创新方法论（Innovation Methodology）
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创新方法论是研究创新过程中有没有逻辑顺序、规则、方法以及有什么样的顺序、规则与方法为宗旨的哲学研究。
首先，要把创新方法论与科学研究方法论和科学发现方法论加以区别。
按照“创新”的定义，“创新不是科学或技术，而是价值……。创新不只是发生于组织之间的某种事，而是组织以外的一种变革。创新应以它对环境的影响来衡量。因此，一个工商企业中的创新始终必须以市场为中心，如果创新以产品为中心，很可能产生一些‘技术上的奇迹’，而报酬却另人失望。”（这相当于将技术发明专利束之高阁，实现不了市场价值，这也就说不上是创新。所以，创新不是以科学中的发现或技术上的发明作为其标准，而是以实现市场价值为其判别标准。
这中间特别要注意的是在发现或发明的成果与这些成果转化为新产品、新服务之间存在着一个巨大的差别，而恰恰是后者才能称作真正意义上的创新。它要求付出的劳动以及所花的代价比前者（即发现、发明）要大得多，困难得多。《科学时报》2002年8月14日有一篇题为《从企业为主体促进专利技术产业化》文章中说：“据统计预测，浙江省专利技术和产品的实效率以40%，其中宁波、温州、台州、绍兴等市高达50%以上这是该省把专利工作作为事关全省发展全局特别是技术创新大局的基础性、综合性工作来抓的结果。”（如果把专利的发明与使专利技术产业化的创新两者混淆起来，在实践中就有很大的危害性，人们误以外有了发明就有了创新，其实相比之下后者要难得多。如果认识不到在一点，那么技术发明的转化率低下是必然的。
硅谷之所以是创新的摇篮，是创新和创业精神的栖息地，就是因为它“不仅仅局限在取得的科学进步或技术的突破上。”“硅谷与众不同的不是这里发明的技术，而是把这些技术进行开发、利用并将其推向市场的在当地创建的企业。换句话说，硅谷的故事是企业尤其是创新企业（Start-Ups）进行技术开发与市场应用的历史。”
由上可见，创新与发现、发明并不是一回事，它们的成本和代价也都是不同的。正如德鲁克所指出的：“作为一种经验规律，如果把产生一种新思想上花费一美元。则在对之进行研究以便把它转化为一种新发现或新发明，就必须花费十美元。在‘研究’上每用十美元，在‘发展’（‘开发’）上至少要花费一百美元。在‘发展’（‘开发’）上花费一百美元，则在市场上引进和建立一种新产品或一个新企业就需要花费一千或一万美元。而只有在市场上建立了一种新产品或一种新企业之后，才能说已有了一种‘创新’。”
美国哈佛商学院教授，著名创新研究专家罗莎贝斯·莫斯·坎特（Rosabeth Moss Kanter）指出，“创新首先是人们能够迅速地了解一种市场需求。”“几十年的产品研究表明，使用者是刺激创新的第一要素……领导技术发展的公司现在意识到，他们必需创造一种新的商业概念而不简单的只是优秀的技术。”《第五项修炼》一书的作者彼得·圣吉说：“当一个新的构想在实验室被证实可行的时候，工程师称之为‘发明’(lnvention),而只有当它能够以适当的规模和切合实际的成本，稳定地加以重复生产的时候，这个构想才成为一项‘创新 ’(innovation)”
所以，创新与发现、发明不是一回事，因此，它们的方法论自然也是不同的。
其次，创新具有巨大的不确定性与风险。
科学发现或技术发明也有不确定性，其结果并不能事先预测或保证一定成功，在这种意义上发现与发明也有风险。但这种风险与创新的不确定性与风险无法比拟，后者的风险要大得多。著名创新研究专家，美国斯坦福大学经济学教授罗森伯格（Nathan Rosenberg）在谈到创新的不确定性与风险时，特别强调了“创新的尝试大多数情况下以失败告终，”并指出了财务风险的九大形式。
