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体制风险是指由于政府部门强行对企业并购大包大揽，背离市场原则，使得并购难以达到预期效果而带来的风险。
从运作机制上看，体制风险具有潜在性和系统整体性的特点，体制风险的潜在性是指体制风险生成与扩散的社会基础。例如，它可以通过政府的组织管理方式和政府运作这一环节，影响高新技术项目的宏观管理和具体决策，从而导致政策失误和决策风险；可以通过政策法规的制定以及市场监管这一环节影响市场运行，从而给农业高新技术项目运行和企业经营带来市场风险等等。体制风险的系统整体性是指其作用的广泛性和深远性，它不是某个高技术企业或项目单独面临的风险。企业只能通过加强管理、减弱体制风险的影响程度，却无法完全规避或化解这种风险，因此，体制改革是防范和化解农业高新技术风险投资风险的根本性措施。
1．产权制度风险
风险投资者投资于农业高新技术企业的目的是为了获得高额风险报酬，而这是以产权能迅速变现为前提的，而产权的高流动性必须以产权明晰为基础。在我国，以产权明晰为核心的现代企业制度尚处于起步阶段，政企不分、政资不分、银企不分的现象，使得农业高新技术投资的行为主体难以确定。这样，一方面造成市场行为主体权利与责任的不对称，缺乏对多个参与者有效的激励与约束；另一方面造成决策环节上政府替企业决策，一旦投资失败，却又找不到承担风险责任的具体组织或个人。所以，体制风险可能由于激励不够，使农业高新技术风险投资的资金和人才供给不足，也可能由于约束无力带来决策的失误和管理的混乱。
2．科技管理体制风险
目前我国农业高新技术研究开发沿用的是政府科研机构和高等院校向政府立项研究，取得成果，然后转化到企业实现产业化的旧体制，形成农业高新技术的研究开发主体和产业化实施主体的分离。这种状况一方面使高校和科研院所的研究开发活动缺乏明确的市场导向和必需的产业基础；另一方面，也使农业高新技术产业化活动得不到后续开发活动的支持，从而面临投资收益无法实现的高风险。此外，农业高新技术研究开发主体和产业化主体的分离状况，需要通过市场交易来维系农业高新技术产业化高效连续的进程，但我国农业技术市场发育不良，其推动高技术成果向生产力转化的“中介”功能不完善。科技管理体制的缺陷与技术市场功能不健全的双重作用，进一步加大了农业高新技术产业风险投资的风险。
3．分配制度风险
要激发农业高新技术人才和管理人才的创业、创新精神，关键是要建立起技术入股制度、科技人员持股经营制度、管理层期权制度等，形成与国际惯例接轨的、符合农业高新技术产业特点的、以保护知识产权为核心的分配制度，使技术和成果真正成为生产力要素，并在参与企业的经营和分配中获得它的应有价值。在许多西方发达国家，高技术企业从业人员的收入远远高于其他行业的人员，这种高收入主要是通过认股期权的市场变现来实现的。我国目前多数高技术企业员工的收入仍以工资为主，员工如何通过持有本公司股票获得收益，还缺少相应的法律予以规范。技术入股在具体操作规程中还有一定的技术性障碍，这就使农业高新技术的创新人才难以得到应有的利益驱动。另外，风险基金管理人和风险企业管理层的报酬与投资的成功联系不直接，也不紧密，在收益分配上存在“平均主义”、“大锅饭”的现象。至于推行期股期权制，在公司股份不能上市交易的情况下，落实难度很大，这样，也造成农业高新技术产业发展中人才供给不足。
4．公司型风险投资基金的制度风险
由于目前我国没有合伙制法律，所以风险投资基金无一例外要采用公司制，但公司型风险投资基金在制度上存在一些缺陷，从而加大了风险投资的风险。首先，董事会的集中决策权与投资项目高度的信息不对称，形成制度设计上新的不对称，难以确保投资决策的科学性与正确性，即使董事会与管理层划分权限，其弊端也在所难免。被投资的农业高新技术项目在技术、产品、市场、管理等方面的处于高度不确定状态，并且变化急速，要求风险投资讲究专业性、灵活性和时效性，而许多董事身为兼职，又非相关专家人士，也不持有公司股权，董事会不能经常召开，这势必增大投资决策失误的概率。当然，不排斥有的董事会虚设，管理层权力过大，为追求自己利益而侵蚀股东的利益。其次，董事会对管理层拥有较大的约束权(如罢免权)，严重限制了管理层的积极性。诚然，董事会拥有较大的限制权，有利于防止管理层的不良行为，但对于风险投资来说，管理层所负责的投资项目是中长期投资，如在投资成功之前，随时有可能被解聘，必然诱发管理层的短期行为，同时也大大影响其经营的独立性和稳定。