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企业内部控制设计是指企业为促使经济效益的提高，保证会计信息资料的真实可靠，在明确各部门及工作人员的职责和权限的基础上，以设计原则为依据，用系统控制技术和方法，把对本企业各项活动的具体环节的制约予以规范化、文件化，以便据此指导和实施内部控制的过程。
企业内部控制的设计是一项较为重要而又相对灵活的工作，只有在遵守设计原则，明确设计目标，掌握设计方法的情况下，结合企业自身特点才能设计出一套行之有效的内部控制制度。各企业是内部控制的设计者、执行者和受益者，只有设计出与本企业经营管理相适应的内部控制，并将内部控制的先进管理理论和规定贯穿于内部管理的各个环节和每位员工，领导以身作则、身体力行，模范地遵守内部控制并发挥其组织领导作用，才能有效地减少消耗、降低成本，改善企业经营管理，全面提高企业经济效益。
1.保证企业财产物资的安全完整。企业的各项财产物资是企业赖以生存和发展的基础。因此，企业内部控制的首要目标是通过制定货币资金的管理措施，以及制定各项实物资产和无形资产的采购、使用、保管等资产流动的各环节控制，有效地防止贪污、盗窃等舞弊行为的发生，保证各项财产物资的安全完整。
2.保证会计信息的真实可靠。会计作为一个信息系统，首先必须保证它所提供信息的真实可靠。只有依据可靠的会计信息，才能使企业内部管理人员准确地评价企业过去的经营管理活动，预测未来，做出科学的经营管理决策。同时，企业外部的投资人、债权人、政府及其他有关的客户，由于他们不直接参与企业的经营管理，为了使投资或类似的决策更加科学，对会计信息的可靠性要求会更加严格。
3.有利于实现企业的经营方针和目标。健全的内部控制，通过实施职责分工和采用合理的工作程序等手段，可以增强企业的管理功能，会计信息可以在会计系统中畅通无阻地传递，对于偏离企业经营方针和经营目标的行为，可以立即予以发现并及时反馈到企业各级管理机构，便于管理机构采取必要措施使经营活动按照既定方针进行，从而实现企业的经营目标。
4.提高资产使用效率。企业的一切生产经营活动都是为了获得最大的经营收益，而要实现收益的最大化，就必须充分发挥各项资产的使用效能，提高资产的使用效率，有效控制成本费用开支。内部控制正是通过对资产使用部门的职能、效率进行控制、评价，促使其提高资产使用效率的。
5.落实考核责任。企业从董事会到每一个生产经营的具体工作岗位所进行的工作，都是由高一级人员或部门授予低一级人员或部门某种职责，要求其去完成某项任务，而低一层次的人员或部门就应该以此为目标开展工作，这样就形成了一个授权、执行的目标扩展系统。内部控制作为一个系统，它一方面强调各层次之间的制约关系，保证各级管理人员授予下属的职责能得到正确的履行；另一方面通过履行责任的考核，促使每一个部门和每个员工积极上进，从而实现企业预期的各项目标。
6.有效避免风险。市场经济本身就是风险经济，企业在追求收益的同时也在承担着风险。理想的管制原则是在一定的风险下使收益达到较高的水平，或在收益一定的情况下使风险降到最低。而内部控制的设立就是试图意识到一些具体风险因素的存在，并采取有效措施尽可能地避免这些风险。
1.相互牵制原则。相互牵制原则是指一项完整的经济业务活动，必须经过具有相互制约关系的两个或两个以上的控制环节才能完成。在相互牵制关系下，可将差错弊端减少到较低程度，或者即便发生问题，也容易尽早发现，便于及时纠正。
2.协调配合原则。协调配合原则是指各项经营管理活动中，各部门或人员必须相互配合，各岗位和环节都应协调同步，各项业务程序和办理手续需要紧密衔接，从而避免相互扯皮和脱节现象，减少矛盾和内耗，以保证经营管理活动的连续性和有效性。协调配合原则是对相互牵制原则的深化和补充。
3.程序定位原则。程序定位原则是指企业应按照经济业务的功能和性质，将经营管理活动划分为若干具体的工作岗位，并根据岗位性质相应地赋予工作任务和职责权限，规定操作规程和处理手续，明确纪律、规则和检查标准，以使职、责、权、利相结合，做到事事有人管，人人有专职，办事有标准，工作有检查，以此来增加每个人的事业心和责任感，从而提高工作质量和效率。