由于创新的不确定性因素非常之多，失败的可能性就很大，“即使是在能够正确预测当代95%的技术后果的3M公司里，也承认其50%的非相关产品或世界首创型创新都失败了。吉列(Gillette)公司每三个上市产品中只有一个能取得市场成功，而这三个产品是从100项前期技术研究中得到的。”可见，创新的风险是很大的。而且创新的不确定性和风险与创新主体的期望值成正比，即期望值越高、规模越大，风险就越大。德鲁克说，“绝大多数创新思想不会产生有意义的结果。创新思想正好象青蛙蛋一样，孵化1000个只能成熟一两个。因此，创新性组织中的经理人员要求那些具有创新思想的人员仔细思考一下，为了把创新思想变成一种产品、一种生产程序、一项业务或一种工艺技术，需要做些什么工作。”德鲁克这里所说的创新是通常意义上的创新，他要求人们重视并探究创新过程。
撰写《创新之战》一书的作者冯•布朗在谈到人们关于公司创新过程的讨论时说：“这一讨论表明尽管本世纪已积累了丰富的创新经验，但是将新产品成功地引入市场仍要冒很大的风险。既不能清楚的知道如何最好地开发新产品，也不能事先确定一种创新活动最终是否能取得成功。”
毫无疑问，如前面所指出的发现和发明也都有风险，都要付出代价，但比起创新活动来，风险会小得多。因为创新还必须与市场相联系，而市场的风险比起实验室内的发现、发明可能遇到的风险要大得多。
从上面的论述中可以知道，原初意义上的创新是连接科技与经济的桥梁，是科技转化为生产力的根本途径。所以，要强调指出创新大于科技，创新也不是单纯的经济，而是科技长入经济，这才是创新。举一个科技创新史上的例子。19世纪70年代，德国化学家李比希（Justus Von Liebig）提出了农作物生长的三要素（氮、磷、钾）理论（这是发现），1909年德国化学家哈伯(Fritz Haber)首次用空气中的氮和氢合成氨（这是发明）。哈伯的发明不久被德国巴登苯胺纯碱公司所接受与采纳，但从发明到生产出产品，其间经历了无数次的试验，单就为了获得较理想的催化剂就经历两万多次试验，到1913年第一个合成氨工厂才建成投产。这个过程就是创新过程，发现、发明，只是这个过程中的一部分。当然，这里决不意味着轻视发现、发明的重大意义，没有发现、发明、创新就成了无根之树、无源之水了。可以用下式来表达这个创新过程：
R&D→P&S→M→V
这是一个创新过程，研究这一过程是否有逻辑推理程序，是否有模式或方法，这就是创新方法论。不过，下面很快就会发现，这个公式是早期创新的线性程序，现在已远比这个程序复杂得多了。
1、线性创新模式的局限性
最初的创新模式都是线性模式。线性模式认为，创新的起因与来源是科学，来源于基础研究，只要对科学（通常称上游端）增加投入就是直接增加（下游端）创新的产品，其公式为
R&D→中试→生产→销售
线性模式最典型的代表观点反映在美国罗斯福总统的科学顾问万尼瓦尔•布什（Vannever Bush,1890-197的《科学—无止境的前沿》的报告中。该报告有两个基本观点：（基础研究或纯研究本身是不考虑实际后果的；（基础科学有长远的根本性的意义，是技术创新的源泉。“受布什思想范式的影响，产生了由基础科学到技术创新，再转化为开发、生产和经济发展的模式。”这种模式是一种代表动态形式的一维的“线性模式”，即基础研究引起应用研究与开发；再依据创新是一种产品还是工艺，转到生产或经营。
所以，布什的观点可表达成这样一种线性形式，即：
基础研究→应用研究→开发→生产经营
美国学者D.E.司托克斯通过对巴斯德的工作所作的深入研究分析，从而揭示了布什的上述线性模式的局限性。司托克斯在《巴斯德象限—基础科学与技术创新》（Pasteurˊs Quadrant:Basic Science ane Technological Innovation,199一书中，肯定了布什观点的历史作用的同时，尖锐地指出了布什观点的局限性。司托克斯指出：
