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实际管理机构是指对企业的生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制的机构。
即并非形式上的“橡皮图章”，而是对企业的经营活动能够起到实质性的影响。实质性管理和控制的机构，往往和名义上的企业行政中心不一致，多是企业为了避税而故意造成的，因而在适用税法时应当进行实质性审查，确定企业真实的管理中心所在。
比如，过去往往是将作出和形成企业经营管理的重大决定和决策的地点作为企业的实质性管理和控制地，如公司的董事会或其他有关经营决策会议的召集地。然而，随着经济社会的发展和科技手段的进步，董事会等会议的召集地变得越来越难以确定，因为董事会可以在公司管理机构所在地之外寻找地点开会。
如一家在中国设立机构、场所的外国公司，虽然其主要经营管理活动都在中国市场内进行，但该公司的董事们可以在夏威夷召开董事会会议，或者身处全球各地的董事们通过电视电话召开会议。对于这家企业，我们如果采取决定和决策作出地点作为实际管理控制地的判断标准，就很难确认其为中国居民企业。这些新现象、新情况模糊了董事会及决策形成地点的界定标准。不过，尽管如此，但是企业在利用资源和取得收入方面往往和其经营活动的管理中心联系密切。国际私法中对法人所在地的判断标准中，在其它客观标准无法适用时，通常可采取“最密切联系地”标准，也符合实质重于形式的原则。
如果该机构只是对该企业的一部分或并不关键的生产经营活动进行影响和控制，比如只是对在中国境内的某一个生产车间进行管理，则不被认定为实际管理机构。只有对企业的整体或者主要的生产经营活动有实际管理控制，本企业的生产经营活动负总体责任的管理控制机构，才符合实际管理机构标准。
如果一个外国企业只是在表面上是由境外的机构对企业有实质性全面管理和控制权，但是企业的生产经营、人员、账务、财产等重要事务实际上是由在中国境内的一个机构来作出决策的，那么我们就应当认定其实际管理机构在中国境内。
上述三个条件必须同时具备，才能被认定为实际管理机构。需要说明的是，从国际上看，对实际管理机构的认定标准问题，税收法律法规中一般只作原则性规定或者不作规定，具体标准大多根据实际案例进行判断。
对一个外国企业的实际管理机构是否在中国境内的认定，关系到这个外国企业到底是居民企业还是非居民企业的划分问题，最终既关系到这个外国企业的纳税义务大小，又关系到我国的税收利益和税收主权问题。财政部和税务总局在实践中，会考虑到既不能过于严格无限扩大，也不能过于宽松危害国家税收利益和税收主权，关键就是要把握好凡是同时具备上述三个条件的都应当认定为实际管理机构。