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农村综合改革的主要内容是推进乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革，进一步巩固农村税费改革成果；同时统筹推进粮食流通体制、征地制度和农村金融等方面的改革。
随着以国有企业为核心的改革的发展和科技进步等给城市带来的巨大发展和变革，农村的经济弊端和落后显现出来，农业、农村和农民的所谓“三农”问题显露出来。
自从1978年召开党的十一届三中全会以后，农村开始了以“联产承包责任制”为主要形式的经济改革，这在当时的确促进了经济的发展，也为农业养活工业、农村养活城市提供了更强的动力基础和更广的经济源泉。
农村综合改革是农村税费改革进入取消农业税的新阶段，中央为巩固农村税费改革成果和建设社会主义新农村提供体制机制保障和动力源泉所作出的一项重大决策。
党中央、国务院在我国经济社会发展进入“工业反哺农业、城市支持农村”新阶段，为巩固农村税费改革成果，推进社会主义新农村建设，加快城乡统筹发展，全面建设小康社会作出的又一重大战略决策。当前，农村综合改革的重点是：以转变政府职能为重点，推进乡镇机构改革；以落实教育经费保障机制为重点，推进农村义务教育改革；以增强基层财政保障能力为重点，推进县乡财政管理体制改革；以优先化解与农民利益直接相关、基层矛盾比较集中的农村教育、基础设施和社会公益事业发展等方面的债务为突破口，妥善解决和处理乡村债务问题，以此带动和促进其他农村改革和农村工作。
主要内容是推进乡镇机构、农村义务教育和县乡财政管理体制改革，进一步巩固农村税费改革成果；同时统筹推进粮食流通体制、征地制度和农村金融等方面的改革。农村综合改革涉及调整农村生产关系和上层建筑不适应生产力发展的某些环节和方面，目标是逐步建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制、覆盖城乡的公共财政制度，以及农民增收减负的长效机制，促进农村经济社会全面协调发展。
2015年，中央财政安排农村综合改革转移支付资金331亿元，为顺利推进改革提供了财力保障。
2015年，中央财政安排用于支持一事一议财政奖补资金224.05亿元。同时，按照每村150万元标准，下达农村综合改革转移支付资金13.5亿元，对纳入中央财政支持范围的900个传统村落的保护工作给予支持。
2015年11月12日至13日，全国农村综合改革工作座谈会在河南鹤壁召开。总结回顾了“十二五”时期农村综合改革工作，深入分析了当前改革面临的形势，明确了“十三五”时期深化农村综合改革的主要任务。会议明确了“十三五”时期，农村综合改革的总体任务：
一是着力突破农村生产关系变革困局，探索发展农村生产力新途径。抓好扶持村级集体经济发展试点，探索建立农村集体经济发展新机制，解决农业生产上的适度规模经营问题。完善村级组织运转经费保障政策，探索建立乡村治理新机制，促进农村社会安定和谐。创新财政支持农民合作社发展机制，完善新型农业社会化服务体系，探索建立新型农业经营体系。
二是着力突破城乡二元结构的体制障碍，探索统筹城乡发展新机制。发挥民主决策和以奖代补的制度优势，扩大一事一议财政奖补机制使用范围，进一步改善农村人居环境，建立农村公益事业发展新机制。扩大农村公共服务运行维护试点范围，探索搭建农村公共服务平台，开展农村公共服务标准化试点，建立农村公共服务供给新机制。以建制镇示范试点和美丽乡村建设试点为抓手，做好新型城镇化与新农村建设的有机衔接，建立城乡协同发展新机制。
三是着力突破农村资源环境瓶颈，探索农业农村可持续发展新模式。实施农业可持续发展战略，统筹做好试点先行与示范推广，探索总结可复制、能推广的模式，加大投入力度，建立长效机制，扩大农业可持续发展试点范围。加快农村生活污水和垃圾无害化处理设施的建设步伐，开展畜禽粪污等农业农村废弃物综合利用试点，积极探索解决农业面源污染问题，建立农村可持续发展新机制。
四是着力突破农村要素市场体系弊端，探索实现农村产权权能新通道。支持做好农村土地承包经营权确权登记颁证工作，探索建立多种形式的农村产权流转交易市场和服务平台，稳定农民土地经营预期，增加农民财产性收入。