“然而，（布什的）这一范式的影响是有代价的，因为这种影响既朦胧又深刻。布什关于基础科学根本目的的表述，对科学工作的动机的解释过于狭隘；而他关于基础研究对技术进步的重要意义的论述，在说明技术创新的实际源泉方面也过于狭隘的结果，这些局限性使利用这一范式思考一系列政策问题的难度加大。这就需要对科学研究目标及科学发现与技术进步的关系有更清晰的认识。
司托克具体地指明了以下几点：
1、基础研究与应用研究之间并不界限分明，有的应用研究同时也是杰出的基础研究；
2、科学研究进程同时受认识目标和应用目标这双重目标的影响；巴斯德和其他许多研究中同时体现出双重目标的融合；
3、单一的线性模型描述由科学发现向技术创新的单向流动过于简单了；
4、 本在基础科学方面相对落后，但在生产技术上却取得巨大成功。这一实例表明，科学与技术之间的关系远比布什的单一线性关系要复杂。
创新之所以能突破线性模式、进而突破扩散理论，进入创新2.0时代，首先取决于知识社会下形成的新环境。首先，信息通信技术的发展和知识网络的形成突破了知识传播传统上的物理瓶颈，人类可以利用知识网络更快捷和方便的共享和传播知识和信息；其次，知识网络的环境最大限度的消除了信息不对称性，使人为构建的知识壁垒和信息壁垒在如今的知识网络下越来越难以为继；而更重要的是越来越多的研究者和时间者开始关注知识社会的信息爆炸问题，信息可以传播不等于信息有效传播，利于知识被快速检索、理解和运用的众多知识封装技术使得知识也得以构件化和模块化，从而便于更多人利用。上述知识社会的外部环境有助于更广泛的创新群体在一个开放自由的平台上从事科技创新活动。同时，知识社会也迸发了更广泛的创新需求。外部环境造就了创新主体实施创新活动的可能，也造就了更多知识与应用场合需求碰撞的机会。这样的碰撞就是创新活动最大的源动力，同时也印证了熊彼特创新来源于生产活动的基本观点。因此，知识社会环境和需求两方面的因素催生了创新2.0实践活动的蓬勃发展。
现在知道，无论在自然科学领域还是在人文科学领域，其中也包括创新过程，都越来越从生产范式向服务范式转变，越来越从线性思维方式向非线性思维过渡。“技术创新被认为是各创新主体、创新要素交互复杂作用下的一种复杂涌现现象，是创新生态下技术进步与应用创新共同演进的产物，关注价值实现、关注用户参与的以人为本的创新2.0模式也成为新世纪对创新重新认识的重要探索”，“生态经济或政治系统中的局部变化，都可能引起一场全球性危机。线性的思维方式以及把整体仅仅看作全部部分之和的观点，显然已经过时了。”
2、 创新过程的非线性机制
美国管理学者蒋世任（Felix Janszen）对创新的过程的非线性特征作了多年的潜心研究，取得了许多重要的理论成果和实际效应。他在《创新时代》一书中谈到，十多年前，在他开始作这一课题的时候，并不为人所理解。但随着信息网络的发展，网络时代使得经济系统非线性特点成为每个经济学家不可否认的事实，主流经济学家对经济系统的非线性行为给予了应有的重视，于是当人们谈论新经济体制时，经济系统的非线性行为也就成了谈论的热点话题。
英国经济学家奥默罗德（Paul Ormerod）曾任《经济学家》经济咨询小组负责人，伦敦与曼彻斯特学院经济学客座教授。现在被人称为后正统经济学重要人物。他于1994年出版了一本题名为《经济学的死亡》（The Death of Econnomics)书，1998年又写了一本《蝴蝶效应经济学》（Butterfly Economics），他在后一本书的前言中说：“我十年前所要阐述的一个论点是，传统经济学把经济体与社会看成是一部机器，认为其行为不管多么复杂，最终都可予以预测和控制，这种看法是错误的。恰恰相反，人类社会更像是生命的有机体—活的动物，只能透过其各个部位复杂的相互作用来了解其行为。正是这一观念和想法构成了蝴蝶效应经济学的基本主题。”
知道，“蝴蝶效应”是混沌理论中最常被人引用的一个借喻：表明事物事态发展的非线性，即一只蝴蝶的翅膀一煽动，可以导致地球的另一边的一场大风暴。蝴蝶效应经济学就是强调经济学要考虑各种因素相互作用和累积的非线性效应，说明经济领域中极端的不确定性和难以预测性。
