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审计行政诉讼是审计行政争诉中一项重要的法律制度。是由人民法院按照司法程序主持解决审计行政争议的制度。审计机关对审计行政行为的相对人通过审计监督活动，作出审计结论和决定后审计。行政行为相对人认为审计机关和审计机关工作人员的具体行政行为侵犯其合法权益，依照《行政诉讼法》的规定，向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
1．审计行政诉讼要解决的是审计行政争议案件。这是区别其他行政诉讼案件最主要特征。行政诉讼解决的是各个行政管理部门因职权与其行政相对人因具体行政行为所发生的争议。包括工商、公安、税务、环保、劳动等部门。各部门因行政管理中所须执行的行政职权有差异，出现争议的内容便不尽一致。人民法院在审理各类行政案件时，必须统一执行《行政诉讼法》。
2．审计行政诉讼双方当事人具有恒定性。由于审计行政争议是审计机关在行使职权过程中产生的，而审计机关在行使职权时，一般处于管理者主导的地位，并且拥有完成行政任务所必须要的一切手段，包括申请人民法院强制执行的手段，因此，这种争议的性质就决定了审计行政诉讼双方当事人的特殊性。在我国审计行政诉讼中，原告总是审计行政管理相对人，包括公民、法人和其他组织。被告则是行使审计监督职权的国家审计机关。
3．审计行政诉讼的客体是被行政管理相对人一方认为侵犯其合法权益的审计具体行政行为。审计具体行政行为是相对审计机关的抽象行政行为而言的，指审计机关行使审计监督职权时，针对特定人或特定事件所作的具体处理的行为，如审计结论和决定：审计机关制定的具有普遍约束力的行政规章、命令以及规范性文件的行为属于抽象行政行为。审计具体行政行为与审计抽象行政行为的区别在于：前者涉及特定的人或事件，而后者的对象是人为确定的；前者在其目的实现后，对以后相同或类似的情况不具有约束力，而后者对相关的情况都具有约束力，直至它被撤销、废止或修改为止。根据我国行政诉讼法的规定，相对人一方对法律规定范围内的具体行政行为可以向法院起诉，法院对该具体行政行为是否合法进行审查，作出裁判。但对抽象行政行为，相对人不得起诉。
4．审计行政诉讼是人民法院按司法程序解决审计行政争议的活动。解决审计行政争议有两种：一是在审计行政系统内自行解决的审计复议活动；二是通过人民法院裁判的审计行政诉讼活动。
审计行政诉讼的基本原则是指由宪法或者法律规定的，反映行政诉讼基本特点，贯穿行政诉讼全过程，对行政诉讼具有普遍指导意义的基本准则。行政诉讼基本原则的特点是：法定性。即行政诉讼的基本原则是以宪法和法律为依据，是由行政诉讼法具体规定的，不存在丝毫的随意性和可变性。概括性。行政诉讼的基本原则集中体现了行政诉讼的基本特点和精神实质，概括地反映了行政诉讼的基本行为规范。指导性。行政诉讼基本原则是制定行政诉讼法律规范的出发点；也是行政诉讼主体进行诉讼活动的基本准则；还是司法机关处理和解决行政案件的基本依据。行政诉讼的基本原则与其他诉讼相比较具有共性也有其自身的特性。共性的内容如：人民法院依法独立审判的原则：以事实为根据，以法律为准绳的原则；当事人诉讼地位平等的原则；使用本民族语言、文字的原则；辩论原则；合议、回避、公开审判和两审终审制度；人民监察机关对行政诉讼实行法律监督的原则。行政诉讼特有的原则是指由法律规定的开展行政诉讼活动必须遵循的，不同于其他诉讼的特殊原则。按照行政诉讼法的规定，行政诉讼的基本原则中的特殊原则包括：人民法院特定主管原则；复前置原则；具体行政行为合法性审查的原则；司法变更权有限的原则；合议审理原则；行政诉讼不适应调解的原则；被告对作出该具体行政行为负有举证责任的原则；行政诉讼不停止执行的原则；等。其中，最主要的是人民法院审查具体行政行为是否合法的原则。
所谓特定主管一是指人民法院只主管法律规定由法院主管的行政案件，对于未经法律规定的则不予受理；二是法律规定由人民法院主管的行政诉讼案件，要依法提起诉讼。特定主管的内容构成了人民法院审理行政案件的范围。