1、开展扶持村级集体经济试点，探索农村集体经济有效实现形式
2015年财政部印发了《关于印发<扶持村级集体经济发展试点的指导意见>的通知》，明确自2016年起，中央财政选择河北、辽宁等13个省份开展扶持村级集体经济发展试点工作。试点坚持自力更生与政策扶持相结合，以增强村级集体经济实力、实现农民共同富裕为目标，坚持集体所有、市场导向、改革创新、因地制宜、村为主导等原则，以农村集体资产、资源、资金等要素有效利用为纽带，以土地股份合作、农业生产经营合作为主要经营形式，探索资源有效利用、提供服务、物业管理、混合经营等多种集体经济实现形式，发挥村级集体经济优越性，调动村集体成员积极性，增强村集体自我发展、自我服务、自我管理能力和水平。中央财政通过以奖代补的形式支持地方开展试点工作。同时，要求试点地区加强体制机制创新，完善村集体内部管理制度，强化政策综合支持效力，确保试点取得实效。
2、统筹开展美丽乡村和建制镇示范试点建设，探索建立城乡联动发展新机制
（一）稳步推进美丽乡村建设试点工作，着力改善农村人居环境。2013年以来，我们在有条件的地方，积极稳妥推进美丽乡村建设试点，组织实施了一批“村庄美、产业兴、农民富、可持续”的美丽乡村建设试点项目。试点地区以道路硬化、卫生净化、村庄亮化、环境美化、生活乐化为目标，坚持规划引领、政府主导、农民主体，重点围绕休闲旅游、生态环保、文化传承、特色农业等方面提升乡村功能。据统计，2015年，中央财政投入资金29.45亿元支持美丽乡村建设，一批宜居宜业宜游的美丽乡村成为了当地经济社会发展的品牌和名片。2015年4月29日，我们会同国家标准委正式发布了《美丽乡村建设指南》，明确了美丽乡村建设在总体方向和基本要求上的“最大公约数”，在村庄建设、生态环境、经济发展、公共服务等领域规定了21项量化指标，对美丽乡村基本要素进行了规范，为美丽乡村建设提供了框架性、方向性的技术指导。同时，标准对乡村个性化发展预留了自由发挥空间，鼓励各地根据乡村资源禀赋，因地制宜、创新发展。
（二）顺利启动建制镇示范试点，探索农民就地城镇化新模式。2014年，根据中央新型城镇化工作会议精神，财政部、发展改革委、住房城乡建设部联合开展了建制镇示范试点工作。全国共有90个建制镇纳入试点范围。2015年，中央财政安排18.3亿元继续支持建制镇示范试点工作。各地结合当地实际，以问题为导向、以政策为指引、以实效为目标，采取竞争立项等方式，合理选择试点镇，明确目标任务，突出重点内容，特别是围绕创新城乡发展一体化体制机制、农村公共服务供给机制、建制镇投融资体制、优化产业发展环境等方面，进行了积极探索。从一些试点地区来看，试点镇发展思路进一步清晰，产业优势得到加强，基础设施和公共服务能力有了长足进步，可持续发展、综合承载和以城带乡等能力进一步增强，试点成效初步显现。
3、积极推进相关改革事项，探索解决重点问题新途径
（一）统筹做好农村综合改革示范试点。2015年，中央财政安排30.7亿元支持农村综合改革示范试点工作。中央财政支持11个省份的10.9万个行政村开展了农村公共服务运行维护机制试点。其中辽宁、江苏、四川、贵州、宁夏自主加压，实现了试点全覆盖，有效解决了农民群众反映强烈的农村公共服务运行维护难题。山西、内蒙古等8个省份进行了新型农业社会化服务体系试点，积极探索如何通过政府购买服务的方式，充分发挥市场机制的作用，建立农科教有机结合的农业社会化服务新机制，以及解决农技服务“最后一公里”问题的新路子。浙江、安徽、广东3个省以县区为单位，选择了部分县区开展农村集体产权确权登记颁证、探索建立农村集体产权流转交易市场等农村产权制度改革试点。浙江、宁夏2个省份探索开展了扶持村集体经济发展壮大试点，通过优惠政策支持发展物业经济、特色产业等方式鼓励村集体发展壮大实力，提高集体组织自我保障、自我发展能力。
（二）稳妥开展国有农场办社会职能改革试点。2015年，中央财政安排15亿元继续支持17个省份开展国有农场办社会职能改革试点。试点地区通过改革将地方国有农场承担的办社会职能，逐步移交给当地政府管理和社会办理，理顺了关系，减轻了负担，增强了农场的经济发展活力。[1]