创新过程同样也是一个多重因素相互作用的非线性过程。最近微软首席技术官迈赫沃尔德在《技术评论》发表文章说：技术创新自十九世纪开始至今已经经历了三代，现在正进入第四代技术创新时代。先来回顾一下迈赫沃尔德的几个技术创新时代，然后再来分析创新过程的非线性特征。
第一代技术创新时期发生在1830年，美国专利法的改革带来了技术创新的黄金时代。由于专利法激发了发明家的创新热情，使大量技术发明喷涌而出，有的发明家如贝尔、爱迪生等人名垂青史；
第二代技术创新时期，创新活动主要由公司控制。如20世纪初的通用电器、杜邦公司及美国电话电报公司，他们雇用大量科学家和工程师，试图以更多的技术突破达到垄断目的。公司将技术创新的权益据为己有，利用法律、起诉，等手段来压制个体发明人。20世纪20年代，晶体管问世并开始生产微电子产品和计算机，公司专利占美国专利的大多数。但到70年代，经济压力使公司研发经费减少，大量公司实验室关门，从而使创新热情退潮。
第三代技术创新时期是“硅谷模式”，企业家、创新的技术专家正是抓住了公司实验室衰败的机会，形成第三代技术创新高潮。一些著名大学的研究人员、教师、学生及公司内有创新能力的人得到大量私人风险资本的资助，开创了新的研发工作和市场营销业务。但迈赫沃尔德认为，到2000年，硅谷模式的发展已到极限，也进入衰退中。
由此，内森·麦沃尔德（Nathan Myhrvold）认为，技术创新进入了第四代—有组织的个体发明时代。他本人带着6.5亿美元的微软股票离开微软，创建了“智慧风险”公司，他称为“发明工厂”。第四代技术创新有两个显著特点：1、真正好的的创意能得到大量资金支持；2、独立发明家都拥有新的信息工具，如对新产品进行三维模拟和实验的高性能计算机，而这些工具是以前所不曾拥有的。
迈氏的技术创新四代模式给人许多启发，但总的来说，还是比较理想化的。即使从他的理想化分析中，仍然能够看出，技术创新不是一个线性过程、而是一个诸因素相互作用的非线性过程，其中专利法、公司法、风险资本、组织管理都对技术创新发挥作用，并非是一个全然可预测和控制的。对于硅谷模式的分析，迈氏认为到2000年春天，硅谷已经进入低潮，这是有争议的。例如由多位硅谷的“内部人”所写的《硅谷优势—创新与创业精神的栖息地》一书中，中文序言作者钱颖一教授在介绍该书时有这样一段话：
“本书英文版出版在2000年硅谷的顶峰时期，而中文版的出版恰逢美国经济衰退和硅谷发展的调整时期（硅谷在20世纪70年代初期、80年代中期和90年代初期都经历过低潮）。其实熟悉硅谷历史的人都知道，硅谷的发展经过了多次波折，有起有落，产业在不断的起落中不断更新，每一次调整都是为新的突破做准备。”这表明硅谷模式似乎并没有过时，只是进行调整，“为新的突破做准备”。还从该书中看出，硅谷未来的发展将趋向网络化与簇群化，这意味着朝向更复杂相互作用的非线性化方向发展。
信息通信技术融合与发展推动下知识社会的形成及其对创新的影响进一步被认识。科学界进一步反思对技术创新的认识，创新绝不再是从研究到应用的线性链条，从小众到大众的传播过程。2007年，葛霆等人在研究经济合作与发展组织（OECD）近年相关报告的基础上，总结了国际创新理论的七大进展。文中着重强调了价值实现在创新活动中的本源地位，认为这是衡量创新成败的基本判据。以此为基点，替代线形模式的动态非线性交互创新模式突出了创新的多层次、多环节和多主体参与。而非技术创新（制度创新）与创新中非技术要素作用的强化也成为创新理论发展中的关注要点。创新进一步被放置于复杂性科学的视野，技术创新被认为是各创新主体、创新要素交互复杂作用下的一种复杂涌现现象，是创新生态下技术进步与应用创新共同演进的产物，关注价值实现、关注用户参与的以人为本的创新2.0模式也成为新世纪对创新重新认识的重要探索。