行政复议前置即行政先行处理原则，是行政诉讼特有的原则。复议前置，是指行政复议与行政诉讼的关系，也就是行政争议在法院解决之前，将行政复议作为一项必经程序。未经复议的行政争议案件，人民法院不予受理。根据审计条例和最高人民法院1992年发布的《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题具体意见第四十一条规定：法律、法规中只规定对某类具体行政行为不服，可以申请复议，没有规定可以向人民法院起诉时，人民法院应当告之当事人先向行政机关申请复议。审计行政复议实行复议前置原则已基本得到确定。
审计具体行政行为合法性审查简称为司法审查原则。根据行政诉讼法的规定，司法审查是指人民法院通过依法审理审计行政案件，对审计具体行政行为是否合法进行审查并作出裁决。包括两方面的意义：一是以审计具体行政行为为审查对象。行政诉讼法中明确规定：公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的具体行政行为侵犯其合法权益，有权依法向人民法院起诉。人民法院受理公民、法人和其他组织对下列具体行政行为不服提起的诉讼……。这样规定表明了我国行政诉讼法只以具体行政行为，而不以抽象行政行为为审查对象。二是以合法性为审查标准。行政诉讼法第五条规定：“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”这是由行政诉讼的目的决定的，行政诉讼的目的是保护公民、法人或者其他组织的合法权益，维护和监督行政机关依法行使行政职权，一个是指合法的权益，一个是指依法行政，两者共同的内容是合法。而这种合法以共同指向具体行政行为上，因此，人民法院只有把具体行政行为是否合法审查清楚了，才能达到行政诉讼的目的。
司法变更权有限的原则，是指在行政诉讼过程中，人民法院一般不享有司法变更权。法院对被诉行政机关的行政处理决定，只能作出维持或撤销的判决或裁定，只在特殊例外情况下享有一定变更权。司法变更权的有限原则，是行政诉讼法区别其他诉讼法的重要内容。行政诉讼法第五十四条具体规定了这一原则的具体内容，也就是当行政处罚显失公正时，人民法院可以判决变更。判决变更是指人民法院以判决的方式改变具体行政行为的内容。适用判决变更有两种情况：其一，必须是行政处罚，而不是其他具体行政行为。如罚款、责令停产停业、没收非法所得等属于行政处罚。其他如限制人身自由的强制措施；查封、扣压、冻结财产的强制措施；非法要求公民、组织履行义务等行政行为，人民法院不得判决变更。其二，必须是显失公正的行政处罚，而不是处罚不当。显失公正的行政处罚，属于非常不合理的行政处罚。假定其他条件都相同的情况下，行政机关对甲的处罚和对乙的处罚非常悬殊。畸轻或畸重，人民法院就可以适用“显失公正”的规定。行政诉讼法这样的规定既体现了人民法院对行政主体被诉的行政行为给予尊重，又反映了行政机关的具体行政行为要接受人民法院的审判监督这样一种关系。
行政诉讼法规定，人民法院审理行政案件，由审判员组成合议庭，或者由审判员，陪审员组成合议庭，合议庭的人员，应当是三人以上的单数。这虽然与民事诉讼中的合议制度相同，但行政诉讼中不适用民事诉讼关于“简单的民事案件，由审判员一人独任审判”的规定，行政诉讼的这种合议制正是与民事诉讼中有的独任制相区别的，一切行政案件均应依法组成合议庭。这正是由于行政案件专业性强，审判人员不可能掌握所有行政管理方面的专业知识，合议庭组成人员权利平等，对于案件的调查、审理、裁判及其他重要问题，都由全体人员共同研究，有利于案件的审理。设立陪审制度，还可以增加人民群众对审判组织的信任，有助于把审判活动置于人民群众的监督之下。
行政诉讼法第三十二条规定了被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件。在行政管理中，由于行政行为属于行政机关单方面的行为，行政诉讼的标的正是这种单方面行为，即具体行政行为。正如审计监督活动中，审计机关作出审计结论和决定，一旦通过审判监督程序，其举证责任当然由审计机关负责。审计机关作出审计具体行政行为，一要有事实依据，二要有法律、法规等规范性文件的依据。
