体系及相关技术指标，对管理水平、经济效益进行评价和鉴证．而廉政审计则是依据国家廉政法规和相关腐败犯罪规定但是如果认为廉政审计与效益审计是泾渭分明，那就错了。国家审计署副审计长刘家义曾经说过．中国今后将逐步推开绩效审计．对重大违法违规案件、因为盲目决策造成的资源浪费和国有资产流失案件、单纯追求速度而片面提供优惠政策造成的国家和人民群众利益受到重大损失的案件进行重点审计很多案例已经证明“面子工程”、“形象工程”后面往往有腐败行为．效益审计也有反腐败内容。