这正如蒋世任所说：“创新是引入新技术、新工艺、新服务和新市场以及新组织管理形式的结果，在多数情况下是以上诸多因素相互渗透而共同作用的结果，因为各因素之间本身就存在相互依存的关系，而且，整个系统也是一个螺旋式不断上升的过程。简言之，创新不是一个独立的事件，而是由许多小事件组合在一起以螺旋式不断发展的，所以，很难判断出哪一时刻产生的创新的结果或哪个个别因素造就了创新的成功。”
创新是一个无法控制，事先也难以作出预测的非线性过程。
3、创新过程中的悖论
以上讨论是要说明创新过程的诸因素相互依存与相互作用的非线性特征，本节将从创新自身的本质出发来讨论创新过程中的悖论。
前面提到过的蒋世任在他的《创新时代》一书中列出了创新过程中常见的悖论有以下五个（第255页），它来自卡斯蒂的《虚实世界》一书中关于“难题与悖论”的讨论。悖论6是我从彼得•圣吉的《第五项修炼》中得来的，旨在说明创新过程中的非线性过程。
除上述五个悖论之外创新过程的一个更常见的悖论，即圣吉指出促进因素与抑制于是因素之间相互制约，
举一个浅显的例子，中国参加WTO，是由政府决策和推动的，但一旦进入WTO，政府的职能又将淡出，这样政府职能的强化与淡出之间就是一个悖论，今后在创新过程中也会遇到同样的两难问题，总之，悖论的存在展示出创新过程中的非线性过程与机制。
系统方法应用于创新，使创新的理论和实践进入了一个新阶段，形成了第五代创新模式。
1、第五代创新模式
20世纪70年代前后，创新模型主要是线性模型。大致经历了三代，第一代创新模型是科技先导型的，即创新从基础科学研究作先导或以科技为为起点，以市场为终点的直线式创新；第二代创新模型是市场拉动型创新，即从市场需求出发，用市场需求导致科研方向，求得科技突破并推向市场。市场拉动型是指在技术创新过程中，不是技术进步的速度、规模和方向决定着技术创新的速度、规模和方向，而是市场需求决定着技术创新的资源配置，从而导致着创新的速度、规模和方向。但这种模型仍然是线性模型，只是把创新的重点从科学技术移向市场，市场成为研究开发的思想源泉。
70-80年代有关技术创新的进一步研究表明，无论是科技先导模型还是市场需求拉动模型都过于简单化了，通常的情况都是科学、技术与市场之间的耦合过程。实际的创新是在一个创新企业框架内部技术能力与市场需求相结合的过程中实现的。在这种认识基础上，人们借用控制论中“反馈回路（Feedback Loop）”的概念来讨论这种科技与市场之间的耦合过程。其中最具代表性的是劳伦斯·克莱因（Lawrence Klein）和罗森伯格（Nathan Rosenberg）在1986年所提出的链环—回路创新模型。这就是第三代创新模型。这个模型已被许多著名著作所引述，包括OECD的《以知识为基础的知识》一书，为节省篇幅本文从略了。需要强调的是，第三代创新模型仍然是线性模型，只是创新的路径多了，相互作用的要素也增加了，但作为技术创新政策分析概念框架的理念大多仍然是线性的。
第四代创新模型是周期模型，也有人称为一体化创新模型。“它的出现标志着观念的转变，即不是把创新过程看作主要是序列式的从一个职能转到另一个职能的过程，而是将创新系统看作同时涉及R&D（研究开发）、原型开发、制造、营销等因素的并行过程的转变。”
第五代创新模型就是在此基础上进一步发展而形成的系统集成和网络模型。到这时，系统思想、系统观念，系统方法逐渐深入到创新过程中，创新被看作是一个复杂的网络系统。它要求企业在各种活动中都有所创新，企业与客户、供应商、信息源、研究机构建立密切的战略联盟，形成一个有机整体。
系统方法应用于创新，使创新进入了一个新阶段。与此同时，管理也进入了一个新阶段。与第五代创新模型相联系，出现了以网络为基础的组织形式，即第五代管理：通过建立虚拟企业、动态协作和知识联网来实现创新。