行政诉讼法明确规定了人民法院审理行政诉讼案件不适用调解的原则。是指既不能把调解列为行政诉讼中的一个必经阶段，也不能把调解作为结案的一种方式。但行政诉讼法还规定了赔偿诉讼可以适用调解。行政诉讼中的被告是依法行使行政管理职权的行政机关，它所作出的具体行政行为是法律赋予的权力，是代表国家行使职权，因此，作为被告的行政机关依法行政这是应尽的职责，无随意处分权。如审计机关在对某单位的国有资金的使用情况依法进行审计监督，审计过程中，查出该单位隐瞒、截留应当上缴国家税金、利润或者其他财政收入，违反财政法规款额较大，依照国务院关于违反财政法规处罚的规定，该处理必须作出处理，对此没有调和余地。所以人民法院审理行政案件不适应调解。
行政诉讼法第四十四条规定：诉讼期间，不停止具体行政行为的执行。在行政诉讼过程中，当事人争议的具体行政行为不因原告提起诉讼而停止执行，这是由国家行政管理的特殊性决定的。如此具体行政行为因一个公民、法人或其他组织提起诉讼就中断，那么必然会使法律秩序处于不稳定状态，直接影响国家行政管理的效力，社会和公众的利益也难以保障。但在该条款中，还规定三种情况例外的内容：一是被告认为需要停止执行的；二是原告申请停止执行，人民法院认为该具体行政行为的执行会造成难以弥补的损失，并且停止执行不损害社会公共利益，裁定停顿状态执行的；三是法律、法规规定停止执行的。
审计具体行政行为不停止执行原则是审计行政诉讼中特有原则，在民事诉讼中不存在这样的问题。一旦有人提起民事诉讼，涉及双方权利义务之事项应立即停止执行，以维护合法的民事法律关系。但是，在行政诉讼中均不停止涉及双方权利义务的事项。这是由具体行政行为的特性所决定的。具体行政行为的作出，从某一方面反映了国家的意志，在未依法否定之前推定为合法和正确，非经法定程序不能随意变动，当事人必须严格执行，以维护国家行政管理的整体性。规定该原则的目的在于防止借用提起行政诉讼，逃脱国家行政管理的制约，影响国家行政管理的正常运行。但实践中，情况是复杂多变的，行政诉讼法上述三种情形作了例外的规定。
审计行政复议与审计行政诉讼的法律关系表现为三方性，即发生审计行政争议的审计机关和审计具体行政行为相对人一方，再加上作为裁决者的复议机关或人民法院为第三者。裁决者依照事实和法律作出公正的处理。由此，首先要求审计复议机关必须设置保障作出复议决定公正性的各项程序。这是审计行政复议的司法性所决定的。另外审计行政复议又是上级审计机关对下级审计机关审计具体行政行为的行政监督，是层级监督的一种形式，具有严格的行政性。由于审计复议的司法性和行政性，就使审计行政复议活动不仅在复议范围、内容等方面大于审计行政诉讼的审查范围和审查内容。且审计行政复议活动专业性较强，由本行业自行解决，便于有效、及时地解决问题。但审计行政复议毕竟是在原来审计行政机关审计结论和决定的基础之上进行，在认定事实、适用法律上可能出现偏倚，至少会使某些审计行政相对人在心理上有某些疑虑。而审计行政诉讼通过人民法院解决审计行政争议方面有一套严格的保证其公正、正确进行裁判活动的司法程序，远较审计行政复议程序更为完善，且法院毕竟在行政机关以外，从而保证人民法院更能依法、公正的判决．同时人民法院还可以通过处理审计行政争议来监督审计行政机关依法审计情况。与审计行政复议的内部行政监督相比，则属于外部的司法监督。
审计行政复议与审计行政诉讼的区别归纳起来，主要有以下几点：一是处理审计行政争议的机关不同，审计行政复议由审计机关进行，审计行政诉讼由人民法院进行；二是适用的法律程序不同，审计行政复议所适用的是行政复议和审计行政法规规定的程序，而审计行政诉讼适用的是行政诉讼法司法程序；三是审计行政复议与审计行政诉讼所处的阶段不同，审计行政复议比较审计行政诉讼而言，属于先行行政行为。审计行政诉讼则是在审计行政复议基础上进行的。四是审查的范围不同，审计行政复议的特性决定其审查的范围和内容较审计行政诉讼所审查的要广泛、全面。审计行政复议机关如果认为原审计结论和决定不当，可以变更。而审计行政诉讼则不同，结果一般不能变更该项行为，原则上只能维持或撤销被诉的审计具体行政行为。