4.成本效益原则。成本效益是体现企业经营成果和竞争能力的主要目标。贯彻成本效益原则，即要求企业必须科学地进行经营管理，力争以最小的控制成本取得最大的经济效益。
5.系统网络原则。按照系统网络原则的要求，企业内部控制的设计，必须做到各项控制要素齐全，点点相连，环环相扣，彼此沟通，真正形成一个健全完善、运转灵活的系统网络。
6.整体结构原则。企业内部控制系统，必须包括控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、监督五项要素，并覆盖各项业务和部门。换言之，各项控制要素、各业务循环或部门的子控制系统，必须有机构成为企业内部控制的整体架构。这就要求，各子系统的具体控制目标，必须对应整体控制系统的一般目标。
1.组织系统图设计。组织系统图主要描述单位内部各阶层的组织机构，显示每一个职位在单位中的地位及其上下隶属与纵横的关系。现代企业组织庞大、部门众多、层次不一、关系复杂，只有以组织系统图的方法描述出来，才能使人一目了然。
2.职责划分设计。一个单位有很多业务，亦有很多部门，各个部门的职责应予详细及明确划分，使每一事项的发生都有负责部门办理，而且要做到不重复亦无遗漏。如果一项业务需要有两个以上部门共同完成时，对各部门应负责任的范围，也应该有明确的规定。
3.工作说明书设计。工作说明书是描述工作性质的文件，是职位工作的说明。其表示方法是将单位的每个工作职位，编制一份详细的说明，用来反映担任那个职位的人应该履行的职责。
4.方针和程序手册设计。方针和程序手册主要是指，以书面形式来表达管理当局的指令及同类业务处理方法的形式，也可以说是以书面形式详细描绘业务处理的方针与程序。
5.业务流程图设计。业务流程图是利用图解形式描述各经营环节业务处理程序的一种图式。它显示了凭证和记录资料的产生、传递、处理、保存及其相互关系，从而直观地表达内部控制的实际情况。对于无法在图中表示的问题，可用简要文字进行说明，作为流程图附件。
设计内部控制的步骤，主要是确定控制目标，整合控制流程， 鉴别控制环节，确定控制措施，最终以流程图或调查表的形成加以体现。
控制目标，既是管理经济活动的基本要求，又是实施内部控制的最终目的，也是评价内部控制的最高标准。在实际工作中，管理人员和审计人员总是根据控制目标，建立和评价内部控制系统。因此，设计内部控制，首先应该根据经济活动的内容特点和管理要求提炼内部控制目标，然后据以选择具有相应功能的内部控制要素，组成该控制系统。
控制流程，是依次贯穿于某项业务活动始终的基本控制步骤及相应环节。控制流程，通常同业务流程相吻合，主要由控制点组成。当企业的业务流程存在控制缺陷时，则需要根据控制目标和控制原则加以整合。
实现控制目标，主要是控制容易发生偏差的业务环节。这些可能发生错弊因而需要控制的业务环节，通常称为控制环节或控制点。控制点按其发挥作用的程度而论，可以分为关键控制点和一般控制点。那些在业务处理过程中发挥作用最大，影响范围最广，甚至决定全局成效的控制点，对于保证整个业务活动的控制目标具有至关重要的影响，即为关键控制点；相比之下，那些只能发挥局部作用，影响特定范围的控制点，则力一般控制点。如材料采购业务中的“验收”控制点，对于保证材料采购业务的完整性、实物安全性等控制目标都起着重要的保障作用，因此是材料采购控制系统中的关键控制点；相比之下，“审批”、“签约”、“登记”、“记账”等控制点，即是一般控制点。需要说明的是，关键控制点和一般控制点在一定条件下是可以相互转化的。某个控制点在此项业务活动中是关键控制点，在另外一项活动中则可能是一股控制点，反之亦然。
控制点的功能，是通过设置具体的控制技术和手续而实现的。这些为预防和发现错弊而在某控制点所运用的各种控制技术和手续等，通常被概括为控制措施。