国家创新系统是将创新系统方法应用于国家范围的创新。在《国家创新系统：理论分析与国际比较》一书中已经指出，“创新系统方法是综合经济增长过程多个方面的一种方法，这种方法用学习经济的思想作为分析创新活动的参考框架。……可以把创新系统看作是一个相互作用的参与者（企业、组织和政府机构）构成的系统，它们相互作用的方式影响着经济的整体创新绩效，并受特定的基础设施、专业化模式、需求结构、制度安排和政府政策所影响。”
国家创新系统是从系统论（区别于前面提到的控制论）的角度来研究创新如何影响经济增长的经济理论框架。它的哲学涵义是它运用的方法是系统方法，是一种整体论，可以称为“系统整体论”。运用系统整体论，就可以将所有影响创新的因素整合进来进行分析研究。“一个系统的和整体的框架对于理解创新具有很大价值。一个创新系统必须作为一个整体来看待，因为它的许多要素相互之间存在着或多或少的联系，否则，也就没有所谓的‘系统’。此外，创新系统方法不仅包含影响创新的经济因素，而且包含影响创新的制度、组织，社会和文化等方面的因素。从这种意义上看，它又是一种跨领域的方法。”
最早运用系统方法研究创新并提出国家创新系统的是英国经济学家克里斯托夫·弗里曼（Christopher Freeman）在1987年提出的。他在研究日本的经济发展时发现，日本在技术落后的情况下，以技术创新为主导，辅以组织制度创新，只用了几十年的时间，便使国家的经济出现了强劲的发展势头，成为工业大国。这说明国家在推动一国的技术创新中起着十分重要的作用，也表明了国家创新系统方法的重要意义。他认为，国家创新系统“是由公共部门和私营部门中各种机构组成的网络，这些机构的活动和相互影响促进了新技术的开发、引进、改进和扩散。”创新系统方法不但考虑到创新的经济因素，还考虑制度、组织、社会、政治等影响因素。它的概念框架是系统论，其所用的方法就是系统方法。
上世纪90年代以来系统方法越来越引起人们的重视，它表现在：
1、与弗里曼同时有不少研究者纷纷提出国家创新系统的理论，如，纳尔逊，伦德华，以及OECD等；
2、许多国家都相继发表了一系列国家创新系统的研究报告，并出台了相应的政策。
1997年开始，国家创新系统的思想和方法引起了中国学界的关注，许多学者对国家创新系统的内涵与意义作了较多的讨论，提出了许多有价值的思路，逐渐引起了政府部门和有关组织的重视。然而，从已经正式发表的一些文献和已经出台的一些政策中，可以看出，在对国家创新系统的认识上，至今还存在着一定的混淆和模糊。这有多种表现，有的人把国家创新系统看作是一个国家工程的任务，似乎国家对一项工程的投资就能建设一个国家创新体系。有的人把国家创新系统看作是机构的简单拼凑，他们认为，只要把国家的研究开发队伍搞好，把企业的、高校的研究开发队伍建设好，国家创新体系就算建设好了；更有人认为把国家创新体系分成几个相分离的、与部门利益相关的独立体系，即把国家创新系统简单地、机械地看作是由一件不同部门分担的工作，等等。显然这些观念都是机械性，线性分割思维的表现，是缺乏系统思想，不了解创新系统方法对国家创新活动所具有的重大意义的表现。
“创新是一个民族的灵魂，是一个国家兴旺发达的不竭动力”。为了实现创新，为了中华民族的利益，必须抛弃机械分割分离、线性思维的方法，尽速掌握并正确运用创新系统方法。
3、时间维的缺失
系统方法被引入创新活动，意味着人们运用“系统”或“整体”的概念和方法来研究和处理创新，这在创新发展历史上具有重大的意义，是创新思维方式的一个历史性转变。但知道，系统论与系统方法本身已经历了三个历史阶段。
第一阶段：系统整体论的诞生—从机械分割占据统治地位到整体性系统思维方式的形式与确立。在人们的视野中，不再简单地把世界、宇宙看成是可以任意拆卸与组装的大机器；世界是由一个由其相互作用着的各部分要素结合在一起的有机整体，这在人类的认识史上确是一个质的飞跃。
第二阶段：从封闭系统到开放系统。
