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随着企业经营规模的扩大，业主或企业管理层势必改变“事必躬亲”的管理方式，建立系统的分层、分工的科学管理制度，企业在经营发展过程中建立起内部控制系统，这就促使审计人员把注意力转移到与会计相关的内部控制系统的控制功能上来。因为，如果防止和揭露差错舞弊的那些控制方法已经在内部控制系统中正确地运用，那么这个系统所产生的会计结果自然也应当是正确的。
制度导向审计模式将审计的重点放在对内部控制制度各个控制环节的审查上，目的是发现内部控制制度的薄弱之处，找出问题发生的根源，然后针对这些环节扩大检查范围；对内部控制制度有效之处，则可缩小其检查范围或简化其审计程序。
在这种审计模式下，是否检查凭证与经济事项、检查多少凭证与经济事项都不再是毫无目的的大海捞针，而是建立在对被审计单位内部控制系统认识基础上的重点审查。以大数定律和正态分布为基础的统计抽样也逐渐取代了单纯判断性和任意性的抽样。同时这一模式由于着眼于对内部控制制度整体的了解与分析，还可以发现与某些内部控制相关的会计信息的系统性错误，从而提高了审计效率。正因为如此，制度导向审计模式从20世纪40年代起就成为注册会计师审计的主要方法。
制度导向审计与风险导向审计有联系也有区别，主要表现在：
风险导向审计与制度基础审计都是委托人对受托人实施控制的载体。注册会计师制度的存在和发展应归因于企业所有权和经营权分离所导致的受托经济责任。由于企业管理当局是提供会计报表的责任主体，自身利益通常与企业的财务状况与经营成果挂钩，编制的会计报表容易受到利益驱动而失实，需要由具有专门知识和技能的独立第三方——注册会计师对会计报表进行审计，出具客观、公允的报告。因此，注册会计师的报告可以有效地说明企业管理当局的受托经济责任，降低会计报表使用人进行决策所面临的信息失真风险。一百多年来，审计的根本目标没有发生重大变化。从20世纪40年代起，审计的目标就是对被审计单位的会计报表进行审计并发表审计意见。
风险导向审计理论是在制度导向审计理论基础上发展而来。因此，制度导向审计的很多方法同样在风险导向审计上使用。按照风险评估确定审计重点，分配审计资源。虽然两种审计方法的风险评估方法存在重大差异，但在风险评估之后，都要根据风险评估的结果来确定审计重点、分配审计资源。所谓重要性，是指被审计单位的会计报表中错报或漏报的严重程度，这一程度在特定环境下可能影响会计报表使用者的判断或决策。两种层次的重要性水平包括报表层次和账户或交易层次的重要性水平。因为重要性水平跟审计证据存在反比关系，所以重要水平越低，就要分配更多的审计资源来获取适当的审计证据，实施审计程序。无论风险评估结果如何，两种审计方法最终都回归到实施包括抽样在内的各种审计程序。风险导向审计可以在一定程度上减少实施的审计程序，但即使由于风险评估结果很小，注册会计师也应出于谨慎而勤勉尽责，实施一定量的审计程序，进行多角度测试，才会将审计失败风险降到最小。依据获取的审计证据对会计报表形成审计意见，出具审计报告。两种审计方法的工作成果都是审计报告，而审计意见则是注册会计师对会计报表的合法性及公允性的集中表达，是审计工作的集中体现。
由于对审计风险的认识不同。 导致了两种风险导向审计方法所运用的审计风险模型不同。制度导向审计方法以“审计风险=固有风险×控制风险×检查风险”为审计风险模型。风险导向审计以“审计风险=重大错报风险×检查风险”为审计风险模型。现代审计风险模型在传统审计风险模型的基础上进行了改进，形式上有所简化。但审计风险的内涵和外延却扩大了，其中重大错报风险包括两个层次：会计报表整体层次和认定层次。认定层次风险指交易类别、账面余额、披露和其他相关具体认定层次的风险。包括传统的固有风险和控制风险，会计报表整体层次风险主要指战略风险和经营风险。把战略风险和经营风险融入现代审计模型。可建立一个更全面的审计风险分析框架。
在制度导向审计方法中，人为的将风险分为固有风险和控制风险。而固有风险的定义是以内部控制不存在的假设为前提条件的，这种假设本身就是不存在的。因此，在实际操作中，固有风险的评估比较困难，注册会计师一般不注重从宏观层面上了解企业及其环境，简单地把固有风险评估为高水平，直接进行控制风险评估。审计的起点通常是控制测试，如果没有必要测试内部控制，审计的起点直接为会计报表项目。风险导向审计方法是通过综合评估经营控制风险来确定检查风险。注册会计师通过了解被审计单位的行业状况、经营目标、战略和相关经营风险、企业的经营战略及其业务流程，评估重大错报风险。审计的起点为风险评估。风险导向审计方法的优点在于将审计的重心前移到风险评估，有利于充分识别和评估会计报表重大错报的风险，从而针对风险点设计和实施控制测试和实质性程序。
制度导向审计对于信息的再加工重视程度不够，分析性程序主要用在报表分析上。风险评估以分析为中心，分析性程序成为最重要的程序。为了适应分析性程序功能扩大的要求，分析性程序开始走向多样化。在数据分析上，不但要对财务数据进行分析，也要对非财务数据进行分析；在分析工具上，充分借鉴现代管理方法，将管理方法运用到分析性程序中去。注册会计师常常把战略分析、绩效分析、财务分析及前景分析等分析工具运用到风险评估之中，这就使风险因素不再唯一，变一元风险评估为多元风险评估。用几种方法相互印证，得出的风险评估结果会更加可靠。
职业怀疑态度，是指注册会计师以质疑的态度评价所获取审计证据的有效性，并密切关注相互矛盾的审计证据以及对文件或管理当局声明的可靠性产生怀疑的审计证据。注册会计师审计的主线始终是对重大错报风险的识别、评估与应对，假定整体会计报表是不可信的，从而保持全方位的职业怀疑态度，在审计过程中充分关注可能导致会计报表发生重大错报的情形，排除质疑。审计如同刑事侦察，发现疑点、捕捉线索是关键，而保持职业怀疑态度又是关键之关键。有不少审计失败的案例，总结其失败的原因，大都是审计人员未尽到职业怀疑义务，不敢或不会怀疑造成的。
传统的风险导向审计方法不对企业经营风险实施评估程序，注册会计师不懂管理知识、行业知识也可以审计。实施风险导向审计方法后，由于审计重心转移，审计结果需要依赖风险评估，而进行风险评估需要现代管理知识，这就对注册会计师提出了更高的要求。注册会计师不但要掌握一些常用分析工具，还必须要学习现代管理知识和接受行业的专业知识培训。