仅仅把世界、宇宙和事物看作是系统还是不够的，还必须区分是封闭系统还是开放系统。不错，从分割论或机械论模式进入到有机整体的系统模式是一个大突破，但人们开始只把系统看作是一种封闭的孤立系统。封闭系统理论虽然认识到系统内部各要素之间的联系和相互作用，但它忽视了与其环境间没有物质、能量和信息之间的交换，因此这种系统只能是一种死的有机体，它只能维持暂时的平衡与稳定，而活的有机体必须是一种开放系统。从创新的角度上看，任何一个创新组织除了组织内部各要素的相互作用之外，还有与环境的互动，才能成为一个开放系统。这大致相当于第三代创新模型：链环—回路模型。
第三阶段：系统的自组织性
“自组织是动力学原理，它是构成了生物的、经济的、社会的和文化的结构的丰富多彩的形式世界的基础。”自组织系统是指“无需外界特定指令而能自行组织、自行创生、自行演化，能够自主地从无序走向有序，形成有结构的系统。”在当前创新研究中越来越多涉及到自组织理论。
最后是复杂适应系统。复杂适应系统是从构成论转向生成论。它强调是演化、突现与生成，一旦创新系统引入复杂适应系统，用演化、突现与生成来研究并实施创新，弥补原有创新系统那种静态的时间维缺失，进入动态过程，创新必将形成一个新阶段。
创新系统方法论的主要特征概述如下：
第一，任何创新活动，无论是个体的、企业组织的、地区的、国家的乃至全球的创新活动，都是一个系统过程，都需要运用系统方法，才能获得好的成效。许多从事创新研究的学者专家都指出：“创新通常是一个系统的工程，把不同团体的创新知识联系在一起，使之健全完善至少可以进入市场。这些组成部分有许多是技术性的。……但是，创新往往还需要其他形式的有组织的配合。……在实现从发明到创新的征途中，单一的团体比之拥有多个团体的企业可能显得势单力薄。创新企业之所以成功，依靠的是把不同的团体整合在一起—科学家与工程师、工程师与设计人员、设计人员与营销人员，如此等等，并且对他们的不同实践活动以及不同的价值体系进行协调。”如所述，国家创新系统更是如此。所以，系统方法运用于创新，能使创新效率提高，达到事半功倍。
第二，创新系统是开放的，演进的，是一个复杂的动态过程。创新通常是在“混沌边缘”实现的。所谓“混沌边缘”就是系统处在混沌与有序之间的状态。为什么创新必须在“混沌边缘”呢？因为它的两边都不适宜于创新。它的一边是“有序”，这相当于中国以前搞计划经济，一切都安排得井井有条，按照既定的规章制度执行就行了。这里没有自由度和灵活性，当然也就没有创新；它的另一边，则是混沌。混沌的特征是对“初始条件的敏感依赖性”，是通常人们所说的“蝴蝶效应”，或“小原因，大结果”。在这种无任何稳定的状态下，创新也不可能进行。所以要实现创新，必须在“混沌边缘”下才能成功。我把这种“混沌边缘”状态称为“浑序”状态。“浑序状态的特征请参见浑序组织—一种建立在复杂性基础上的新型组织”一文。
第三，创新是一个互动学习的过程，成功的创新不仅来源于企业内部不同形式的能力和技能之间多角度的反馈，同时也是企业与它们的竞争对手、合作伙伴以及其他众多的知识生产和知识持有者之间联系和互动的结果。各创新要素之间的联系是创新系统的核心，正是要素联系孕育了创新。创新需要在不同技能、不同思想和不同价值观的人们良好的融合与交流中，才能激发出有创意的解决方案。
知识的流动是创新的关键，创新系统的方法能促进知识的流动，达到知识优化配置。系统的知识配置力比知识的生产更重要。知识的网络系统是创新的基础。
第四，由于系统方法不同于传统的分析还原方法而是整体（即不破坏系统中诸要素之间联系）的方法，所以，还必须引进一套适合于整体研究的具体方法。在这些具体方法中逐渐明朗起来的有建模与隐喻（metaphor）
著名的复杂性研究专家约翰•霍兰在谈到建模、隐喻和创新的关系时说：
“无论是模型还是隐喻，所产生的结果都是创新，都让我看们到了新的联系。对那些大量从事创造性活动，都会同意这样的结论“隐喻和模型的运用是创造活动的核心。进一步研究隐喻和模型的构建学到一些新的方式，这些方式使能够在对支持创新过程的机制所知不多，甚至根本就不知道的情况下，一样能够加快创新过程。”